root/galaxy-central/database/compiled_templates/root/history_common.mako.py

リビジョン 3, 21.2 KB (コミッタ: kohda, 15 年 前)

Install Unix tools  http://hannonlab.cshl.edu/galaxy_unix_tools/galaxy.html
行番号 
1from mako import runtime, filters, cache
2UNDEFINED = runtime.UNDEFINED
3__M_dict_builtin = dict
4__M_locals_builtin = locals
5_magic_number = 5
6_modified_time = 1287725327.4199979
7_template_filename=u'templates/root/history_common.mako'
8_template_uri=u'root/history_common.mako'
9_template_cache=cache.Cache(__name__, _modified_time)
10_source_encoding=None
11_exports = ['render_dataset']
12
13
14def render_body(context,**pageargs):
15    context.caller_stack._push_frame()
16    try:
17        __M_locals = __M_dict_builtin(pageargs=pageargs)
18        n_ = context.get('n_', UNDEFINED)
19        __M_writer = context.writer()
20        # SOURCE LINE 1
21        _=n_
22       
23        __M_locals.update(__M_dict_builtin([(__M_key, __M_locals_builtin()[__M_key]) for __M_key in ['_'] if __M_key in __M_locals_builtin()]))
24        __M_writer(u'\n')
25        # SOURCE LINE 208
26        __M_writer(u'\n')
27        return ''
28    finally:
29        context.caller_stack._pop_frame()
30
31
32def render_render_dataset(context,data,hid,show_deleted_on_refresh=False,for_editing=True):
33    context.caller_stack._push_frame()
34    try:
35        h = context.get('h', UNDEFINED)
36        app = context.get('app', UNDEFINED)
37        def render_dataset(data,hid,show_deleted_on_refresh=False,for_editing=True):
38            return render_render_dataset(context,data,hid,show_deleted_on_refresh,for_editing)
39        request = context.get('request', UNDEFINED)
40        len = context.get('len', UNDEFINED)
41        enumerate = context.get('enumerate', UNDEFINED)
42        trans = context.get('trans', UNDEFINED)
43        _ = context.get('_', UNDEFINED)
44        __M_writer = context.writer()
45        # SOURCE LINE 3
46        __M_writer(u'\n    <a name="')
47        # SOURCE LINE 4
48        __M_writer(unicode(trans.security.encode_id( data.id )))
49        __M_writer(u'"></a>\n    ')
50        # SOURCE LINE 5
51
52        if data.state in ['no state','',None]:
53            data_state = "queued"
54        else:
55            data_state = data.state
56        current_user_roles = trans.get_current_user_roles()
57           
58       
59        # SOURCE LINE 11
60        __M_writer(u'\n')
61        # SOURCE LINE 12
62        if not trans.user_is_admin() and not trans.app.security_agent.can_access_dataset( current_user_roles, data.dataset ):
63            # SOURCE LINE 13
64            __M_writer(u'        <div class="historyItemWrapper historyItem historyItem-')
65            __M_writer(unicode(data_state))
66            __M_writer(u' historyItem-noPermission" id="historyItem-')
67            __M_writer(unicode(data.id))
68            __M_writer(u'">\n')
69            # SOURCE LINE 14
70        else:
71            # SOURCE LINE 15
72            __M_writer(u'        <div class="historyItemWrapper historyItem historyItem-')
73            __M_writer(unicode(data_state))
74            __M_writer(u'" id="historyItem-')
75            __M_writer(unicode(data.id))
76            __M_writer(u'">\n')
77        # SOURCE LINE 17
78        __M_writer(u'        \n')
79        # SOURCE LINE 18
80        if data.deleted:
81            # SOURCE LINE 19
82            __M_writer(u'        <div class="warningmessagesmall">\n            <strong>This dataset has been deleted. Click <a href="')
83            # SOURCE LINE 20
84            __M_writer(unicode(h.url_for( controller='dataset', action='undelete', id=data.id )))
85            __M_writer(u'" class="historyItemUndelete" id="historyItemUndeleter-')
86            __M_writer(unicode(data.id))
87            __M_writer(u'" target="galaxy_history">here</a> to undelete.</strong>\n        </div>\n')
88        # SOURCE LINE 23
89        __M_writer(u'\n')
90        # SOURCE LINE 24
91        if data.visible is False:
92            # SOURCE LINE 25
93            __M_writer(u'        <div class="warningmessagesmall">\n            <strong>This dataset has been hidden. Click <a href="')
94            # SOURCE LINE 26
95            __M_writer(unicode(h.url_for( controller='dataset', action='unhide', id=data.id )))
96            __M_writer(u'" class="historyItemUnhide" id="historyItemUnhider-')
97            __M_writer(unicode(data.id))
98            __M_writer(u'" target="galaxy_history">here</a> to unhide.</strong>\n        </div>\n')
99        # SOURCE LINE 29
100        __M_writer(u'\n\n')
101        # SOURCE LINE 32
102        __M_writer(u'    <div style="overflow: hidden;" class="historyItemTitleBar">     \n        <div class="historyItemButtons">\n')
103        # SOURCE LINE 34
104        if data_state == "upload":
105            # SOURCE LINE 38
106            __M_writer(u"                <img title='Display Data' class='icon-button display_disabled' />\n")
107            # SOURCE LINE 39
108            if for_editing:
109                # SOURCE LINE 40
110                __M_writer(u"                    <img title='Edit Attributes' class='icon-button edit_disabled' />\n")
111            # SOURCE LINE 42
112        else:
113            # SOURCE LINE 43
114            __M_writer(u'                ')
115 
116            dataset_id = trans.security.encode_id( data.id )
117            if for_editing:
118                display_url = h.url_for( controller='dataset', action='display', dataset_id=dataset_id, preview=True, filename='' )
119            else:
120                # Get URL for display only.
121                if data.history.user and data.history.user.username:
122                    display_url = h.url_for( controller='dataset', action='display_by_username_and_slug',
123                                             username=data.history.user.username, slug=dataset_id )
124                else:
125                    # HACK: revert to for_editing display URL when there is no user/username. This should only happen when
126                    # there's no user/username because dataset is being displayed by history/view after error reported.
127                    # There are no security concerns here because both dataset/display and dataset/display_by_username_and_slug
128                    # check user permissions (to the same degree) before displaying.
129                    display_url = h.url_for( controller='dataset', action='display', dataset_id=dataset_id, preview=True, filename='' )
130                           
131           
132            # SOURCE LINE 58
133            __M_writer(u'\n                <a class="icon-button display tooltip" title="Display data in browser" href="')
134            # SOURCE LINE 59
135            __M_writer(unicode(display_url))
136            __M_writer(u'"\n')
137            # SOURCE LINE 60
138            if for_editing:
139                # SOURCE LINE 61
140                __M_writer(u'                    target="galaxy_main"\n')
141            # SOURCE LINE 63
142            __M_writer(u'                ></a>\n')
143            # SOURCE LINE 64
144            if for_editing:
145                # SOURCE LINE 65
146                __M_writer(u'                    <a class="icon-button edit tooltip" title="Edit attributes" href="')
147                __M_writer(unicode(h.url_for( controller='root', action='edit', id=data.id )))
148                __M_writer(u'" target="galaxy_main"></a>\n')
149        # SOURCE LINE 68
150        if for_editing:
151            # SOURCE LINE 69
152            __M_writer(u'                <a class="icon-button delete tooltip" title="Delete" href="')
153            __M_writer(unicode(h.url_for( action='delete', id=data.id, show_deleted_on_refresh=show_deleted_on_refresh )))
154            __M_writer(u'" id="historyItemDeleter-')
155            __M_writer(unicode(data.id))
156            __M_writer(u'"></a>\n')
157        # SOURCE LINE 71
158        __M_writer(u'        </div>\n        <span class="state-icon"></span>\n        <span class="historyItemTitle">')
159        # SOURCE LINE 73
160        __M_writer(unicode(hid))
161        __M_writer(u': ')
162        __M_writer(unicode(data.display_name()))
163        __M_writer(u'</span>\n    </div>\n        \n')
164        # SOURCE LINE 77
165        __M_writer(u'    \n    <div id="info')
166        # SOURCE LINE 78
167        __M_writer(unicode(data.id))
168        __M_writer(u'" class="historyItemBody">\n')
169        # SOURCE LINE 79
170        if not trans.user_is_admin() and not trans.app.security_agent.can_access_dataset( current_user_roles, data.dataset ):
171            # SOURCE LINE 80
172            __M_writer(u'            <div>You do not have permission to view this dataset.</div>\n')
173            # SOURCE LINE 81
174        elif data_state == "upload":
175            # SOURCE LINE 82
176            __M_writer(u'            <div>Dataset is uploading</div>\n')
177            # SOURCE LINE 83
178        elif data_state == "queued":
179            # SOURCE LINE 84
180            __M_writer(u'            <div>')
181            __M_writer(unicode(_('Job is waiting to run')))
182            __M_writer(u'</div>\n')
183            # SOURCE LINE 85
184        elif data_state == "running":
185            # SOURCE LINE 86
186            __M_writer(u'            <div>')
187            __M_writer(unicode(_('Job is currently running')))
188            __M_writer(u'</div>\n')
189            # SOURCE LINE 87
190        elif data_state == "error":
191            # SOURCE LINE 88
192            __M_writer(u'            <div>\n                An error occurred running this job: <i>')
193            # SOURCE LINE 89
194            __M_writer(unicode(data.display_info().strip()))
195            __M_writer(u'</i>\n            </div>\n            <div>\n                <a href="')
196            # SOURCE LINE 92
197            __M_writer(unicode(h.url_for( controller='dataset', action='errors', id=data.id )))
198            __M_writer(u'" target="galaxy_main" title="View or report this error" class="icon-button bug tooltip"></a>\n                <a href="')
199            # SOURCE LINE 93
200            __M_writer(unicode(h.url_for( controller='tool_runner', action='rerun', id=data.id )))
201            __M_writer(u'" target="galaxy_main" title="Run this job again" class="icon-button arrow-circle tooltip"></a>\n            </div>\n')
202            # SOURCE LINE 95
203        elif data_state == "discarded":
204            # SOURCE LINE 96
205            __M_writer(u'            <div>\n                The job creating this dataset was cancelled before completion.\n            </div>\n')
206            # SOURCE LINE 99
207        elif data_state == 'setting_metadata':
208            # SOURCE LINE 100
209            __M_writer(u'            <div>')
210            __M_writer(unicode(_('Metadata is being Auto-Detected.')))
211            __M_writer(u'</div>\n')
212            # SOURCE LINE 101
213        elif data_state == "empty":
214            # SOURCE LINE 102
215            __M_writer(u'            <div>')
216            __M_writer(unicode(_('No data: ')))
217            __M_writer(u'<i>')
218            __M_writer(unicode(data.display_info()))
219            __M_writer(u'</i></div>\n')
220            # SOURCE LINE 103
221        elif data_state in [ "ok", "failed_metadata" ]:
222            # SOURCE LINE 104
223            if data_state == "failed_metadata":
224                # SOURCE LINE 105
225                __M_writer(u'                <div class="warningmessagesmall" style="margin: 4px 0 4px 0">\n                    An error occurred setting the metadata for this dataset.  You may be able to <a href="')
226                # SOURCE LINE 106
227                __M_writer(unicode(h.url_for( controller='root', action='edit', id=data.id )))
228                __M_writer(u'" target="galaxy_main">set it manually or retry auto-detection</a>.\n                </div>\n')
229            # SOURCE LINE 109
230            __M_writer(u'            <div>\n                ')
231            # SOURCE LINE 110
232            __M_writer(unicode(data.blurb))
233            __M_writer(u',\n                format: <span class="')
234            # SOURCE LINE 111
235            __M_writer(unicode(data.ext))
236            __M_writer(u'">')
237            __M_writer(unicode(data.ext))
238            __M_writer(u'</span>, \n                database:\n')
239            # SOURCE LINE 113
240            if data.dbkey == '?':
241                # SOURCE LINE 114
242                __M_writer(u'                    <a href="')
243                __M_writer(unicode(h.url_for( controller='root', action='edit', id=data.id )))
244                __M_writer(u'" target="galaxy_main">')
245                __M_writer(unicode(_(data.dbkey)))
246                __M_writer(u'</a>\n')
247                # SOURCE LINE 115
248            else:
249                # SOURCE LINE 116
250                __M_writer(u'                    <span class="')
251                __M_writer(unicode(data.dbkey))
252                __M_writer(u'">')
253                __M_writer(unicode(_(data.dbkey)))
254                __M_writer(u'</span>\n')
255            # SOURCE LINE 118
256            __M_writer(u'            </div>\n            <div class="info">')
257            # SOURCE LINE 119
258            __M_writer(unicode(_('Info: ')))
259            __M_writer(unicode(data.display_info()))
260            __M_writer(u'</div>\n            <div> \n                ')
261            # SOURCE LINE 121
262            dataset_id=trans.security.encode_id( data.id )
263           
264            __M_writer(u'\n')
265            # SOURCE LINE 122
266            if data.has_data():
267                # SOURCE LINE 123
268                __M_writer(u'                    <a href="')
269                __M_writer(unicode(h.url_for( controller='dataset', action='display', dataset_id=dataset_id, to_ext=data.ext )))
270                __M_writer(u'" title="Save" class="icon-button disk tooltip"></a>\n')
271                # SOURCE LINE 124
272                if for_editing:
273                    # SOURCE LINE 125
274                    __M_writer(u'                        <a href="')
275                    __M_writer(unicode(h.url_for( controller='tool_runner', action='rerun', id=data.id )))
276                    __M_writer(u'" target="galaxy_main" title="Run this job again" class="icon-button arrow-circle tooltip"></a>\n')
277                    # SOURCE LINE 126
278                    if app.config.get_bool( 'enable_tracks', False ) and data.ext in app.datatypes_registry.get_available_tracks():
279                        # SOURCE LINE 127
280                        __M_writer(u'                            <a data-url="')
281                        __M_writer(unicode(h.url_for( controller='tracks', action='list_tracks' )))
282                        __M_writer(u'" class="icon-button vis-chart tooltip trackster-add"\n                                action-url="')
283                        # SOURCE LINE 128
284                        __M_writer(unicode(h.url_for( controller='tracks', action='browser', dataset_id=dataset_id)))
285                        __M_writer(u'"\n                                new-url="')
286                        # SOURCE LINE 129
287                        __M_writer(unicode(h.url_for( controller='tracks', action='index', dataset_id=dataset_id, default_dbkey=data.dbkey)))
288                        __M_writer(u'" title="Visualize in Trackster"></a>\n')
289                    # SOURCE LINE 131
290                    if trans.user:
291                        # SOURCE LINE 132
292                        __M_writer(u'                            <div style="float: right">\n                                <a href="')
293                        # SOURCE LINE 133
294                        __M_writer(unicode(h.url_for( controller='tag', action='retag', item_class=data.__class__.__name__, item_id=dataset_id )))
295                        __M_writer(u'" target="galaxy_main" title="Edit dataset tags" class="icon-button tags tooltip"></a>\n                                <a href="')
296                        # SOURCE LINE 134
297                        __M_writer(unicode(h.url_for( controller='dataset', action='annotate', id=dataset_id )))
298                        __M_writer(u'" target="galaxy_main" title="Edit dataset annotation" class="icon-button annotate tooltip"></a>\n                            </div>\n                            <div style="clear: both"></div>\n                            <div class="tag-area" style="display: none">\n                                <strong>Tags:</strong>\n                                <div class="tag-elt"></div>\n                            </div>\n                            <div id="')
299                        # SOURCE LINE 141
300                        __M_writer(unicode(dataset_id))
301                        __M_writer(u'-annotation-area" class="annotation-area" style="display: none">\n                                <strong>Annotation:</strong>\n                                <div id="')
302                        # SOURCE LINE 143
303                        __M_writer(unicode(dataset_id))
304                        __M_writer(u'-annotation-elt" style="margin: 1px 0px 1px 0px" class="annotation-elt tooltip editable-text" title="Edit dataset annotation"></div>\n                            </div>\n                            \n')
305                    # SOURCE LINE 147
306                else:
307                    # SOURCE LINE 150
308                    __M_writer(u'                        <div style="clear: both"></div>\n')
309                # SOURCE LINE 152
310                __M_writer(u'    \t\t        <div style="clear: both"></div>\n')
311                # SOURCE LINE 153
312                for display_app in data.datatype.get_display_types():
313                    # SOURCE LINE 154
314                    __M_writer(u'                        ')
315                    target_frame, display_links = data.datatype.get_display_links( data, display_app, app, request.base )
316                   
317                    __M_writer(u'\n')
318                    # SOURCE LINE 155
319                    if len( display_links ) > 0:
320                        # SOURCE LINE 156
321                        __M_writer(u'                            | ')
322                        __M_writer(unicode(data.datatype.get_display_label(display_app)))
323                        __M_writer(u'\n')
324                        # SOURCE LINE 157
325                        for display_name, display_link in display_links:
326                            # SOURCE LINE 158
327                            __M_writer(u'                                <a target="')
328                            __M_writer(unicode(target_frame))
329                            __M_writer(u'" href="')
330                            __M_writer(unicode(display_link))
331                            __M_writer(u'">')
332                            __M_writer(unicode(_(display_name)))
333                            __M_writer(u'</a> \n')
334                # SOURCE LINE 162
335                for display_app in data.get_display_applications( trans ).itervalues():
336                    # SOURCE LINE 163
337                    __M_writer(u'                        | ')
338                    __M_writer(unicode(display_app.name))
339                    __M_writer(u' \n')
340                    # SOURCE LINE 164
341                    for link_app in display_app.links.itervalues():
342                        # SOURCE LINE 165
343                        __M_writer(u'                            <a target="')
344                        __M_writer(unicode(link_app.url.get( 'target_frame', '_blank' )))
345                        __M_writer(u'" href="')
346                        __M_writer(unicode(link_app.get_display_url( data, trans )))
347                        __M_writer(u'">')
348                        __M_writer(unicode(_(link_app.name)))
349                        __M_writer(u'</a> \n')
350                # SOURCE LINE 168
351            elif for_editing:
352                # SOURCE LINE 169
353                __M_writer(u'                    <a href="')
354                __M_writer(unicode(h.url_for( controller='tool_runner', action='rerun', id=data.id )))
355                __M_writer(u'" target="galaxy_main" title="Run this job again" class="icon-button arrow-circle tooltip"></a>\n')
356            # SOURCE LINE 171
357            __M_writer(u'    \n                </div>\n')
358            # SOURCE LINE 173
359            if data.peek != "no peek":
360                # SOURCE LINE 174
361                __M_writer(u'                    <div><pre id="peek')
362                __M_writer(unicode(data.id))
363                __M_writer(u'" class="peek">')
364                __M_writer(unicode(_(data.display_peek())))
365                __M_writer(u'</pre></div>\n')
366            # SOURCE LINE 176
367        else:
368            # SOURCE LINE 177
369            __M_writer(u'            <div>')
370            __M_writer(unicode(_('Error: unknown dataset state "%s".') % data_state))
371            __M_writer(u'</div>\n')
372        # SOURCE LINE 179
373        __M_writer(u'           \n')
374        # SOURCE LINE 181
375        __M_writer(u'                          \n')
376        # SOURCE LINE 182
377        if len( data.children ) > 0:
378            # SOURCE LINE 185
379            __M_writer(u'            ')
380
381            children = []
382            for child in data.children:
383                if child.visible:
384                    children.append( child )
385           
386           
387            # SOURCE LINE 190
388            __M_writer(u'\n')
389            # SOURCE LINE 191
390            if len( children ) > 0:
391                # SOURCE LINE 192
392                __M_writer(u'                <div>\n                    There are ')
393                # SOURCE LINE 193
394                __M_writer(unicode(len( children )))
395                __M_writer(u' secondary datasets.\n')
396                # SOURCE LINE 194
397                for idx, child in enumerate(children):
398                    # SOURCE LINE 195
399                    __M_writer(u'                        ')
400                    __M_writer(unicode(render_dataset( child, idx + 1, show_deleted_on_refresh = show_deleted_on_refresh )))
401                    __M_writer(u'\n')
402                # SOURCE LINE 197
403                __M_writer(u'                </div>\n')
404        # SOURCE LINE 200
405        __M_writer(u'\n    <div style="clear: both;"></div>\n\n    </div>\n        \n        \n    </div>\n\n')
406        return ''
407    finally:
408        context.caller_stack._pop_frame()
409
410
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。