seq1 113 phiX 340 37 18M = 322 -18 GGATTACTATCTGAGTCC II9(.+5$IIIIIII#II XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:25 X0:i:1 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:18 seq1 177 phiX 322 25 18M = 340 18 GATATTTTAAAGGAGCGT B&&I13A$G$*%$IIIII XT:A:U NM:i:2 SM:i:25 AM:i:25 X0:i:1 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:2C8A6 seq10 129 phiX 4168 37 18M = 4149 -19 AGGGCGTTGAGTTCGATA IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:25 X0:i:1 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:18 seq10 65 phiX 4149 25 18M = 4168 19 ATTCTTTCTTTTCGTATC IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:2 SM:i:25 AM:i:25 X0:i:1 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:5G11G0 seq11 129 phiX 4091 37 18M = 4072 -19 ATCCCCAATGCTTGGCTT IIIII$%*$G$A31I&&B XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:18 seq11 65 phiX 4072 37 18M = 4091 19 GCATTTCTACTCCTTCTC II#IIIIIII$5+.(9II XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:12T5 seq12 129 phiX 5365 25 18M = 5349 -16 GGATTGGCGTTTCCAACC IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:2 SM:i:25 AM:i:25 X0:i:1 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:0T9A7 seq12 65 phiX 5349 37 18M = 5365 16 CGCGCTTCGATAAAAATG IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:25 X0:i:1 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:18 seq13 129 phiX 4093 25 18M = 4074 -19 CCCCAATCCTTGCCTTCC IIIAAIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:2 SM:i:25 AM:i:25 X0:i:1 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:7G4G5 seq13 65 phiX 4074 37 18M = 4093 19 ATTTCTACTCTTTCTCAT IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:25 X0:i:1 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:17A0 seq14 129 phiX 4016 37 3M1D15M = 3998 -18 TGATATTTTGACTTTGAG IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:3^T15 seq14 65 phiX 3998 37 18M = 4016 18 CCCTTTTGAATGTCACGC IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:5C12 seq15 129 phiX 5216 37 5M2I11M = 5198 -18 TTACGAAACGCGACGCCG IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:2 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:2 MD:Z:16 seq15 65 phiX 5198 37 18M = 5216 18 CCAACTTACCAAGGTGGG IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:13C4 seq16 129 phiX 2897 37 18M = 2880 -17 TTATTTTTCTCCAGCCAC IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:6G11 seq16 65 phiX 2880 37 10M1I7M = 2897 17 TCAGGGTATTAAAAGAGA IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:2 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:5T11 seq17 129 phiX 3053 25 18M = 3034 -19 AAACAATACTTTAGGCAT IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:2 SM:i:25 AM:i:25 X0:i:1 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:0T9G7 seq17 65 phiX 3034 37 18M = 3053 19 GTGATGTGCTTGCTACCG IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:25 X0:i:1 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:18 seq18 133 phiX 4088 0 * = 4088 0 CCGTTCCATAAGCAGATG IIIIIIIIIIIIIIIIII seq18 73 phiX 4088 37 18M = 4088 0 TCAATCCCCCATGCTTGG IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:0 X0:i:1 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:9A8 seq19 129 phiX 3324 37 18M = 3304 -20 GAGCGTCCTGGTGCTGAT IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:6G11 seq19 65 phiX 3304 37 18M = 3324 20 TTCCTGCGCTTAATGCTT IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:6A11 seq2 129 phiX 159 37 18M = 141 -18 CAGCTCGAGAAGCTCTTA IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:18 seq2 65 phiX 141 37 18M = 159 18 ATTCGACCTATCCTTGCG IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:18 seq20 129 phiX 1100 37 18M = 1082 -18 ACTCCGGTTATCGCTGGC IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:18 seq20 65 phiX 1082 37 18M = 1100 18 CTTATTACCATTTCAACT IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:18 seq21 129 phiX 1363 37 18M = 1344 -19 TAAGCATTTGGTTCAGGG IIIII$%*$G$A31I&&B XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:10T7 seq21 65 phiX 1344 37 18M = 1363 19 CTGATACCAATAAAACCC II#IIIIIII$5+.(9II XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:15T2 seq22 137 phiX 5215 37 18M = 5215 0 GTTACGACGCGACGCCGT IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:0 X0:i:1 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:18 seq22 69 phiX 5215 0 * = 5215 0 AATCAAACTTACCAAGGG IIIIIIIIIIIIIIIIII seq23 129 phiX 4308 25 18M = 4289 -19 TTTAATAACCCTATAGAC IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:2 SM:i:25 AM:i:25 X0:i:1 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:0A8A8 seq23 65 phiX 4289 37 18M = 4308 19 TGTGCTTCCCCAACTTGA IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:25 X0:i:1 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:6C11 seq24 129 phiX 4101 37 18M = 4084 -17 CTTGGCTTCCCTAAGCAG IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:10A7 seq24 65 phiX 4084 37 18M = 4101 17 TTTCTCAATCCCCAATGC IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:18 seq25 129 phiX 537 37 18M = 520 -17 CGTGCTCGTTGCTGCGTT IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:9C8 seq25 65 phiX 520 37 18M = 537 17 TTGCTACTGACCGCTCTT IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:17C0 seq26 129 phiX 1994 37 18M = 1976 -18 AAGGATGTTTTCCGTTCT IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:18 seq26 65 phiX 1976 37 18M = 1994 18 CCGCGTGAAATTTCTATG IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:18 seq27 129 phiX 2614 37 3M1D15M = 2598 -16 TGTTTGGTGCTGATATTG IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:2 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:1C1^G15 seq27 65 phiX 2598 37 18M = 2614 16 CGCTAATCAAGTTGTTTC IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:9G8 seq28 129 phiX 2906 37 18M = 2890 -16 TCCAGCCACTAAAGTGAG IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:25 X0:i:1 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:10T7 seq28 65 phiX 2890 25 18M = 2906 16 AAAGAGATTATTTGTCGG IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:2 SM:i:25 AM:i:25 X0:i:1 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:16T0C0 seq29 133 phiX 5339 0 * = 5339 0 GATAATGATTGGGGTATC IIIIIIIIIIIIIIIIII seq29 73 phiX 5339 37 18M = 5339 0 CAAATTAATGCGCGCTTC IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:0 X0:i:1 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:6T11 seq3 129 phiX 523 37 18M = 505 -18 CTACTGACCGCTCTCGTG IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:18 seq3 65 phiX 505 37 18M = 523 18 GTAACAAAGTTTGGATTG IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:18 seq30 129 phiX 4108 37 18M = 4091 -17 ACCATAAGCAGATGGATA IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:0T17 seq30 65 phiX 4091 37 18M = 4108 17 ATCCCCTATGCTTGGCTT IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:6A11 seq4 137 phiX 945 37 18M = 945 0 TAGGTGGTCAACCATTTT IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:0 X0:i:1 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:12A5 seq4 69 phiX 945 0 * = 945 0 AGCCGCTCGTCTTTTATG IIIIIIIIIIIIIIIIII seq5 129 phiX 5003 37 18M = 4985 -18 TTTCTATGTGGCTTAATA IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:13A4 seq5 65 phiX 4985 37 18M = 5003 18 CAGTTATATGGCTTTTGG IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:13G4 seq6 129 phiX 944 37 18M = 925 -19 GTAGGTGGTCAACAATTT IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:18 seq6 65 phiX 925 37 11M1D7M = 944 19 AGGCGCTCGTCTTGGTAT IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:11^T7 seq7 129 phiX 960 37 18M = 943 -17 TTTAATTGCAGGGGCTTC IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:25 X0:i:1 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:18 seq7 65 phiX 943 25 18M = 960 17 TGTAGGTGGTCAACCAAT IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:2 SM:i:25 AM:i:25 X0:i:1 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:14A1T1 seq8 137 phiX 1715 37 18M = 1715 0 ATGCGCTCTATTCTCTGG IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:0 X0:i:1 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:10A7 seq8 69 phiX 1715 0 * = 1715 0 ACACCCGTCCTTTACGTC IIIIIIIIIIIIIIIIII seq9 129 phiX 2613 37 18M = 2596 -17 TTCTGTTGGTGCTGATAT IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:18 seq9 65 phiX 2596 37 18M = 2613 17 GCCGCTATTCAGGTTGTT IIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:7A10