root/galaxy-central/eggs/bx_python-0.5.0_dev_f74aec067563-py2.6-macosx-10.6-universal-ucs2.egg/bx/bitset_utils.py

リビジョン 3, 1.8 KB (コミッタ: kohda, 14 年 前)

Install Unix tools  http://hannonlab.cshl.edu/galaxy_unix_tools/galaxy.html

行番号 
1"""
2Utility functions for working with `Bitset`s and treating lists of (start,end)
3as `Bitset`s.
4"""
5
6from bx.bitset import *
7
8def bitset_intersect( ex1, ex2 ):
9    bits1 = list2bits( ex1 )
10    bits2 = list2bits( ex2 )
11    bits1.iand( bits2 )
12    return bits2list( bits1 )
13
14def bitset_subtract( ex1, ex2 ):
15    bits1 = list2bits( ex1 )
16    bits2 = list2bits( ex2 )
17    bits2.invert()
18    bits1.iand( bits2 )
19    return bits2list( bits1 )
20
21def list2bits( ex ):
22    bits = BinnedBitSet(MAX)
23    for start,end  in ex:
24        bits.set_range( start, end - start )
25    return bits
26
27def bits2list( bits ):
28    ex = []
29    end = 0
30    while 1:
31        start = bits.next_set( end )
32        if start == bits.size: break
33        end = bits.next_clear( start )
34        ex.append( (start, end) )
35    return ex
36
37def bitset_complement( exons ):
38    bits = BinnedBitSet(MAX)
39    introns = []
40    for start, end in exons:
41        bits.set_range( start, end - start )
42    bits.invert()
43
44    # only complement within the range of the list
45    ex_start = min( [a[0] for a in exons] )
46    ex_end = max( [a[1] for a in exons] )
47    end = ex_start
48    len = ex_end
49    while 1:
50            start = bits.next_set( end )
51            if start == bits.size: break
52            end = bits.next_clear( start )
53            if end > len: end = len
54            if start != end:
55                introns.append( (start,end ) )
56            if end == len: break
57    return introns
58
59def bitset_interval_intersect( bits, istart, iend ):
60    rval = []
61    end = istart
62    len = iend
63    while 1:
64        start = bits.next_set( end )
65        if start >= len: break
66        end = bits.next_clear( start )
67        if start != end:
68            rval.append( (start,end) )
69        if end >= len: break
70    return rval
71
72def bitset_union( exons ):
73    bits = list2bits( exons )
74    return bits2list( bits )
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。