root/galaxy-central/test-data/cuffcompare_out5.gtf @ 2

リビジョン 2, 15.2 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central
Rev行番号 
[2]1chr1    Cufflinks       exon    3204755 3204833 .       -       .       gene_id "XLOC_000001"; transcript_id "TCONS_00000001"; exon_number "1"; oId "CUFF.13.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "c";
2chr1    Cufflinks       exon    3111450 3111490 .       .       .       gene_id "XLOC_000002"; transcript_id "TCONS_00000002"; exon_number "1"; oId "CUFF.1.1"; class_code "u";
3chr1    Cufflinks       exon    3111546 3111576 .       .       .       gene_id "XLOC_000003"; transcript_id "TCONS_00000003"; exon_number "1"; oId "CUFF.3.1"; class_code "u";
4chr1    Cufflinks       exon    3174766 3174792 .       .       .       gene_id "XLOC_000004"; transcript_id "TCONS_00000051"; exon_number "1"; oId "CUFF.1.1"; class_code "u";
5chr1    Cufflinks       exon    3187402 3187428 .       .       .       gene_id "XLOC_000005"; transcript_id "TCONS_00000052"; exon_number "1"; oId "CUFF.3.1"; class_code "u";
6chr1    Cufflinks       exon    3188522 3188548 .       .       .       gene_id "XLOC_000006"; transcript_id "TCONS_00000053"; exon_number "1"; oId "CUFF.5.1"; class_code "u";
7chr1    Cufflinks       exon    3189811 3190789 .       .       .       gene_id "XLOC_000007"; transcript_id "TCONS_00000054"; exon_number "1"; oId "CUFF.11.1"; class_code "u";
8chr1    Cufflinks       exon    3189900 3190041 .       .       .       gene_id "XLOC_000007"; transcript_id "TCONS_00000004"; exon_number "1"; oId "CUFF.29.1"; class_code "u";
9chr1    Cufflinks       exon    3190273 3190303 .       .       .       gene_id "XLOC_000007"; transcript_id "TCONS_00000005"; exon_number "1"; oId "CUFF.31.1"; class_code "u";
10chr1    Cufflinks       exon    3190455 3190481 .       .       .       gene_id "XLOC_000007"; transcript_id "TCONS_00000006"; exon_number "1"; oId "CUFF.33.1"; class_code "u";
11chr1    Cufflinks       exon    3190859 3191434 .       .       .       gene_id "XLOC_000008"; transcript_id "TCONS_00000055"; exon_number "1"; oId "CUFF.7.1"; class_code "u";
12chr1    Cufflinks       exon    3191513 3192077 .       .       .       gene_id "XLOC_000009"; transcript_id "TCONS_00000056"; exon_number "1"; oId "CUFF.9.1"; class_code "u";
13chr1    Cufflinks       exon    3191539 3191669 .       .       .       gene_id "XLOC_000009"; transcript_id "TCONS_00000007"; exon_number "1"; oId "CUFF.35.1"; class_code "u";
14chr1    Cufflinks       exon    3191877 3191945 .       .       .       gene_id "XLOC_000009"; transcript_id "TCONS_00000008"; exon_number "1"; oId "CUFF.37.1"; class_code "u";
15chr1    Cufflinks       exon    3192251 3192336 .       .       .       gene_id "XLOC_000010"; transcript_id "TCONS_00000057"; exon_number "1"; oId "CUFF.13.1"; class_code "u";
16chr1    Cufflinks       exon    3192442 3192494 .       .       .       gene_id "XLOC_000011"; transcript_id "TCONS_00000009"; exon_number "1"; oId "CUFF.39.1"; class_code "u";
17chr1    Cufflinks       exon    3192551 3192629 .       .       .       gene_id "XLOC_000012"; transcript_id "TCONS_00000010"; exon_number "1"; oId "CUFF.41.1"; class_code "u";
18chr1    Cufflinks       exon    3192650 3192676 .       .       .       gene_id "XLOC_000013"; transcript_id "TCONS_00000058"; exon_number "1"; oId "CUFF.15.1"; class_code "u";
19chr1    Cufflinks       exon    3192732 3192811 .       .       .       gene_id "XLOC_000014"; transcript_id "TCONS_00000011"; exon_number "1"; oId "CUFF.43.1"; class_code "u";
20chr1    Cufflinks       exon    3192941 3193042 .       .       .       gene_id "XLOC_000015"; transcript_id "TCONS_00000012"; exon_number "1"; oId "CUFF.45.1"; class_code "u";
21chr1    Cufflinks       exon    3194186 3194226 .       .       .       gene_id "XLOC_000016"; transcript_id "TCONS_00000013"; exon_number "1"; oId "CUFF.47.1"; class_code "u";
22chr1    Cufflinks       exon    3194303 3194329 .       .       .       gene_id "XLOC_000017"; transcript_id "TCONS_00000014"; exon_number "1"; oId "CUFF.49.1"; class_code "u";
23chr1    Cufflinks       exon    3194707 3194733 .       .       .       gene_id "XLOC_000018"; transcript_id "TCONS_00000059"; exon_number "1"; oId "CUFF.17.1"; class_code "u";
24chr1    Cufflinks       exon    3195084 3195110 .       .       .       gene_id "XLOC_000019"; transcript_id "TCONS_00000015"; exon_number "1"; oId "CUFF.51.1"; class_code "u";
25chr1    Cufflinks       exon    3195451 3195477 .       .       .       gene_id "XLOC_000020"; transcript_id "TCONS_00000016"; exon_number "1"; oId "CUFF.53.1"; class_code "u";
26chr1    Cufflinks       exon    3197090 3197116 .       .       .       gene_id "XLOC_000021"; transcript_id "TCONS_00000017"; exon_number "1"; oId "CUFF.55.1"; class_code "u";
27chr1    Cufflinks       exon    3197247 3197273 .       .       .       gene_id "XLOC_000022"; transcript_id "TCONS_00000018"; exon_number "1"; oId "CUFF.57.1"; class_code "u";
28chr1    Cufflinks       exon    3197347 3197373 .       .       .       gene_id "XLOC_000023"; transcript_id "TCONS_00000019"; exon_number "1"; oId "CUFF.59.1"; class_code "u";
29chr1    Cufflinks       exon    3197426 3197452 .       .       .       gene_id "XLOC_000024"; transcript_id "TCONS_00000060"; exon_number "1"; oId "CUFF.19.1"; class_code "u";
30chr1    Cufflinks       exon    3200023 3200191 .       .       .       gene_id "XLOC_000025"; transcript_id "TCONS_00000020"; exon_number "1"; oId "CUFF.7.1"; class_code ".";
31chr1    Cufflinks       exon    3200326 3200352 .       .       .       gene_id "XLOC_000026"; transcript_id "TCONS_00000021"; exon_number "1"; oId "CUFF.5.1"; class_code "u";
32chr1    Cufflinks       exon    3200431 3200457 .       .       .       gene_id "XLOC_000027"; transcript_id "TCONS_00000061"; exon_number "1"; oId "CUFF.21.1"; class_code "u";
33chr1    Cufflinks       exon    3201008 3201039 .       .       .       gene_id "XLOC_000028"; transcript_id "TCONS_00000062"; exon_number "1"; oId "CUFF.26.1"; class_code "u";
34chr1    Cufflinks       exon    3201078 3201481 .       .       .       gene_id "XLOC_000029"; transcript_id "TCONS_00000022"; exon_number "1"; oId "CUFF.9.1"; class_code "u";
35chr1    Cufflinks       exon    3201161 3201187 .       .       .       gene_id "XLOC_000029"; transcript_id "TCONS_00000063"; exon_number "1"; oId "CUFF.25.1"; class_code "u";
36chr1    Cufflinks       exon    3201597 3201666 .       .       .       gene_id "XLOC_000030"; transcript_id "TCONS_00000064"; exon_number "1"; oId "CUFF.29.1"; class_code "u";
37chr1    Cufflinks       exon    3201673 3201699 .       .       .       gene_id "XLOC_000031"; transcript_id "TCONS_00000023"; exon_number "1"; oId "CUFF.11.1"; class_code "u";
38chr1    Cufflinks       exon    3201726 3201809 .       .       .       gene_id "XLOC_000032"; transcript_id "TCONS_00000065"; exon_number "1"; oId "CUFF.31.1"; class_code "u";
39chr1    Cufflinks       exon    3211522 3211561 .       .       .       gene_id "XLOC_000033"; transcript_id "TCONS_00000066"; exon_number "1"; oId "CUFF.33.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
40chr1    Cufflinks       exon    3212214 3212292 .       .       .       gene_id "XLOC_000034"; transcript_id "TCONS_00000024"; exon_number "1"; oId "CUFF.15.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
41chr1    Cufflinks       exon    3212368 3212439 .       .       .       gene_id "XLOC_000035"; transcript_id "TCONS_00000025"; exon_number "1"; oId "CUFF.19.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
42chr1    Cufflinks       exon    3212718 3212801 .       .       .       gene_id "XLOC_000036"; transcript_id "TCONS_00000067"; exon_number "1"; oId "CUFF.35.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
43chr1    Cufflinks       exon    3213096 3213192 .       .       .       gene_id "XLOC_000037"; transcript_id "TCONS_00000026"; exon_number "1"; oId "CUFF.17.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
44chr1    Cufflinks       exon    3240607 3240633 .       .       .       gene_id "XLOC_000038"; transcript_id "TCONS_00000068"; exon_number "1"; oId "CUFF.39.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
45chr1    Cufflinks       exon    3242480 3242512 .       .       .       gene_id "XLOC_000039"; transcript_id "TCONS_00000069"; exon_number "1"; oId "CUFF.41.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
46chr1    Cufflinks       exon    3242634 3242923 .       .       .       gene_id "XLOC_000040"; transcript_id "TCONS_00000027"; exon_number "1"; oId "CUFF.25.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
47chr1    Cufflinks       exon    3242925 3243005 .       .       .       gene_id "XLOC_000041"; transcript_id "TCONS_00000070"; exon_number "1"; oId "CUFF.43.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
48chr1    Cufflinks       exon    3243019 3243079 .       .       .       gene_id "XLOC_000042"; transcript_id "TCONS_00000028"; exon_number "1"; oId "CUFF.21.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
49chr1    Cufflinks       exon    3243109 3243154 .       .       .       gene_id "XLOC_000043"; transcript_id "TCONS_00000071"; exon_number "1"; oId "CUFF.45.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
50chr1    Cufflinks       exon    3243348 3243401 .       .       .       gene_id "XLOC_000044"; transcript_id "TCONS_00000029"; exon_number "1"; oId "CUFF.23.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
51chr1    Cufflinks       exon    3254080 3254106 .       .       .       gene_id "XLOC_000045"; transcript_id "TCONS_00000072"; exon_number "1"; oId "CUFF.47.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
52chr1    Cufflinks       exon    3256975 3257011 .       .       .       gene_id "XLOC_000046"; transcript_id "TCONS_00000030"; exon_number "1"; oId "CUFF.27.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
53chr1    Cufflinks       exon    3277156 3277182 .       .       .       gene_id "XLOC_000047"; transcript_id "TCONS_00000073"; exon_number "1"; oId "CUFF.49.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
54chr1    Cufflinks       exon    3277191 3277218 .       .       .       gene_id "XLOC_000048"; transcript_id "TCONS_00000031"; exon_number "1"; oId "CUFF.61.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
55chr1    Cufflinks       exon    3277914 3278390 .       .       .       gene_id "XLOC_000049"; transcript_id "TCONS_00000074"; exon_number "1"; oId "CUFF.51.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
56chr1    Cufflinks       exon    3278237 3278263 .       .       .       gene_id "XLOC_000049"; transcript_id "TCONS_00000032"; exon_number "1"; oId "CUFF.63.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
57chr1    Cufflinks       exon    3280118 3280144 .       .       .       gene_id "XLOC_000050"; transcript_id "TCONS_00000075"; exon_number "1"; oId "CUFF.53.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
58chr1    Cufflinks       exon    3280499 3280525 .       .       .       gene_id "XLOC_000051"; transcript_id "TCONS_00000076"; exon_number "1"; oId "CUFF.55.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
59chr1    Cufflinks       exon    3280687 3280741 .       .       .       gene_id "XLOC_000052"; transcript_id "TCONS_00000033"; exon_number "1"; oId "CUFF.65.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
60chr1    Cufflinks       exon    3282505 3282531 .       .       .       gene_id "XLOC_000053"; transcript_id "TCONS_00000077"; exon_number "1"; oId "CUFF.57.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
61chr1    Cufflinks       exon    3282651 3282677 .       .       .       gene_id "XLOC_000054"; transcript_id "TCONS_00000078"; exon_number "1"; oId "CUFF.59.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
62chr1    Cufflinks       exon    3282761 3282832 .       .       .       gene_id "XLOC_000055"; transcript_id "TCONS_00000079"; exon_number "1"; oId "CUFF.61.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
63chr1    Cufflinks       exon    3284967 3284993 .       .       .       gene_id "XLOC_000056"; transcript_id "TCONS_00000080"; exon_number "1"; oId "CUFF.63.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
64chr1    Cufflinks       exon    3290489 3290553 .       .       .       gene_id "XLOC_000057"; transcript_id "TCONS_00000034"; exon_number "1"; oId "CUFF.67.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
65chr1    Cufflinks       exon    3290799 3290859 .       .       .       gene_id "XLOC_000058"; transcript_id "TCONS_00000081"; exon_number "1"; oId "CUFF.65.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
66chr1    Cufflinks       exon    3290920 3291273 .       .       .       gene_id "XLOC_000059"; transcript_id "TCONS_00000082"; exon_number "1"; oId "CUFF.69.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
67chr1    Cufflinks       exon    3290940 3291023 .       .       .       gene_id "XLOC_000059"; transcript_id "TCONS_00000035"; exon_number "1"; oId "CUFF.69.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
68chr1    Cufflinks       exon    3291089 3291186 .       .       .       gene_id "XLOC_000059"; transcript_id "TCONS_00000036"; exon_number "1"; oId "CUFF.71.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
69chr1    Cufflinks       exon    3299444 3299640 .       .       .       gene_id "XLOC_000060"; transcript_id "TCONS_00000083"; exon_number "1"; oId "CUFF.67.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
70chr1    Cufflinks       exon    3299610 3299664 .       .       .       gene_id "XLOC_000060"; transcript_id "TCONS_00000037"; exon_number "1"; oId "CUFF.73.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
71chr1    Cufflinks       exon    3299692 3299733 .       .       .       gene_id "XLOC_000061"; transcript_id "TCONS_00000084"; exon_number "1"; oId "CUFF.71.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
72chr1    Cufflinks       exon    3300052 3300078 .       .       .       gene_id "XLOC_000062"; transcript_id "TCONS_00000038"; exon_number "1"; oId "CUFF.75.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
73chr1    Cufflinks       exon    3307749 3307775 .       .       .       gene_id "XLOC_000063"; transcript_id "TCONS_00000085"; exon_number "1"; oId "CUFF.73.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
74chr1    Cufflinks       exon    3318621 3318647 .       .       .       gene_id "XLOC_000064"; transcript_id "TCONS_00000086"; exon_number "1"; oId "CUFF.75.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
75chr1    Cufflinks       exon    3319000 3319051 .       .       .       gene_id "XLOC_000065"; transcript_id "TCONS_00000039"; exon_number "1"; oId "CUFF.77.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
76chr1    Cufflinks       exon    3330528 3330554 .       .       .       gene_id "XLOC_000066"; transcript_id "TCONS_00000087"; exon_number "1"; oId "CUFF.77.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
77chr1    Cufflinks       exon    3351241 3351311 .       .       .       gene_id "XLOC_000067"; transcript_id "TCONS_00000088"; exon_number "1"; oId "CUFF.79.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
78chr1    Cufflinks       exon    3355888 3355914 .       .       .       gene_id "XLOC_000068"; transcript_id "TCONS_00000040"; exon_number "1"; oId "CUFF.79.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
79chr1    Cufflinks       exon    3355908 3356119 .       .       .       gene_id "XLOC_000068"; transcript_id "TCONS_00000089"; exon_number "1"; oId "CUFF.81.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
80chr1    Cufflinks       exon    3356181 3356225 .       .       .       gene_id "XLOC_000069"; transcript_id "TCONS_00000090"; exon_number "1"; oId "CUFF.83.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
81chr1    Cufflinks       exon    3363077 3363176 .       .       .       gene_id "XLOC_000070"; transcript_id "TCONS_00000091"; exon_number "1"; oId "CUFF.85.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
82chr1    Cufflinks       exon    3363215 3363278 .       .       .       gene_id "XLOC_000071"; transcript_id "TCONS_00000041"; exon_number "1"; oId "CUFF.81.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
83chr1    Cufflinks       exon    3363388 3363446 .       .       .       gene_id "XLOC_000072"; transcript_id "TCONS_00000092"; exon_number "1"; oId "CUFF.87.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
84chr1    Cufflinks       exon    3363754 3363849 .       .       .       gene_id "XLOC_000073"; transcript_id "TCONS_00000042"; exon_number "1"; oId "CUFF.83.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
85chr1    Cufflinks       exon    3364872 3364919 .       .       .       gene_id "XLOC_000074"; transcript_id "TCONS_00000093"; exon_number "1"; oId "CUFF.89.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
86chr1    Cufflinks       exon    3367136 3367162 .       .       .       gene_id "XLOC_000075"; transcript_id "TCONS_00000043"; exon_number "1"; oId "CUFF.85.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
87chr1    Cufflinks       exon    3367211 3367237 .       .       .       gene_id "XLOC_000076"; transcript_id "TCONS_00000094"; exon_number "1"; oId "CUFF.91.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
88chr1    Cufflinks       exon    3367334 3367382 .       .       .       gene_id "XLOC_000077"; transcript_id "TCONS_00000044"; exon_number "1"; oId "CUFF.87.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
89chr1    Cufflinks       exon    3369581 3369607 .       .       .       gene_id "XLOC_000078"; transcript_id "TCONS_00000095"; exon_number "1"; oId "CUFF.93.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
90chr1    Cufflinks       exon    3375002 3375028 .       .       .       gene_id "XLOC_000079"; transcript_id "TCONS_00000096"; exon_number "1"; oId "CUFF.95.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
91chr1    Cufflinks       exon    3377212 3377262 .       .       .       gene_id "XLOC_000080"; transcript_id "TCONS_00000045"; exon_number "1"; oId "CUFF.89.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
92chr1    Cufflinks       exon    3379889 3379915 .       .       .       gene_id "XLOC_000081"; transcript_id "TCONS_00000097"; exon_number "1"; oId "CUFF.97.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
93chr1    Cufflinks       exon    3386740 3386836 .       .       .       gene_id "XLOC_000082"; transcript_id "TCONS_00000098"; exon_number "1"; oId "CUFF.99.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
94chr1    Cufflinks       exon    3391326 3391352 .       .       .       gene_id "XLOC_000083"; transcript_id "TCONS_00000046"; exon_number "1"; oId "CUFF.91.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
95chr1    Cufflinks       exon    3435842 3435880 .       .       .       gene_id "XLOC_000084"; transcript_id "TCONS_00000047"; exon_number "1"; oId "CUFF.93.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
96chr1    Cufflinks       exon    3447762 3447788 .       .       .       gene_id "XLOC_000085"; transcript_id "TCONS_00000048"; exon_number "1"; oId "CUFF.95.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
97chr1    Cufflinks       exon    3450907 3450965 .       .       .       gene_id "XLOC_000086"; transcript_id "TCONS_00000049"; exon_number "1"; oId "CUFF.97.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
98chr1    Cufflinks       exon    3451052 3451109 .       .       .       gene_id "XLOC_000087"; transcript_id "TCONS_00000050"; exon_number "1"; oId "CUFF.99.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i";
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。