##maf version=1 a score=51988 s hg18.chr1 464 785 + 247249719 ccctcgcggtaccctcagccggcccgcccgcccgggtctgacctgaggagaactgtgctccgccttcagagtaccaccgaaatctgtgcagaggacaacgcagctccgccctcgcggtgctctccgggtctgtgctgaggagaacgcaactccgccggcgcaggcgcagagaggcgcgccgcgccggcgcaggcgcagacacatgctagcgcgtcggggtggaggcgtggcgcaggcgcagagaggcgcgccgcgccggcgcaggcgcagagacacatgctaccgcgtccaggggtggaggcgtggcgcaggcgcagagaggcgcaccgcgccggcgcaggcgcagagacacatgctagcgcgtccaggggtggaggcgtggcgcaggcgcagagacgcaagcctacgggcgggggttgggggggcgtgtgttgcaggagcaaagtcgcacggcgccgggctggggcggggggagggtggcgccgtgcacgcgcagaaactcacgtcacggtggcgcggcgcagagacgggtagaacctcagtaatccgaaaagccgggatcgaccgccccttgcttgcagccgggcactacaggacccgcttgctcacggtgctgtgccagggcgccccctgctggcgactagggcaactgcagggctctcttgcttagagtggtggccagcgccccctgctggcgccggggcactgcagggccctcttgcttactgtatagtggtggcacgccgcctgctggcagctagggacattgcagggtcctcttgctc s panTro2.chr15 13361 700 - 100063422 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cTTTTAAAAAAGtttgagacagggtctcactctgtcacccaggctggagtgcagtggtgtgatcatggctcactgtagcctcaacctcctggctcaagtgatcctaccacttcagtcttccatgtagctgggactacagctgcgtgccaccacatctggctcttttttttttcttttttaagtagagatggggacgtgctatgttgcccaggctagtctcaaactcctaagcacaagcgatcctcccgcctcggcccctgaaagtgctgggattgcaggcatgagccaccacacccggccAAAAGTTGCTTTTGAGGAGTTATTGCTGTGTGGATCTGATATAACCCTTTCTGTCATCTCTTCACAAAACTTTCTGTAAAACATAAAAATCACCTGGACCTTCAGAGATGAGTTTGtttatttttttattttttaaaaaattGCTAATTCACAGAACATGGAGATGAGTATGTTTTGAAGGCTTGGAAGCATGCAAGTGAGAGAAGAAAGGAGTCAGCTACATTCCGGCTGTGTGCAGAGGCAGGTCACCGTGGTGGGAGTGTTCCTGTCTCATGGACTCTGCAAATCGCAATGCTTGGCATGGCCTCCCGACCCTGATGGCAGAGAAGCAAACACCAGTCGGAGAGCTGGGGTCTTCCCAGCCCTCTTGGCCCTGTGGCCAATTTTTTCTTCAATAGCCTCATAAAATCACATTATTTGAGTGCCCATGGCTCCAAAACAAGCAGGGATGCCCATGGACCCTGATTATCCATTGTCACCCTTCCCTCCAAACAGCCACCTCTCCCCTGGAGACAGCCCCATACTCCACTCAGACCTGTGTACTTCCTGGTATCCTTGTCACCTGCTTTTTATGCCTCATTTTACAAACACCAAATTGGAAGACAGCAGGAGCTGCCCCATAATACCAGTAAAGTGAGAAGCAGAGATAAATTAGTCCTAGACAACCGACTCATGTTGGGGGCAGCCCACTCACAGTGGCCCTGACCCAACTCTGACTAGAGGCCACTTGctctcaacaccagggtgctcaatggcccgtcctggtactctactcttctctctccaccttcgctttcctgcaatctatgcagcctgtgactccatccatgggctagagacccccagaccttttcctgggaccacaggcctgtgtctctatctgctgctcaacacctccccttgaacatccatggctaaaactgagctcctgacactctctccatacccgtttctctgtggattccccacctccacgaaggacagcttcatcctttcagctactcaggccagaagattgaagtcatctccttctccaggaaatcgtattgggggagctacaaatatccaaaatccgatcgcttctcctccactacacccgaggcccgccacccatttttgcctgaattgctgcagcagcctcctaaccaatctctgctttcacgtgggcacctcagttttttccagaacaacaaccagagagatctactcacacccaagtcagaccaggttactcctctgctctcatagcatttggaggaaaacccagagtgctcttgccctcagcacccagagtgctcgtgacggccagcaaagccggcccccatctcctctgacctcccacctctcgccctctgcacccagagtgctcgtgacggccagcagagccggcccccgtctcctctgacctcc----cacctctcgccctctgcacCCAGAGTGCTCGTGACGGCCAGCAAAGCCGGCCCCCGTCTCCTCTGACCTCCCACCTCTCGCCCTCAGCACCCAGAGTGCTCGTGACGGCCAGCAAAGCCGGCCCCCATCTCCTCTGACCTCCCACCTCTCGCCCTCTGCACCCAGAGTGCTCGTGACGGCCAGCAAAGCTGGcccc 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a score=1144609 s hg18.chr1 130272 12488 + 247249719 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s panTro2.chr19 196757 2066 + 64473437 gtttgaccagctgtgtgtgtcccttaatccagtccagtagatgtctagaattaaccatcggaatatttatgcctgattcatggctgaaatcgtgtttgaccagctatgtgtgtctcttaattcagtcaagtagatgtccaatattaaccatcaGAAtatttatgcctgattcatggctgaaatttcaggatgaaagctatgaaatctctatttgtgtttgtatatctattaatgtatgttatgtacatgtgatattttcttaactccggataccactgcaaaattcatttataaaatcctctaaaagtgctctattccaacttggcttggaaaaaaataaccatttataaataaatattcaccaaactcctagaaacatagtaactgatcaaatgtctcttaagttaccatgatttggataaaacttagttaaatgagattaatataatatttttggtgtaataaaacaactatgtcttcaaagttatcactattgaatataaaacaaacataaattcctattctgcttgagttctagtcaaataagctaatattatacttac-agaaatgtaaaatcttaaagcttatagatttGGTTCTAATTAAGTTGTCATTCTTATGAAAAACATTATTTTTT--ATGGTGAAAAGATACACATATATTTAGAGTTAGCCAGCTGGGGTCAGTTTAGATGATCCCAATTTTGTTGCAACATCCAAAGCTTCATAATCAGGAGCCAGTTGAACATATGCCTTCTTCTCTTTATCAGGACAAATCAGGGTGGTGACCTTGGCCACATCACTGTCATAGAGCTTCTTCACGGTCTGTTTGATATGGTGCTTGTTGGCTTTAACATCCACAAAGAACACAAGCATGTTGTTTTCTTGTATCTTCTTC-CAGCCGACTCAGTGGTCAGTGGAAACTTGAT---AGCATAGTGGTCAAGCTTGTTTCTCCTGGGGGTGCTCTTCCGAGGATATTTGGGCTGCCTCCGGAGTCGCAGTGTCTTGGGCCACCTGAAGGTGAGTGATATGCAGATCTTCTTTTTTGCGTGTGGCTGTGGACACCTTTCAACACTGCCTTCTTGGCCTTTAAAGCCTTCACTTTGGCTTCGGCTGTAGGAGGAGCAGGAGCTTCCTTCGCTTTCGGTGCCATCTTGTGAAAAGTGAAAAACATTATTTCAAAAATAATTTGTTTACAGTAAATCTgcctaatagtagtttccaaagtacttttgctaatttttaaccttaaacttaagctaagtaaaagatttgcattaaatatctagaccatttataaataagatacaatactaaaacattaattactgaacataaataattcaagtttatatacttttggcttcctatttttacagaaagactaaagatattttggcctgttaataaacatgtttttttctgccacattgagaaattgtattatgaggaaacgcatccctctagatgttgggagatggtatattcatacattttttaacctgctatagaatgctaatatatgacagtttataactgactacttcctagttttctctggaaaataaaagattactaagtattaaaattataatcagtatatgtaaatagaactactagaaataatggaataactagaaacaaccccatgcaaagcatgcaagaaaagtagggcatgtttcgcaagtaaagtaggatgtattttttataaggaaaaCCATACATAAGATAcaaataaaaagagatacctaaccttccctgtgttatatttgtatgggtaaaatgttatgttttcagaaatgatataaaattcctggaaatttgtcaatgtcctccttatccatgctatgtgccagtatagggtaatgagtcataattccaattattattttaaatattgtgctgggtgcagtggcttacacctgtaatcccagcactttgggaggctgaggaggatggatcacaaggtcaggagatccagaccatcctggctaacccggtgaatctccatctccactaaaaatataaaaaattagccggctgtggtggcaggcacctgtagtcccagc a score=13860 s hg18.chr1 219555 161 + 247249719 tactcgggaggctgaggcaggagaatggcgtgaacccaggagacagagcttgcagtgagccgagatcgcactgctgcactccagcctgggcgacagagcaagactctgtctctaaataaataaataaataa----atgttgtctgccacagaaaaaatcgaatAT s panTro2.chr3 77587300 165 + 203962478 tacttgggaggctgaggcaggagaatggcgtgaacccgggagacagagcttgcagtaagccgagatcgcaccactgcactccagcctgggcgacagagcgagactctgtctctaaataaataaataaataaatatatgttgtatgccacagaaaaaatcgaatat a score=33729 s hg18.chr1 219723 401 + 247249719 gaaaccccgtctctaccaaaaatacaaaaattagatgggcaggacggcatgtgcctgtagtcccaggtaatcaggaggctgaggagggaggatcgtttgcacccaggaggtagaggttgcagtgagctgacattgcacctttgcactccagcctgggcgatagagccagaccctgtctcaaaaaaaaTTTTTTT-AAATgaaaactatagccattgtgagttatcagattctagtcttgtttcttgtttctgggctatttttacctctttgtaaactggatcctgccatctgatgaattttGTCCCACAATGATACTTGGGGAACAAGAAGCCAAGTATTGTCTCTCCTACTAATGTATCTATTGTCAGTTAATTTGAAGGTCTCCAACCCTGGAACAAAGT s panTro2.chr19 200660 402 + 64473437 gaaaccccatctctaccaaaaatacaaaaatgagatgggcatgatggcatgtgcctgtagtcccagctaatcaggaagttgaggagggaggatcacttgcacacaggaggtagaggttgcagtgagctgagattgcacctttgcaccccagcctgggcaacagagccagaccctgtctcaaaaaaaattttttttaaaggaaaactatagctattgtggattatcagattctagtcttgtttcttgttttggggctatttttacctctttgtaaactggatcctgccatctgatgaattttGTCCCACAATGATACTTGTGGAATAAGAAGCCAAATATTGTCTCTCCTACTAATATATCTATTGTCAGTTAATTTGAAGGTCTTCAACCCTGGAACAAAgt a score=23697 s hg18.chr1 220124 270 + 247249719 TAGAAGAGGAAGGTTCTACTCCCCAAaatgcataaccaaattgtgctacattcatgtaatggaatactatttagccatagaaaggaacaagatatcaacacacacaaagacatgagtgaatcttgcatgcacattgctaagtggaagaagacagtctgaggaggatacacatagtgtgacctcatttaatgagacactggggaaggcaaactacacagatgggaagccattggctccatggggtgggggtttgaggcattccatatgata s panTro2.chrUn 1540276 270 + 58616431 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