root/galaxy-central/eggs/GeneTrack-2.0.0_beta_1_dev_48da9e998f0caf01c5be731e926f4b0481f658f0-py2.6.egg/tests/megatest.py

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Install Unix tools  http://hannonlab.cshl.edu/galaxy_unix_tools/galaxy.html

行番号 
1"""
2Runs a more demaniding test
3"""
4import os
5from genetrack import util, conf, logger, scripts
6from genetrack.scripts import bed2genetrack
7
8logger.disable(None)
9
10def bedfile(inpfile):
11    basename = os.path.basename(inpfile)
12    outfile = conf.tempdata('%s.genetrack' % basename)
13    bed2genetrack.transform(inpfile, outfile)
14
15if __name__ == '__main__':
16    import optparse
17
18    parser = optparse.OptionParser()
19
20    # setting the input file name
21    parser.add_option(
22        '--bed2genetrack',
23        dest="bed2genetrack",
24        help="run the bed2genetrack transform on a file"
25    )
26
27    options, args = parser.parse_args()
28   
29    if options.bed2genetrack:
30        bedfile(options.bed2genetrack)
31   
32
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。