チェンジセット 49 : BH13SPARQLBuilder/src/org/biohackathon

差分発生行の前後
無視リスト:
更新日時:
2014/02/17 19:05:46 (11 年 前)
更新者:
nori
ログメッセージ:

ClassLinkに、リンク元クラス、リンク先クラスそれぞれのインスタンス数を保持できるように拡張。だが、このデータは使わないかも。

パス:
BH13SPARQLBuilder/src/org/biohackathon/SPARQLBuilder/OWL
ファイル:
2 変更

凡例:

変更なし
追加
削除

  • BH13SPARQLBuilder/src/org/biohackathon/SPARQLBuilder/OWL/ClassLink.java

    r46 r49  
    1515        private int numOfLinkedInstances = 0; 
    1616        private int numOfOriginInstances = 0; 
     17        private int numOfOriginClassInstances = 0; 
     18        private int numOfLinkedClassInstances = 0; 
    1719         
    1820        /** 
    … …  
    2628         * @since 28.01.2014 
    2729         */ 
    28         public ClassLink(String propertyURI, String linkedClassURI, Direction direction, int numLinks, int numofOriginInstances, int numOfLinkedInstances){ 
     30        public ClassLink(String propertyURI, String linkedClassURI, Direction direction,  
     31                                int numLinks, int numOfOriginInstances, int numOfLinkedInstances, 
     32                                int numOfOriginClassInstances, int numofLinkedClassInstances){ 
    2933                this.propertyURI = propertyURI; 
    3034                this.linkedClassURI = linkedClassURI; 
    … …  
    3337                this.numOfLinkedInstances = numOfLinkedInstances; 
    3438                this.numOfOriginInstances = numOfOriginInstances; 
     39                this.numOfOriginClassInstances = numOfOriginClassInstances; 
     40                this.numOfLinkedClassInstances = numofLinkedClassInstances; 
    3541        } 
    3642         
    … …  
    6975                sb.append(linkedClassURI); 
    7076                sb.append(" ["); 
     77                sb.append(numOfOriginInstances); 
     78                sb.append("/"); 
     79                sb.append(numOfOriginClassInstances); 
     80                sb.append("]縲€---"); 
     81 
     82                 
     83                sb.append(" ["); 
    7184                sb.append(numOfLinks); 
     85                sb.append("] --->"); 
     86 
     87                sb.append(" ["); 
     88                sb.append(numOfLinkedInstances); 
     89                sb.append("/"); 
     90                sb.append(numOfLinkedClassInstances); 
    7291                sb.append("]"); 
    73                 return sb.toString(); 
     92return sb.toString(); 
    7493        } 
    7594         
    … …  
    110129                this.numOfOriginInstances = numOfOriginInstances; 
    111130        } 
     131 
     132 
     133        public final int getNumOfOriginClassInstances() { 
     134                return numOfOriginClassInstances; 
     135        } 
     136 
     137 
     138        public final void setNumOfOriginClassInstances(int numOfOriginClassInstances) { 
     139                this.numOfOriginClassInstances = numOfOriginClassInstances; 
     140        } 
     141 
     142 
     143        public final int getNumOfLinkedClassInstances() { 
     144                return numOfLinkedClassInstances; 
     145        } 
     146 
     147 
     148        public final void setNumOfLinkedClassInstances(int numOfLinkedClassInstances) { 
     149                this.numOfLinkedClassInstances = numOfLinkedClassInstances; 
     150        } 
    112151                 
    113152 

  • BH13SPARQLBuilder/src/org/biohackathon/SPARQLBuilder/OWL/OWLQueryBuilderImpl.java

    r46 r49  
    7373*/ 
    7474 
     75 
    7576                System.out.println("CLS"); 
    7677 
    … …  
    9596                } 
    9697 
     98/* 
    9799                 
     100                String uri = "http://purl.jp/bio/10/lsd/ontology/201209#EnglishEntry"; 
    98101                 
     102                ClassLink[] cls = null; 
    99103                 
    100 /* 
    101                 uri = "http://purl.jp/bio/10/lsd/ontology/201209#EnglishEntry"; 
    102  
    103104                System.out.println("CLS-INS"); 
    104105                cls = null; 
    … …  
    356357                // SELECT 
    357358                if (countLinks) { 
    358                         queryStr.append("SELECT DISTINCT ?p ?pDirection ?c (COUNT(?s) AS ?numOfLinks) (COUNT(DISTINCT(?s)) AS ?numOfLinkedInstances) \n"); 
     359                        queryStr.append("SELECT DISTINCT ?p ?pDirection ?c (COUNT(?oci) AS ?numOfOriginalClassInstances) (COUNT(?lci) AS ?numOfLinkedClassInstances) (COUNT(?s) AS ?numOfLinks) (COUNT(DISTINCT(?s)) AS ?numOfLinkedInstances) \n"); 
    359360                } else { 
    360361                        queryStr.append("SELECT DISTINCT ?p ?pDirection ?c \n"); 
    … …  
    477478                                } 
    478479                                ClassLink cl = new ClassLink(proURI, clsURI, direction, 
    479                                                 numOfLinks, 0, 0 ); 
     480                                                numOfLinks, 0, 0, 0, 0 ); 
    480481                                solCLs.add(cl); 
    481482                        } 
    … …  
    509510                queryStr.append("PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>\n"); 
    510511                queryStr.append("PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>\n"); 
    511                 queryStr.append("SELECT DISTINCT ?pf ?pr ?c \n"); 
     512                queryStr.append("SELECT DISTINCT ?pf ?pr (COUNT(?pf) AS ?numOfForwardLinks) (COUNT(?pr) AS ?numOfReverseLinks) (COUNT(DISTINCT(?insOrg)) AS ?numOfOriginInstances) (COUNT(DISTINCT(?ins)) AS ?numOfLinkedInstances)  ?c \n"); 
    512513                if (graphURIs != null) { 
    513514                        for (String graphURI : graphURIs) { 
    … …  
    524525                queryStr.append("  { ?ins ?pr ?insOrg. }\n  UNION { ?insOrg ?pf ?ins. }\n"); 
    525526                queryStr.append("}\n"); 
     527                queryStr.append("GROUP BY ?pf ?pr ?c\n"); 
    526528                if (limit > 0) { 
    527529                        queryStr.append("limit "); 
    … …  
    536538                                query); 
    537539 
    538                 ResultSet results = qexec.execSelect(); 
     540                ResultSet results = null; 
     541                try{ 
     542                        long start = System.currentTimeMillis(); 
     543                        results = qexec.execSelect(); 
     544                        long end = System.currentTimeMillis(); 
     545                        System.out.println("EXEC TIME: " + (end-start)); 
     546                }catch(Exception ex){ 
     547                        ex.printStackTrace(); 
     548                        throw ex; 
     549                } 
     550 
    539551                ArrayList<ClassLink> solCLs = new ArrayList<ClassLink>(); 
    540552                for (; results.hasNext();) { 
    … …  
    545557                        Direction direction = null; 
    546558                        String propURI = null; 
     559                        int numOfLinks = 0; 
     560                        int numOfLinkedInstances = 0; 
     561                        int numOfOriginInstances = 0; 
    547562                        if (proForward != null) { 
    548563                                if (proReverse != null) { 
     564                                        numOfLinks = sol.getLiteral("numOfForwardLinks").getInt(); 
     565                                        numOfLinks += sol.getLiteral("numOfReverseLinks").getInt(); 
     566                                        numOfLinkedInstances = sol.getLiteral("numOfLinkedInstances").getInt(); 
     567                                        numOfOriginInstances = sol.getLiteral("numOfOriginInstances").getInt(); 
    549568                                        direction = Direction.both; 
    550569                                } else { 
     570                                        numOfLinkedInstances = sol.getLiteral("numOfLinkedInstances").getInt(); 
     571                                        numOfOriginInstances = sol.getLiteral("numOfOriginInstances").getInt(); 
     572                                        numOfLinks = sol.getLiteral("numOfForwardLinks").getInt(); 
    551573                                        direction = Direction.forward; 
    552574                                } 
    … …  
    555577                                direction = Direction.reverse; 
    556578                                propURI = proReverse.getURI(); 
     579                                numOfLinkedInstances = sol.getLiteral("numOfOriginInstances").getInt(); 
     580                                numOfOriginInstances = sol.getLiteral("numOfLinkedInstances").getInt(); 
     581                                numOfLinks = sol.getLiteral("numOfReverseLinks").getInt(); 
    557582                        } 
    558583                        String clsURI = cls.getURI(); 
    559584                        // System.out.println(propURI + " " + clsURI + " " + direction); 
    560585 
    561                         ClassLink cl = new ClassLink(propURI, clsURI, direction, 0, 0, 0); 
     586                        ClassLink cl = new ClassLink(propURI, clsURI, direction, numOfLinks, numOfOriginInstances, numOfLinkedInstances, 0, 0); 
    562587                        solCLs.add(cl); 
    563588                } 
    … …  
    834859                                        classLink.setNumOfOriginInstances(numOfOriginInstances); 
    835860                                } 
     861                                lit = sol.getLiteral("numOfOriginClassInstances"); 
     862                                if (lit != null) { 
     863                                        int numOfOriginClassInstances = lit.getInt(); 
     864                                        classLink.setNumOfOriginClassInstances(numOfOriginClassInstances); 
     865                                } 
     866                                lit = sol.getLiteral("numOfLinkedClassInstances"); 
     867                                if (lit != null) { 
     868                                        int numOfLinkedClassInstances = lit.getInt(); 
     869                                        classLink.setNumOfLinkedClassInstances(numOfLinkedClassInstances); 
     870                                } 
    836871                        } 
    837872                        qexec.close(); 
     873 
     874                        // count instances 
     875                        queryStr = new StringBuffer(); 
     876                        queryStr.append("PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#>\n"); 
     877                        queryStr.append("PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>\n"); 
     878                        queryStr.append("PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>\n"); 
     879 
     880                        queryStr.append("SELECT (COUNT(?ics) AS ?numOfOriginClassInstances) \n"); 
     881                        if (graphURIs != null) { 
     882                                for (String graphURI : graphURIs) { 
     883                                        queryStr.append("FROM <"); 
     884                                        queryStr.append(graphURI); 
     885                                        queryStr.append(">\n"); 
     886                                } 
     887                        } 
     888 
     889                        queryStr.append("WHERE{\n"); 
     890                        if (classLink.getDirection() == Direction.forward) { 
     891                                queryStr.append("?ics rdf:type  <"); 
     892                                queryStr.append(startClassURI); 
     893                                queryStr.append(">.\n"); 
     894                                queryStr.append("}"); 
     895                        } else { 
     896                                if (classLink.getDirection() == Direction.forward) { 
     897                                        queryStr.append("?ics rdf:type  <"); 
     898                                        queryStr.append(classLink.getLinkedClassURI()); 
     899                                        queryStr.append(">.\n"); 
     900                                        queryStr.append("}"); 
     901                                } else { 
     902                                        queryStr.append("?ics rdf:type  <"); 
     903                                        queryStr.append(classLink.getLinkedClassURI()); 
     904                                        queryStr.append(">.\n"); 
     905                                        queryStr.append("}"); 
     906                                } 
     907                        } 
     908         
     909                        System.out.println(queryStr.toString()); 
     910 
     911                        query = QueryFactory.create(queryStr.toString()); 
     912                        qexec = QueryExecutionFactory.sparqlService( 
     913                                        endpointURI, query); 
     914 
     915                        results = qexec.execSelect(); 
     916                        if (results.hasNext()) { 
     917                                QuerySolution sol = results.next(); 
     918                                Literal lit = null; 
     919                                lit = sol.getLiteral("numOfOriginClassInstances"); 
     920                                if (lit != null) { 
     921                                        int numOfOriginClassInstances = lit.getInt(); 
     922                                        classLink.setNumOfOriginClassInstances(numOfOriginClassInstances); 
     923                                } 
     924                        } 
     925                        qexec.close(); 
     926 
     927                        // count instances 
     928                        queryStr = new StringBuffer(); 
     929                        queryStr.append("PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#>\n"); 
     930                        queryStr.append("PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>\n"); 
     931                        queryStr.append("PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>\n"); 
     932 
     933                        queryStr.append("SELECT (COUNT(?ocs) AS ?numOfLinkedClassInstances) \n"); 
     934                        if (graphURIs != null) { 
     935                                for (String graphURI : graphURIs) { 
     936                                        queryStr.append("FROM <"); 
     937                                        queryStr.append(graphURI); 
     938                                        queryStr.append(">\n"); 
     939                                } 
     940                        } 
     941 
     942                        queryStr.append("WHERE{\n"); 
     943                        if (classLink.getDirection() == Direction.forward) { 
     944                                queryStr.append("?ocs rdf:type  <"); 
     945                                queryStr.append(classLink.getLinkedClassURI()); 
     946                                queryStr.append(">.\n"); 
     947                                queryStr.append("}"); 
     948                        } else { 
     949                                if (classLink.getDirection() == Direction.forward) { 
     950                                        queryStr.append("?ocs rdf:type  <"); 
     951                                        queryStr.append(startClassURI); 
     952                                        queryStr.append(">.\n"); 
     953                                        queryStr.append("}"); 
     954                                } else { 
     955                                        queryStr.append("?ocs rdf:type  <"); 
     956                                        queryStr.append(startClassURI); 
     957                                        queryStr.append(">.\n"); 
     958                                        queryStr.append("}"); 
     959                                } 
     960                        } 
     961         
     962                        System.out.println(queryStr.toString()); 
     963 
     964                        query = QueryFactory.create(queryStr.toString()); 
     965                        qexec = QueryExecutionFactory.sparqlService( 
     966                                        endpointURI, query); 
     967 
     968                        results = qexec.execSelect(); 
     969                        if (results.hasNext()) { 
     970                                QuerySolution sol = results.next(); 
     971                                Literal lit = null; 
     972                                lit = sol.getLiteral("numOfLinkedClassInstances"); 
     973                                if (lit != null) { 
     974                                        int numOfLinkedClassInstances = lit.getInt(); 
     975                                        classLink.setNumOfLinkedClassInstances(numOfLinkedClassInstances); 
     976                                } 
     977                        } 
     978                        qexec.close(); 
     979                         
    838980                } 
    839981                return classLinks; 
    840982        } 
    841983 
     984         
    842985        public SClass[] countInstances(String[] graphURIs, SClass[] classes) 
    843986                        throws Exception {