バージョン 6 から バージョン 7 における更新: SPLENDID

差分発生行の前後
無視リスト:
更新日時:
2014/12/24 17:02:09 (9 年 前)
更新者:
wu
コメント:

--

凡例:

変更なし
追加
削除
変更

  • SPLENDID

    v6 v7  
    66* step: 
    77 
    8   1.data download: 
     8 1. make the corresponding VoID files 
     9 
     10  * method 1:  
     11 
     12  1.1 data download: 
    913     
    1014   drugbank:  http://download.bio2rdf.org/release/3/drugbank/  drugbank.nq.gz   19-Dec-2014 13:23       52M 
    … …  
    1418   pharmgkb:  http://download.bio2rdf.org/release/3/pharmgkb/  diseases.nq.gz  genes.nq.gz     rsid.nq.gz  drugs.nq.gz     offsides.nq.gz  twosides.nq.gz    01-Jun-2014 17:54   2.4G or so 
    1519 
    16  2. ./generate_void.sh ../data/drugbank.nq drugbank_void.n3  
     20  1.2 ./generate_void.sh ../data/drugbank.nq drugbank_void.n3  
    1721 
    1822   
    … …  
    3034    omim: time taken: 411 seconds 
    3135 
    32 3. execute: ./SPLENDID.sh SPLENDID-config.n3 query/query1.txt 
    3336 
    3437 
     38 * method 2:  
     39Made the file with the folloing queries: 
     40[https://github.com/bio2rdf/bio2rdf-scripts/wiki/Bio2RDF-Release-3-Summary-Statistics] 
    3541 
     422. execute: ./SPLENDID.sh SPLENDID-config.n3 query/query1.txt 
     43 
     44 
     45For the VoID files with method 1,the following errors occur: 
    3646{{{ 
    374720:13:36 [WARN ] [Rio error] Expected ':', found '>' (465, -1) (ParseErrorLogger