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394	2012-12-07 開発会議	so	so	"2012年12月7日 DBCLS 4F 教室 13:00-
- nsgc, ursm, ktym, kwsm, so

* スタンザREST APIのデザイン
** 現状認識の確認
- システム仕様確認 → 認識問題なし -ursm

- Stanzaの構造とデータ内容の確認 -ursm
-- Stanza 2, 4はすぐ出来る. 5はUniProtのSPARQL Endpointからデータを取得してやってもよい -ktym
       -- Stanzaのテーブル表現にどんなキーを使って、遺伝子のIDと他のDBとのリンクを出す

- 開発環境の確認
-- DDBJ: Webサービスの所内ポリシーが明確になっていない。現在開発中の大量登録システムが第一号 -ursm, so, ktym
-- クラウド: heroku http://www.heroku.com/
--- ローカルのファイルをもてないという問題があるが、永和さんでは利用実績多し -ursm
-- アプリケーションはとりあえずherouで開発する -ktym, ursm
-- システムはRailsベースで開発する。多少大掛かりな気もするがNodo.jsだと足りない部分が多い。Railsから無関係の機能を削いで行く方向で。-ursm
-- プロジェクト名、アカウント名が必要 -ursm
--- versify, prosody -kwsm

- 必要なデータ、資料の確認
-- OK -nsgc

* Semantic検索の開発
- アプリケーションの完成イメージ
-- 例）Ontogrator: http://www.ontogrator.org/
-- SPARQLthonでのディスカッション（ホワイトボードの写真撮り忘れた誰かください）

** システムに関するディスカッション
- Ontogratorの動作、システムを眺める
-- パフォーマンスを考えると直感的にRDFストアは厳しい -ursm
--- インデックス専用DBが必要になる
- GO, UniProt, 遺伝子のデータをどこから参照するのか
- UniProtをGO ID/SPARQLで絞り込んでトリプルストアの検索速度のベンチマークする必要があるかもしれない -ktym
-- Gene Ontology Annotation (UniProt-GOA)と遺伝子の対応表を作る必要あるかも？

- 今回のバージョンは、直接RDFストアを参照して検索速度は、追求せず動くものをつくる
-- チューニングや技術的な改善は今後

- REST APIサーバとSem検索システムは同じシステムなのか？ 
-- Sem検索UIからはリンク等でREST APIサーバに誘導するが、開発時点では別アプリケーションとして考えさせてほしい -ursm

- 開発のプライオリティについて
-- 年内は、REST API / Stanzaの開発を優先

* 次回打ち合わせ
- 12/20 DBCLS 14:00- 

* 次回までのタスク
- [TODO] システム／プロジェクトの命名 -dbcls
- [TODO] Stanza 2, 4, 5あたりのデータとSPARQL確認 -eiwa
- [TODO] DBCLS (lod1)にSPARQL Endopointを立てて、作業に必要なGenome RDFデータを入れる（現状のデータで大丈夫？） -dbcls
- [TODO] DBCLS tracにアカウントつくる -so
- [DONE] Skypeグループつくる -so






RELIEUR（ユリユール）製本職人
 Genome Web Report, Protein Web Report...
 Genome Web Parts, Protein Web Parts...（旧スタンザ）

 Genome JSON
 INSCD ontology, FALDO, UniProt core, MEO, GMO, MCCV...
 Genome RDF
"	仕様	closed	現マイルストーンで作業の停滞を招く	[H24] RDFgenome REST API開発	Meeting		fixed			0		YYYY/MM/DD	YYYY/MM/DD