survey: cell.txt

ファイル cell.txt, 9.2 KB (登録者: wu, 12 年 前)
行番号 
1PREFIX rdfs:<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> PREFIX ssb:<http://www.semantic-systems-biology.org/SSB#> PREFIX cco_tc:<http://www.semantic-systems-biology.org/cco_tc#> SELECT distinct ?protein ?protein_id  WHERE {   ?protein_id   ssb:has_function    ?function_id.   ?function_id  ssb:is_a            cco_tc:CCO_F0000031.   ?protein_id   ssb:located_in      ?location_id.   ?location_id  ssb:is_a            cco_tc:CCO_C0000252.   ?protein_id   ssb:participates_in ?process_id.   ?process_id   ssb:is_a            cco_tc:CCO_P0000117.   ?protein_id   rdfs:label          ?protein.   }
2PREFIX rdfs:<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> PREFIX ssb:<http://www.semantic-systems-biology.org/SSB#> PREFIX term_id: <http://www.semantic-systems-biology.org/cco#CCO_B0000007> SELECT ?function ?participates_in ?located_in WHERE { {    term_id: ssb:has_function ?f.   ?f rdfs:label ?function.  } UNION {   term_id: ssb:participates_in ?p.   ?p rdfs:label ?participates_in.  } UNION {   term_id: ssb:located_in ?l.   ?l rdfs:label ?located_in.  } }; 
3PREFIX rdfs:<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> PREFIX ssb:<http://www.semantic-systems-biology.org/SSB#> SELECT distinct  ?protein_name ?definition ?interaction_name ?IntAct_id WHERE {   ?protein_id rdf:type        ssb:protein. ?protein_id ssb:Definition  ?Def.  ?Def        ssb:def         ?definition.  FILTER regex(?definition,   'Breast cancer', 'i').  ?protein_id rdfs:label      ?protein_name.  OPTIONAL {  ?protein_id  ssb:participates_in   ?interaction.  ?interaction rdf:type              ssb:interaction.   ?interaction rdfs:label            ?interaction_name.   ?interaction ssb:xref              ?xref.  ?xref        ssb:acc               ?IntAct_id  }  } 
4PREFIX rdfs:<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> PREFIX ssb:<http://www.semantic-systems-biology.org/SSB#> PREFIX cco:<http://www.semantic-systems-biology.org/cco#>   SELECT ?description ?transformed_protein_name ?cco_id WHERE {      cco:CCO_B0001575  ssb:transforms_into    ?cco_id.    ?cco_id      ssb:Definition         ?Def.    ?Def         ssb:def                ?description.    ?cco_id      rdfs:label             ?transformed_protein_name.  }
5PREFIX rdfs:<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> PREFIX ssb:<http://www.semantic-systems-biology.org/SSB#> PREFIX cco_S_pombe:<http://www.semantic-systems-biology.org/cco_S_pombe#> SELECT ?prot_label ?biological_process_label WHERE {    ?prot               ssb:is_a             cco_S_pombe:CCO_B0000000 .  ?prot               rdfs:label          ?prot_label .  ?prot               ssb:participates_in  ?biological_process .  ?biological_process rdfs:label          ?biological_process_label }       
6PREFIX rdfs:<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> SELECT ?term_id ?term_name WHERE {   ?term_id     rdfs:label    ?term_name.  filter regex(str(?term_name), 'cell cycle')  }
7PREFIX rdfs:<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> PREFIX ssb:<http://www.semantic-systems-biology.org/SSB#> PREFIX cco_S_pombe_tc:<http://www.semantic-systems-biology.org/cco_S_pombe_tc#> SELECT distinct ?protein WHERE {    ?protein_id       ssb:is_a         cco_S_pombe_tc:CCO_B0000000.   ?protein_id       ssb:located_in   ?location_id.   ?location_id      ssb:is_a         cco_S_pombe_tc:CCO_C0000239.   ?protein_id       rdfs:label       ?protein.  }
8PREFIX rdfs:<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> PREFIX ssb:<http://www.semantic-systems-biology.org/SSB#> PREFIX cco_A_thaliana:<http://www.semantic-systems-biology.org/cco_A_thaliana#> SELECT ?uniprot_name ?AT_code WHERE {    ?prot ssb:is_a        cco_A_thaliana:CCO_B0000000 .   ?prot rdfs:label     ?uniprot_name .   ?prot ssb:encoded_by  ?gene .   ?gene ssb:xref        ?b .   ?b    ssb:dbname      ?database .   ?b    ssb:acc         ?AT_code .   FILTER(?database = 'TAIR')  }   
9PREFIX rdfs:<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> PREFIX ssb:<http://www.semantic-systems-biology.org/SSB#> PREFIX cco_A_thaliana_tc:<http://www.semantic-systems-biology.org/cco_A_thaliana_tc#> SELECT distinct ?protein_name ?function WHERE {   ?protein_id      rdf:type            ssb:protein.  ?protein_id      ssb:is_a            cco_A_thaliana_tc:CCO_B0000000.  ?protein_id      ssb:has_function    ?subfunction_id.  ?subfunction_id  ssb:is_a            ?function_id.  ?protein_id      ssb:located_in      ?location_id.  ?location_id     ssb:is_a            cco_A_thaliana_tc:CCO_C0000324.  ?function_id     ssb:Definition      ?def.  ?def             ssb:def             ?function.  ?protein_id      rdfs:label          ?protein_name.  FILTER regex(?function, 'hydrolysis','i').  } 
10PREFIX rdfs:<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> PREFIX ssb:<http://www.semantic-systems-biology.org/SSB#> PREFIX cco:<http://www.semantic-systems-biology.org/cco#>  SELECT ?term_label WHERE {     cco:CCO_P0000003 rdfs:label  ?term_label. }
11PREFIX rdfs:<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> PREFIX term_id: <http://www.semantic-systems-biology.org/cco_A_thaliana#CCO_B0002337>  SELECT ?term_as_child ?outwardarrow ?head_name ?tail_name ?inwardarrow ?term_as_parent WHERE {   {   term_id:       ?outwardarrow   ?head_id.   term_id:       rdfs:label      ?term_as_child. #  ?outwardarrow  rdfs:label      ?outward_arrow.   ?head_id       rdfs:label      ?head_name.   } UNION{   ?tail_id       ?inwardarrow    term_id:.   ?tail_id       rdfs:label      ?tail_name. #  ?inwardarrow   rdfs:label      ?inward_arrow.   term_id:       rdfs:label      ?term_as_parent.   } } 
12PREFIX rdfs:<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> PREFIX ssb:<http://www.semantic-systems-biology.org/SSB#> PREFIX term_id: <http://www.semantic-systems-biology.org/cco#CCO_B0001733> SELECT distinct ?name ?definition ?db ?nr ?organism ?comment ?synonym ?scope ?syn_db ?syn_nr ?xref_db ?xref_nr ?subnamespace ?alt_id WHERE {   {term_id: rdfs:label ?name} UNION{   term_id: ssb:Definition ?a.     {?a ssb:def ?definition.}   UNION{     OPTIONAL{       ?a ssb:DbXref ?b.       ?b ssb:dbname ?db.       ?b ssb:acc ?nr.       }     }   }   UNION { term_id: ?has_source ?organism_id. ?organism_id a ssb:taxon. ?organism_id rdfs:label ?organism. } UNION   {term_id: rdfs:comment ?comment} UNION{   term_id: ssb:synonym ?a.   ?a ssb:syn ?synonym.   OPTIONAL{?a ssb:scope ?scope.}   OPTIONAL{     ?a ssb:DbXref ?b.     ?b ssb:dbname ?syn_db.     ?b ssb:acc ?syn_nr.     }   } UNION{   term_id: ssb:xref ?a.   ?a ssb:dbname ?xref_db.   ?a ssb:acc ?xref_nr.   } UNION{   term_id: a ?subnamespace   } UNION{   term_id: ssb:hasAlternativeId ?alt_id.   }  }
13PREFIX rdfs:<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> PREFIX ssb:<http://www.semantic-systems-biology.org/SSB#> PREFIX cco:<http://www.semantic-systems-biology.org/cco#> SELECT ?name ?CCO_id WHERE {    ?CCO_id   ssb:is_a     cco:CCO_P0000160.   ?CCO_id   rdfs:label   ?name.  }
14PREFIX rdfs:<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> PREFIX ssb:<http://www.semantic-systems-biology.org/SSB#> PREFIX cco:<http://www.semantic-systems-biology.org/cco#> SELECT ?name_of_parent ?CCO_id WHERE {    cco:CCO_F0001848    ssb:is_a     ?CCO_id.   ?CCO_id             rdfs:label   ?name_of_parent.   }
15PREFIX rdfs:<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>  PREFIX ssb:<http://www.semantic-systems-biology.org/SSB#> SELECT ?name ?found_in ?type_of_found_text WHERE {    FILTER regex(str(?found_in), 'cell', 'i')   FILTER regex(str(?found_in), 'cycle', 'i')   ?term_id rdfs:label ?name.   {    ?term_id ?type_of_found_text ?found_in.    ?term_id rdfs:label ?found_in.   }   UNION   {    ?term_id ?type_of_found_text ?a.    ?term_id ssb:Definition ?a.    ?a ssb:def ?found_in.   }   UNION   {    ?term_id ?type_of_found_text ?a.    ?term_id ssb:synonym ?a.    ?a ssb:syn ?found_in.   }   UNION   {    ?term_id ?type_of_found_text ?found_in.    ?term_id rdfs:comment ?found_in.   }  }  ORDER BY ?term_id 
16PREFIX ssb:<http://www.semantic-systems-biology.org/SSB#> PREFIX cco_A_thaliana:<http://www.semantic-systems-biology.org/cco_A_thaliana#> SELECT distinct count(?term_id) WHERE {  {     ?term_id ssb:is_a cco_A_thaliana:CCO_B0000000.   }  UNION  {     ?term_id ssb:is_a cco_A_thaliana:CCO_U0000011.   }  UNION  {      ?term_id ssb:is_a cco_A_thaliana:CCO_U0000007.   }  ?term_id    ssb:has_source  cco_A_thaliana:CCO_T0000034 . } 
17PREFIX ssb:<http://www.semantic-systems-biology.org/SSB#> PREFIX cco_S_pombe:<http://www.semantic-systems-biology.org/cco_S_pombe#> SELECT distinct count(?term_id) WHERE {    ?term_id ssb:is_a cco_S_pombe:CCO_U0000008.  } 
18PREFIX ssb:<http://www.semantic-systems-biology.org/SSB#> PREFIX cco:<http://www.semantic-systems-biology.org/cco#> SELECT distinct count(?term_id) WHERE {     ?term_id ssb:is_a cco:CCO_U0000008.  ?term_id ssb:has_source cco:CCO_T0000017. } 
19PREFIX rdfs:<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> PREFIX ssb:<http://www.semantic-systems-biology.org/SSB#> PREFIX cco_A_thaliana:<http://www.semantic-systems-biology.org/cco_A_thaliana#> SELECT ?protein ?participates_in_interaction WHERE {    ?term_id      ssb:has_source        cco_A_thaliana:CCO_T0000034 .   ?term_id      ssb:participates_in   ?interaction.   ?interaction  rdf:type             ssb:interaction.   ?term_id      rdfs:label           ?protein.   ?interaction  rdfs:label           ?participates_in_interaction.  }