root/galaxy-central/templates/requests/common/manage_request.mako

リビジョン 2, 28.0 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central
行番号 
1<%inherit file="/base.mako"/>
2<%namespace file="/message.mako" import="render_msg" />
3<%namespace file="/requests/common/sample_state.mako" import="render_sample_state" />
4<%namespace file="/requests/common/sample_datasets.mako" import="render_sample_datasets" />
5
6<%def name="stylesheets()">
7    ${parent.stylesheets()}
8    ${h.css( "library" )}
9</%def>
10
11<%def name="javascripts()">
12    ${parent.javascripts()}
13    <script type="text/javascript">
14        function showContent(vThis)
15        {
16            // http://www.javascriptjunkie.com
17            // alert(vSibling.className + " " + vDef_Key);
18            vParent = vThis.parentNode;
19            vSibling = vParent.nextSibling;
20            while (vSibling.nodeType==3) {
21                // Fix for Mozilla/FireFox Empty Space becomes a TextNode or Something
22                vSibling = vSibling.nextSibling;
23            };
24            if(vSibling.style.display == "none")
25            {
26                vThis.src="/static/images/fugue/toggle.png";
27                vThis.alt = "Hide";
28                vSibling.style.display = "block";
29            } else {
30                vSibling.style.display = "none";
31                vThis.src="/static/images/fugue/toggle-expand.png";
32                vThis.alt = "Show";
33            }
34            return;
35        }
36   
37        $(document).ready(function(){
38            //hide the all of the element with class msg_body
39            $(".msg_body").hide();
40            //toggle the component with class msg_body
41            $(".msg_head").click(function(){
42                $(this).next(".msg_body").slideToggle(0);
43            });
44        });
45   
46        // Looks for changes in sample states using an async request. Keeps
47        // calling itself (via setTimeout) until all samples are in a terminal
48        // state.
49        var updater = function ( sample_states ) {
50            // Check if there are any items left to track
51            var empty = true;
52            for ( i in sample_states ) {
53                empty = false;
54                break;
55            }
56            if ( ! empty ) {
57                setTimeout( function() { updater_callback( sample_states ) }, 1000 );
58            }
59        };
60
61        var updater_callback = function ( sample_states ) {
62            // Build request data
63            var ids = []
64            var states = []
65            $.each( sample_states, function ( id, state ) {
66                ids.push( id );
67                states.push( state );
68            });
69            // Make ajax call
70            $.ajax( {
71                type: "POST",
72                url: "${h.url_for( controller='requests_common', action='sample_state_updates' )}",
73                dataType: "json",
74                data: { ids: ids.join( "," ), states: states.join( "," ) },
75                success : function ( data ) {
76                    $.each( data, function( id, val ) {
77                        // Replace HTML
78                        var cell1 = $("#sampleState-" + id);
79                        cell1.html( val.html_state );
80                        var cell2 = $("#sampleDatasets-" + id);
81                        cell2.html( val.html_datasets );
82                        sample_states[ parseInt( id ) ] = val.state;
83                    });
84                    updater( sample_states );
85                },
86                error: function() {
87                    // Just retry, like the old method, should try to be smarter
88                    updater( sample_states );
89                }
90            });
91        };
92       
93        function checkAllFields()
94        {
95                var chkAll = document.getElementById('checkAll');
96                var checks = document.getElementsByTagName('input');
97                var boxLength = checks.length;
98                var allChecked = false;
99                var totalChecked = 0;
100            if ( chkAll.checked == true )
101            {
102                for ( i=0; i < boxLength; i++ )
103                {
104                    if ( checks[i].name.indexOf( 'select_sample_' ) != -1)
105                    {
106                       checks[i].checked = true;
107                    }
108                }
109            }
110            else
111            {
112                for ( i=0; i < boxLength; i++ )
113                {
114                    if ( checks[i].name.indexOf( 'select_sample_' ) != -1)
115                    {
116                       checks[i].checked = false
117                    }
118                }
119            }
120        }
121   
122        function stopRKey(evt) {
123          var evt = (evt) ? evt : ((event) ? event : null);
124          var node = (evt.target) ? evt.target : ((evt.srcElement) ? evt.srcElement : null);
125          if ((evt.keyCode == 13) && (node.type=="text"))  {return false;}
126        }
127        document.onkeypress = stopRKey
128    </script>
129</%def>
130
131<% is_admin = cntrller == 'requests_admin' and trans.user_is_admin() %>
132
133<div class="grid-header">
134    <h2>Sequencing Request "${request.name}"</h2>
135
136        <ul class="manage-table-actions">
137            <li><a class="action-button" id="seqreq-${request.id}-popup" class="menubutton">Sequencing Request Actions</a></li>
138            <div popupmenu="seqreq-${request.id}-popup">
139                %if request.is_unsubmitted and request.samples:
140                    <a class="action-button" confirm="More samples cannot be added to this request once it is submitted. Click OK to submit." href="${h.url_for( controller='requests_common', action='submit_request', cntrller=cntrller, id=trans.security.encode_id( request.id ) )}">Submit</a>
141                %endif
142                <a class="action-button" href="${h.url_for( controller='requests_common', action='request_events', cntrller=cntrller, id=trans.security.encode_id( request.id ) )}">History</a>
143                %if is_admin:
144                    %if request.is_submitted:
145                        <a class="action-button" href="${h.url_for( controller='requests_admin', action='reject', cntrller=cntrller, id=trans.security.encode_id( request.id ) )}">Reject</a>
146                        <a class="action-button" href="${h.url_for( controller='requests_admin', action='get_data', request_id=trans.security.encode_id( request.id ) )}">Select datasets to transfer</a>
147                    %endif
148                %endif
149            </div>
150            <li><a class="action-button"  href="${h.url_for( controller=cntrller, action='browse_requests' )}">Browse requests</a></li>
151        </ul>
152
153    <div class="toolParamHelp" style="clear: both;">
154        <b>Sequencer</b>: ${request.type.name}
155        %if is_admin:
156            | <b>User</b>: ${request.user.email}
157        %endif
158        %if request.is_submitted:
159            | <b>State</b>: <i>${request.state}</i>
160        %else:
161            | <b>State</b>: ${request.state}
162        %endif
163    </div>
164</div>
165
166%if request.samples_without_library_destinations:
167    ${render_msg( "Select a target data library and folder for all the samples before starting the sequence run", "warning" )}
168%endif
169
170%if request.is_rejected:
171    ${render_msg( "Reason for rejection: " + request.last_comment, "warning" )}
172%endif
173
174%if message:
175    ${render_msg( message, status )}
176%endif
177
178<h4><img src="/static/images/fugue/toggle-expand.png" alt="Show" onclick="showContent(this);" style="cursor:pointer;"/> Request Information</h4>
179<div style="display:none;">
180    <div class="form-row">
181        <ul class="manage-table-actions">
182            <li>
183                <a class="action-button"  href="${h.url_for( controller='requests_common', action='edit_basic_request_info', cntrller=cntrller, id=trans.security.encode_id( request.id ) )}">Edit request informaton</a>
184            </li>
185        </ul>
186    </div>
187    <table class="grid" border="0">
188        <tbody>
189            <tr>
190                    <td valign="top" width="50%">
191                    <div class="form-row">
192                        <label>Description:</label>
193                        ${request.desc}
194                    </div>
195                    <div style="clear: both"></div>
196                                    %for index, rd in enumerate( request_widgets ):
197                                        <%
198                                            field_label = rd[ 'label' ]
199                                            field_value = rd[ 'value' ]
200                                        %>
201                                        <div class="form-row">
202                                            <label>${field_label}:</label>                   
203                                        %if field_label == 'State':
204                                            <a href="${h.url_for( controller='requests_common', action='request_events', cntrller=cntrller, id=trans.security.encode_id( request.id ) )}">${field_value}</a>
205                                        %else:
206                                            ${field_value}     
207                                        %endif
208                                        </div>
209                                        <div style="clear: both"></div>
210                                    %endfor
211                                </td>
212                                <td valign="top" width="50%">
213                    <div class="form-row">
214                        <label>Date created:</label>
215                        ${request.create_time}
216                    </div>
217                    <div class="form-row">
218                        <label>Date updated:</label>
219                        ${request.update_time}
220                    </div>
221                    <div class="form-row">
222                        <label>Email notification recipients:</label>
223                        <%
224                            if request.notification:
225                                emails = ', '.join( request.notification[ 'email' ] )
226                            else:
227                                emails = ''
228                        %>
229                        ${emails}
230                    </div>
231                    <div style="clear: both"></div>
232                    <div class="form-row">
233                        <label>Email notification on sample states:</label>
234                        <%
235                            if request.notification:
236                                states = []
237                                for ss in request.type.states:
238                                    if ss.id in request.notification[ 'sample_states' ]:
239                                        states.append( ss.name )
240                                states = ', '.join( states )
241                            else:
242                                states = ''
243                        %>
244                        ${states}
245                    </div>
246                    <div style="clear: both"></div>
247                                </td>
248                        </tr>
249            </tbody>
250        </table>
251</div>
252<br/>
253<form id="manage_request" name="manage_request" action="${h.url_for( controller='requests_common', action='manage_request', cntrller=cntrller, id=trans.security.encode_id( request.id ), managing_samples=managing_samples )}" method="post">
254    %if current_samples:
255        <% sample_operation_selected_value = sample_operation_select_field.get_selected( return_value=True ) %>
256        ## first render the basic info grid
257        ${render_basic_info_grid()}
258        %if not request.is_new and not managing_samples and len( sample_operation_select_field.options ) > 1:
259            <div class="form-row" style="background-color:#FAFAFA;">
260                For selected samples:
261                ${sample_operation_select_field.get_html()}
262            </div>
263            %if sample_operation_selected_value != 'none' and selected_samples:
264                <div class="form-row" style="background-color:#FAFAFA;">
265                    %if sample_operation_selected_value == trans.model.Sample.bulk_operations.CHANGE_STATE:
266                        ## sample_operation_selected_value == 'Change state'
267                        <div class="form-row">
268                            <label>Change current state</label>
269                            ${sample_state_id_select_field.get_html()}
270                            <label>Comments</label>
271                            <input type="text" name="sample_event_comment" value=""/>
272                            <div class="toolParamHelp" style="clear: both;">
273                                Optional
274                            </div>
275                        </div>
276                        <div class="form-row">
277                            <input type="submit" name="change_state_button" value="Save"/>
278                            <input type="submit" name="cancel_change_state_button" value="Cancel"/>
279                        </div>
280                    %elif sample_operation_selected_value == trans.app.model.Sample.bulk_operations.SELECT_LIBRARY:
281                    <% libraries_selected_value = libraries_select_field.get_selected( return_value=True ) %>
282                        <div class="form-row">
283                                <label>Select data library:</label>
284                                ${libraries_select_field.get_html()}
285                        </div>
286                        %if libraries_selected_value != 'none':
287                            <div class="form-row">
288                                        <label>Select folder:</label>
289                                        ${folders_select_field.get_html()}
290                                </div>
291                                <div class="form-row">
292                                  <input type="submit" name="change_lib_button" value="Save"/>
293                                  <input type="submit" name="cancel_change_lib_button" value="Cancel"/>
294                            </div>
295                        %endif
296                    %endif
297                </div>
298            %endif
299        %endif
300        ## Render the other grids
301        <% trans.sa_session.refresh( request.type.sample_form ) %>
302        %for grid_index, grid_name in enumerate( request.type.sample_form.layout ):
303            ${render_grid( grid_index, grid_name, request.type.sample_form.fields_of_grid( grid_index ) )}
304        %endfor
305    %else:
306        <label>There are no samples.</label>
307    %endif 
308    %if request.samples and request.is_submitted:
309        <script type="text/javascript">
310            // Updater
311            updater({${ ",".join( [ '"%s" : "%s"' % ( s.id, s.state.name ) for s in request.samples ] ) }});
312        </script>
313    %endif
314    %if not managing_samples:
315        <table class="grid">
316            <tbody>
317                <tr>
318                    <div class="form-row">
319                        %if request.is_unsubmitted:
320                            <td>
321                                %if current_samples:
322                                    <label>Copy </label>
323                                    <input type="integer" name="num_sample_to_copy" value="1" size="3"/>
324                                    <label>samples from sample</label>
325                                    ${sample_copy.get_html()}
326                                %endif
327                                <input type="submit" name="add_sample_button" value="Add New"/>
328                            </td>
329                        %endif
330                        <td>
331                            %if current_samples and len( current_samples ) <= len( request.samples ):                     
332                                <input type="submit" name="edit_samples_button" value="Edit samples"/>
333                            %endif
334                        </td>
335                    </div>
336                </tr>
337            </tbody>
338        </table>
339    %endif
340    %if request.samples or current_samples:           
341        %if managing_samples:   
342            <div class="form-row">
343                <input type="submit" name="save_samples_button" value="Save"/>
344                <input type="submit" name="cancel_changes_button" value="Cancel"/>
345            </div>
346        %elif len( current_samples ) > len( request.samples ):
347            <div class="form-row">
348                <input type="submit" name="save_samples_button" value="Save"/>
349                <input type="submit" name="cancel_changes_button" value="Cancel"/>
350            </div>
351        %endif
352    %endif
353</form>
354<br/>
355%if request.is_unsubmitted:
356    <form id="import" name="import" action="${h.url_for( controller='requests_common', action='manage_request', managing_samples=managing_samples, id=trans.security.encode_id( request.id ) )}" enctype="multipart/form-data" method="post" >
357        <h4><img src="/static/images/fugue/toggle-expand.png" alt="Show" onclick="showContent(this);"  style="cursor:pointer;"/> Import samples</h4>
358        <div style="display:none;">
359            <input type="file" name="file_data" />
360            <input type="submit" name="import_samples_button" value="Import samples"/>
361            <br/>
362            <div class="toolParamHelp" style="clear: both;">
363                The csv file must be in the following format:<br/>
364                SampleName,DataLibrary,DataLibraryFolder,FieldValue1,FieldValue2...
365            </div>
366        </div>
367    </form>
368%endif
369
370<%def name="render_grid( grid_index, grid_name, fields_dict )">
371    <br/>
372    <% if not grid_name:
373          grid_name = "Grid "+ grid_index
374    %>
375    <div>
376        %if managing_samples or len( current_samples ) > len( request.samples ):
377            <h4><img src="/static/images/fugue/toggle.png" alt="Show" onclick="showContent(this);"  style="cursor:pointer;"/> ${grid_name}</h4>
378            <div>
379        %else:
380            <h4><img src="/static/images/fugue/toggle-expand.png" alt="Hide" onclick="showContent(this);"  style="cursor:pointer;"/> ${grid_name}</h4>
381            <div style="display:none;">
382        %endif
383            <table class="grid">
384                <thead>
385                    <tr>
386                        <th>Name</th>
387                        %for index, field in fields_dict.items():
388                            <th>
389                                ${field['label']}
390                                <div class="toolParamHelp" style="clear: both;">
391                                    <i>${field['helptext']}</i>
392                                </div>
393                            </th>
394                        %endfor
395                        <th></th>
396                    </tr>
397                <thead>
398                <tbody>
399                    <% trans.sa_session.refresh( request ) %>
400                    %for sample_index, sample in enumerate( current_samples ):
401                        %if managing_samples:
402                            <tr>${render_sample_form( sample_index, sample['name'], sample['field_values'], fields_dict)}</tr>     
403                        %else:
404                            <tr>
405                                %if sample_index in range( len( request.samples ) ):
406                                    ${render_sample( sample_index, sample['name'], sample['field_values'], fields_dict )}
407                                %else:                                                           
408                                    ${render_sample_form( sample_index, sample['name'], sample['field_values'], fields_dict)}
409                                %endif
410                            </tr> 
411                        %endif
412                    %endfor
413                </tbody>
414            </table>
415        </div>
416    </div>
417</%def>
418
419## This function displays the "Basic Information" grid
420<%def name="render_basic_info_grid()">
421    <h3>Sample Information</h3>
422    <table class="grid">
423        <thead>
424            <tr>
425                <th><input type="checkbox" id="checkAll" name=select_all_samples_checkbox value="true" onclick='checkAllFields(1);'><input type="hidden" name=select_all_samples_checkbox value="true"></th>
426                <th>Name</th>
427                <th>Barcode</th>
428                <th>State</th>
429                <th>Data Library</th>
430                <th>Folder</th>
431                %if request.is_submitted or request.is_complete:
432                    <th>Datasets Transferred</th>
433                %endif
434                <th></th>
435            </tr>
436        <thead>
437        <tbody>
438            <% trans.sa_session.refresh( request ) %>
439            %for sample_index, info in enumerate( current_samples ):
440                <%
441                    if sample_index in range( len(request.samples ) ):
442                        sample = request.samples[sample_index]
443                    else:
444                        sample = None
445                %>
446                %if managing_samples:
447                    <tr>${show_basic_info_form( sample_index, sample, info )}</tr>     
448                %else:
449                    <tr>
450                        %if sample_index in range( len( request.samples ) ):
451                            %if trans.security.encode_id( sample.id ) in selected_samples:
452                                <td><input type="checkbox" name=select_sample_${sample.id} id="sample_checkbox" value="true" checked><input type="hidden" name=select_sample_${sample.id} id="sample_checkbox" value="true"></td>
453                            %else:
454                                <td><input type="checkbox" name=select_sample_${sample.id} id="sample_checkbox" value="true"><input type="hidden" name=select_sample_${sample.id} id="sample_checkbox" value="true"></td>
455                            %endif
456                            <td>${info['name']}</td>
457                            <td>${info['barcode']}</td>
458                            %if sample.request.is_unsubmitted:
459                                <td>Unsubmitted</td>
460                            %else:
461                                <td><a id="sampleState-${sample.id}" href="${h.url_for( controller='requests_common', action='sample_events', cntrller=cntrller, sample_id=trans.security.encode_id( sample.id ) )}">${render_sample_state( sample )}</a></td>
462                            %endif
463                            %if info['library']:
464                                %if cntrller == 'requests':
465                                    <td><a href="${h.url_for( controller='library_common', action='browse_library', cntrller='library', id=trans.security.encode_id( info['library'].id ) )}">${info['library'].name}</a></td>
466                                %elif is_admin:
467                                    <td><a href="${h.url_for( controller='library_common', action='browse_library', cntrller='library_admin', id=trans.security.encode_id( info['library'].id ) )}">${info['library'].name}</a></td>
468                                %endif                                   
469                            %else:
470                                <td></td>
471                            %endif
472                            %if info['folder']:
473                                <td>${info['folder'].name}</td>
474                            %else:
475                                <td></td>
476                            %endif
477                            %if request.is_submitted or request.is_complete:
478                                <td><a id="sampleDatasets-${sample.id}" href="${h.url_for( controller='requests_common', action='view_dataset_transfer', cntrller=cntrller, sample_id=trans.security.encode_id( sample.id ) )}">
479                                    ${render_sample_datasets( sample )}
480                                </a></td>
481                            %endif
482                        %else:                                                           
483                            ${show_basic_info_form( sample_index, sample, info )}
484                        %endif
485                        %if request.is_unsubmitted or request.is_rejected:
486                            <td>
487                                %if sample:
488                                    %if sample.request.is_unsubmitted:
489                                        <a class="action-button" href="${h.url_for( controller='requests_common', cntrller=cntrller, action='delete_sample', request_id=trans.security.encode_id( request.id ), sample_id=sample_index )}"><img src="${h.url_for('/static/images/delete_icon.png')}"  style="cursor:pointer;"/></a>
490                                    %endif
491                                %endif
492                            </td>
493                        %endif
494                    </tr> 
495                %endif
496            %endfor
497        </tbody>
498    </table>
499</%def>
500
501<%def name="show_basic_info_form( sample_index, sample, info )">
502    <td></td>
503    <td>
504        <input type="text" name="sample_${sample_index}_name" value="${info['name']}" size="10"/>
505        <div class="toolParamHelp" style="clear: both;">
506            <i>${' (required)' }</i>
507        </div>
508    </td>
509    %if cntrller == 'requests':
510        %if sample:
511            %if sample.request.is_unsubmitted:
512                <td></td>
513            %else:
514                <td><input type="text" name="sample_${sample_index}_barcode" value="${info['barcode']}" size="10"/></td>
515            %endif
516        %else:
517            <td></td>
518        %endif
519    %elif is_admin:
520        %if sample:
521            %if sample.request.is_unsubmitted:
522                <td></td>
523            %else:
524                <td><input type="text" name="sample_${sample_index}_barcode" value="${info['barcode']}" size="10"/></td>
525            %endif
526        %else:
527            <td></td>
528        %endif
529    %endif
530    %if sample:
531        %if sample.request.is_unsubmitted:
532            <td>Unsubmitted</td>
533        %else:
534            <td><a href="${h.url_for( controller='requests_common', action='sample_events', cntrller=cntrller, sample_id=trans.security.encode_id( sample.id ) )}">${sample.state.name}</a></td>
535        %endif   
536    %else:
537        <td></td>
538    %endif
539    <td>${info['library_select_field'].get_html()}</td>
540    <td>${info['folder_select_field'].get_html()}</td>
541    %if request.is_submitted or request.is_complete:
542        <%
543            if sample:
544                label = str( len( sample.datasets ) )
545            else:
546                label = 'Add'
547        %>
548        <td><a href="${h.url_for( controller='requests_common', action='view_dataset_transfer', cntrller=cntrller, sample_id=trans.security.encode_id( sample.id ) )}">${label}</a></td>
549    %endif
550</%def>
551
552<%def name="render_sample( index, sample_name, sample_values, fields_dict )">
553    <td>
554        ${sample_name}
555    </td>
556    %for field_index, field in fields_dict.items():
557        <td>
558            %if sample_values[field_index]:
559                %if field['type'] == 'WorkflowField':
560                    %if str(sample_values[field_index]) != 'none':
561                        <% workflow = trans.sa_session.query( trans.app.model.StoredWorkflow ).get( int(sample_values[field_index]) ) %>
562                        <a href="${h.url_for( controller='workflow', action='run', id=trans.security.encode_id(workflow.id) )}">${workflow.name}</a>
563                    %endif
564                %else:
565                    ${sample_values[field_index]}
566                %endif
567            %else:
568                <i>None</i>
569            %endif
570        </td>
571    %endfor   
572</%def>
573
574<%def name="render_sample_form( index, sample_name, sample_values, fields_dict )">
575    <td>${sample_name}</td>
576    %for field_index, field in fields_dict.items():
577        <td>
578            %if field['type'] == 'TextField':
579                <input type="text" name="sample_${index}_field_${field_index}" value="${sample_values[field_index]}" size="7"/>
580            %elif field['type'] == 'SelectField':
581                <select name="sample_${index}_field_${field_index}" last_selected_value="2">
582                    %for option_index, option in enumerate(field['selectlist']):
583                        %if option == sample_values[field_index]:
584                            <option value="${option}" selected>${option}</option>
585                        %else:
586                            <option value="${option}">${option}</option>
587                        %endif
588                    %endfor
589                </select>
590            %elif field['type'] == 'WorkflowField':
591                <select name="sample_${index}_field_${field_index}">
592                    %if str(sample_values[field_index]) == 'none':
593                        <option value="none" selected>Select one</option>
594                    %else:
595                        <option value="none">Select one</option>
596                    %endif
597                    %for option_index, option in enumerate(request.user.stored_workflows):
598                        %if not option.deleted:
599                            %if str(option.id) == str(sample_values[field_index]):
600                                <option value="${option.id}" selected>${option.name}</option>
601                            %else:
602                                <option value="${option.id}">${option.name}</option>
603                            %endif
604                        %endif
605                    %endfor
606                </select>
607            %elif field['type'] == 'CheckboxField':
608                <input type="checkbox" name="sample_${index}_field_${field_index}" value="Yes"/>
609            %endif
610            <div class="toolParamHelp" style="clear: both;">
611                <i>${'('+field['required']+')' }</i>
612            </div>
613        </td>
614    %endfor   
615</%def>
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。