root/galaxy-central/test-data/5.gff3

リビジョン 2, 8.3 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central
行番号 
1##gff-version 3
2##date Tue Jun 26 10:48:17 2007
3##sequence-region ctgA 1 50000
4##source gbrowse GFFToGalaxyDumper plugin
5##NOTE: All features dumped.
6ctgA    example my_feature      22132   24633   .       +       .       ID=My_feature:f15
7ctgA    example my_feature      46990   48410   .       -       .       ID=My_feature:f11
8ctgA    example my_feature      44705   47713   .       -       .       ID=My_feature:f01
9ctgA    example my_feature      36649   40440   .       -       .       ID=My_feature:f03
10ctgA    example my_feature      23072   23185   .       +       .       ID=My_feature:f14
11ctgA    example my_feature      37242   38653   .       +       .       ID=My_feature:f04
12ctgA    example motif   37497   40559   .       -       .       ID=Motif:m15;Note=7-transmembrane
13ctgA    example my_feature      36034   38167   .       +       .       ID=My_feature:f09
14ctgA    example motif   28332   30033   .       -       .       ID=Motif:m02;Note=HOX
15ctgA    example my_feature      4715    5968    .       -       .       ID=My_feature:f05
16ctgA    example motif   48253   48366   .       +       .       ID=Motif:m01;Note=WD40
17ctgA    example BAC     1000    20000   .       .       .       ID=BAC:b101.2;Note=Fingerprinted+BAC+with+end+reads
18ctgA    example right_end_read  19500   20000   .       -       .       Parent=BAC:b101.2
19ctgA    example left_end_read   1000    1500    .       +       .       Parent=BAC:b101.2
20ctgA    example motif   13801   14007   .       -       .       ID=Motif:m05;Note=helix+loop+helix
21ctgA    example coding  1050    9000    .       +       .       ID=mRNA:EDEN.1;Gene=EDEN
22ctgA    example CDS     1201    1500    .       +       0       Parent=mRNA:EDEN.1
23ctgA    example CDS     3000    3902    .       +       0       Parent=mRNA:EDEN.1
24ctgA    example CDS     5000    5500    .       +       0       Parent=mRNA:EDEN.1
25ctgA    example CDS     7000    7608    .       +       0       Parent=mRNA:EDEN.1
26ctgA    example processed_transcript    1050    9000    .       +       .       ID=mRNA:EDEN.1
27ctgA    example 5'-UTR  1050    1200    .       +       .       Parent=mRNA:EDEN.1
28ctgA    example 3'-UTR  7609    9000    .       +       .       Parent=mRNA:EDEN.1
29ctgA    est     match   5410    7503    .       -       .       ID=EST:agt830.3;Target=agt830.3+1+595
30ctgA    est     HSP     7000    7503    .       -       .       Parent=EST:agt830.3;Target=agt830.3+1+504
31ctgA    est     HSP     5410    5500    .       -       .       Parent=EST:agt830.3;Target=agt830.3+505+595
32ctgA    example motif   46012   48851   .       +       .       ID=Motif:m09;Note=kinase
33ctgA    example match   6885    8999    .       -       .       ID=Match:seg03
34ctgA    example HSP     8306    8999    .       -       .       Parent=Match:seg03
35ctgA    example HSP     8055    8080    .       -       .       Parent=Match:seg03
36ctgA    example HSP     7410    7737    .       -       .       Parent=Match:seg03
37ctgA    example HSP     6885    7241    .       -       .       Parent=Match:seg03
38ctgA    example my_feature      13280   16394   .       +       .       ID=My_feature:f08
39ctgA    example match   29771   32937   .       +       .       ID=Match:seg10
40ctgA    example HSP     29771   29942   .       +       .       Parent=Match:seg10
41ctgA    example HSP     30042   30340   .       +       .       Parent=Match:seg10
42ctgA    example HSP     30810   31307   .       +       .       Parent=Match:seg10
43ctgA    example HSP     31761   31984   .       +       .       Parent=Match:seg10
44ctgA    example HSP     32374   32937   .       +       .       Parent=Match:seg10
45ctgA    example match   36616   37227   .       -       .       ID=Match:seg09
46ctgA    example HSP     37208   37227   .       -       .       Parent=Match:seg09
47ctgA    example HSP     36616   37057   .       -       .       Parent=Match:seg09
48ctgA    example motif   11911   15561   .       +       .       ID=Motif:m11;Note=kinase
49ctgA    est     match   1050    3202    .       +       .       ID=EST:agt830.5;Target=agt830.5+1+654
50ctgA    est     HSP     1050    1500    .       +       .       Parent=EST:agt830.5;Target=agt830.5+1+451
51ctgA    est     HSP     3000    3202    .       +       .       Parent=EST:agt830.5;Target=agt830.5+452+654
52ctgA    example motif   15396   16159   .       +       .       ID=Motif:m03;Note=zinc+finger
53ctgA    est     match   1150    7200    .       +       .       ID=EST:agt767.5;Target=agt767.5+1+1153
54ctgA    est     HSP     1150    1500    .       +       .       Parent=EST:agt767.5;Target=agt767.5+1+351
55ctgA    est     HSP     5000    5500    .       +       .       Parent=EST:agt767.5;Target=agt767.5+352+852
56ctgA    est     HSP     7000    7200    .       +       .       Parent=EST:agt767.5;Target=agt767.5+853+1153
57ctgA    est     match   1050    7300    .       +       .       ID=EST:agt221.5;Target=agt221.5+1+1253
58ctgA    est     HSP     1050    1500    .       +       .       Parent=EST:agt221.5;Target=agt221.5+1+451
59ctgA    est     HSP     5000    5500    .       +       .       Parent=EST:agt221.5;Target=agt221.5+452+952
60ctgA    est     HSP     7000    7300    .       +       .       Parent=EST:agt221.5;Target=agt221.5+953+1253
61ctgA    example my_feature      19157   22915   .       -       .       ID=My_feature:f13
62ctgA    est     match   8000    9000    .       -       .       ID=EST:agt767.3;Target=agt767.3+1+1001
63ctgA    est     HSP     8000    9000    .       -       .       Parent=EST:agt767.3;Target=agt767.3+1+1001
64ctgA    example motif   28342   28447   .       -       .       ID=Motif:m10;Note=DEAD+box
65ctgA    example motif   17667   17690   .       +       .       ID=Motif:m13;Note=DEAD+box
66ctgA    example trace   44401   45925   .       +       .       ID=name:trace;trace=volvox_trace.scf
67ctgA    example match   26122   34466   .       +       .       ID=Match:seg02
68ctgA    example HSP     26122   26126   .       +       .       Parent=Match:seg02
69ctgA    example HSP     26497   26869   .       +       .       Parent=Match:seg02
70ctgA    example HSP     27201   27325   .       +       .       Parent=Match:seg02
71ctgA    example HSP     27372   27433   .       +       .       Parent=Match:seg02
72ctgA    example HSP     27565   27565   .       +       .       Parent=Match:seg02
73ctgA    example HSP     27813   28091   .       +       .       Parent=Match:seg02
74ctgA    example HSP     28093   28201   .       +       .       Parent=Match:seg02
75ctgA    example HSP     28329   28377   .       +       .       Parent=Match:seg02
76ctgA    example HSP     28829   29194   .       +       .       Parent=Match:seg02
77ctgA    example HSP     29517   29702   .       +       .       Parent=Match:seg02
78ctgA    example HSP     29713   30061   .       +       .       Parent=Match:seg02
79ctgA    example HSP     30329   30774   .       +       .       Parent=Match:seg02
80ctgA    example HSP     30808   31306   .       +       .       Parent=Match:seg02
81ctgA    example HSP     31516   31729   .       +       .       Parent=Match:seg02
82ctgA    example HSP     31753   32154   .       +       .       Parent=Match:seg02
83ctgA    example HSP     32595   32696   .       +       .       Parent=Match:seg02
84ctgA    example HSP     32892   32901   .       +       .       Parent=Match:seg02
85ctgA    example HSP     33127   33388   .       +       .       Parent=Match:seg02
86ctgA    example HSP     33439   33443   .       +       .       Parent=Match:seg02
87ctgA    example HSP     33759   34209   .       +       .       Parent=Match:seg02
88ctgA    example HSP     34401   34466   .       +       .       Parent=Match:seg02
89ctgA    example contig  1       50000   .       .       .       ID=Contig:ctgA
90ctgA    example match   41137   47829   .       -       .       ID=Match:seg14
91ctgA    example HSP     47449   47829   .       -       .       Parent=Match:seg14
92ctgA    example HSP     46816   46992   .       -       .       Parent=Match:seg14
93ctgA    example HSP     46092   46318   .       -       .       Parent=Match:seg14
94ctgA    example HSP     45790   46022   .       -       .       Parent=Match:seg14
95ctgA    example HSP     45231   45488   .       -       .       Parent=Match:seg14
96ctgA    example HSP     44763   45030   .       -       .       Parent=Match:seg14
97ctgA    example HSP     44065   44556   .       -       .       Parent=Match:seg14
98ctgA    example HSP     43395   43811   .       -       .       Parent=Match:seg14
99ctgA    example HSP     42890   43270   .       -       .       Parent=Match:seg14
100ctgA    example HSP     42057   42474   .       -       .       Parent=Match:seg14
101ctgA    example HSP     41754   41948   .       -       .       Parent=Match:seg14
102ctgA    example HSP     41137   41318   .       -       .       Parent=Match:seg14
103ctgA    example match   12531   15870   .       +       .       ID=Match:seg12
104ctgA    example HSP     12531   12895   .       +       .       Parent=Match:seg12
105ctgA    example HSP     13122   13449   .       +       .       Parent=Match:seg12
106ctgA    example HSP     13452   13745   .       +       .       Parent=Match:seg12
107ctgA    example HSP     13908   13965   .       +       .       Parent=Match:seg12
108ctgA    example HSP     13998   14488   .       +       .       Parent=Match:seg12
109ctgA    example HSP     14564   14899   .       +       .       Parent=Match:seg12
110ctgA    example HSP     15185   15276   .       +       .       Parent=Match:seg12
111ctgA    example HSP     15639   15736   .       +       .       Parent=Match:seg12
112ctgA    example HSP     15745   15870   .       +       .       Parent=Match:seg12
113ctgA    est     match   7500    8000    .       -       .       ID=EST:agt221.3;Target=agt221.3+1+501
114ctgA    est     HSP     7500    8000    .       -       .       Parent=EST:agt221.3;Target=agt221.3+1+501
115ctgA    example coding  1300    9000    .       +       .       ID=mRNA:EDEN.3;Gene=EDEN
116ctgA    example CDS     3301    3902    .       +       0       Parent=mRNA:EDEN.3
117ctgA    example CDS     5000    5500    .       +       1       Parent=mRNA:EDEN.3
118ctgA    example CDS     7000    7600    .       +       1       Parent=mRNA:EDEN.3
119ctgA    example processed_transcript    1300    9000    .       +       .       ID=mRNA:EDEN.3
120ctgA    example 5'-UTR  1300    1500    .       +       .       Parent=mRNA:EDEN.3
121ctgA    example 5'-UTR  3000    3300    .       +       .       Parent=mRNA:EDEN.3
122ctgA    example 3'-UTR  7601    9000    .       +       .       Parent=mRNA:EDEN.3
123ctgA    example match   26503   35904   .       -       .       ID=Match:seg05
124ctgA    example HSP     35642   35904   .       -       .       Parent=Match:seg05
125ctgA    example HSP     35333   35507   .       -       .       Parent=Match:seg05
126ctgA    example HSP     34605   34983   .       -       .       Parent=Match:seg05
127ctgA    example HSP     34244   34313   .       -       .       Parent=Match:seg05
128ctgA    example HSP     33438   33868   .       -       .       Parent=Match:seg05
129ctgA    example HSP     33053   33325   .       -       .       Parent=Match:seg05
130ctgA    example HSP     32208   32680   .       -       .       Parent=Match:seg05
131ctgA    example HSP     32010   32057   .       -       .       Parent=Match:seg05
132ctgA    example HSP     31421   31817   .       -       .       Parent=Match:seg05
133ctgA    example HSP     31232   31236   .       -       .       Parent=Match:seg05
134ctgA    example HSP     30465   30798   .       -       .       Parent=Match:seg05
135ctgA    example HSP     30108   30216   .       -       .       Parent=Match:seg05
136ctgA    example HSP     29513   29647   .       -       .       Parent=Match:seg05
137ctgA    example HSP     28777   29058   .       -       .       Parent=Match:seg05
138ctgA    example HSP     28225   28316   .       -       .       Parent=Match:seg05
139ctgA    example HSP     27887   28076   .       -       .       Parent=Match:seg05
140ctgA    example HSP     27448   27860   .       -       .       Parent=Match:seg05
141ctgA    example HSP     27172   27185   .       -       .       Parent=Match:seg05
142ctgA    example HSP     26503   26799   .       -       .       Parent=Match:seg05
143ctgA    example match   49406   50000   .       +       .       ID=Match:seg13
144ctgA    example HSP     49406   49476   .       +       .       Parent=Match:seg13
145ctgA    example HSP     49762   50000   .       +       .       Parent=Match:seg13
146ctgA    example gene    1050    9000    .       +       .       ID=Gene:EDEN;Note=protein+kinase
147ctgA    example motif   33325   35791   .       +       .       ID=Motif:m04;Note=Ig-like
148ctgA    example match   31785   32359   .       +       .       ID=Match:seg01
149ctgA    example HSP     31785   31939   .       +       .       Parent=Match:seg01
150ctgA    example HSP     32329   32359   .       +       .       Parent=Match:seg01
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。