##maf version=1 a score=56674.0 s hg18.chr1 46772 143 + 247249719 TTACAGAAACTCAGAATGATTCTAT----TTTTTCTTTTATATTTGTATATGTTTTTCCAATACCTCTGAAAAAACTGATCCAAAAAAAA--TACAAATTTTAATTGTAGCCAGTCAATTCAGGAAGGATAAAGGTCAAAAACTTTCAA s panTro2.chrUn 9712379 145 + 58616431 TTACAGAAACTCAGAATGATTCTAT----TTTTTCTTTTATATTTGTATATGTTTTTCCAATACCTCTGAAAAAACTGATCCAAAAAAAAAATACAAATTTTAATTGTAGCCAGTCAATTCAGGAAGGATAAAGGTCAAAAACTTTCAA s canFam2.chr30 39837824 145 - 43206070 TTACAAACACTCAAAATAACTCCCTATATTTTTCCTCTTTTGTGTTTGTATGTTTTCCACTGATCTCTTAAGAAATTGATCCAATAATG---TACAAATTTTACTTTTAGTCAGTTAACTCAGAAAAAATAAAG-TTAAAAGCACTCAA a score=597116.0 s hg18.chr1 46915 1380 + 247249719 AGAAACCTTCAGCCCCAACACACTAAACTTTGGGAGCACAGGTTGGCATCCAGAGGTAAACATTTGCTATAACTGATAACAGGAGAAGGATCCATTTATTCACCTGTTATCAATTACAGGCATTGTATTTAAAGATCAGATGTTTTATATTTATTTCTTCAAATTTCATTCATGGTGCCATAAGTGAAGGTATCTCTGTCCACCCTGAATATATTTTCACTCCC--------TCATCTCAGTCATTCCGAACAATTCACACACTAAGATTACCCATGCTAAATGGGGATTCTTTTTTACTAGCCAATGTAGTACCTCAAATCCTTCCTTCCCTCCCCCTATTTCATCAGCAGGCAAT---TCTTTTGATACTTTTGTCAAGGGGAAATTG-TGTGACTCAGAGATCTAGT-CCCCAAGAGAAACTAATAATGGGCTGGGTATTGTCTGTCTCAGCAGCATCAGTGGGTCCCTCTCCTGTGCAGCTAATTAGCTTCCTTTCCAATATGAAGAATCTTATATATAGCTTTGTCTTTGGGGT-------ATTACATAAATGAAGATTAAGCTATCTGAATTTCTCCTTCTCCTAAAAATGCACATCCTATGACTGAAAAGACAGGTAAAAGAGATGC-TTTTAATTACAAAACTTT----------CCCTGTCGTGGTTGCT----TCTCTCTATCCTTCTAAACTCCCTTTCAATTTCTTCTCTTCTGTAACATATTTGTGCCCAAAATCTTCTGCTTTCTGAAATATTTT-ATCTTTTTCTTCCACACTATCTCT---TATTTTCCAATTTTAATCATTAAATTATATTATGTCTTATAAAACTAATCCCACATATAAAC-----CCCTATGATAATTTCAGTTTGTCCC--TAGTATGAAGTTCTTTAAAGATGTGTAGTTTTCTAACTTTCATGCTCTCCAATTAATTATAAACTTCATTTTCCAC--TCTGAAAAGGAGATGTCTGATCTCAGCTATTTCCATCCTATTTGAAAACCAGATTTAGTTTTAAACCAGAGGAAGGGAATCTCAAGTCTTTACCTCCCACAGTCTGGTGTGATTCTCTCTCTTTTGGTATTACCTTCCTCCACATTGGAACACTCCAGCCAATGCATAGGCTGAGAGGCTAT-CTCAGATTCAGAAAGATT-TGGCCTCATCCCAGGGGAGGGTACAGAGGAGCTGATGACTATGAATTCTGAAATGG----AACTGTTCCAGG--------------TTGAAGAAATAAGAAAGGGAATTGGGAAGAGCAATGCCCAGTGAAAAAGAAGAAATAATATTTTAGGAAGTGAATGCTAATTTTATTTTAAACAAAATAAGAACTCAAGGAATAAGAGGGTTCTTCCAA-TAGGTTAGAGTGATCCTGTCAAACATATATGCTTCTAGATTTTTTTAAAGACTGTTTCTACT s panTro2.chrUn 9712524 1384 + 58616431 AGAAACCTTCAGCCCCAACACGCTAAACTTTGGGAGCACAGGTTGGCATCCAGAGGTAAACATTTGCTATAACTGATAACAGGAGAAGGATCCATTTATTCACCTGTTATCAATTACAGGCATTGTATTTAAAGATCAGATGTTTTATATTTATTTCTTCAAATTTCATTCATGGTGCCATAAGTGAAGGTATGTCTGTCCACCCTGAATATATTTTCACTCCC--------TCATCTCGGTCATTCCGAACAATTCACACACTAAGATTACCCATGCTAAATGGGGATTCTTTTTTACTAGCCAATGTAGTACCTCACATCCTTCCTTCCTTCCCCCTATTTCATCAGCAGGCAAT---TCTTTCGATACTTTTGTCAAGGGGAAATTG-TGTGACTCAGAGATTTAGT-CCCCAAGAGAAACTAATAATGGGCTGGGTATTGTCTGTCTCAGCAGCATCAGTGGGTCCCTCTCCTGTGCAGCTAATTAGCTTCCTTTCCAATATGAAGAATCTTATATATAGCTTTGTCTTTGGGGT-------ATTACATAAATGAAGATTAAGCTATCTGAATTTCTCCTTCTCCTAAAAATGCACATCCTATGACTGAAAAGACAGGTAAAAGAGATGC-TTTTAATTACAAAACTTT----------CCCTGTCGTGGTTGCT----TCTCTCTATCCTTCTAAACTCCCTTTCAATTTCTTCTCTTCTGTAACATATTTGTGCCCAAAATCTTCTGCTTTCTGAAATATTTT-ATCTTTTTCTTCCACACTATCTCT---TATTTTCAAATTTTAATCATTAAATTATATTATGTCTTATAAAACTAATCCCACATATAAAC-----CCCTATGATAATTTCAGTTTGTCCC--TAGTATGAAGTTCTTTAAAGATGTGTAGTTTTCTAACTTTCATGCTCTCCAATTCATTATAAACTTCATTTTCCAC--TCTGAAAAGGAGATGTCTGATCTCAGCTATTTCCATCCTATTTGAAAACCGGATTTAGTTTTAAACCAGAGGAAGGGAATCTCAAGTCTTTACCTCCCACAGTCTGGTGTGATTCTCTCTCTTTTGGTATTACCTTCCTCCACATTGGAACACTCCAGCCAATGCATAGGCTGAGAGGCTAT-CTCAGATTCAGAAAGATT-TGGCCTCATCCCAGGGGAGGGTACAGAGGAGCTGATGGCTATGAATTCTGAAATGG----AACTGTTCCAGG----------TTGTTTGAAGAAATACGAAAGGGAATTGGGAAGAGCAATGCCCAGTGAAAAAGAAGAAATAATATTTTAGGAAGTGAATGCTAATTTTATTTTAAACAAAATAAGAACTCAAGGAAAAAGAGGGTTCTTCCCA-TAGGTTAGAGTGATCCTGTCAAACATATATGCTTCTAGATTTTTTTAAAGACTGTTTCTACT s canFam2.chr30 39838143 1415 - 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