root/galaxy-central/eggs/bx_python-0.5.0_dev_f74aec067563-py2.6-macosx-10.6-universal-ucs2.egg/bx/tabular/io.py

リビジョン 3, 4.3 KB (コミッタ: kohda, 14 年 前)

Install Unix tools  http://hannonlab.cshl.edu/galaxy_unix_tools/galaxy.html

行番号 
1"""
2Reading and writing delimited data files (with headers and comments).
3"""
4
5import sys
6from itertools import *
7from UserDict import DictMixin
8
9class ParseError( Exception ):
10    def __init__( self, *args, **kwargs ):
11        Exception.__init__( self, *args )
12        self.linenum = kwargs.get("linenum",None)
13    def __str__( self ):
14        if self.linenum:
15            return Exception.__str__( self ) + " on line " + str(self.linenum)
16        else:
17            return Exception.__str__( self )
18
19class TableRow( object ):
20    """
21    A row of a table
22    """
23    def __init__( self, reader, fields ):
24        self.reader = reader
25        self.fields = fields
26    def __getitem__( self, key ):
27        if type( key ) == int:
28            return self.fields[key]
29        elif type( key ) == str:
30            if self.reader.header:
31                return self.fields[ self.reader.header.field_to_column[key] ]
32            else:
33                raise TypeError( "column names only supported for files with headers" )
34        else:
35            raise TypeError( "field indices must be integers or strings" )
36    @property
37    def fieldnames( self ):
38        return self.reader.header.fields
39    def __str__( self ):
40        return "\t".join( self.fields )
41
42class Header( object ):
43    """
44    Header of a table -- contains column names and a mapping from them
45    to column indexes
46    """
47    def __init__( self, fields ):
48        self.set_fields( fields )
49    def set_fields( self, fields ):
50        self.fields = fields
51        self.field_to_column = dict( zip( fields, count() ) )
52    def __getitem__( self, key ):
53        if type( key ) == int:
54            return self.fields[key]
55        elif type( key ) == str:
56            if key in self.field_to_column:
57                return key
58        else:
59            raise TypeError( "field indices must be integers or strings" )
60    def __str__( self ):
61        return "#" + "\t".join( self.fields )
62       
63class Comment( object ):
64    def __init__( self, line ):
65        self.line = line
66    def __str__( self ):
67        if self.line.startswith("#"):
68            return self.line
69        return "#" + self.line
70
71class TableReader( object ):
72    """
73    Reader for iterating tabular data
74    """
75    def __init__( self, input, return_header=True, return_comments=True, force_header=None, comment_lines_startswith = ["#"] ):
76        self.input = input
77        self.return_comments = return_comments
78        self.return_header = return_header
79        self.input_iter = iter( input )
80        self.linenum = 0
81        self.header = force_header
82        self.comment_lines_startswith = comment_lines_startswith
83    def __iter__( self ):
84        return self
85    def next( self ):
86        line = self.input_iter.next()
87        self.linenum += 1
88        line = line.rstrip( "\r\n" )
89        # Catch blank lines (throw a warning?)
90        # This will end up adding a '#' at the beginning of blank lines
91        if line == '':
92            if self.return_comments:
93                return Comment( line )
94            else:
95                return self.next()
96        # Is it a comment line?
97        for comment_line_start in self.comment_lines_startswith:
98            if line.startswith( comment_line_start ):
99                # If a comment and the first line we assume it is a header
100                if self.header is None and self.linenum == 1:
101                    self.header = self.parse_header( line )
102                    if self.return_header:
103                        return self.header
104                    else:
105                        return self.next()
106                else:
107                    if self.return_comments:
108                        return self.parse_comment( line )
109                    else:
110                        return self.next()
111        # Not a comment, must be an interval
112        try:
113            return self.parse_row( line )
114        except ParseError, e:
115            e.linenum = self.linenum
116            raise e
117    def parse_header( self, line ):
118        if line.startswith("#"):
119            fields = line[1:].split( "\t" )
120        else:
121            fields = line.split( "\t" )
122        return Header( fields )
123    def parse_comment( self, line ):
124        return Comment( line )
125    def parse_row( self, line ):
126        return TableRow( self, line.split( "\t" ) )
127       
128       
129       
130       
131       
132       
133       
134       
135       
136       
137       
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。