[2] | 1 | echo "Getting files from NCBI..." |
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| 2 | wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz |
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| 3 | wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/gi_taxid_nucl.dmp.gz |
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| 4 | wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/gi_taxid_prot.dmp.gz |
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| 5 | echo "Unzipping untarring..." |
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| 6 | gunzip -c taxdump.tar.gz | tar xvf - |
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| 7 | gunzip gi_taxid_nucl.dmp.gz |
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| 8 | gunzip gi_taxid_prot.dmp.gz |
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| 9 | cat gi_taxid_nucl.dmp gi_taxid_prot.dmp > gi_taxid_all.dmp |
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| 10 | echo "Sorting gi2tax files..." |
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| 11 | sort -n -k 1 gi_taxid_all.dmp > gi_taxid_sorted.txt |
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| 12 | rm gi_taxid_nucl.dmp gi_taxid_prot.dmp gi_taxid_all.dmp |
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| 14 | |
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