Codon usage table comparison emboss codcmp -first $cfile1 -second $cfile2 -outfile $out_file1 -auto Codon Usage File 1 Ehum.cut Eacc.cut Eadenovirus5.cut Eadenovirus7.cut Eaidlav.cut Eanasp.cut Eani.cut Eani_h.cut Eanidmit.cut Easn.cut Eath.cut Eatu.cut Eavi.cut Ebja.cut Ebly.cut Ebme.cut Ebmo.cut Ebna.cut Ebov.cut Ebovsp.cut Ebst.cut Ebsu.cut Ebsu_h.cut Ecac.cut Ecal.cut Eccr.cut Ecel.cut Echi.cut Echicken.cut Echisp.cut Echk.cut Echmp.cut Echnt.cut Echos.cut Echzm.cut Echzmrubp.cut Ecpx.cut Ecre.cut Ecrisp.cut Ectr.cut Edayhoff.cut Eddi.cut Eddi_h.cut Edog.cut Edro.cut Edro_h.cut Edrosophila.cut Eeca.cut Eeco.cut Eeco_h.cut Eecoli.cut Ef1.cut Efish.cut Efmdvpolyp.cut Eham.cut Ehha.cut Ehin.cut Ehma.cut Ehuman.cut Ekla.cut Ekpn.cut Ella.cut Emac.cut Emaize.cut Emam_h.cut Emixlg.cut Emouse.cut Emsa.cut Emse.cut Emta.cut Emtu.cut Emus.cut Emussp.cut Emva.cut Emze.cut Emzecp.cut Encr.cut Eneu.cut Engo.cut Eoncsp.cut Epae.cut Epea.cut Epet.cut Epfa.cut Ephix174.cut Ephv.cut Ephy.cut Epig.cut Epolyomaa2.cut Epombe.cut Epombecai.cut Epot.cut Eppu.cut Epse.cut Epsy.cut Epvu.cut Erab.cut Erabbit.cut Erabsp.cut Erat.cut Eratsp.cut Erca.cut Erhm.cut Eric.cut Erle.cut Erme.cut Ersp.cut Esalsp.cut Esau.cut Esco.cut Esgi.cut Eshp.cut Eshpsp.cut Esli.cut Eslm.cut Esma.cut Esmi.cut Esmu.cut Esoy.cut Espi.cut Espn.cut Espo.cut Espo_h.cut Espu.cut Esta.cut Esty.cut Esus.cut Esv40.cut Esyhsp.cut Esynsp.cut Etbr.cut Etcr.cut Eter.cut Etetsp.cut Etob.cut Etobcp.cut Etom.cut Etrb.cut Evco.cut Ewht.cut Exel.cut Exenopus.cut Eyeast.cut Eyeastcai.cut Eyen.cut Eysc.cut Eysc_h.cut Eyscmt.cut Eysp.cut Ezebrafish.cut Ezma.cut Codon Usage File 2 Ehum.cut Eacc.cut Eadenovirus5.cut Eadenovirus7.cut Eaidlav.cut Eanasp.cut Eani.cut Eani_h.cut Eanidmit.cut Easn.cut Eath.cut Eatu.cut Eavi.cut Ebja.cut Ebly.cut Ebme.cut Ebmo.cut Ebna.cut Ebov.cut Ebovsp.cut Ebst.cut Ebsu.cut Ebsu_h.cut Ecac.cut Ecal.cut Eccr.cut Ecel.cut Echi.cut Echicken.cut Echisp.cut Echk.cut Echmp.cut Echnt.cut Echos.cut Echzm.cut Echzmrubp.cut Ecpx.cut Ecre.cut Ecrisp.cut Ectr.cut Edayhoff.cut Eddi.cut Eddi_h.cut Edog.cut Edro.cut Edro_h.cut Edrosophila.cut Eeca.cut Eeco.cut Eeco_h.cut Eecoli.cut Ef1.cut Efish.cut Efmdvpolyp.cut Eham.cut Ehha.cut Ehin.cut Ehma.cut Ehuman.cut Ekla.cut Ekpn.cut Ella.cut Emac.cut Emaize.cut Emam_h.cut Emixlg.cut Emouse.cut Emsa.cut Emse.cut Emta.cut Emtu.cut Emus.cut Emussp.cut Emva.cut Emze.cut Emzecp.cut Encr.cut Eneu.cut Engo.cut Eoncsp.cut Epae.cut Epea.cut Epet.cut Epfa.cut Ephix174.cut Ephv.cut Ephy.cut Epig.cut Epolyomaa2.cut Epombe.cut Epombecai.cut Epot.cut Eppu.cut Epse.cut Epsy.cut Epvu.cut Erab.cut Erabbit.cut Erabsp.cut Erat.cut Eratsp.cut Erca.cut Erhm.cut Eric.cut Erle.cut Erme.cut Ersp.cut Esalsp.cut Esau.cut Esco.cut Esgi.cut Eshp.cut Eshpsp.cut Esli.cut Eslm.cut Esma.cut Esmi.cut Esmu.cut Esoy.cut Espi.cut Espn.cut Espo.cut Espo_h.cut Espu.cut Esta.cut Esty.cut Esus.cut Esv40.cut Esyhsp.cut Esynsp.cut Etbr.cut Etcr.cut Eter.cut Etetsp.cut Etob.cut Etobcp.cut Etom.cut Etrb.cut Evco.cut Ewht.cut Exel.cut Exenopus.cut Eyeast.cut Eyeastcai.cut Eyen.cut Eysc.cut Eysc_h.cut Eyscmt.cut Eysp.cut Ezebrafish.cut Ezma.cut

You can view the original documentation here_. .. _here: http://emboss.sourceforge.net/apps/release/5.0/emboss/apps/codcmp.html