root/galaxy-central/database/compiled_templates/dataset/edit_attributes.mako.py

リビジョン 3, 19.0 KB (コミッタ: kohda, 15 年 前)

Install Unix tools  http://hannonlab.cshl.edu/galaxy_unix_tools/galaxy.html
行番号 
1from mako import runtime, filters, cache
2UNDEFINED = runtime.UNDEFINED
3__M_dict_builtin = dict
4__M_locals_builtin = locals
5_magic_number = 5
6_modified_time = 1287725818.302273
7_template_filename='templates/dataset/edit_attributes.mako'
8_template_uri='/dataset/edit_attributes.mako'
9_template_cache=cache.Cache(__name__, _modified_time)
10_source_encoding=None
11_exports = ['stylesheets', 'datatype', 'javascripts', 'title']
12
13
14def _mako_get_namespace(context, name):
15    try:
16        return context.namespaces[(__name__, name)]
17    except KeyError:
18        _mako_generate_namespaces(context)
19        return context.namespaces[(__name__, name)]
20def _mako_generate_namespaces(context):
21    # SOURCE LINE 163
22    ns = runtime.Namespace('__anon_0x10ab4e150', context._clean_inheritance_tokens(), templateuri=u'/dataset/security_common.mako', callables=None, calling_uri=_template_uri, module=None)
23    context.namespaces[(__name__, '__anon_0x10ab4e150')] = ns
24
25    # SOURCE LINE 2
26    ns = runtime.Namespace('__anon_0x10aad7dd0', context._clean_inheritance_tokens(), templateuri=u'/message.mako', callables=None, calling_uri=_template_uri, module=None)
27    context.namespaces[(__name__, '__anon_0x10aad7dd0')] = ns
28
29def _mako_inherit(template, context):
30    _mako_generate_namespaces(context)
31    return runtime._inherit_from(context, u'/base.mako', _template_uri)
32def render_body(context,**pageargs):
33    context.caller_stack._push_frame()
34    try:
35        __M_locals = __M_dict_builtin(pageargs=pageargs)
36        _import_ns = {}
37        _mako_get_namespace(context, '__anon_0x10ab4e150')._populate(_import_ns, [u'render_permission_form'])
38        _mako_get_namespace(context, '__anon_0x10aad7dd0')._populate(_import_ns, [u'render_msg'])
39        status = _import_ns.get('status', context.get('status', UNDEFINED))
40        render_permission_form = _import_ns.get('render_permission_form', context.get('render_permission_form', UNDEFINED))
41        render_msg = _import_ns.get('render_msg', context.get('render_msg', UNDEFINED))
42        all_roles = _import_ns.get('all_roles', context.get('all_roles', UNDEFINED))
43        data_annotation = _import_ns.get('data_annotation', context.get('data_annotation', UNDEFINED))
44        def datatype(dataset,datatypes):
45            return render_datatype(context.locals_(__M_locals),dataset,datatypes)
46        h = _import_ns.get('h', context.get('h', UNDEFINED))
47        current_user_roles = _import_ns.get('current_user_roles', context.get('current_user_roles', UNDEFINED))
48        len = _import_ns.get('len', context.get('len', UNDEFINED))
49        message = _import_ns.get('message', context.get('message', UNDEFINED))
50        trans = _import_ns.get('trans', context.get('trans', UNDEFINED))
51        data = _import_ns.get('data', context.get('data', UNDEFINED))
52        datatypes = _import_ns.get('datatypes', context.get('datatypes', UNDEFINED))
53        _ = _import_ns.get('_', context.get('_', UNDEFINED))
54        __M_writer = context.writer()
55        # SOURCE LINE 1
56        __M_writer(u'\n')
57        # SOURCE LINE 2
58        __M_writer(u'\n\n')
59        # SOURCE LINE 4
60        __M_writer(u'\n\n')
61        # SOURCE LINE 8
62        __M_writer(u'\n\n')
63        # SOURCE LINE 13
64        __M_writer(u'\n\n')
65        # SOURCE LINE 25
66        __M_writer(u'\n\n')
67        # SOURCE LINE 27
68        if message:
69            # SOURCE LINE 28
70            __M_writer(u'    ')
71            __M_writer(unicode(render_msg( message, status )))
72            __M_writer(u'\n')
73        # SOURCE LINE 30
74        __M_writer(u'\n<div class="toolForm">\n    <div class="toolFormTitle">')
75        # SOURCE LINE 32
76        __M_writer(unicode(_('Edit Attributes')))
77        __M_writer(u'</div>\n    <div class="toolFormBody">\n        <form name="edit_attributes" action="')
78        # SOURCE LINE 34
79        __M_writer(unicode(h.url_for( controller='root', action='edit' )))
80        __M_writer(u'" method="post">\n            <input type="hidden" name="id" value="')
81        # SOURCE LINE 35
82        __M_writer(unicode(data.id))
83        __M_writer(u'"/>\n            <div class="form-row">\n                <label>\n                    Name:\n                </label>\n                <div style="float: left; width: 250px; margin-right: 10px;">\n                    <input type="text" name="name" value="')
84        # SOURCE LINE 41
85        __M_writer(unicode(data.get_display_name()))
86        __M_writer(u'" size="40"/>\n                </div>\n                <div style="clear: both"></div>\n            </div>\n            <div class="form-row">\n                <label>\n                    Info:\n                </label>\n                <div style="float: left; width: 250px; margin-right: 10px;">\n                    <input type="text" name="info" value="')
87        # SOURCE LINE 50
88        __M_writer(unicode(data.info))
89        __M_writer(u'" size="40"/>\n                </div>\n                <div style="clear: both"></div>\n            </div>\n')
90        # SOURCE LINE 54
91        if trans.get_user() is not None:
92            # SOURCE LINE 55
93            __M_writer(u'                <div class="form-row">                    \n                    <label>\n                        Annotation / Notes:\n                    </label>\n                    <div style="float: left; width: 250px; margin-right: 10px;">\n                        <textarea name="annotation" cols="40" rows="2">')
94            # SOURCE LINE 60
95            __M_writer(unicode(data_annotation))
96            __M_writer(u'</textarea>\n                    </div>\n                    <div style="clear: both"></div>\n                    <div class="toolParamHelp">Add an annotation or notes to a dataset; annotations are available when a history is viewed.</div>\n                </div>\n')
97        # SOURCE LINE 66
98        for name, spec in data.metadata.spec.items():
99            # SOURCE LINE 67
100            if spec.visible:
101                # SOURCE LINE 68
102                __M_writer(u'                    <div class="form-row">\n                        <label>\n                            ')
103                # SOURCE LINE 70
104                __M_writer(unicode(spec.desc))
105                __M_writer(u':\n                        </label>\n                        <div style="float: left; width: 250px; margin-right: 10px;">\n                            ')
106                # SOURCE LINE 73
107                __M_writer(unicode(data.metadata.get_html_by_name( name, trans=trans )))
108                __M_writer(u'\n                        </div>\n                        <div style="clear: both"></div>\n                    </div>\n')
109        # SOURCE LINE 79
110        __M_writer(u'            <div class="form-row">\n                <input type="submit" name="save" value="')
111        # SOURCE LINE 80
112        __M_writer(unicode(_('Save')))
113        __M_writer(u'"/>\n            </div>\n        </form>\n        <form name="auto_detect" action="')
114        # SOURCE LINE 83
115        __M_writer(unicode(h.url_for( controller='root', action='edit' )))
116        __M_writer(u'" method="post">\n            <input type="hidden" name="id" value="')
117        # SOURCE LINE 84
118        __M_writer(unicode(data.id))
119        __M_writer(u'"/>\n            <div class="form-row">\n                <div style="float: left; width: 250px; margin-right: 10px;">\n                    <input type="submit" name="detect" value="')
120        # SOURCE LINE 87
121        __M_writer(unicode(_('Auto-detect')))
122        __M_writer(u'"/>\n                </div>\n                <div class="toolParamHelp" style="clear: both;">\n                    This will inspect the dataset and attempt to correct the above column values if they are not accurate.\n                </div>\n            </div>\n        </form>\n')
123        # SOURCE LINE 94
124        if data.missing_meta():
125            # SOURCE LINE 95
126            __M_writer(u'            <div class="form-row">\n                <div class="errormessagesmall">')
127            # SOURCE LINE 96
128            __M_writer(unicode(_('Required metadata values are missing. Some of these values may not be editable by the user. Selecting "Auto-detect" will attempt to fix these values.')))
129            __M_writer(u'</div>\n            </div>\n')
130        # SOURCE LINE 99
131        __M_writer(u'    </div>\n</div>\n<p />\n')
132        # SOURCE LINE 102
133        converters = data.get_converter_types()
134       
135        __M_locals.update(__M_dict_builtin([(__M_key, __M_locals_builtin()[__M_key]) for __M_key in ['converters'] if __M_key in __M_locals_builtin()]))
136        __M_writer(u'\n')
137        # SOURCE LINE 103
138        if len( converters ) > 0:
139            # SOURCE LINE 104
140            __M_writer(u'    <div class="toolForm">\n        <div class="toolFormTitle">')
141            # SOURCE LINE 105
142            __M_writer(unicode(_('Convert to new format')))
143            __M_writer(u'</div>\n        <div class="toolFormBody">\n            <form name="convert_data" action="')
144            # SOURCE LINE 107
145            __M_writer(unicode(h.url_for( controller='root', action='edit' )))
146            __M_writer(u'" method="post">\n                <input type="hidden" name="id" value="')
147            # SOURCE LINE 108
148            __M_writer(unicode(data.id))
149            __M_writer(u'"/>\n                <div class="form-row">\n                    <div style="float: left; width: 250px; margin-right: 10px;">\n                        <select name="target_type">\n')
150            # SOURCE LINE 112
151            for key, value in converters.items():
152                # SOURCE LINE 113
153                __M_writer(u'                                <option value="')
154                __M_writer(unicode(key))
155                __M_writer(u'">')
156                __M_writer(unicode(value.name))
157                __M_writer(u'</option>\n')
158            # SOURCE LINE 115
159            __M_writer(u'                        </select>\n                    </div>\n                    <div class="toolParamHelp" style="clear: both;">\n                        This will create a new dataset with the contents of this dataset converted to a new format. \n                    </div>\n                    <div style="clear: both"></div>\n                </div>\n                <div class="form-row">\n                    <input type="submit" name="convert_data" value="')
160            # SOURCE LINE 123
161            __M_writer(unicode(_('Convert')))
162            __M_writer(u'"/>\n                </div>\n            </form>\n        </div>\n    </div>\n    <p />\n')
163        # SOURCE LINE 130
164        __M_writer(u'\n<div class="toolForm">\n    <div class="toolFormTitle">')
165        # SOURCE LINE 132
166        __M_writer(unicode(_('Change data type')))
167        __M_writer(u'</div>\n    <div class="toolFormBody">\n')
168        # SOURCE LINE 134
169        if data.datatype.allow_datatype_change:
170            # SOURCE LINE 135
171            __M_writer(u'            <form name="change_datatype" action="')
172            __M_writer(unicode(h.url_for( controller='root', action='edit' )))
173            __M_writer(u'" method="post">\n                <input type="hidden" name="id" value="')
174            # SOURCE LINE 136
175            __M_writer(unicode(data.id))
176            __M_writer(u'"/>\n                <div class="form-row">\n                    <label>\n                        ')
177            # SOURCE LINE 139
178            __M_writer(unicode(_('New Type')))
179            __M_writer(u':\n                    </label>\n                    <div style="float: left; width: 250px; margin-right: 10px;">\n                        ')
180            # SOURCE LINE 142
181            __M_writer(unicode(datatype( data, datatypes )))
182            __M_writer(u'\n                    </div>\n                    <div class="toolParamHelp" style="clear: both;">\n                        ')
183            # SOURCE LINE 145
184            __M_writer(unicode(_('This will change the datatype of the existing dataset but <i>not</i> modify its contents. Use this if Galaxy has incorrectly guessed the type of your dataset.')))
185            __M_writer(u'\n                    </div>\n                    <div style="clear: both"></div>\n                </div>\n                <div class="form-row">\n                    <input type="submit" name="change" value="')
186            # SOURCE LINE 150
187            __M_writer(unicode(_('Save')))
188            __M_writer(u'"/>\n                </div>\n            </form>\n')
189            # SOURCE LINE 153
190        else:
191            # SOURCE LINE 154
192            __M_writer(u'            <div class="form-row">\n                <div class="warningmessagesmall">')
193            # SOURCE LINE 155
194            __M_writer(unicode(_('Changing the datatype of this dataset is not allowed.')))
195            __M_writer(u'</div>\n            </div>\n')
196        # SOURCE LINE 158
197        __M_writer(u'    </div>\n</div>\n<p />\n\n')
198        # SOURCE LINE 162
199        if trans.app.security_agent.can_manage_dataset( current_user_roles, data.dataset ):
200            # SOURCE LINE 163
201            __M_writer(u'    ')
202            __M_writer(u'\n    ')
203            # SOURCE LINE 164
204            __M_writer(unicode(render_permission_form( data.dataset, data.get_display_name(), h.url_for( controller='root', action='edit', id=data.id ), all_roles )))
205            __M_writer(u'\n')
206            # SOURCE LINE 165
207        elif trans.user:
208            # SOURCE LINE 166
209            __M_writer(u'    <div class="toolForm">\n        <div class="toolFormTitle">View Permissions</div>\n        <div class="toolFormBody">\n            <div class="form-row">\n')
210            # SOURCE LINE 170
211            if data.dataset.actions:
212                # SOURCE LINE 171
213                __M_writer(u'                    <ul>\n')
214                # SOURCE LINE 172
215                for action, roles in trans.app.security_agent.get_permissions( data.dataset ).items():
216                    # SOURCE LINE 173
217                    if roles:
218                        # SOURCE LINE 174
219                        __M_writer(u'                                <li>')
220                        __M_writer(unicode(action.description))
221                        __M_writer(u'</li>\n                                <ul>\n')
222                        # SOURCE LINE 176
223                        for role in roles:
224                            # SOURCE LINE 177
225                            __M_writer(u'                                        <li>')
226                            __M_writer(unicode(role.name))
227                            __M_writer(u'</li>\n')
228                        # SOURCE LINE 179
229                        __M_writer(u'                                </ul>\n')
230                # SOURCE LINE 182
231                __M_writer(u'                    </ul>\n')
232                # SOURCE LINE 183
233            else:
234                # SOURCE LINE 184
235                __M_writer(u'                    <p>This dataset is accessible by everyone (it is public).</p>\n')
236            # SOURCE LINE 186
237            __M_writer(u'            </div>\n        </div>\n    </div>\n')
238        # SOURCE LINE 190
239        __M_writer(u'<p/>\n<div class="toolForm">\n    <div class="toolFormTitle">Copy History Item</div>\n        <div class="toolFormBody">\n            <form name="copy_hda" action="')
240        # SOURCE LINE 194
241        __M_writer(unicode(h.url_for( controller='dataset', action='copy_datasets', source_dataset_ids=data.id, target_history_ids=data.history_id )))
242        __M_writer(u'" method="post">\n                <div class="form-row">\n                    <input type="submit" name="change" value="Copy history item"/>\n                    <div class="toolParamHelp" style="clear: both;">\n                        Make a copy of this history item in your current history or any of your active histories.\n                    </div>\n                </div>\n            </form>\n        </div>\n    </div>\n</div>\n')
243        return ''
244    finally:
245        context.caller_stack._pop_frame()
246
247
248def render_stylesheets(context):
249    context.caller_stack._push_frame()
250    try:
251        _import_ns = {}
252        _mako_get_namespace(context, '__anon_0x10ab4e150')._populate(_import_ns, [u'render_permission_form'])
253        _mako_get_namespace(context, '__anon_0x10aad7dd0')._populate(_import_ns, [u'render_msg'])
254        h = _import_ns.get('h', context.get('h', UNDEFINED))
255        __M_writer = context.writer()
256        # SOURCE LINE 6
257        __M_writer(u'\n    ')
258        # SOURCE LINE 7
259        __M_writer(unicode(h.css( "base", "autocomplete_tagging" )))
260        __M_writer(u'\n')
261        return ''
262    finally:
263        context.caller_stack._pop_frame()
264
265
266def render_datatype(context,dataset,datatypes):
267    context.caller_stack._push_frame()
268    try:
269        _import_ns = {}
270        _mako_get_namespace(context, '__anon_0x10ab4e150')._populate(_import_ns, [u'render_permission_form'])
271        _mako_get_namespace(context, '__anon_0x10aad7dd0')._populate(_import_ns, [u'render_msg'])
272        _ = _import_ns.get('_', context.get('_', UNDEFINED))
273        __M_writer = context.writer()
274        # SOURCE LINE 15
275        __M_writer(u'\n    <select name="datatype">\n')
276        # SOURCE LINE 17
277        for ext in datatypes:
278            # SOURCE LINE 18
279            if dataset.ext == ext:
280                # SOURCE LINE 19
281                __M_writer(u'                <option value="')
282                __M_writer(unicode(ext))
283                __M_writer(u'" selected="yes">')
284                __M_writer(unicode(_(ext)))
285                __M_writer(u'</option>\n')
286                # SOURCE LINE 20
287            else:
288                # SOURCE LINE 21
289                __M_writer(u'                <option value="')
290                __M_writer(unicode(ext))
291                __M_writer(u'">')
292                __M_writer(unicode(_(ext)))
293                __M_writer(u'</option>\n')
294        # SOURCE LINE 24
295        __M_writer(u'    </select>\n')
296        return ''
297    finally:
298        context.caller_stack._pop_frame()
299
300
301def render_javascripts(context):
302    context.caller_stack._push_frame()
303    try:
304        _import_ns = {}
305        _mako_get_namespace(context, '__anon_0x10ab4e150')._populate(_import_ns, [u'render_permission_form'])
306        _mako_get_namespace(context, '__anon_0x10aad7dd0')._populate(_import_ns, [u'render_msg'])
307        h = _import_ns.get('h', context.get('h', UNDEFINED))
308        parent = _import_ns.get('parent', context.get('parent', UNDEFINED))
309        __M_writer = context.writer()
310        # SOURCE LINE 10
311        __M_writer(u'\n    ')
312        # SOURCE LINE 11
313        __M_writer(unicode(parent.javascripts()))
314        __M_writer(u'\n    ')
315        # SOURCE LINE 12
316        __M_writer(unicode(h.js( "galaxy.base", "jquery.autocomplete", "autocomplete_tagging" )))
317        __M_writer(u'\n')
318        return ''
319    finally:
320        context.caller_stack._pop_frame()
321
322
323def render_title(context):
324    context.caller_stack._push_frame()
325    try:
326        _import_ns = {}
327        _mako_get_namespace(context, '__anon_0x10ab4e150')._populate(_import_ns, [u'render_permission_form'])
328        _mako_get_namespace(context, '__anon_0x10aad7dd0')._populate(_import_ns, [u'render_msg'])
329        _ = _import_ns.get('_', context.get('_', UNDEFINED))
330        __M_writer = context.writer()
331        # SOURCE LINE 4
332        __M_writer(unicode(_('Edit Dataset Attributes')))
333        return ''
334    finally:
335        context.caller_stack._pop_frame()
336
337
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。