root/galaxy-central/datatypes_conf.xml.sample

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<datatypes>
    <registration converters_path="lib/galaxy/datatypes/converters" display_path="display_applications">
        <datatype extension="ab1" type="galaxy.datatypes.binary:Ab1" mimetype="application/octet-stream" display_in_upload="true"/>
        <datatype extension="afg" type="galaxy.datatypes.assembly:Amos" display_in_upload="false"/>
        <datatype extension="axt" type="galaxy.datatypes.sequence:Axt" display_in_upload="true"/>
        <datatype extension="bam" type="galaxy.datatypes.binary:Bam" mimetype="application/octet-stream" display_in_upload="true">
            <converter file="bam_to_bai.xml" target_datatype="bai"/>
            <converter file="bam_to_summary_tree_converter.xml" target_datatype="summary_tree" depends_on="bai"/>
            <display file="ucsc/bam.xml" />
            <display file="ensembl/ensembl_bam.xml" />
        </datatype>
        <datatype extension="bed" type="galaxy.datatypes.interval:Bed" display_in_upload="true">
            <converter file="bed_to_gff_converter.xml" target_datatype="gff"/>
            <converter file="interval_to_coverage.xml" target_datatype="coverage"/>
            <converter file="bed_to_interval_index_converter.xml" target_datatype="interval_index"/>
            <converter file="bed_to_summary_tree_converter.xml" target_datatype="summary_tree"/>
            <!-- <display file="ucsc/interval_as_bed.xml" /> -->
            <display file="genetrack.xml" />
        </datatype>
        <datatype extension="bedgraph" type="galaxy.datatypes.interval:BedGraph" display_in_upload="true">
            <converter file="bedgraph_to_array_tree_converter.xml" target_datatype="array_tree"/>
        </datatype>
        <datatype extension="bedstrict" type="galaxy.datatypes.interval:BedStrict" />
        <datatype extension="bed6" type="galaxy.datatypes.interval:Bed6">
            <converter file="bed_to_genetrack_converter.xml" target_datatype="genetrack"/>
        </datatype>
        <datatype extension="bed12" type="galaxy.datatypes.interval:Bed12" />
        <datatype extension="len" type="galaxy.datatypes.chrominfo:ChromInfo" display_in_upload="true">
            <!-- no converters yet -->
        </datatype>
        <datatype extension="bigbed" type="galaxy.datatypes.binary:BigBed" mimetype="application/octet-stream" display_in_upload="true">
            <display file="ucsc/bigbed.xml" />
        </datatype>
        <datatype extension="bigwig" type="galaxy.datatypes.binary:BigWig" mimetype="application/octet-stream" display_in_upload="true">
            <display file="ucsc/bigwig.xml" />
        </datatype>
        <datatype extension="coverage" type="galaxy.datatypes.coverage:LastzCoverage" display_in_upload="true">
            <indexer file="coverage.xml" />
        </datatype>
        <datatype extension="coverage" type="galaxy.datatypes.coverage:LastzCoverage" display_in_upload="true">
            <indexer file="coverage.xml" />
        </datatype>
        <!-- MSI added Datatypes -->
        <datatype extension="csv" type="galaxy.datatypes.tabular:Tabular"/>
        <!-- End MSI added Datatypes -->
        <datatype extension="customtrack" type="galaxy.datatypes.interval:CustomTrack"/>
        <datatype extension="bowtie_color_index" type="galaxy.datatypes.ngsindex:BowtieColorIndex" mimetype="text/html" display_in_upload="False"/>
        <datatype extension="bowtie_base_index" type="galaxy.datatypes.ngsindex:BowtieBaseIndex" mimetype="text/html" display_in_upload="False"/>
        <datatype extension="csfasta" type="galaxy.datatypes.sequence:csFasta" display_in_upload="true"/>
        <datatype extension="data" type="galaxy.datatypes.data:Data" mimetype="application/octet-stream" max_optional_metadata_filesize="1048576" />
        <datatype extension="fasta" type="galaxy.datatypes.sequence:Fasta" display_in_upload="true">
            <converter file="fasta_to_tabular_converter.xml" target_datatype="tabular"/>
            <converter file="fasta_to_bowtie_base_index_converter.xml" target_datatype="bowtie_base_index"/>
            <converter file="fasta_to_bowtie_color_index_converter.xml" target_datatype="bowtie_color_index"/>
        </datatype>
        <datatype extension="fastq" type="galaxy.datatypes.sequence:Fastq" display_in_upload="true"/>
        <datatype extension="fastqsanger" type="galaxy.datatypes.sequence:FastqSanger" display_in_upload="true"/>
        <datatype extension="fastqsolexa" type="galaxy.datatypes.sequence:FastqSolexa" display_in_upload="true"/>
        <datatype extension="fastqcssanger" type="galaxy.datatypes.sequence:FastqCSSanger" display_in_upload="true"/>
        <datatype extension="fastqillumina" type="galaxy.datatypes.sequence:FastqIllumina" display_in_upload="true"/>
        <datatype extension="eland" type="galaxy.datatypes.tabular:Eland" display_in_upload="true"/>
        <datatype extension="elandmulti" type="galaxy.datatypes.tabular:ElandMulti" display_in_upload="true"/>
        <datatype extension="genetrack" type="galaxy.datatypes.tracks:GeneTrack">
            <!-- <display file="genetrack.xml" /> -->
        </datatype>
        <datatype extension="gff" type="galaxy.datatypes.interval:Gff" display_in_upload="true">
            <converter file="gff_to_bed_converter.xml" target_datatype="bed"/>
            <converter file="gff_to_interval_index_converter.xml" target_datatype="interval_index"/>
            <converter file="gff_to_summary_tree_converter.xml" target_datatype="summary_tree"/>
            <display file="ensembl/ensembl_gff.xml" inherit="True"/>
            <!-- <display file="gbrowse/gbrowse_gff.xml" inherit="True" /> -->
        </datatype>
        <datatype extension="gff3" type="galaxy.datatypes.interval:Gff3" display_in_upload="true"/>
        <datatype extension="gif" type="galaxy.datatypes.images:Image" mimetype="image/gif"/>
        <datatype extension="gmaj.zip" type="galaxy.datatypes.images:Gmaj" mimetype="application/zip"/>
        <datatype extension="gtf" type="galaxy.datatypes.interval:Gtf" display_in_upload="true"/>
        <datatype extension="html" type="galaxy.datatypes.images:Html" mimetype="text/html"/>
        <datatype extension="interval" type="galaxy.datatypes.interval:Interval" display_in_upload="true">
            <converter file="interval_to_bed_converter.xml" target_datatype="bed"/>
            <converter file="interval_to_bedstrict_converter.xml" target_datatype="bedstrict"/>
            <converter file="interval_to_bed6_converter.xml" target_datatype="bed6"/>
            <converter file="interval_to_bed12_converter.xml" target_datatype="bed12"/>
            <indexer file="interval_awk.xml" />
            <!-- <display file="ucsc/interval_as_bed.xml" inherit="True" /> -->
            <display file="genetrack.xml" inherit="True"/>
            <display file="ensembl/ensembl_interval_as_bed.xml" inherit="True"/>
            <display file="gbrowse/gbrowse_interval_as_bed.xml" inherit="True"/>
        </datatype>
        <datatype extension="jpg" type="galaxy.datatypes.images:Image" mimetype="image/jpeg"/>
        <datatype extension="laj" type="galaxy.datatypes.images:Laj"/>
        <datatype extension="lav" type="galaxy.datatypes.sequence:Lav" display_in_upload="true"/>
        <datatype extension="maf" type="galaxy.datatypes.sequence:Maf" display_in_upload="true">
            <converter file="maf_to_fasta_converter.xml" target_datatype="fasta"/>
            <converter file="maf_to_interval_converter.xml" target_datatype="interval"/>
        </datatype>
        <datatype extension="mafcustomtrack" type="galaxy.datatypes.sequence:MafCustomTrack">
            <display file="ucsc/maf_customtrack.xml" />
        </datatype>
        <datatype extension="pdf" type="galaxy.datatypes.images:Pdf" mimetype="application/pdf"/>
        <datatype extension="pileup" type="galaxy.datatypes.tabular:Pileup" display_in_upload="true" />
        <datatype extension="png" type="galaxy.datatypes.images:Image" mimetype="image/png"/>
        <datatype extension="qual" type="galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScore" />
        <datatype extension="qualsolexa" type="galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScoreSolexa" display_in_upload="true"/>
        <datatype extension="qualillumina" type="galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScoreIllumina" display_in_upload="true"/>
        <datatype extension="qualsolid" type="galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScoreSOLiD" display_in_upload="true"/>
        <datatype extension="qual454" type="galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScore454" display_in_upload="true"/>
        <datatype extension="Roadmaps" type="galaxy.datatypes.assembly:Roadmaps" display_in_upload="false"/>
        <datatype extension="sam" type="galaxy.datatypes.tabular:Sam" display_in_upload="true"/>
        <datatype extension="scf" type="galaxy.datatypes.binary:Scf" mimetype="application/octet-stream" display_in_upload="true"/>
        <datatype extension="Sequences" type="galaxy.datatypes.assembly:Sequences" display_in_upload="false"/>
        <datatype extension="sff" type="galaxy.datatypes.binary:Sff" mimetype="application/octet-stream" display_in_upload="true"/>
        <datatype extension="svg" type="galaxy.datatypes.images:Image" mimetype="image/svg+xml"/>
        <datatype extension="taxonomy" type="galaxy.datatypes.tabular:Taxonomy" display_in_upload="true"/>
        <datatype extension="tabular" type="galaxy.datatypes.tabular:Tabular" display_in_upload="true"/>
        <datatype extension="txt" type="galaxy.datatypes.data:Text" display_in_upload="true"/>
        <datatype extension="blastxml" type="galaxy.datatypes.xml:BlastXml" display_in_upload="true"/>
        <datatype extension="vcf" type="galaxy.datatypes.tabular:Vcf" display_in_upload="true">
            <converter file="vcf_to_interval_index_converter.xml" target_datatype="interval_index"/>
            <converter file="vcf_to_summary_tree_converter.xml" target_datatype="summary_tree"/>    
        </datatype>
        <datatype extension="velvet" type="galaxy.datatypes.assembly:Velvet" display_in_upload="false"/>
        <datatype extension="wig" type="galaxy.datatypes.interval:Wiggle" display_in_upload="true">
            <converter file="wiggle_to_array_tree_converter.xml" target_datatype="array_tree"/>
            <converter file="wiggle_to_simple_converter.xml" target_datatype="interval"/>
            <!-- <display file="gbrowse/gbrowse_wig.xml" /> -->
        </datatype>
        <datatype extension="array_tree" type="galaxy.datatypes.data:Data" />
        <datatype extension="summary_tree" type="galaxy.datatypes.data:Data" />
        <datatype extension="interval_index" type="galaxy.datatypes.data:Data" />
        <!-- Start EMBOSS tools -->
        <datatype extension="acedb" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="asn1" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="btwisted" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="cai" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="charge" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="checktrans" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="chips" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="clustal" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="codata" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="codcmp" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="coderet" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="compseq" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="cpgplot" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="cpgreport" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="cusp" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="cut" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="dan" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="dbmotif" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="diffseq" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="digest" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="dreg" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="einverted" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="embl" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="epestfind" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="equicktandem" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="est2genome" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="etandem" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="excel" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="feattable" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="fitch" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="freak" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="fuzznuc" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="fuzzpro" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="fuzztran" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="garnier" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="gcg" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="geecee" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="genbank" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="helixturnhelix" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="hennig86" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="hmoment" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="ig" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="isochore" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="jackknifer" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="jackknifernon" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="markx10" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="markx1" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="markx0" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="markx3" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="markx2" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="match" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="mega" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="meganon" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="motif" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="msf" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="nametable" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="ncbi" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="needle" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="newcpgreport" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="newcpgseek" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="nexus" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="nexusnon" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="noreturn" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="pair" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="palindrome" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="pepcoil" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="pepinfo" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="pepstats" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="phylip" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="phylipnon" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="pir" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="polydot" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="preg" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="prettyseq" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="primersearch" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="regions" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="score" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="selex" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="seqtable" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="showfeat" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="showorf" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="simple" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="sixpack" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="srs" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="srspair" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="staden" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="strider" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="supermatcher" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="swiss" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="syco" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="table" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="textsearch" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="vectorstrip" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="wobble" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="wordcount" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <datatype extension="tagseq" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
        <!-- End EMBOSS tools -->
        <!-- Start RGenetics Datatypes -->
        <datatype extension="affybatch" type="galaxy.datatypes.genetics:Affybatch" display_in_upload="true"/>
        <!-- eigenstrat pedigree input file -->
        <datatype extension="eigenstratgeno" type="galaxy.datatypes.genetics:Eigenstratgeno"/>
        <!-- eigenstrat pca output file for adjusted eigenQTL eg -->
        <datatype extension="eigenstratpca" type="galaxy.datatypes.genetics:Eigenstratpca"/>
        <datatype extension="eset" type="galaxy.datatypes.genetics:Eset" display_in_upload="true" />
        <!-- fbat/pbat format pedigree (header row of marker names) -->
        <datatype extension="fped" type="galaxy.datatypes.genetics:Fped" display_in_upload="true"/>
        <!-- phenotype file - fbat format -->
        <datatype extension="fphe" type="galaxy.datatypes.genetics:Fphe" display_in_upload="true" mimetype="text/html"/>
        <!-- genome graphs ucsc file - first col is always marker then numeric values to plot -->
        <datatype extension="gg" type="galaxy.datatypes.genetics:GenomeGraphs"/>
        <!-- part of linkage format pedigree -->
        <!-- information redundancy (LD) filtered plink pbed -->
        <datatype extension="ldindep" type="galaxy.datatypes.genetics:ldIndep" display_in_upload="true">
        </datatype>
        <datatype extension="malist" type="galaxy.datatypes.genetics:MAlist" display_in_upload="true"/>
        <!-- linkage format pedigree (separate .map file) -->
        <datatype extension="lped" type="galaxy.datatypes.genetics:Lped" display_in_upload="true">
            <converter file="lped_to_fped_converter.xml" target_datatype="fped"/>
            <converter file="lped_to_pbed_converter.xml" target_datatype="pbed"/>
        </datatype>
        <!-- plink compressed file - has bed extension unfortunately -->
        <datatype extension="pbed" type="galaxy.datatypes.genetics:Pbed" display_in_upload="true">
            <converter file="pbed_to_lped_converter.xml" target_datatype="lped"/>
            <converter file="pbed_ldreduced_converter.xml" target_datatype="ldindep"/>
        </datatype>
        <datatype extension="pheno" type="galaxy.datatypes.genetics:Pheno"/>
        <!-- phenotype file - plink format -->
        <datatype extension="pphe" type="galaxy.datatypes.genetics:Pphe" display_in_upload="true" mimetype="text/html"/>
        <datatype extension="rexpbase" type="galaxy.datatypes.genetics:RexpBase"/>
        <datatype extension="rgenetics" type="galaxy.datatypes.genetics:Rgenetics"/>
        <datatype extension="snptest" type="galaxy.datatypes.genetics:Snptest" display_in_upload="true"/>
        <datatype extension="snpmatrix" type="galaxy.datatypes.genetics:SNPMatrix" display_in_upload="true"/>
        <datatype extension="xls" type="galaxy.datatypes.tabular:Tabular"/>
        <!-- End RGenetics Datatypes -->
    </registration>
    <sniffers>
        <!--
          The order in which Galaxy attempts to determine data types is 
          important because some formats are much more loosely defined 
          than others.  The following list should be the most rigidly 
          defined format first, followed by next-most rigidly defined, 
          and so on.
        -->
        <sniffer type="galaxy.datatypes.binary:Bam"/>
        <sniffer type="galaxy.datatypes.binary:Sff"/>
        <sniffer type="galaxy.datatypes.xml:BlastXml"/>
        <sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:Maf"/>
        <sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:Lav"/>
        <sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:csFasta"/>
        <sniffer type="galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScoreSOLiD"/>
        <sniffer type="galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScore454"/>
        <sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:Fasta"/>
        <sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:Fastq"/>
        <sniffer type="galaxy.datatypes.interval:Wiggle"/>
        <sniffer type="galaxy.datatypes.images:Html"/>
        <sniffer type="galaxy.datatypes.images:Pdf"/>
        <sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:Axt"/>
        <sniffer type="galaxy.datatypes.interval:Bed"/>
        <sniffer type="galaxy.datatypes.interval:CustomTrack"/>
        <sniffer type="galaxy.datatypes.interval:Gff"/>
        <sniffer type="galaxy.datatypes.interval:Gff3"/>
        <sniffer type="galaxy.datatypes.tabular:Pileup"/>
        <sniffer type="galaxy.datatypes.interval:Interval"/>
        <sniffer type="galaxy.datatypes.tabular:Sam"/>
        <sniffer type="galaxy.datatypes.tabular:Vcf"/>
        <!--
        Keep this commented until the sniff method in the assembly.py
        module is fixed to not read the entire file.
        <sniffer type="galaxy.datatypes.assembly:Amos"/>
        -->
    </sniffers>
</datatypes>