チェンジセット 283 : SPARQLBuilderWWW/src/java

差分発生行の前後
無視リスト:
更新日時:
2016/06/13 10:52:55 (8 年 前)
更新者:
atsuko
ログメッセージ:

ranking 変更

ファイル:
1 変更

凡例:

変更なし
追加
削除
  • SPARQLBuilderWWW/src/java/org/biohackathon/SPARQLBuilder/OWL/OWLClassGraph.java

    r281 r283  
    1010 */ 
    1111import java.util.*; 
    12  
    13 public class OWLClassGraph extends LabeledMultiDigraph{ 
     12import java.io.Serializable; 
     13 
     14public class OWLClassGraph extends LabeledMultiDigraph implements Serializable{ 
    1415    int nsteps = 4; 
    15     int limit = 100; 
     16    //int limit = 100; 
    1617     
    1718    List<String> nodeType; 
     
    5253        nodeType = new LinkedList<String>(); 
    5354    } 
    54          
     55     
    5556    public OWLClassGraph(RDFSchemaAnalyzer rdfsa){ // for experiment 
    5657        super(); 
     
    220221            addNode(classes[i].getClassURI()); 
    221222            nodeType.add("class"); 
     223            nodeweight.add(classes[i].getNumOfInstances());            
    222224        } 
    223225        // setEdges 
    224226        for (int i = 0 ; i < classes.length; i++ ){ 
    225227            try{ 
    226                 ClassLink[] classLinks = rdfsa.getNextClass(null, classes[i].getClassURI(), limit, true); 
     228                ClassLink[] classLinks = rdfsa.getNextClass(null, classes[i].getClassURI(), 10000, true); 
    227229                for (int j = 0 ; j < classLinks.length; j++){ 
    228230                    Integer n = labelednodes.get(classLinks[j].getLinkedClassURI()); 
     
    242244                System.err.println(e); 
    243245            } 
    244         }        
     246        } 
    245247    } 
    246248 
     
    249251        this.sparqlEndpoint = sparqlEndpoint; 
    250252        visited = new HashSet<Integer>(); 
    251         //edgeweight = new LinkedList<Map<Integer,Integer>>(); 
    252253        nodeweight = new LinkedList<Integer>(); 
    253254        // setNodes for all classes 
     
    261262           addNode(classes[i].getClassURI()); 
    262263           nodeType.add("class"); 
    263            //edgeweight.add(new HashMap<Integer,Integer>()); 
    264264           nodeweight.add(classes[i].getNumOfInstances()); 
    265265        } 
     
    275275                Integer crr = nit.next(); 
    276276                try{ 
    277                     ClassLink[] classLinks = rdfsa.getNextClass(null, labels.get(crr), limit, true); 
     277                    ClassLink[] classLinks = rdfsa.getNextClass(null, labels.get(crr), 10000, true); 
    278278                    for (int j = 0 ; j < classLinks.length; j++){ 
    279279                        Integer nn = labelednodes.get(classLinks[j].getLinkedClassURI()); 
     
    294294            nodes = nextnodes; 
    295295            visited.addAll(nodes); 
     296            if ( visited.size() > labelednodes.size()){ 
     297                System.out.println(); 
     298            } 
    296299        } 
    297300        // cut visited 
     
    337340            if ( c1 < 0.5 && c2 < 0.5 ){ chk = false;} 
    338341            double prob2 = 1.0 - c1; 
    339                     //((double) ( crr.getNumOfOriginClassInstances())/  
    340                     //(double) (  nodeweight.get(labelednodes.get(prev.getLinkedClassURI())) )); 
    341             //if ( prob2 > 1.0 || prob2 < 0 ){ 
    342             //    System.out.println("Prob2 > 1 or Prob2 < 0"); 
    343             //    System.out.println(prev.getLinkedClassURI()); 
    344                 //classes[labelednodes.get(prev.getLinkedClassURI())].getNumOfInstances(); 
    345             //    System.out.println(prev.getPropertyURI()); 
    346             //} 
    347342            double prob3 = 1.0 - Math.pow(prob2, (double) prev.getNumOfLinkedClassInstances()); 
    348             //if ( prob3 > 1.0 ){ 
    349             //    System.out.println("Prob3 > 1"); 
    350             //    System.out.println(prev.getLinkedClassURI()); 
    351                 //classes[labelednodes.get(prev.getLinkedClassURI())].getNumOfInstances(); 
    352             //    System.out.println(prev.getPropertyURI()); 
    353             //} 
    354343            prob = prob * prob3 ; 
    355344            prev = crr;