root/galaxy-central/scripts/taxonomy/processTaxonomy.sh

リビジョン 2, 0.5 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central

  • 属性 svn:executable の設定値 *
行番号 
1echo "Getting files from NCBI..."
2wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz
3wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/gi_taxid_nucl.dmp.gz
4wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/gi_taxid_prot.dmp.gz
5echo "Unzipping untarring..."
6gunzip -c taxdump.tar.gz | tar xvf -
7gunzip gi_taxid_nucl.dmp.gz
8gunzip gi_taxid_prot.dmp.gz
9cat gi_taxid_nucl.dmp gi_taxid_prot.dmp > gi_taxid_all.dmp
10echo "Sorting gi2tax files..."
11sort -n -k 1 gi_taxid_all.dmp > gi_taxid_sorted.txt
12rm gi_taxid_nucl.dmp gi_taxid_prot.dmp gi_taxid_all.dmp
13
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Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。