root/galaxy-central/lib/galaxy/webapps/community/controllers/tool.py

リビジョン 2, 9.4 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central

行番号 
1import os, logging, urllib, tarfile
2
3from galaxy.web.base.controller import *
4from galaxy.webapps.community import model
5from galaxy.web.framework.helpers import time_ago, iff, grids
6from galaxy.model.orm import *
7from common import *
8
9log = logging.getLogger( __name__ )
10
11class StateColumn( grids.StateColumn ):
12    def get_value( self, trans, grid, tool ):
13        state = tool.state
14        if state == trans.model.Tool.states.APPROVED:
15            state_color = 'ok'
16        elif state == trans.model.Tool.states.REJECTED:
17            state_color = 'error'
18        elif state == trans.model.Tool.states.ARCHIVED:
19            state_color = 'upload'
20        else:
21            state_color = state
22        return '<div class="count-box state-color-%s">%s</div>' % ( state_color, state )
23
24class ToolStateColumn( grids.StateColumn ):
25    def filter( self, trans, user, query, column_filter ):
26        """Modify query to filter self.model_class by state."""
27        if column_filter == "All":
28            pass
29        elif column_filter in [ v for k, v in self.model_class.states.items() ]:
30            # Get all of the latest Events associated with the current version of each tool
31            latest_event_id_for_current_versions_of_tools = [ tool.latest_event.id for tool in get_latest_versions_of_tools( trans ) ]
32            # Filter query by the latest state for the current version of each tool
33            return query.filter( and_( model.Event.table.c.state == column_filter,
34                                       model.Event.table.c.id.in_( latest_event_id_for_current_versions_of_tools ) ) )
35        return query
36       
37class ApprovedToolListGrid( ToolListGrid ):
38    columns = [ col for col in ToolListGrid.columns ]
39    columns.append(
40        StateColumn( "Status",
41                     link=( lambda item: dict( operation="tools_by_state", id=item.id, webapp="community" ) ),
42                     visible=False,
43                     attach_popup=False )
44    )
45    columns.append(
46        ToolStateColumn( "State",
47                         key="state",
48                         visible=False,
49                         filterable="advanced" )
50    )
51
52class MyToolsListGrid( ApprovedToolListGrid ):
53    columns = [ col for col in ToolListGrid.columns ]
54    columns.append(
55        StateColumn( "Status",
56                     link=( lambda item: dict( operation="tools_by_state", id=item.id, webapp="community" ) ),
57                     visible=True,
58                     attach_popup=False )
59    )
60    columns.append(
61        ToolStateColumn( "State",
62                         key="state",
63                         visible=False,
64                         filterable="advanced" )
65    )
66
67class ToolCategoryListGrid( CategoryListGrid ):
68    """
69    Replaces the tools column in the Category grid with a similar column,
70    but displaying the number of APPROVED tools in the category.
71    """
72    class ToolsColumn( grids.TextColumn ):
73        def get_value( self, trans, grid, category ):
74            if category.tools:
75                viewable_tools = 0
76                for tca in category.tools:
77                    tool = tca.tool
78                    if tool.is_approved:
79                        viewable_tools += 1
80                return viewable_tools
81            return 0
82
83    columns = []
84    for col in CategoryListGrid.columns:
85        if not isinstance( col, CategoryListGrid.ToolsColumn ):
86            columns.append( col )
87    columns.append(
88        ToolsColumn( "Tools",
89                     model_class=model.Tool,
90                     attach_popup=False )
91    )
92
93class ToolController( BaseController ):
94
95    tool_list_grid = ApprovedToolListGrid()
96    my_tools_list_grid = MyToolsListGrid()
97    category_list_grid = ToolCategoryListGrid()
98   
99    @web.expose
100    def index( self, trans, **kwd ):
101        params = util.Params( kwd )
102        message = util.restore_text( params.get( 'message', ''  ) )
103        status = params.get( 'status', 'done' )
104        return trans.fill_template( '/webapps/community/index.mako', message=message, status=status )
105    @web.expose
106    def browse_categories( self, trans, **kwd ):
107        if 'operation' in kwd:
108            operation = kwd['operation'].lower()
109            if operation in [ "tools_by_category", "tools_by_state", "tools_by_user" ]:
110                # Eliminate the current filters if any exist.
111                for k, v in kwd.items():
112                    if k.startswith( 'f-' ):
113                        del kwd[ k ]
114                return trans.response.send_redirect( web.url_for( controller='tool',
115                                                                  action='browse_tools',
116                                                                  **kwd ) )
117        # Render the list view
118        return self.category_list_grid( trans, **kwd )
119    @web.expose
120    def browse_tools( self, trans, **kwd ):
121        # We add params to the keyword dict in this method in order to rename the param
122        # with an "f-" prefix, simulating filtering by clicking a search link.  We have
123        # to take this approach because the "-" character is illegal in HTTP requests.
124        if 'operation' in kwd:
125            operation = kwd['operation'].lower()
126            if operation == "view_tool":
127                return trans.response.send_redirect( web.url_for( controller='common',
128                                                                  action='view_tool',
129                                                                  cntrller='tool',
130                                                                  **kwd ) )
131            elif operation == "edit_tool":
132                return trans.response.send_redirect( web.url_for( controller='common',
133                                                                  action='edit_tool',
134                                                                  cntrller='tool',
135                                                                  **kwd ) )
136            elif operation == "download tool":
137                return trans.response.send_redirect( web.url_for( controller='common',
138                                                                  action='download_tool',
139                                                                  cntrller='tool',
140                                                                  **kwd ) )
141            elif operation == "tools_by_user":
142                # Eliminate the current filters if any exist.
143                for k, v in kwd.items():
144                    if k.startswith( 'f-' ):
145                        del kwd[ k ]
146                if 'user_id' in kwd:
147                    user = get_user( trans, kwd[ 'user_id' ] )
148                    kwd[ 'f-email' ] = user.email
149                    del kwd[ 'user_id' ]
150                else:
151                    # The received id is the tool id, so we need to get the id of the user
152                    # that uploaded the tool.
153                    tool_id = kwd.get( 'id', None )
154                    tool = get_tool( trans, tool_id )
155                    kwd[ 'f-email' ] = tool.user.email
156            elif operation == "my_tools":
157                # Eliminate the current filters if any exist.
158                for k, v in kwd.items():
159                    if k.startswith( 'f-' ):
160                        del kwd[ k ]
161                kwd[ 'f-email' ] = trans.user.email
162                return self.my_tools_list_grid( trans, **kwd )
163            elif operation == "approved_tools":
164                # Eliminate the current filters if any exist.
165                for k, v in kwd.items():
166                    if k.startswith( 'f-' ):
167                        del kwd[ k ]
168                # Make sure only the latest version of a tool whose state is APPROVED are displayed.
169                kwd[ 'f-state' ] = trans.model.Tool.states.APPROVED
170                return self.tool_list_grid( trans, **kwd )
171            elif operation == "tools_by_category":
172                # Eliminate the current filters if any exist.
173                for k, v in kwd.items():
174                    if k.startswith( 'f-' ):
175                        del kwd[ k ]
176                category_id = kwd.get( 'id', None )
177                category = get_category( trans, category_id )
178                kwd[ 'f-Category.name' ] = category.name
179                # Make sure only the latest version of a tool whose state is APPROVED are displayed.
180                kwd[ 'f-state' ] = trans.model.Tool.states.APPROVED
181        # Render the list view
182        return self.tool_list_grid( trans, **kwd )
183    @web.expose
184    def view_tool_file( self, trans, **kwd ):
185        params = util.Params( kwd )
186        id = params.get( 'id', None )
187        if not id:
188            return trans.response.send_redirect( web.url_for( controller='tool',
189                                                              action='browse_tools',
190                                                              message='Select a tool to download',
191                                                              status='error' ) )
192        tool = get_tool( trans, id )
193        tool_file_name = urllib.unquote_plus( kwd['file_name'] )
194        tool_file = tarfile.open( tool.file_name ).extractfile( tool_file_name )
195        trans.response.set_content_type( 'text/plain' )
196        return tool_file
197    @web.expose
198    def help( self, trans, **kwd ):
199        params = util.Params( kwd )
200        message = util.restore_text( params.get( 'message', ''  ) )
201        status = params.get( 'status', 'done' )
202        return trans.fill_template( '/webapps/community/tool/help.mako', message=message, status=status, **kwd )
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。