チェンジセット 82 : BH13SPARQLBuilder/src

差分発生行の前後
無視リスト:
更新日時:
2014/06/18 17:15:06 (10 年 前)
更新者:
atsuko
ログメッセージ:

Changed for new Java Classes

ファイル:
1 変更

凡例:

変更なし
追加
削除
  • BH13SPARQLBuilder/src/org/biohackathon/SPARQLBuilder/OWL/OWLClassGraph.java

    r67 r82  
    5555        divcut = - 2.0; 
    5656    } 
    57      
    58     /* 
    59     public void generateGraph(List<List<ClassLink>> paths){ 
    60         ListIterator<List<ClassLink>> pit = paths.listIterator(); 
    61         while( pit.hasNext() ){ 
    62             List<ClassLink> cls = pit.next(); 
    63             String start = startClass; 
    64             ListIterator<ClassLink> cit = cls.listIterator(); 
    65             while ( cit.hasNext() ){ 
    66                 // KOKO 
    67             } 
    68         } 
    69     } 
    70    */ 
    71      
    72     public Path[] getPaths(OWLQueryBuilderImpl qb, int mode, boolean countLink){ 
     57         
     58    public Path[] getPaths(RDFSchemaAnalyzer rdfsa, boolean countLink){ 
    7359        List<List<ClassLink>> paths = null; 
    74         if ( mode <= 1){ 
    75             paths = searchPaths(qb, mode, countLink); 
    76         }else if ( mode == 2 ){ 
    77             paths = searchPathsWithCut(qb);         
    78         }else{ 
    79             System.err.println("Mode is not correct"); 
    80             return null; 
    81         } 
     60        paths = searchPaths(rdfsa, countLink); 
    8261        Path[] patharray = new Path[paths.size()]; 
    8362        ListIterator<List<ClassLink>> pit = paths.listIterator(); 
     
    10281    } 
    10382         
    104     private List<List<ClassLink>> searchPaths(OWLQueryBuilderImpl qb, int mode, boolean countLinks){ 
     83    private List<List<ClassLink>> searchPaths(RDFSchemaAnalyzer rdfsa, boolean countLinks){ 
    10584        List<List<ClassLink>> paths = new ArrayList<>(); 
    10685        ClassLink crrLink = new ClassLink(null,startClass,Direction.both,0,0,0,0,0); 
     
    11493                  LinkAndPath crrlp = lit.next(); 
    11594                  ClassLink[] classLinks = null; 
    116                   // Mode 
    117                   if ( mode == 0 ){ 
    118                       classLinks = qb.getNextClass(null, crrlp.classLink.getLinkedClassURI(), limit, countLinks); 
    119                   }else if ( mode == 1 ){ 
    120                       classLinks = qb.getNextClassViaInstanceLink(null, crrlp.classLink.getLinkedClassURI(), limit);  
    121                   }else{ System.err.println("Mode is not correct."); } 
     95                  classLinks = rdfsa.getNextClass(null, crrlp.classLink.getLinkedClassURI(), limit, countLinks); 
    12296                  for ( int j = 0 ; j < classLinks.length; j++ ){ 
    12397                      List<ClassLink> crrpath = new LinkedList<>(crrlp.path); 
     
    140114        return paths;   
    141115    } 
    142      
     116 
     117/*     
    143118    private List<List<ClassLink>> searchPathsWithCut(OWLQueryBuilderImpl qb){ 
    144119        List<List<ClassLink>> paths = new ArrayList<>(); 
     
    194169        return paths;   
    195170    } 
    196      
     171*/ 
     172     
     173/*     
    197174    private boolean decideConvergence(ClassLink classLink){ 
    198175        double con = getValueForConvergence(classLink.getNumOfOriginInstances(),  
     
    204181        return false; 
    205182    } 
    206      
     183*/ 
     184     
     185/*     
    207186    private boolean decideDivergence(ClassLink classLink){ 
    208187        double con = getValueForConvergence(classLink.getNumOfOriginInstances(),  
     
    214193        return false; 
    215194    } 
    216  
     195*/ 
     196     
     197/*     
    217198    private double getValueForConvergence(int numOfOriginInstances, int numOfLinkedInstances, int numOfLinks){ 
    218199        //return (double) numOfLinks / (double) numOfLinkedInstances ; 
     
    220201        return Math.log((double)numOfOriginInstances) - Math.log((double)numOfLinkedInstances);  
    221202    } 
     203    */ 
    222204}