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maf_gap_frequency.py

リビジョン 3, 453 bytes (コミッタ: kohda, 14 年前)
Install Unix tools http://hannonlab.cshl.edu/galaxy_unix_tools/galaxy.html

行番号
1	#!/usr/bin/python2.6
2
3	"""
4	Read a MAF from standard input and print the fraction of gap columns in
5	each block.
6
7	usage: %prog < maf > out
8	"""
9
10	from __future__ import division
11
12	import sys
13	import bx.align.maf
14
15
16	def main():
17	for m in bx.align.maf.Reader( sys.stdin ):
18	gaps = 0
19	for col in m.column_iter():
20	if ( '-' in col ): gaps += 1
21	print gaps / m.text_size
22
23	if __name__ == "__main__": main()

Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。