チェンジセット 135 : SPARQLBuilderWWW/src/java/org

差分発生行の前後
無視リスト:
更新日時:
2014/08/18 18:06:56 (10 年 前)
更新者:
atsuko
ログメッセージ:

reactome でとりあえずは途中まで動くバージョン

パス:
SPARQLBuilderWWW/src/java/org/biohackathon/SPARQLBuilder/OWL
ファイル:
1 変更
1 コピー

凡例:

変更なし
追加
削除

  • SPARQLBuilderWWW/src/java/org/biohackathon/SPARQLBuilder/OWL/OWLClassGraph.java

    r134 r135  
    109109                              continue; 
    110110                          } 
    111                       } 
    112                        
     111                      }                       
    113112                      nextlp.add(new LinkAndPath(classLinks[j], crrpath, crrlp.classLink.getLinkedClassURI(), false)); 
    114113                  } 

  • SPARQLBuilderWWW/src/java/org/biohackathon/SPARQLBuilder/OWL/QueryPathGenerator.java

    r133 r135  
    2727        //String ec = "http://purl.org/allie/ontology/201108#LongForm"; 
    2828 
    29         String sp = "http://www.ebi.ac.uk/rdf/services/chembl/sparql"; 
    30         String sc = "http://rdf.ebi.ac.uk/terms/chembl#Enzyme"; 
    31         String ec = "http://rdf.ebi.ac.uk/terms/chembl#Activity"; 
     29        //String sp = "http://www.ebi.ac.uk/rdf/services/chembl/sparql"; 
     30        //String sc = "http://rdf.ebi.ac.uk/terms/chembl#Enzyme"; 
     31        //String ec = "http://rdf.ebi.ac.uk/terms/chembl#Activity"; 
    3232 
     33        String sp = "http://www.ebi.ac.uk/rdf/services/reactome/sparql"; 
    3334        //String sp = "http://www.ebi.ac.uk/rdf/services/biosamples/sparql"; 
    3435        //String sc = "http://rdf.ebi.ac.uk/terms/biosd/Sample"; 
    … …  
    4243        //QueryPathGenerator qpg = new QueryPathGenerator(sp, "c:\\cdata"); 
    4344        QueryPathGenerator qpg1 = new QueryPathGenerator(sp, "cdata/"); 
    44         //SClass[] cl = qpg.getClasses(null); 
    45          
     45        String[] elist = qpg1.factory.getEndpointURIList(); 
     46        qpg1.setSPARQLendpoint(sp); 
     47        SClass[] cl = qpg1.getClasses(null); 
     48        System.out.println("end"); 
     49        /* 
    4650        long start1 = System.currentTimeMillis(); 
    4751        Path[] path1 = qpg1.getPaths(sc, ec, false); 
    … …  
    5963        System.out.println(path1.length); 
    6064        System.out.println(path2.length); 
     65                */ 
    6166    } 
    6267