差分発生行の前後
無視リスト:
更新日時:
2014/03/13 18:14:43 (12 年 前)
更新者:
nori
ログメッセージ:

Debug!!

ファイル:
1 変更

凡例:

変更なし
追加
削除

  • BH13SPARQLBuilder/src/org/biohackathon/SPARQLBuilder/OWL/OWLQueryBuilderImpl.java

    r60 r61  
    5555                String sparqlEndpoint = "http://lsd.dbcls.jp/sparql"; 
    5656                // String keyword = "artiste"; 
    57                 String[] keyword = { "Player", "Soccer" }; 
     57                String[] keyword = { "Frequency", "Class" }; 
    5858                String[] graphURIs = new String[0]; 
    5959 
    … …  
    6262                OWLQueryBuilder builder = new OWLQueryBuilderImpl(sparqlEndpoint); 
    6363 
    64        
    65                 builder.getOWLClasses(null,keyword,"en",false); 
    66 /* 
    67                 SClass[] clz = builder.getOWLClasses(graphURIs, keyword, false); 
    68                 for (SClass cls : clz) { 
    69                         System.out.println(cls); 
    70                 } 
    71                 clz = builder.countInstances(null, clz); 
    72                 for (SClass cls : clz) { 
    73                         System.out.println(cls); 
    74                 } 
    75 */ 
    76  
    77  
    78                 builder.getOWLClasses(null, keyword, "en", false); 
     64                SClass[] clz = builder.getOWLClasses(null, keyword, "en", false); 
     65                if (clz != null) { 
     66 
     67                        for (SClass cls : clz) { 
     68                                System.out.println(cls); 
     69                        } 
     70                        clz = builder.countInstances(null, clz); 
     71                        for (SClass cls : clz) { 
     72                                System.out.println(cls); 
     73                        } 
     74                } 
     75 
     76                /* 
     77                 * clz = builder.listClasses(null, false); 
     78                 * System.out.println(clz.length); for (SClass cls : clz) { 
     79                 * System.out.println(cls); } 
     80                 */ 
     81 
     82                /* 
     83                 * SClass[] clz = builder.getOWLClasses(graphURIs, keyword, false); for 
     84                 * (SClass cls : clz) { System.out.println(cls); } clz = 
     85                 * builder.countInstances(null, clz); for (SClass cls : clz) { 
     86                 * System.out.println(cls); } 
     87                 */ 
     88 
     89                // builder.getOWLClasses(null, keyword, "en", false); 
    7990                /* 
    8091                 * SClass[] clz = builder.getOWLClasses(graphURIs, keyword, false); for 
    … …  
    141152         */ 
    142153 
    143         public SClass[] getOWLClasses(String[] graphURIs, String[] keywords,String language,  
     154        public SClass[] getOWLClasses(String[] graphURIs, String[] keywords, 
     155                        String language, 
    144156 
    145157                        boolean countInstances) throws Exception { 
    … …  
    179191                // TODO OR relationship between keywords 
    180192                if (keywords != null && keywords.length != 0) { 
    181                           
     193 
    182194                        queryStr.append(" ?c rdfs:label "); 
    183                     queryStr.append("?keywords") 
    184                                  .append(".\n"); 
    185                         queryStr.append("  filter((LANG(?keywords) = \'") 
    186                                 .append(language);                       
     195                        queryStr.append("?keywords").append(".\n"); 
     196                        queryStr.append("  filter((LANG(?keywords) = \'").append(language); 
    187197                        queryStr.append("\') && \n ("); 
    188                          
    189                 //      (LANG(?keywords) = 'en') && 
    190                          
    191                           for (int i=0;i<keywords.length;i++) 
    192                           { 
    193                           if (i>0) queryStr.append(" or \n "); 
    194                          
    195                            
    196                           queryStr.append("regex(str(") 
    197                                  .append("?keywords") 
    198                                  .append("),\""); 
    199                           queryStr.append(keywords[i]); 
    200                           queryStr.append("\", \"i\" )"); 
    201                            
    202                           } 
    203                           queryStr.append("))\n");  
    204          
     198 
     199                        // (LANG(?keywords) = 'en') && 
     200 
     201                        for (int i = 0; i < keywords.length; i++) { 
     202                                if (i > 0) 
     203                                        queryStr.append(" || \n "); 
     204 
     205                                queryStr.append("regex(str(").append("?keywords") 
     206                                                .append("),\""); 
     207                                queryStr.append(keywords[i]); 
     208                                queryStr.append("\", \"i\" )"); 
     209 
     210                        } 
     211                        queryStr.append("))\n"); 
     212 
    205213                } 
    206214 
    … …  
    212220                System.out.println(queryStr.toString()); 
    213221 
    214                 /* 
    215                  * Query query = QueryFactory.create(queryStr.toString()); 
    216                  *  
    217                  *  
    218                  * QueryExecution qexec = null; try{ long start = 
    219                  * System.currentTimeMillis(); qexec = 
    220                  * QueryExecutionFactory.sparqlService(endpointURI, query); long end = 
    221                  * System.currentTimeMillis(); System.out.println("EXEC TIME: " + 
    222                  * (end-start)); }catch(Exception ex){ ex.printStackTrace(); throw ex; } 
    223                  *  
    224                  * ResultSet results = qexec.execSelect(); HashMap<String, SClass> 
    225                  * classMap = new HashMap<String, SClass>(); for (; results.hasNext();) 
    226                  * { QuerySolution sol = results.next(); Resource res = 
    227                  * sol.getResource("c"); if (res != null) { String uri = res.getURI(); 
    228                  * int numOfInstances = 0; if (countInstances) { numOfInstances = 
    229                  * sol.getLiteral("numOfInstances").getInt(); } // 
    230                  * System.out.println(numOfInstances); Literal labelLiteral = 
    231                  * sol.getLiteral("pLabel"); SClass sClass = null; if 
    232                  * (classMap.containsKey(uri)) { sClass = classMap.get(uri); } else { 
    233                  * sClass = new SClass(uri, null, numOfInstances); classMap.put(uri, 
    234                  * sClass); } if (labelLiteral != null) { String label = 
    235                  * labelLiteral.getString(); String lang = labelLiteral.getLanguage(); 
    236                  * sClass.addLabel(new Label(label, lang)); } } } qexec.close(); return 
    237                  * classMap.values().toArray(new SClass[0]); 
    238                  */ 
    239                 return null; 
     222                Query query = QueryFactory.create(queryStr.toString()); 
     223 
     224                QueryExecution qexec = null; 
     225                ResultSet results = null; 
     226                try { 
     227                        long start = System.currentTimeMillis(); 
     228                        qexec = QueryExecutionFactory.sparqlService(endpointURI, query); 
     229                        results = qexec.execSelect(); 
     230                        long end = System.currentTimeMillis(); 
     231                        System.out.println("EXEC TIME: " + (end - start)); 
     232                } catch (Exception ex) { 
     233                        ex.printStackTrace(); 
     234                        throw ex; 
     235                } 
     236 
     237                HashMap<String, SClass> classMap = new HashMap<String, SClass>(); 
     238                for (; results.hasNext();) { 
     239                        QuerySolution sol = results.next(); 
     240                        Resource res = sol.getResource("c"); 
     241                        if (res != null) { 
     242                                String uri = res.getURI(); 
     243                                int numOfInstances = 0; 
     244                                if (countInstances) { 
     245                                        numOfInstances = sol.getLiteral("numOfInstances").getInt(); 
     246                                } // 
     247                                System.out.println(numOfInstances); 
     248                                Literal labelLiteral = sol.getLiteral("pLabel"); 
     249                                SClass sClass = null; 
     250                                if (classMap.containsKey(uri)) { 
     251                                        sClass = classMap.get(uri); 
     252                                } else { 
     253                                        sClass = new SClass(uri, null, numOfInstances); 
     254                                        classMap.put(uri, sClass); 
     255                                } 
     256                                if (labelLiteral != null) { 
     257                                        String label = labelLiteral.getString(); 
     258                                        String lang = labelLiteral.getLanguage(); 
     259                                        sClass.addLabel(new Label(label, lang)); 
     260                                } 
     261                        } 
     262                } 
     263                qexec.close(); 
     264                return classMap.values().toArray(new SClass[0]); 
     265 
    240266        } 
    241267 
    242268        public SClass[] listClasses(String[] graphURIs, boolean countInstances) 
    243269                        throws Exception { 
    244  
    245                 // TODO 
    246                 return null; 
     270                StringBuffer queryStr = new StringBuffer(); 
     271                queryStr.append("PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#>\n"); 
     272                queryStr.append("PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>\n"); 
     273                queryStr.append("PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>\n"); 
     274                if (countInstances) { 
     275                        queryStr.append("SELECT DISTINCT ?cls ?pLabel (COUNT(?i) AS ?numOfInstances)\n"); 
     276                } else { 
     277                        queryStr.append("SELECT DISTINCT ?cls ?pLabel \n"); 
     278                } 
     279 
     280                if (graphURIs != null) { 
     281                        for (String graphURI : graphURIs) { 
     282                                queryStr.append("FROM <"); 
     283                                queryStr.append(graphURI); 
     284                                queryStr.append(">\n"); 
     285                        } 
     286                } 
     287                queryStr.append("WHERE{\n"); 
     288                queryStr.append("\t{ ?cls rdf:type rdfs:Class. }\n"); 
     289                queryStr.append("\tUNION\n"); 
     290                queryStr.append("\t{ ?cls rdf:type owl:Class. }\n"); 
     291                queryStr.append("\tUNION\n"); 
     292                queryStr.append("\t{ [] rdfs:type ?cls. }\n"); 
     293                queryStr.append("\tUNION\n"); 
     294                queryStr.append("\t{ [] rdfs:domain ?cls. }\n"); 
     295                queryStr.append("\tUNION\n"); 
     296                queryStr.append("\t{ [] rdfs:range ?cls. }\n"); 
     297                queryStr.append("\tUNION\n"); 
     298                queryStr.append("\t{ ?cls rdfs:subclassOf []. }\n"); 
     299                queryStr.append("\t?cls rdfs:label ?pLabel.\n"); 
     300                if (countInstances) { 
     301                        queryStr.append("\t?i rdf:type ?c.\n"); 
     302                } 
     303                if (countInstances) { 
     304                        queryStr.append("}  GROUP BY ?c ?pLabel"); 
     305                } else { 
     306                        queryStr.append("}"); 
     307                } 
     308                System.out.println(queryStr.toString()); 
     309 
     310                Query query = QueryFactory.create(queryStr.toString()); 
     311 
     312                QueryExecution qexec = null; 
     313                ResultSet results = null; 
     314                try { 
     315                        long start = System.currentTimeMillis(); 
     316                        qexec = QueryExecutionFactory.sparqlService(endpointURI, query); 
     317                        results = qexec.execSelect(); 
     318                        long end = System.currentTimeMillis(); 
     319                        System.out.println("EXEC TIME: " + (end - start)); 
     320                } catch (Exception ex) { 
     321                        ex.printStackTrace(); 
     322                        throw ex; 
     323                } 
     324 
     325                HashMap<String, SClass> classMap = new HashMap<String, SClass>(); 
     326                for (; results.hasNext();) { 
     327                        QuerySolution sol = results.next(); 
     328                        Resource res = sol.getResource("cls"); 
     329                        if (res != null) { 
     330                                String uri = res.getURI(); 
     331                                int numOfInstances = 0; 
     332                                if (countInstances) { 
     333                                        numOfInstances = sol.getLiteral("numOfInstances").getInt(); 
     334                                } 
     335                                // System.out.println(numOfInstances); 
     336                                Literal labelLiteral = sol.getLiteral("pLabel"); 
     337                                SClass sClass = null; 
     338                                if (classMap.containsKey(uri)) { 
     339                                        sClass = classMap.get(uri); 
     340                                } else { 
     341                                        sClass = new SClass(uri, null, numOfInstances); 
     342                                        classMap.put(uri, sClass); 
     343                                } 
     344                                if (labelLiteral != null) { 
     345                                        String label = labelLiteral.getString(); 
     346                                        String lang = labelLiteral.getLanguage(); 
     347                                        sClass.addLabel(new Label(label, lang)); 
     348                                } 
     349                        } 
     350                } 
     351                qexec.close(); 
     352                return classMap.values().toArray(new SClass[0]); 
     353 
    247354        } 
    248355