survey: ddbj.txt

ファイル ddbj.txt, 3.0 KB (登録者: wu, 12 年 前)
行番号 
1^[case1]
2select distinct ?s  where{
3 ?s <http://sabi.ddbj.nig.ac.jp/core/item/feature> ?b .
4 ?s <http://sabi.ddbj.nig.ac.jp/core/item/moltype> "DNA" .
5 ?b <http://sabi.ddbj.nig.ac.jp/core/qualifier/db_xref_taxon>  <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy/7955> .
6} offset 20000 limit 100
7
8^[case2]
9select distinct ?s  where{
10 ?s <http://sabi.ddbj.nig.ac.jp/core/item/feature> ?b .
11 ?s <http://sabi.ddbj.nig.ac.jp/core/item/moltype> "DNA" .
12 ?b <http://sabi.ddbj.nig.ac.jp/core/qualifier/db_xref_taxon>  <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy/7955> .
13} offset 20100 limit 100
14
15^[case3]
16select distinct ?s  where{
17 ?s <http://sabi.ddbj.nig.ac.jp/core/item/feature> ?b .
18 ?s <http://sabi.ddbj.nig.ac.jp/core/item/moltype> "DNA" .
19 ?b <http://sabi.ddbj.nig.ac.jp/core/qualifier/db_xref_taxon>  <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy/7955> .
20} offset 40000 limit 100
21
22^[case4]
23prefix qualifier:<http://sabi.ddbj.nig.ac.jp/core/qualifier/>
24select ?source ?mRNA ?clone_lib ?mol_type ?db_xref_taxon ?dev_stage
25where{
26<http://sabi.ddbj.nig.ac.jp/ddbj/data/CR760162> <http://sabi.ddbj.nig.ac.jp/core/item/feature> ?source.
27?source qualifier:clone  ?clone;
28          qualifier:clone_lib    ?clone_lib;
29          qualifier:mol_type     ?mol_type;
30          qualifier:db_xref_taxon ?db_xref_taxon;
31          qualifier:dev_stage    ?dev_stage.
32}
33^[case5]
34prefix qualifier:<http://sabi.ddbj.nig.ac.jp/core/qualifier/>
35select distinct ?mRNA ?location ?gene ?locus_tag ?product
36where{
37<http://sabi.ddbj.nig.ac.jp/ddbj/data/CR760162> <http://sabi.ddbj.nig.ac.jp/core/item/feature> ?mRNA .
38?mRNA qualifier:location         ?location;
39qualifier:gene ?gene;
40qualifier:locus_tag      ?locus_tag;
41qualifier:product        ?product.
42}
43^[case6]
44prefix qualifier:<http://sabi.ddbj.nig.ac.jp/core/qualifier/>
45select ?CDS ?gene ?locus_tag  ?product ?note ?db_xref
46where{
47<http://sabi.ddbj.nig.ac.jp/ddbj/data/CR760162> <http://sabi.ddbj.nig.ac.jp/core/item/feature> ?CDS.
48?CDS qualifier:location  ?location;
49qualifier:gene ?gene;
50qualifier:locus_tag      ?locus_tag;
51qualifier:product        ?product;
52qualifier:note   ?note;
53qualifier:db_xref        ?db_xref.
54}
55
56^[case7]
57prefix qualifier:<http://sabi.ddbj.nig.ac.jp/core/qualifier/>
58select distinct  ?AccessNum
59where{
60?AccessNum ?p  ?feature.
61?feature        qualifier:protein_id     'CAJ82835.1'.
62}
63
64^[case8]
65prefix qualifier:<http://sabi.ddbj.nig.ac.jp/core/qualifier/>
66select ?AccessNum ?features
67where{
68?AccessNum ?p  ?clone.
69?AccessNum  ?has  ?features.
70?clone  qualifier:clone  'TNeu120m03'.
71}
72^[case9]
73prefix qualifier:<http://sabi.ddbj.nig.ac.jp/core/qualifier/>
74select ?location ?gene ?locus_tag
75where{
76?CDS qualifier:location  ?location;
77qualifier:gene ?gene;
78qualifier:locus_tag      ?locus_tag;
79qualifier:product        'adenosine kinase'.
80}
81^[case10]
82prefix qualifier:<http://sabi.ddbj.nig.ac.jp/core/qualifier/>
83select  ?lib
84where{
85?subject qualifier:clone         'TNeu120m03';
86qualifier:clone_lib ?lib.
87}
88