[2] | 1 | <tool id="MAF_split_blocks_by_species1" name="Split MAF blocks" version="1.0.0"> |
---|
| 2 | <description>by Species</description> |
---|
| 3 | <command interpreter="python">maf_split_by_species.py $input1 $out_file1 $collapse_columns</command> |
---|
| 4 | <inputs> |
---|
| 5 | <param format="maf" name="input1" type="data" label="MAF file to split"/> |
---|
| 6 | <param name="collapse_columns" type="select" label="Collapse empty alignment columns" help="Removes columns that are gaps in all sequences">
|
---|
| 7 | <option value="True" selected="true">Yes</option>
|
---|
| 8 | <option value="False">No</option>
|
---|
| 9 | </param> |
---|
| 10 | </inputs> |
---|
| 11 | <outputs> |
---|
| 12 | <data format="maf" name="out_file1" /> |
---|
| 13 | </outputs> |
---|
| 14 | <tests> |
---|
| 15 | <test> |
---|
| 16 | <param name="input1" value="maf_split_by_species_in.maf"/> |
---|
| 17 | <param name="collapse_columns" value="True"/> |
---|
| 18 | <output name="out_file1" file="maf_split_by_species_collapsed_out.maf"/> |
---|
| 19 | </test> |
---|
| 20 | <test> |
---|
| 21 | <param name="input1" value="maf_split_by_species_in.maf"/> |
---|
| 22 | <param name="collapse_columns" value="False"/> |
---|
| 23 | <output name="out_file1" file="maf_split_by_species_not_collapsed_out.maf"/> |
---|
| 24 | </test> |
---|
| 25 | </tests> |
---|
| 26 | <help> |
---|
| 27 | |
---|
| 28 | **What it does** |
---|
| 29 | |
---|
| 30 | This tool examines each MAF block for multiple occurrences of a species in a single block. When this occurs, a block is split into multiple blocks where every combination of one sequence per species per block is represented. |
---|
| 31 | |
---|
| 32 | The interface for this tool has two inputs: |
---|
| 33 | |
---|
| 34 | * **MAF file to split**. Choose multiple alignments from history to be split by species. |
---|
| 35 | * **Collapse empty alignment columns**. Should alignment columns containing only gaps in the new blocks be removed. |
---|
| 36 | |
---|
| 37 | ----- |
---|
| 38 | |
---|
| 39 | **Example 1**: **Collapse empty alignment columns is Yes**: |
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| 40 | |
---|
| 41 | For the following alignment:: |
---|
| 42 | |
---|
| 43 | ##maf version=1 |
---|
| 44 | a score=2047408.0 |
---|
| 45 | s species1.chr1 147984545 85 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG |
---|
| 46 | s species1.chr1 147984545 83 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTT--GTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG |
---|
| 47 | s species1.chr1 147984645 79 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTT------AG |
---|
| 48 | s species1.chr1 147984645 79 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTC---GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTC---AG |
---|
| 49 | s species2.chr1 129723125 85 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG |
---|
| 50 | s species2.chr1 129723125 83 - 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCT--GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG |
---|
| 51 | s species2.chr1 129723925 79 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTC------AG |
---|
| 52 | s species3.chr3 68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG |
---|
| 53 | |
---|
| 54 | the tool will create **a single** history item containing 12 alignment blocks (notice that no columns contain only gaps):: |
---|
| 55 | |
---|
| 56 | ##maf version=1 |
---|
| 57 | a score=2047408.0 |
---|
| 58 | s species1.chr1 147984545 85 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG |
---|
| 59 | s species2.chr1 129723125 85 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG |
---|
| 60 | s species3.chr3 68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG |
---|
| 61 | |
---|
| 62 | a score=2047408.0 |
---|
| 63 | s species1.chr1 147984545 83 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTT--GTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG |
---|
| 64 | s species2.chr1 129723125 85 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG |
---|
| 65 | s species3.chr3 68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG |
---|
| 66 | |
---|
| 67 | a score=2047408.0 |
---|
| 68 | s species1.chr1 147984645 79 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTT------AG |
---|
| 69 | s species2.chr1 129723125 85 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG |
---|
| 70 | s species3.chr3 68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG |
---|
| 71 | |
---|
| 72 | a score=2047408.0 |
---|
| 73 | s species1.chr1 147984645 79 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTC---GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTC---AG |
---|
| 74 | s species2.chr1 129723125 85 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG |
---|
| 75 | s species3.chr3 68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG |
---|
| 76 | |
---|
| 77 | a score=2047408.0 |
---|
| 78 | s species1.chr1 147984545 85 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG |
---|
| 79 | s species2.chr1 129723125 83 - 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCT--GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG |
---|
| 80 | s species3.chr3 68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG |
---|
| 81 | |
---|
| 82 | a score=2047408.0 |
---|
| 83 | s species1.chr1 147984545 83 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTT-GTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG |
---|
| 84 | s species2.chr1 129723125 83 - 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCT-GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG |
---|
| 85 | s species3.chr3 68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC--GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG |
---|
| 86 | |
---|
| 87 | a score=2047408.0 |
---|
| 88 | s species1.chr1 147984645 79 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTT------AG |
---|
| 89 | s species2.chr1 129723125 83 - 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCT--GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG |
---|
| 90 | s species3.chr3 68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG |
---|
| 91 | |
---|
| 92 | a score=2047408.0 |
---|
| 93 | s species1.chr1 147984645 79 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTC-GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTC---AG |
---|
| 94 | s species2.chr1 129723125 83 - 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG |
---|
| 95 | s species3.chr3 68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC-GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG |
---|
| 96 | |
---|
| 97 | a score=2047408.0 |
---|
| 98 | s species1.chr1 147984545 85 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG |
---|
| 99 | s species2.chr1 129723925 79 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTC------AG |
---|
| 100 | s species3.chr3 68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG |
---|
| 101 | |
---|
| 102 | a score=2047408.0 |
---|
| 103 | s species1.chr1 147984545 83 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTT--GTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG |
---|
| 104 | s species2.chr1 129723925 79 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTC------AG |
---|
| 105 | s species3.chr3 68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG |
---|
| 106 | |
---|
| 107 | a score=2047408.0 |
---|
| 108 | s species1.chr1 147984645 79 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTAG |
---|
| 109 | s species2.chr1 129723925 79 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCAG |
---|
| 110 | s species3.chr3 68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGCAG |
---|
| 111 | |
---|
| 112 | a score=2047408.0 |
---|
| 113 | s species1.chr1 147984645 79 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTC---GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCAG |
---|
| 114 | s species2.chr1 129723925 79 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTC---AG |
---|
| 115 | s species3.chr3 68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC---AG |
---|
| 116 | |
---|
| 117 | ----- |
---|
| 118 | |
---|
| 119 | **Example 2**: **Collapse empty alignment columns is No**: |
---|
| 120 | |
---|
| 121 | For the following alignment:: |
---|
| 122 | |
---|
| 123 | ##maf version=1 |
---|
| 124 | a score=2047408.0 |
---|
| 125 | s species1.chr1 147984545 85 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG |
---|
| 126 | s species1.chr1 147984545 83 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTT--GTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG |
---|
| 127 | s species1.chr1 147984645 79 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTT------AG |
---|
| 128 | s species1.chr1 147984645 79 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTC---GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTC---AG |
---|
| 129 | s species2.chr1 129723125 85 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG |
---|
| 130 | s species2.chr1 129723125 83 - 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCT--GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG |
---|
| 131 | s species2.chr1 129723925 79 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTC------AG |
---|
| 132 | s species3.chr3 68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG |
---|
| 133 | |
---|
| 134 | the tool will create **a single** history item containing 12 alignment blocks (notice that some columns contain only gaps):: |
---|
| 135 | |
---|
| 136 | ##maf version=1 |
---|
| 137 | a score=2047408.0 |
---|
| 138 | s species1.chr1 147984545 85 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG |
---|
| 139 | s species2.chr1 129723125 85 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG |
---|
| 140 | s species3.chr3 68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG |
---|
| 141 | |
---|
| 142 | a score=2047408.0 |
---|
| 143 | s species1.chr1 147984545 83 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTT--GTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG |
---|
| 144 | s species2.chr1 129723125 85 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG |
---|
| 145 | s species3.chr3 68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG |
---|
| 146 | |
---|
| 147 | a score=2047408.0 |
---|
| 148 | s species1.chr1 147984645 79 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTT------AG |
---|
| 149 | s species2.chr1 129723125 85 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG |
---|
| 150 | s species3.chr3 68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG |
---|
| 151 | |
---|
| 152 | a score=2047408.0 |
---|
| 153 | s species1.chr1 147984645 79 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTC---GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTC---AG |
---|
| 154 | s species2.chr1 129723125 85 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG |
---|
| 155 | s species3.chr3 68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG |
---|
| 156 | |
---|
| 157 | a score=2047408.0 |
---|
| 158 | s species1.chr1 147984545 85 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG |
---|
| 159 | s species2.chr1 129723125 83 - 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCT--GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG |
---|
| 160 | s species3.chr3 68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG |
---|
| 161 | |
---|
| 162 | a score=2047408.0 |
---|
| 163 | s species1.chr1 147984545 83 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTT--GTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG |
---|
| 164 | s species2.chr1 129723125 83 - 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCT--GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG |
---|
| 165 | s species3.chr3 68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG |
---|
| 166 | |
---|
| 167 | a score=2047408.0 |
---|
| 168 | s species1.chr1 147984645 79 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTT------AG |
---|
| 169 | s species2.chr1 129723125 83 - 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCT--GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG |
---|
| 170 | s species3.chr3 68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG |
---|
| 171 | |
---|
| 172 | a score=2047408.0 |
---|
| 173 | s species1.chr1 147984645 79 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTC---GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTC---AG |
---|
| 174 | s species2.chr1 129723125 83 - 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCT--GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG |
---|
| 175 | s species3.chr3 68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG |
---|
| 176 | |
---|
| 177 | a score=2047408.0 |
---|
| 178 | s species1.chr1 147984545 85 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG |
---|
| 179 | s species2.chr1 129723925 79 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTC------AG |
---|
| 180 | s species3.chr3 68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG |
---|
| 181 | |
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| 182 | a score=2047408.0 |
---|
| 183 | s species1.chr1 147984545 83 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTT--GTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG |
---|
| 184 | s species2.chr1 129723925 79 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTC------AG |
---|
| 185 | s species3.chr3 68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG |
---|
| 186 | |
---|
| 187 | a score=2047408.0 |
---|
| 188 | s species1.chr1 147984645 79 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTT------AG |
---|
| 189 | s species2.chr1 129723925 79 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTC------AG |
---|
| 190 | s species3.chr3 68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG |
---|
| 191 | |
---|
| 192 | a score=2047408.0 |
---|
| 193 | s species1.chr1 147984645 79 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTC---GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTC---AG |
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| 194 | s species2.chr1 129723925 79 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTC------AG |
---|
| 195 | s species3.chr3 68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG |
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| 196 | |
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| 197 | ------- |
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| 198 | |
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| 199 | .. class:: infomark |
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| 200 | |
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| 201 | **About formats** |
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| 202 | |
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| 203 | **MAF format** multiple alignment format file. This format stores multiple alignments at the DNA level between entire genomes. |
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| 204 | |
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| 205 | - The .maf format is line-oriented. Each multiple alignment ends with a blank line. |
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| 206 | - Each sequence in an alignment is on a single line. |
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| 207 | - Lines starting with # are considered to be comments. |
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| 208 | - Each multiple alignment is in a separate paragraph that begins with an "a" line and contains an "s" line for each sequence in the multiple alignment. |
---|
| 209 | - Some MAF files may contain two optional line types: |
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| 210 | |
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| 211 | - An "i" line containing information about what is in the aligned species DNA before and after the immediately preceding "s" line; |
---|
| 212 | - An "e" line containing information about the size of the gap between the alignments that span the current block. |
---|
| 213 | |
---|
| 214 | </help> |
---|
| 215 | </tool> |
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| 216 | |
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