チェンジセット 197 : SPARQLBuilderWWW

差分発生行の前後
無視リスト:
更新日時:
2014/10/28 11:44:50 (10 年 前)
更新者:
atsuko
ログメッセージ:

CLServlet がラベル+インスタンス数を出力するように変更

パス:
SPARQLBuilderWWW
ファイル:
8 変更

凡例:

変更なし
追加
削除

  • SPARQLBuilderWWW/nbproject/genfiles.properties

    r123 r197  
    1 build.xml.data.CRC32=d2464d47 
     1build.xml.data.CRC32=73259a3a 
    22build.xml.script.CRC32=15bad33c 
    33build.xml.stylesheet.CRC32=651128d4@1.67.1.1 
    44# This file is used by a NetBeans-based IDE to track changes in generated files such as build-impl.xml. 
    55# Do not edit this file. You may delete it but then the IDE will never regenerate such files for you. 
    6 nbproject/build-impl.xml.data.CRC32=d2464d47 
     6nbproject/build-impl.xml.data.CRC32=73259a3a 
    77nbproject/build-impl.xml.script.CRC32=06c5e70d 
    88nbproject/build-impl.xml.stylesheet.CRC32=99ea4b56@1.67.1.1 

  • SPARQLBuilderWWW/nbproject/project.properties

    r123 r197  
    111111javadoc.windowtitle= 
    112112lib.dir=${web.docbase.dir}/WEB-INF/lib 
    113 no.dependencies=false 
    114113persistence.xml.dir=${conf.dir} 
    115114platform.active=default_platform 
    … …  
    120119# Space-separated list of JVM arguments used when running a class with a main method or a unit test 
    121120# (you may also define separate properties like run-sys-prop.name=value instead of -Dname=value): 
    122 runmain.jvmargs= 
     121runmain.jvmargs=-Xmx 5000m -Xms 5000m -XX:-UseGCOverheadLimit 
    123122source.encoding=UTF-8 
    124123source.root=src 

  • SPARQLBuilderWWW/nbproject/project.xml

    r123 r197  
    9494            <web-module-additional-libraries/> 
    9595            <source-roots> 
    96                 <root id="src.dir" name="繧ｽ繝ｼ繧ｹ繝ｻ繝代ャ繧ｱ繝ｼ繧ｸ"/> 
     96                <root id="src.dir"/> 
    9797            </source-roots> 
    9898            <test-roots> 
    99                 <root id="test.src.dir" name="繝�せ繝医�繝代ャ繧ｱ繝ｼ繧ｸ"/> 
     99                <root id="test.src.dir"/> 
    100100            </test-roots> 
    101101        </data> 

  • SPARQLBuilderWWW/src/java/org/biohackathon/SPARQLBuilder/OWL/OWLClassGraph.java

    r177 r197  
    4444    public OWLClassGraph(String startClass, String endClass){ 
    4545        super(); 
     46         
     47        // start & end 
    4648        this.startClass = startClass; 
    47         addNode(startClass); 
    4849        this.endClass = endClass; 
    49         addNode(endClass); 
     50         
     51        // parameters 
    5052        nsteps = 3; 
    5153        limit = 1000; 
    5254        prunecut = 100; 
     55         
     56        // constructing subgraph 
     57         
    5358    } 
    5459 
    … …  
    229234    } 
    230235    */ 
     236       
     237   private void setGraph(RDFSchemaAnalyzer rdfsa, boolean countLink){ 
     238       // BFS 
     239        
     240        
     241       //ClassLink[] classLinks = rdfsa.getNextClass(null, crrlp.classLink.getLinkedClassURI(), limit, countLinks); 
     242   } 
    231243     
    232244} 

  • SPARQLBuilderWWW/src/java/org/biohackathon/SPARQLBuilder/OWL/QueryPathGenerator.java

    r177 r197  
    1818    private RDFSchemaAnalyzer analyzer = null; 
    1919    //private OWLClassGraph graph; 
    20  
     20    //private PathMatrix matrix = null; 
     21     
    2122    private static final String CDIR = "cdata"; 
    2223     
    … …  
    8485        } 
    8586        try { 
    86             return analyzer.getOWLClasses(null, keywords, null, false); 
     87            return analyzer.getOWLClasses(null, keywords, null, true); 
    8788        }catch(Exception e){ 
    8889            System.err.println(e); 

  • SPARQLBuilderWWW/src/java/org/biohackathon/SPARQLBuilder/endpointMetadata/MetadataFile.java

    r192 r197  
    324324        } 
    325325         
    326          
    327          
    328          
    329326        private void readFile(File file) throws Exception{ 
    330327                System.out.println("readfile: " + file.getAbsolutePath()); 

  • SPARQLBuilderWWW/src/java/org/biohackathon/SPARQLBuilder/www/CLServlet.java

    r196 r197  
    8383        for (int i = 0 ; i < classes.length; i++ ){ 
    8484            JsonObjectBuilder job = jbfactory.createObjectBuilder(); 
    85             job.add("uri", classes[i].getClassURI()); 
    86             job.add("display", classes[i].getClassURI()); 
    87             //jab.add(classes[i].getClassURI()); 
     85            String uri = classes[i].getClassURI(); 
     86            job.add("uri", uri); 
     87            Label[] labels = classes[i].getLabels(); 
     88            String label = null; 
     89            for ( int j = 0 ; j < labels.length; j++ ){ 
     90                if ( labels[j].getLanguage() == null ){ 
     91                    label = labels[j].getLabel(); break; 
     92                }else if ( labels[j].getLanguage().equals("en") ){ 
     93                    label = labels[j].getLabel(); break; 
     94                } 
     95            } 
     96            if ( label == null ){ 
     97                String[] uris = uri.split("/"); 
     98                String tmplabel = uris[uris.length-1]; 
     99                String[] tmplabel2 = tmplabel.split("#"); 
     100                label = tmplabel2[tmplabel2.length-1]; 
     101            } 
     102             
     103            StringBuilder displaybuilder = new StringBuilder(label); 
     104            displaybuilder.append(" ("); 
     105            displaybuilder.append(classes[i].getNumOfInstances()); 
     106            displaybuilder.append(")"); 
     107            job.add("display", displaybuilder.toString()); 
    88108            jab.add(job); 
    89109        } 

  • SPARQLBuilderWWW/web/WEB-INF/glassfish-web.xml

    r123 r197  
    22<!DOCTYPE glassfish-web-app PUBLIC "-//GlassFish.org//DTD GlassFish Application Server 3.1 Servlet 3.0//EN" "http://glassfish.org/dtds/glassfish-web-app_3_0-1.dtd"> 
    33<glassfish-web-app error-url=""> 
    4   <context-root>/sbapi</context-root> 
     4  <context-root>/api</context-root> 
    55  <class-loader delegate="true"/> 
    66  <jsp-config>