root/galaxy-central/test-data/ortho_ms.tab

リビジョン 2, 15.0 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central

行番号 
1#Block  Seq1_Name       Seq1_Start      Seq1_End        Seq1_Type       Seq1_Length     Seq1_RepeatNumber       Seq1_Unit       Seq2_Name       Seq2_Start      Seq2_End        Seq2_Type       Seq2_Length     Seq2_RepeatNumber       Seq2_Unit
25       hg18.chr1       6483    6496    trinucleotide   13      4       GCT     panTro2.chr15   100042575       100042588       trinucleotide   13      4       GCT
35       hg18.chr1       7111    7119    dinucleotide    8       4       CT      panTro2.chr15   100043212       100043220       dinucleotide    8       4       CT
45       hg18.chr1       6483    6496    trinucleotide   13      4       GCT     panTro2.chr15   100042575       100042588       trinucleotide   13      4       GCT
55       hg18.chr1       7111    7119    dinucleotide    8       4       CT      panTro2.chr15   100043212       100043220       dinucleotide    8       4       CT
69       hg18.chr1       11258   11267   dinucleotide    9       4       CT      panTro2.chr9_random     4677431 4677440 dinucleotide    9       4       CT
710      hg18.chr1       11881   11889   dinucleotide    8       4       TC      panTro2.chr15   100031465       100031473       dinucleotide    8       4       TC
810      hg18.chr1       18275   18284   mononucleotide  9       9       A       panTro2.chr15   100037854       100037863       mononucleotide  9       9       A
910      hg18.chr1       11881   11889   dinucleotide    8       4       TC      panTro2.chr15   100031465       100031473       dinucleotide    8       4       TC
1010      hg18.chr1       16317   16329   dinucleotide    12      6       GT      panTro2.chr15   100035910       100035921       dinucleotide    11      5       TG
1110      hg18.chr1       18275   18284   mononucleotide  9       9       A       panTro2.chr15   100037854       100037863       mononucleotide  9       9       A
1210      hg18.chr1       18452   18467   mononucleotide  15      15      T       panTro2.chr15   100038029       100038042       mononucleotide  13      13      T
1312      hg18.chr1       20736   20756   dinucleotide    20      10      TC      panTro2.chr15_random    1091184 1091198 dinucleotide    14      7       TC
1413      hg18.chr1       20799   20812   dinucleotide    13      6       TC      panTro2.chrUn   1510811 1510831 dinucleotide    20      10      TC
1513      hg18.chr1       21563   21572   dinucleotide    9       4       AG      panTro2.chrUn   1511572 1511581 dinucleotide    9       4       AG
1613      hg18.chr1       21671   21681   dinucleotide    10      5       AC      panTro2.chrUn   1511678 1511688 dinucleotide    10      5       AC
1714      hg18.chr1       23313   23328   mononucleotide  15      15      A       panTro2.chrUn   1508926 1508942 mononucleotide  16      16      A
1816      hg18.chr1       26215   26228   mononucleotide  13      13      A       panTro2.chrUn   135175  135189  mononucleotide  14      14      A
1916      hg18.chr1       26657   26667   dinucleotide    10      5       TG      panTro2.chrUn   135618  135628  dinucleotide    10      5       TG
2016      hg18.chr1       27104   27114   mononucleotide  10      10      T       panTro2.chrUn   136064  136073  mononucleotide  9       9       T
2116      hg18.chr1       27291   27299   dinucleotide    8       4       CT      panTro2.chrUn   136251  136259  dinucleotide    8       4       CT
2216      hg18.chr1       30483   30495   trinucleotide   12      4       TTC     panTro2.chrUn   139435  139447  trinucleotide   12      4       TTC
2316      hg18.chr1       30503   30522   mononucleotide  19      19      T       panTro2.chrUn   139457  139482  mononucleotide  25      25      T
2416      hg18.chr1       26657   26667   dinucleotide    10      5       TG      panTro2.chrUn   135618  135628  dinucleotide    10      5       TG
2516      hg18.chr1       27104   27114   mononucleotide  10      10      T       panTro2.chrUn   136064  136073  mononucleotide  9       9       T
2616      hg18.chr1       27291   27299   dinucleotide    8       4       CT      panTro2.chrUn   136251  136259  dinucleotide    8       4       CT
2716      hg18.chr1       30483   30495   trinucleotide   12      4       TTC     panTro2.chrUn   139435  139447  trinucleotide   12      4       TTC
2817      hg18.chr1       33660   33676   mononucleotide  16      16      A       panTro2.chrUn   9698149 9698162 mononucleotide  13      13      A
2917      hg18.chr1       33660   33676   mononucleotide  16      16      A       panTro2.chrUn   9698149 9698162 mononucleotide  13      13      A
3019      hg18.chr1       35586   35595   dinucleotide    9       4       AT      panTro2.chrUn   9700318 9700327 dinucleotide    9       4       AT
3119      hg18.chr1       36427   36435   dinucleotide    8       4       GT      panTro2.chrUn   9701160 9701168 dinucleotide    8       4       GT
3219      hg18.chr1       37182   37192   mononucleotide  10      10      A       panTro2.chrUn   9701917 9701928 mononucleotide  11      11      A
3319      hg18.chr1       37620   37628   dinucleotide    8       4       TA      panTro2.chrUn   9702357 9702365 dinucleotide    8       4       TA
3419      hg18.chr1       41199   41207   dinucleotide    8       4       CT      panTro2.chrUn   9705949 9705957 dinucleotide    8       4       CT
3519      hg18.chr1       41728   41741   mononucleotide  13      13      A       panTro2.chrUn   9706479 9706495 mononucleotide  16      16      A
3619      hg18.chr1       35586   35595   dinucleotide    9       4       AT      panTro2.chrUn   9700318 9700327 dinucleotide    9       4       AT
3719      hg18.chr1       36427   36435   dinucleotide    8       4       GT      panTro2.chrUn   9701160 9701168 dinucleotide    8       4       GT
3819      hg18.chr1       37182   37192   mononucleotide  10      10      A       panTro2.chrUn   9701917 9701928 mononucleotide  11      11      A
3919      hg18.chr1       37620   37628   dinucleotide    8       4       TA      panTro2.chrUn   9702357 9702365 dinucleotide    8       4       TA
4019      hg18.chr1       41199   41207   dinucleotide    8       4       CT      panTro2.chrUn   9705949 9705957 dinucleotide    8       4       CT
4119      hg18.chr1       41728   41741   mononucleotide  13      13      A       panTro2.chrUn   9706479 9706495 mononucleotide  16      16      A
4221      hg18.chr1       47418   47426   dinucleotide    8       4       TA      panTro2.chrUn   9713027 9713035 dinucleotide    8       4       TA
4321      hg18.chr1       47950   47959   dinucleotide    9       4       TC      panTro2.chrUn   9713559 9713568 dinucleotide    9       4       TC
4421      hg18.chr1       47418   47426   dinucleotide    8       4       TA      panTro2.chrUn   9713027 9713035 dinucleotide    8       4       TA
4521      hg18.chr1       47950   47959   dinucleotide    9       4       TC      panTro2.chrUn   9713559 9713568 dinucleotide    9       4       TC
4625      hg18.chr1       56744   56752   dinucleotide    8       4       GA      panTro2.chrUn   9723923 9723931 dinucleotide    8       4       GA
4725      hg18.chr1       60215   60224   mononucleotide  9       9       A       panTro2.chrUn   9727396 9727405 mononucleotide  9       9       A
4825      hg18.chr1       56744   56752   dinucleotide    8       4       GA      panTro2.chrUn   9723923 9723931 dinucleotide    8       4       GA
4925      hg18.chr1       60215   60224   mononucleotide  9       9       A       panTro2.chrUn   9727396 9727405 mononucleotide  9       9       A
5025      hg18.chr1       61039   61050   mononucleotide  11      11      A       panTro2.chrUn   9728220 9728230 mononucleotide  10      10      A
5125      hg18.chr1       61710   61725   mononucleotide  15      15      T       panTro2.chrUn   9728890 9728903 mononucleotide  13      13      T
5226      hg18.chr1       67953   67961   dinucleotide    8       4       AT      panTro2.chrUn   9735669 9735677 dinucleotide    8       4       AT
5326      hg18.chr1       68606   68614   dinucleotide    8       4       AT      panTro2.chrUn   9736324 9736332 dinucleotide    8       4       AT
5426      hg18.chr1       67038   67059   mononucleotide  21      21      A       panTro2.chrUn   9734760 9734777 mononucleotide  17      17      A
5526      hg18.chr1       67953   67961   dinucleotide    8       4       AT      panTro2.chrUn   9735669 9735677 dinucleotide    8       4       AT
5626      hg18.chr1       68606   68614   dinucleotide    8       4       AT      panTro2.chrUn   9736324 9736332 dinucleotide    8       4       AT
5727      hg18.chr1       72077   72088   dinucleotide    11      5       AC      panTro2.chrUn   9742946 9742957 dinucleotide    11      5       AC
5832      hg18.chr1       81043   81052   dinucleotide    9       4       GA      panTro2.chrUn   1797450 1797459 dinucleotide    9       4       GA
5939      hg18.chr1       87721   87729   dinucleotide    8       4       AG      panTro2.chr1_random     7074333 7074341 dinucleotide    8       4       AG
6039      hg18.chr1       88697   88707   dinucleotide    10      5       TG      panTro2.chr1_random     7075309 7075319 dinucleotide    10      5       TG
6139      hg18.chr1       87721   87729   dinucleotide    8       4       AG      panTro2.chr1_random     7074333 7074341 dinucleotide    8       4       AG
6239      hg18.chr1       88697   88707   dinucleotide    10      5       TG      panTro2.chr1_random     7075309 7075319 dinucleotide    10      5       TG
6340      hg18.chr1       91199   91212   mononucleotide  13      13      A       panTro2.chr1_random     7089889 7089900 mononucleotide  11      11      A
6442      hg18.chr1       93838   93847   dinucleotide    9       4       CT      panTro2.chr1_random     7090757 7090768 dinucleotide    11      5       CT
6542      hg18.chr1       93838   93847   dinucleotide    9       4       CT      panTro2.chr1_random     7090757 7090768 dinucleotide    11      5       CT
6643      hg18.chr1       97391   97399   dinucleotide    8       4       AG      panTro2.chr1    244578  244586  dinucleotide    8       4       AG
6744      hg18.chr1       98409   98425   mononucleotide  16      16      A       panTro2.chr1_random     7095323 7095342 mononucleotide  19      19      A
6844      hg18.chr1       98409   98425   mononucleotide  16      16      A       panTro2.chr1_random     7095323 7095342 mononucleotide  19      19      A
6946      hg18.chr1       101851  101859  dinucleotide    8       4       CA      panTro2.chr1_random     7109861 7109869 dinucleotide    8       4       CA
7047      hg18.chr1       103743  103753  dinucleotide    10      5       CT      panTro2.chr1    250633  250643  dinucleotide    10      5       CT
7147      hg18.chr1       104174  104182  dinucleotide    8       4       GA      panTro2.chr1    251064  251072  dinucleotide    8       4       GA
7247      hg18.chr1       107676  107685  dinucleotide    9       4       AG      panTro2.chr1    254594  254603  dinucleotide    9       4       AG
7347      hg18.chr1       107735  107743  dinucleotide    8       4       AG      panTro2.chr1    254653  254661  dinucleotide    8       4       AG
7447      hg18.chr1       108222  108231  dinucleotide    9       4       AT      panTro2.chr1    255140  255148  dinucleotide    8       4       AT
7547      hg18.chr1       108253  108261  dinucleotide    8       4       AT      panTro2.chr1    255171  255179  dinucleotide    8       4       AT
7647      hg18.chr1       103743  103753  dinucleotide    10      5       CT      panTro2.chr1    250633  250643  dinucleotide    10      5       CT
7747      hg18.chr1       104174  104182  dinucleotide    8       4       GA      panTro2.chr1    251064  251072  dinucleotide    8       4       GA
7847      hg18.chr1       107676  107685  dinucleotide    9       4       AG      panTro2.chr1    254594  254603  dinucleotide    9       4       AG
7947      hg18.chr1       107735  107743  dinucleotide    8       4       AG      panTro2.chr1    254653  254661  dinucleotide    8       4       AG
8047      hg18.chr1       108222  108231  dinucleotide    9       4       AT      panTro2.chr1    255140  255148  dinucleotide    8       4       AT
8147      hg18.chr1       108253  108261  dinucleotide    8       4       AT      panTro2.chr1    255171  255179  dinucleotide    8       4       AT
8248      hg18.chr1       110072  110081  dinucleotide    9       4       TG      panTro2.chr1    258778  258787  dinucleotide    9       4       TG
8348      hg18.chr1       110072  110081  dinucleotide    9       4       TG      panTro2.chr1    258778  258787  dinucleotide    9       4       TG
8449      hg18.chr1       111133  111148  mononucleotide  15      15      T       panTro2.chr1    260455  260473  mononucleotide  18      18      T
8549      hg18.chr1       111503  111515  trinucleotide   12      4       TAA     panTro2.chr1    260828  260846  trinucleotide   18      6       TAA
8651      hg18.chr1       113280  113290  dinucleotide    10      5       AT      panTro2.chr1_random     8247726 8247736 dinucleotide    10      5       AT
8755      hg18.chr1       114709  114728  mononucleotide  19      19      A       panTro2.chr1    262958  262973  mononucleotide  15      15      A
8855      hg18.chr1       115520  115529  mononucleotide  9       9       A       panTro2.chr1    263765  263775  mononucleotide  10      10      A
8955      hg18.chr1       114709  114728  mononucleotide  19      19      A       panTro2.chr1    262958  262973  mononucleotide  15      15      A
9056      hg18.chr1       118460  118475  mononucleotide  15      15      T       panTro2.chr1    267602  267617  mononucleotide  15      15      T
9156      hg18.chr1       119541  119556  mononucleotide  15      15      T       panTro2.chr1    268682  268695  mononucleotide  13      13      T
9256      hg18.chr1       119775  119783  dinucleotide    8       4       GA      panTro2.chr1    268914  268922  dinucleotide    8       4       GA
9356      hg18.chr1       123929  123958  mononucleotide  29      29      T       panTro2.chr1    273095  273130  mononucleotide  35      35      T
9472      hg18.chr1       134751  134763  mononucleotide  12      12      A       panTro2.chr1_random     7189181 7189197 mononucleotide  16      16      A
9572      hg18.chr1       134994  135006  trinucleotide   12      4       GTG     panTro2.chr1_random     7189427 7189439 trinucleotide   12      4       GTG
9672      hg18.chr1       135805  135813  dinucleotide    8       4       GT      panTro2.chr1_random     7190238 7190246 dinucleotide    8       4       GT
9772      hg18.chr1       136433  136442  dinucleotide    9       4       TC      panTro2.chr1_random     7190866 7190875 dinucleotide    9       4       TC
9872      hg18.chr1       137771  137781  mononucleotide  10      10      A       panTro2.chr1_random     7192213 7192224 mononucleotide  11      11      A
9972      hg18.chr1       138639  138652  trinucleotide   13      4       AAT     panTro2.chr1_random     7193082 7193095 trinucleotide   13      4       AAT
10072      hg18.chr1       140196  140205  dinucleotide    9       4       AG      panTro2.chr1_random     7194642 7194651 dinucleotide    9       4       AG
10172      hg18.chr1       141348  141361  mononucleotide  13      13      T       panTro2.chr1_random     7195790 7195814 mononucleotide  24      24      T
10272      hg18.chr1       134994  135006  trinucleotide   12      4       GTG     panTro2.chr1_random     7189427 7189439 trinucleotide   12      4       GTG
10372      hg18.chr1       135805  135813  dinucleotide    8       4       GT      panTro2.chr1_random     7190238 7190246 dinucleotide    8       4       GT
10472      hg18.chr1       136433  136442  dinucleotide    9       4       TC      panTro2.chr1_random     7190866 7190875 dinucleotide    9       4       TC
10572      hg18.chr1       138639  138652  trinucleotide   13      4       AAT     panTro2.chr1_random     7193082 7193095 trinucleotide   13      4       AAT
10672      hg18.chr1       140196  140205  dinucleotide    9       4       AG      panTro2.chr1_random     7194642 7194651 dinucleotide    9       4       AG
10772      hg18.chr1       142689  142699  mononucleotide  10      10      T       panTro2.chr1_random     7197149 7197158 mononucleotide  9       9       T
10873      hg18.chr1       145718  145733  mononucleotide  15      15      A       panTro2.chr1_random     7202121 7202135 mononucleotide  14      14      A
10974      hg18.chr1       146143  146155  mononucleotide  12      12      T       panTro2.chr1_random     7208622 7208632 mononucleotide  10      10      T
11074      hg18.chr1       146971  146985  mononucleotide  14      14      A       panTro2.chr1_random     7209449 7209463 mononucleotide  14      14      A
11175      hg18.chr1       150335  150351  mononucleotide  16      16      T       panTro2.chr1_random     7213029 7213047 mononucleotide  18      18      T
11275      hg18.chr1       151431  151440  mononucleotide  9       9       A       panTro2.chr1_random     7214127 7214137 mononucleotide  10      10      A
11375      hg18.chr1       153993  154017  pentanucleotide 24      4       AAAAC   panTro2.chr1_random     7216686 7216711 pentanucleotide 25      5       AAAAC
11475      hg18.chr1       155151  155174  mononucleotide  23      23      A       panTro2.chr1_random     7217843 7217867 mononucleotide  24      24      A
11575      hg18.chr1       156454  156463  mononucleotide  9       9       A       panTro2.chr1_random     7219148 7219157 mononucleotide  9       9       A
11675      hg18.chr1       156998  157017  tetranucleotide 19      4       TTTA    panTro2.chr1_random     7219691 7219710 tetranucleotide 19      4       TTTA
11775      hg18.chr1       151431  151440  mononucleotide  9       9       A       panTro2.chr1_random     7214127 7214137 mononucleotide  10      10      A
11875      hg18.chr1       153993  154017  pentanucleotide 24      4       AAAAC   panTro2.chr1_random     7216686 7216711 pentanucleotide 25      5       AAAAC
11975      hg18.chr1       154537  154559  mononucleotide  22      22      A       panTro2.chr1_random     7217231 7217251 mononucleotide  20      20      A
12075      hg18.chr1       156454  156463  mononucleotide  9       9       A       panTro2.chr1_random     7219148 7219157 mononucleotide  9       9       A
12175      hg18.chr1       156998  157017  tetranucleotide 19      4       TTTA    panTro2.chr1_random     7219691 7219710 tetranucleotide 19      4       TTTA
12276      hg18.chr1       159723  159736  mononucleotide  13      13      T       panTro2.chr1    224074251       224074269       mononucleotide  18      18      T
12376      hg18.chr1       160798  160818  pentanucleotide 20      4       GTTTT   panTro2.chr1    224075335       224075355       pentanucleotide 20      4       GTTTT
12476      hg18.chr1       159723  159736  mononucleotide  13      13      T       panTro2.chr1    224074251       224074269       mononucleotide  18      18      T
12576      hg18.chr1       160798  160818  pentanucleotide 20      4       GTTTT   panTro2.chr1    224075335       224075355       pentanucleotide 20      4       GTTTT
12677      hg18.chr1       163076  163084  dinucleotide    8       4       AT      panTro2.chr1_random     7293459 7293467 dinucleotide    8       4       AT
12777      hg18.chr1       165179  165187  dinucleotide    8       4       GC      panTro2.chr1_random     7295617 7295625 dinucleotide    8       4       GC
12877      hg18.chr1       165310  165322  mononucleotide  12      12      A       panTro2.chr1_random     7295748 7295770 mononucleotide  22      22      A
12977      hg18.chr1       163076  163084  dinucleotide    8       4       AT      panTro2.chr1_random     7293459 7293467 dinucleotide    8       4       AT
13077      hg18.chr1       165179  165187  dinucleotide    8       4       GC      panTro2.chr1_random     7295617 7295625 dinucleotide    8       4       GC
13177      hg18.chr1       165310  165322  mononucleotide  12      12      A       panTro2.chr1_random     7295748 7295770 mononucleotide  22      22      A
13283      hg18.chr1       219668  219689  tetranucleotide 21      5       TAAA    panTro2.chr3    77587413        77587435        tetranucleotide 22      5       TAAA
13383      hg18.chr1       219668  219689  tetranucleotide 21      5       TAAA    panTro2.chr3    77587413        77587435        tetranucleotide 22      5       TAAA
13487      hg18.chr1       222298  222309  mononucleotide  11      11      T       panTro2.chrUn   1781936 1781946 mononucleotide  10      10      T
13587      hg18.chr1       222298  222309  mononucleotide  11      11      T       panTro2.chrUn   1781936 1781946 mononucleotide  10      10      T
13689      hg18.chr1       224906  224915  mononucleotide  9       9       T       panTro2.chrUn   1780175 1780184 mononucleotide  9       9       T
13789      hg18.chr1       224906  224915  mononucleotide  9       9       T       panTro2.chrUn   1780175 1780184 mononucleotide  9       9       T
13893      hg18.chr1       227371  227380  dinucleotide    9       4       GA      panTro2.chr1_random     7325572 7325581 dinucleotide    9       4       GA
13993      hg18.chr1       227392  227408  mononucleotide  16      16      A       panTro2.chr1_random     7325593 7325616 mononucleotide  23      23      A
14093      hg18.chr1       227371  227380  dinucleotide    9       4       GA      panTro2.chr1_random     7325572 7325581 dinucleotide    9       4       GA
14196      hg18.chr1       234056  234064  dinucleotide    8       4       AG      panTro2.chr1_random     8589985 8589993 dinucleotide    8       4       AG
14297      hg18.chr1       235032  235042  dinucleotide    10      5       TG      panTro2.chr1_random     7331012 7331022 dinucleotide    10      5       TG
14397      hg18.chr1       237516  237529  mononucleotide  13      13      A       panTro2.chr1_random     7333512 7333527 mononucleotide  15      15      A
14499      hg18.chr1       240155  240164  dinucleotide    9       4       CT      panTro2.chr1_random     7334380 7334389 dinucleotide    9       4       CT
14599      hg18.chr1       243706  243714  dinucleotide    8       4       AG      panTro2.chr1_random     7337953 7337961 dinucleotide    8       4       AG
14699      hg18.chr1       244724  244746  mononucleotide  22      22      A       panTro2.chr1_random     7338970 7338987 mononucleotide  17      17      A
14799      hg18.chr1       240155  240164  dinucleotide    9       4       CT      panTro2.chr1_random     7334380 7334389 dinucleotide    9       4       CT
14899      hg18.chr1       243706  243714  dinucleotide    8       4       AG      panTro2.chr1_random     7337953 7337961 dinucleotide    8       4       AG
14999      hg18.chr1       244724  244746  mononucleotide  22      22      A       panTro2.chr1_random     7338970 7338987 mononucleotide  17      17      A
150100     hg18.chr1       248168  248176  dinucleotide    8       4       CA      panTro2.chr1_random     7109861 7109869 dinucleotide    8       4       CA
151100     hg18.chr1       248168  248176  dinucleotide    8       4       CA      panTro2.chr1_random     7109861 7109869 dinucleotide    8       4       CA
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。