root/galaxy-central/test-data/6_mask_noncpg.maf

##maf version=1
a score=356676.0
s hg18.chr1      2817 1438 + 247249719 ###A##CCCT##A#T#CCA##T#A#A##CCAG##CAGGG##CCCCAA###AG##T#TG#TG#A####CT#T##AT##AG##T###A##CA###CA#AG##AA##CTG##T##CT#CA##TGG#TCG##A###AGGGG#TG#A##AGGG#A##A#AG###AGTGAG##T##CT##CCT###T#CTA#CT#AG##T#AG##AG#A#AAGGG##T##A#T##TGGG#AG##A##T#####T#A#A##CTTA##CT#T####CCACG#AG##AGG##CA##AG##A#CA#AGG#####T##CA##A#A#T##T#CTG###CA#T#####A#CCG##A#CCT###CTG###ACG#T##TG##CTG####T#A##CCTGGTG#AG#T#A#A##CA#CT#TG####T##CA#T##T##T#T#TG##A####A#T#CT##CT####CT###CCTA#AG#CT#CA#CA#CCCGA###CA#A#T##T#A#T##CT##T###T##CCA#####A#CA##A##AG##CT#T##CT###AG##A##T##A#CA#T##CTG#CG#T#TG#CCT##CT#T##T#T##CCG#TG#A##CG#T###T###ATGG##CTG###T##AGG####CT##T##A#AG#T#####CCAG#A#A#T#TG#A###CA#A#T##T##CAG###CCAG##A#AG##A##A#T##CCG#TG#A######AGGG#####CCG#A####TG#TGG###CTG##CA##CGT#A####T##CCAGG##A##T#CCCT#T#TG#####CA###T###T##CA##CT#CGTG##CGAGG##CAG##T##T#A#TGG##CT#T##AG#AG##T##CA##--T###CT##CCA#CT##T#A##A#CGA##CG#AG#A#A#CCA##T##T##T##CCT###TA#######T##A###A##T##CCTG###T####A#CCCCTA###T#A#####A##A####CCCATG##CA#AGG##CCCT##CTGGGG##TT###A#CT#CCCCA#CT##T##CT#A###A#T#CT##A##CTT##T#CCT###CT##CCCA#A##CTT##CTG######T###T#CCTG##TTG#T##CA####CT#CAA##CG#TG##A#CT#CCT#CCT#T#A##CA#TT#A##A###TCCAA###A##T##T##CCCA##A#CA##A##T#T##CAAGG##CA##AG##T#T#A##AT###T######A#A###CCCGT###T###A#T#####CT####TGTGG#A###T####CT#CCA##T##A##A##T##CCCT##T###T##CCT##T#T#CT#CCT#T#A##CCA#A#####AG###A##TGG#A##T##T##CCCCA#T##CTAGG#A#CA##AGGG##AG#AG##A###A#T###CCCGA##CG##T##A##CT##A#A##TA#AG###CT########AG 
s panTro2.chr15 16051 1440 - 100063422 ###A##CCCT##A#T#CCA##T#T#A##CCAG##CAGGG##CCCCAA###AG##T#TG#TG#A####CT#T##AT##AG##T###A##CA###CA#AG##AA##CTG##T##CT#CA##TGG#TGG##A###AGGCG#TG#A##AGGG#A##A#AG###AGGGGG##T##CT##CCT###T#CCA#CT#AG##T#AG##AG#A#AGGGG##T##A#T##TGGG#AG##A##T#####T#A#A##CCTA##CT#T####CCACG#AG##AGG##CA##AG##A#CA#AGG#####T##CA##A#A#T##T#CTG###CA#T#####A#CCG##A#CCT###CTG###AAG#T##TG##CTG####T#A##CCTCGTG#AG#T#A#A##CA#CT#TG####T##CA#T##T##T#T#TG##A####A#T#CT##CT####CT###CCGA#AG#CT#CA#CA#CCCGA###CG#A#T##T#A#T##CT##T###T##CCA#####A#CA##A##AG##CT#T##CT###AG##A##T##A#CA#T##CTG#CG#T#CG#CCT##CT#T##T#T##CCG#TG#A##CG#T###T###ATGG##CTG###T##AGG####CT##T##A#AG#T#####CCAG#A#A#T#TG#A###CA#A#T##T##CAG###CCAG##A#AG##A##A#T##CCG#TG#A######AGGG#####CCA#A####TG#TGA###CTG##CA##CGT#A####T##CCAGG##A##T#CCCT#T#TG#####CA###T###T##CA##CT#CGTG##AGAGG##CAG##T##T#A#TGG##CT#T##AG#AG##T##CA####T###CT##CCA#CT##T#A##A#CGA##CG#AG#A#A#CCA##T##T##T##CCT###CA#######T##A###A##T##CCTG###T####A#CCCCTA###T#T#####A##A####CCCATG##CA#AGG##CCCT##CTGGGG##TT###A#CT#CCCCA#CT##T##CT#A###A#T#CT##A##CTT##T#CCT###CT##CCCA#A##CTT##CTG######T###T#CCTG##TTG#T##CA####CT#CAA##CG#TG##A#CT#CCT#CCT#T#A##TA#TT#A##A###TTGAA###A##T##A##CCCA##A#CA##A##T#T##CAAGG##CA##AG##T#T#A##AT###T######A#A###CCCGT###T###A#T#####CT####CGTGG#A###T####CT#CCA##T##A##A##T##CCCT##T###T##CCT##T#T#CT#CCT#T#A##CCA#A#####AG###A##TGG#A##T##T##CCCCA#T##CTAGG#A#CA##AGGG##AG#AG##A###A#T###CCCGA##CG##T##A##CT##A#A##TA#AG###CT########AG 

a score=33380.0
s hg18.chr1      4393 135 + 247249719 #T#TG##CT#AA##CA##CT##CG#T#CTT##A##TG###T#CA#A#A#T##TG####CG##A#CCCCT#CCAAG##A##AG###T#A##A##TT###CTG##T#T###CAT###A#A##A#CG##CCAA###TG 
s panTro2.chr15 17634 135 - 100063422 #T#TG##CT#AA##CA##CT##CG#T#CTT##A##TG###T#CA#A#A#T##TG####CG##A#CCCCT#CCAGG##A##AG###T#A##A##TT###CTG##T#T###CGT###A#A##A#CG##CCAA###TG 

a score=364526.0
s hg18.chr1      4528 1436 + 247249719 ####TGGGGGG##AG#T###ATG#A##CCCCTACG####CCA##CG##CTCG##CT#CT#T##CT#TG##T##T#CG#TG#CG##A#AG#AGG##TG#A###T###ACGCGG##A#AG##T#CT#CGG##CCCT#A#CA##CCCAG###CT###CCA#A##T##CTG#AGG####AG##T#A#T#AGG#TG##TG#TGG#####CCTG#T##CCCCA##CCCCG#A###T#######AG##A#####AG##AG###A#A#####AAG#T##TG##CCAGG#CGG##A#CG##CCT##CT#CT##CCTT#CG#CT#AT###CA##TT##T##A#A####CG##A##AA#T#CCCA#CTTG##TCGTG##T#T#A#T##A#CGG###A##CA#A###TGGG#T##A#A####A###A#AT#CG##CG#TG##T#CCT###CCCA#CCCCAT###A#T#CCCA##CCT#CAAG##CA#T#T#####CCA###A##T#A#A##CT#A##CG###CCT###CCA##A#CGG#CA#T##T#A###A#CG##T###T#AG#A##CA#CT#CCA##CA#CTCGGG##CAGG##CAGG#T#T##A##A#ca#t####a#tggg#####tg##cca#a#ag#t#ag##a##tt##ctggg###a#a#a##aag##a##a##a#cg#tgg####aa##t#a####CA#A#T##CCAGG##A#T##CG#T##AG#CG#AG##A#CG#A##A#A-----#CA#T###T#CG###A#A##AG##A##A##A##A##CT#CA#AG##CT#AG###CA###T#T#########T#AG#AG##T##A#TG##T###CA#T##CTTG###CG#T#TTG##A##CG#A##A#####T#CT###A--###T#A##TGG#T#A##T#A#A#AG###A##T#CA#T#TG##T#CCA###CAG##AG#A##CA#A##CCAG##AG#AGG##T#AG###CT#TG#TG#CG##CCAGG##T##CA##AT#T##CCTAGGG##A##AGGG##CA##TG#CAA#A##AGGGG#TGG##A###A##A#CCG#TG###T#AGG##TG#AGGG#AG#AG#CG###TT##CCAAG##CCT#CG##TG#AA##T#CAGG##CCG#T#A#CTT##T#CT##T#CT##T##T##T##T##T#CA##T##CG#T#CT##ATG#T#CG#A##TTG##CTT##CG#T##CCCCA##TTG#CG##TG###T#TA##A#A#TG##C-A##CA#CG#AGGG##CA##CA#T##CCTGG#A##T#CCTG###TG#A##CGG#AG#TGGG####AGG##AAG#AG###AG##T##T#AG##AGG##TGGG##A##T###T#T###CAA#A##CT##TGG#AGG##A###A#CT#CCCT#A##CGAG#A##CCTGCG#TGGG#AG##CG###CT#TG#A###T#T#T 
s panTro2.chr15 18013 1444 - 100063422 ####TGGGGGG##AG#T###ATG#A##CCCCTAGG####CCA##CG##CTCA##CT#CT#T##CT#TG##T##T#CG#TG#CG##A#AG#AGG##TG#A###T###ACGCGG##A#AG##T#CT#CGG##CCCT#A#CA##CCCAG###CT###CCA#A##T##CTG#AGG####AG##T#A#T#AGG#TG##TG#TGG#####CCTG#T##CCCCA##CCCCA#A###T#######AG##A#####AG##AG###A#A#####AAT#T##CG##CCAGG#CGG##A#CG##CCT##CT#CT##CCTT#CG#CT#AT###CA##TT##T##A#A####CG##A##AA#T#CCCA#CTTG##TCGTG##T#T#A#T##A#CGG###A##CA#A###TGGG#T##A#A####A###A#AT#TG##CG#TG##T#CCT###CCCA#CCCCAT###A#T#CCCA##CCT#CAAG##CA#T#T#####CCA###A##T#A#A##CT#A##CG###CCT###CCA##A#CGG#CG#T##T#A###A#CG##T###T#AG#A##CA#CT#CCA##CA#CTTGGG##CAGG##CAGG#T#T##A##A#ca#t####a#tggg#####tg##cca#a#ag#t#ag##a##tt##ctggg###a#a#a##aag##a##a##a#cg#tgT####AA##T#A####CA#A#T##CCAGG##A#T##CA#T##AG#CG#AG##A#CG#A##A#A##A#A#CA#T###T#CG###A#A##AG##A##A##A##A##CT#AA#AG##CT#AG###CA###T#T#########T#AG#AG##T##A#TG##T###CA#T##CTTG###CG#T#TTG##A##CG#A##A#####T#CT###A#A###T#A##TGG#T#A##T#A#A#AG###A##T#CA#T#TG##T#CCA###CAG##AG#A##CA#A##CCAG##AG#AGG##T#AG###CT#TG#TG#CG##CCAGG##T##CA##AT#T##CCTAGGA##A##AGGG##CA##TG#CAA#A##AGGGG#TGG##A###A##A#CCA#TG###T#AGG##TG#AGGG#AG#AG#CG###TT##CCAAG##CCT#CG##CG#AG##T#CAGG##CCG#t#a#ctt##t#ct##t#ct##t##t##t##t##t#ca##t##cg#t#ct##ACG#T#CG#A##TTG##CTT##CG#T##CCCCA##TTG#CG##TG###T#TA##A#A#TG##CCG##CA#CG#AGGG##CG##CA#T##CCTGG#A##T#CCTG###TG#A##CGG#AG#TGGG####AGG##AAG#AG###AG##T##T#AG##AGG##TGGG##A##T###T#T###CAA#A##CT##TGG#AGG##A###A#CT#CCCT#A##CGAG#A##CCCGCG#TGGG#AG##CG###CT#TG#A###T#T#T 

a score=521291.0
s hg18.chr1      5995 1988 + 247249719 #CT#A#CGCGG##A##CT#T#T##A#####T#CCT##T##CT#T#TA##CCCCA#CCT##A#A##TG###CCCT#A##TA##CAT##T#T###A###T#A#TT##A#A#ACGA##CA##A#AGGG####T#T##CA#T##TG##T##TAGG###A#A#TGG#A###A#A##A#T##A##T#A##T######T#T##T##T##A####-----######A###CCCT##T###CA#TG########AG###TGGG####CCA#A##CT#A#TT####AG##T#CCT#T##CCTA##A#T#A##A###CA#A##T#T##A###T######CA#T######T####CAA##A####AA######T####TGG####T####A######T#A#######T###CA#T####A###CCA#A#######CA#CCGA#T##A#T#A##ACG#CA####T#AG#TG##CT#A#A#A##T##T#CCA#CT##AG#A##CGCG#T##T##T##T##CG##CT##CTG#CG#CTTG##CT##AGGG##CGCG##T#AGG#TGG#A#TGGGG#T##A#TG##CA##A#CT#AG#A##tgggg#tg#tg#tgggg#cg#tgggg#tg#tg---------##a####CCCA##TT##AG###T#####A#A#A#T#TGGG#T###TAGG##A##AG#T#T#T#A#CAGG#AG###CCCG##CCA##T#CCA##CCA#A##CCA##T#A#CT##CTT#A#AG##TCG##T##CT#A#T#TG##AG#TGG##A####TG###TG#T##CAGGG##A#AGGGG##A#T##CGGG##CCAG##CG##A#T####AT#AG##CG#TG##A#T##CGG##AG###AG##AG##AG##TG####A##A###T#AG##A#CTG##CCAG###TG##A#A#A##A##A####T#TGG###CT##AA####AG##AGG###AT#T#A#AG#T###AGG###CT##AGGG##A##CA##AA###CTT#T#T##A#CT#CCATGG#TG#####AGGG##CCA##A##CTT###TG#A#AG#A##T#TG##AAG##CCTGG##CA#T##A#CT###T#CA#CT#T###CCA#CCCT#CCA#CT##T####CA##T##T#T#T#TT##T##TG###AAGGGG##A##A###A##T##T#CT#T###T#T##CCCCA##A##A#ATGG###T#T#####A##A#CA##CAGGGG###CAG##A###A###T##TT#T##CT##AGAG#CG##ATGGGG###AG##AA##T###A#CCG#T###CT#A##CCAT####CT#T#CCA#A##A##AGGG##A#A#CGT##A#TGTGGG###CCAG##CT#CCGA##CGA##CA#CCG##A#CCCCTG##T#CTG##CT#T#T##T####CT#T###T##T##CCTGG###CCCA#T#A##CAG##CGG##CT#CCG#CCA#A#CCCTCG##CCT##CCT#TG##CA###AG####TCG#TG#T##T##A#A##A##AAG#A##T###A#A##T##T##T##TGG##A###CCCCAA###CCT#T##T##A#CG##CTCGG##TCCG##TTG#T##T#ACG#A#A#AG###A###CT##A##T##T#CTGA#AGG##CAG##TG##CAAGG##TG#T#######TG#T##TGG##CT####A##T##CA#CCCA##CCA###A##CT#CT#TGGGG###A####CCT#TG#TG##CCCG##T#CT#CCCA#####CA###CT#CTG#T#T#T###AG##-----##T#T#CGCG##CA##A###CT##AGG##CCG#TCG##CAGGGG#CG#T##TT##T#TG####CT#TG#CGGGG#CG##T#T##AG##CAGG###CTGG#CG#CCGT##A##TG#A##CA#####CT##AG#CG#CCTG#A##AGG####TTG##A#TG#A####A#CT#TG###A#AGG###AA###T#AGGGG##CCCAA#AG##T#A#AGG##TAG###T##T 
s panTro2.chr15 19485 2006 - 100063422 #CT#A#TGCAG##A##CT#T#T##A#####T#CCT##T##CT#T#TA##CCCCA#CCT##A#A##TG###CCCT#A##TA##CAT##T#T###A###T#A#TG##A#A#ATGA##CA##A#AGGG####T#T##CA#T##TG##T##TAGG###A#A#TGG#A###A#A##A#T##A##T#A##A######T#T##T##T##A####A##TG######A###CCCT##T###CA#TG########AG###TGGG####CCA#A##CT#A#TT####AG##T#CCT#T##CCTA##A#T#A##A###CA#A##T#T##A###T######CA#T######T####CAA##A####AA######T####TGG####T####A######T#A#######T###CA#T####A###CCA#A#######CA#CCGA#T##A#T#A##ACG#CA####T#AG#TG##CT#A#A#A##T##T#CCA#CT##AG#A##CGCG#T##T##T##T##CG##CT##CTG#CG#CTTG##CT##AGGG##CGCG##T#AGG#TGG#A#TGGGG#T##A#TG##CA##A#CT#AG#A##tgggg#ag#tg#tgggg#cg#tgggg#tg#tgggg#t##t###a####CCCA##TT##AG###T#####A#A#A#T#TGGG#T###TAGG##A##AG#T#T#T#A#CAGG#AG###CCCA##CCA##T#CCA##CCA#A##CCA##T#A#CT##CTT#A#AG##TCG##T##CT#A#T#TG##AG#TGG##A####TG###TG#T##CAGGG##A#AGGGG##A#T##CGGG##CCAG##CG##A#T####AT#AG##CG#TG##A#T##CGG##AG###AG##AG##AG##TG####A##A###T#AG##A#CTG##CCAG###TG##A#A#A##A##A####T#TGG###CT##AA####AG##AGG###AT#T#A#AG#T###AGG###CT##AGGG##A##CA##AA###CTT#T#T##A#CT#CCATGG#TG#####AGGG##TCA##A##CTG###TG#A#AG#A##T#TG##AAG##CCTGG##CA#T##A#CT###T#CA#CT#T###CCG#CCCT#CCA#CT##T####CA##T##T#T#T#TT##T##TG###AAGGGG##A##A###A##T##T#CT#T###T#T##CCCCA##A##A#ATGG###T#T#####A##A#CA##CAGGGG###CAG##A###A###T##TT#T##CT##AGGG#CG##ATGGGG###AG##AA##T###A#CTG#T###CT#A##CCAT####CT#T#CCA#A##A##AGGG##A#A#TGT##A#CGTGGG###CCAG##CT#CCGA##CGA##CA#CCG##A#CCCCTG##T#CTG##CT#T#T##T####CT#T###T##T##CCTGG###CCCA#T#A##CAG##CGG##CT#CCG#CCA#A#CCCTCG##CCT##CTT#TG##CA###AG####TCG#TG#T##T##A#A##A##AAG#A##T###A#A##T##T##T##TGG##A###CCCCAA###CCT#T##T##A#CG##CTCGG##CCCG##TTG#T##T#ACG#A#A#AG###A###CT##A##T##T#CTGG#AGG##CAG##TG##CAAGG##TG#T#######TA#T##CGG##CT####A##T##CA#CCCA##CCG###A##CT#CT#TGGGG###A####CCT-TG#TG##CCCG##T#CT#CCCA#####CA###CT#CTG#T#T#T###AG##T#A####T#T#CGCG##CA##A###CT##AGG##CCG#TCA##CAGGGG#CG#T##TT##T#TG####CT#TG#CGGGG#CG##T#T##AG##CAGG###CTGG#CG#CCGT##A##TG#A##CA#####CT##AG#CG#TCTG#A##AGG####TTG##A#TG#A####A#CT#TG###A#AGG###AA###T#AGGGG##CCCAA#AG##T#A#AGG##TAG###T##T 

a score=311095.0
s hg18.chr1      7983 1272 + 247249719 #G##AG#A#AGG#TG#A##TGG#A##CTGG#CGA##A###A##TCAAG##A#AG#TGG##A##AGG##A#A###TGG##A##CT#A#AG##ACGGG####TG#AGG###T##CCA##A##CT#AG###A#AGGG##ATGGG###T##CTT##TG##CT##TT##T##CCTT####T##T#A###TTG##CTGG##CAAG#A###CT##T#T#CA#TG##CT##A#CTG##T#CG##T#T##T#T##CTG#TGG#A####CT##CATG#A##A####A#A#AG##TGG##T##T#CCCA#CCTCT##A#A#CT#CT##T#CT###A##A#A##T##CAG##CAG##CCT#AG##AAGG##T#T##A###AGG###A#CT##TT##CAGG##CG###TTG#T##CA##CAGGGG##CT#T##AAG#######T###CT##AGG##CGAG#A##T##CG#T##T#A####CCT##A#T#T#A##AGG###AG##CCT#T##T##CA#CT####AT##T###T##AG###A##CT#CAGG##A#A#A#AG##TG########A#AT##A#A#ATG##T##T##TGGG##AA##A#T##A#A##CCCT#AT####ACGT##A##A###A#T#TG##CT#T##A#AGGGG###CG#A###CG#AG##T#A###TG##AAG##TG###CT#A#T##CG##A#CT######A##CGGG####T##CCCTG#A#A#A#T###CG##T#A#T#A##A###CCCGA###CCG##CA#CG#CT#A#T#TG###TA##T#ct#a#ct##t##ca##ct#cctg#t#cggg#tgg##cca#t######a##t##ct##t####ccca##t#t##caa#t##a###tt#t#t##tt##a##t#atg###cg#ca####ccca###at#cct#tg##tg##t#ctG#T##CCGAG##CCAA#T###T##T##T###AG##A#A##A#CCCA#T#AT##T####CAT####T#TG##CG#A##AAG##CG#T#T#A#T##A#A######T#T##T#CGT#T#####A#A##A##CT#CT#CCA##CG#CCCT##A##T#CCCT##CT#CAA#A##CCA##CCTT##CCA#AGG##CA#A#T#CACGT##A#A##A##CT#A##A#T#A#CGG##ACGA#CGA##CT#T#TG#T#CG#AGG##T#A##AG##A#AG#CGCG##TGGG###CAT#AG##AGG##AG#AG#AGG#T#TGG##TG#TG#AGGG###T#A##AG##A#AG#CGC 
s panTro2.chr15 21491 1270 - 100063422 #G##AG#A#AGG#TG#A##TGG#A##CTGG#CGA##A###A##CCAAG##A#AG#TGG##A##AGG##A#A###TGG##A##CT#A#AG##ACGGG####TG#AGG###T##CCA##A##CT#AG###A#AGGG##ATGGG###T##CTT##TG##CT##TT##T##CCTT####T##T#A###TTG##CTGG##CAAG#A###CT##T#T#CA#TG##CT##A#CTG##T#CG##T#T##T#T##CCG#TGG#A####CT##CATG#A##A####A#A#AG##TGG##T##T#CCCA#CCCCT##A#A#CT#CT##T#CT###A##A#A##T##CAG##CAG##CCT#AG##AAGG##T#T##A###AGG###A#CT##TT##CAGG##TG###TTG#T##CA##CAGGGG##CT#T##AAG#######T###CT##AGG##CGAG#A##T##TG#T##T#A####CCT##A#T#T#A##AGG###AG##CCT#T##T##CA#CT####AT##T###T##AG###A##CT#CAGG##A#A#A#AG##TG########A#AT##A#A#ATG##T##T##TGGG##AA##A#T##A#A##CCCT#AT####ACGT##A##A###A#A#TA##CT#T##A#AGGGG###TG#A###CG#AG##T#A###TG##AAG##TG###CT#A#T##CA##A#CT######A##CGGG####T##CCCCG#A#A#A#T###CG##T#A#T#A##A###CCTGA###CCA##CA#CG#CT#A#T#TG###TA##T#ct#a#ct##t##ca##ct#cctg#t#cggg#tgg##cca#t######a##t##ct##t####ccca##t#t##caa#t##a###tt#t#t##tt##a##t#atg###ca#ca####ccca###at#cct#tg##tg##t#ctG#T##CCGAG##CCAA#T###T##T##T###AG##A#A##A#CCCA#T#AT##T####CAT####T#TG##CG#A##AAG##CG#T#T#A#T##A#A######T#T##T#CGT#T###--A#A##A##CT#CT#CCA##CG#CCCT##A##T#CCCT##CT#CAA#A##CCA##CCTT##CCA#AGG##CA#A#T#CACGT##A#A##A##CT#A##A#T#A#CGG##ACGA#CGA##CT#T#TG#T#CG#AGG##T#A##AG##A#AG#CGCG##TGGG###CGT#AG##AAG##AG#AG#AGG#T#TGG##TG#TG#AGGG###T#A##AG##A#AG#CGC 

a score=268744.0
s hg18.chr1      9255 1055 + 247249719 ###TGGG####AT#AG###AGG#AGGGG#AGG#T#TGG##TG#TG#AGGG##T##A###T#TGG##TAGG###A##TGGG#T###T#T##AG##TG###T###TG##CTA####CCG##CCA###A##CA#A##CA#T##CA#CA#CG##A##AG##CTTG##CCCCA#A#A##CA#####A#A###CAG#A###CCCGT##CCT##AGG###T##CCT######T#CTG##T#CTT#T#T##AGGGG##T#AG##ATG##AGG##TGG#A####CA##AG##A#T#AA#CG##T##A#T####CAT###A###TG###T##AG#TG##CA#A####A###A######A##A#A##A#CA##T#CT##CA#T#AG##A#CGGG##CA#CA#CCA#CGT#T##T#CA##T####TG##TGGG#A#AG##CT##A##T##T####AGG###CT#CA##A#AA##T###T####T###CCTA####CCAGG##A##CTCG###T##CTTGG#T##T###ACG##CT#CG##AG#T##A##A##T#T##A##CGAG###ca#aggg##a#tgg#agg####t#a###tggg#agg###a#ag##t##t#t###ctg#t##t#cca#a#ag#--a##agg##t####a#t#a#a##t#cg###a#caa##t#a##a#t#a##cctg#########tg###tg#########a#a#a#a###t###a##a#t#a####ag##cgcg#t#a###ccaggg##ca##a#t##tcg#a#t####a##a####t#t#t#####ag####a##a##ct##t#t##ccggg#a####at##a##a#a#tg#a##tcga###a##ag#####tg#cg##t##t###a#####tt##a###aa##tg#a##t#tgggg##tg#ag#a#a####a###ag########a#a##ca##t####ca#a##ccca#agg##a#a##t####a#tg###t#####ca##ctt##acg#agg####tg##a#a###ca##ca####a###a##a#ctg###a######tggg##cag 
s panTro2.chr15 22901 1056 - 100063422 ###TGGG####AT#AG###AGG#AGGAG#AGG#T#TGG##TG#TG#AGGG##T##A###T#TGG##TTGG###A##TGGG#T###T#T##AG##TG###T###TG##CTA####CGG##CCA###A##CA#A##CA#T##CA#CA#CG##A##AG##CTTG##CCCCA#A#A##CA#####A#A###CAG#A###CCCGT##CCT##TGG###T##CCT######T#CTG##T#CTT#T#T##AGGGG##T#AG##ATG##AGG##TGG#A####CA##AG##A#T#AA#CG##T##A#T####CAT###A###TG###T##AG#TG##CA#A####A###A######A##A#A##A#CA##T#CT##CA#T#AG##A#CGGG##CA#CA#CCA#CGT#T##T#CA##T####TG##TGGG#A#AG##CT##A##T##T####AGG###CT#CA##A#AA##T###T####T###CCTA####CCAAG##A##CTCA###T##CTTGG#T##T###ACG##CT#CG##AG#T##A##A##T#T##A##CGAG###ca#aggg##a#tgg#agg####t#a###tggg#agg###a#ag##t##t#t###ctg#t##t#cca#a#ag###a##agg##t####a#t#a#a##t#cg###a#caa##t#a##a#t#a##cctg#########tg###tg#########a#a#a#a###t###a##a#t#a####ag##cgcg#t#a###ccaggg##ca##a#t##tcg#a#t####a##a####t#t#t#####ag####a##a##tt##t#t##ccggg#a####at##a##a#a#cg#a##tcga###a##ag#####cg#cg##t##t###a#####ct##a###aa##tg#a##t#tgggg##tg#ag#a#a####a###ag#-######a#a##ca##t####ca#a##ccca#agg##a#a##t####a#tg###t#####ca##ctt##acg#agg####tg##a#a###ca##cg####A###A##A#CTG###A######TGGG##CAG 

a score=95099.0
s hg18.chr1             10310 371 + 247249719 #a#a#aggg##agg###a##tg#####at###cg####aag##t#a###a######a#ag##ca#agg##a###t##a###a#caa##t#########aag####a##t#t##a##cca##a###ag############aa#cg#########a##ag#tg#agg####tt##t##a###a#a####ag#t##a###a###ctg#####t##t######t###a##t#a##aggg##t###a##at######cg##a#####ag##a#t#a####t#agg##A#A#A##T#CCCG#CCCT#T##T##CCT##A##CT##T###A###A##AGG##CCGT##A#T#T#TTG#A##CA#CA#A######A#AG 
s panTro2.chr9_random 4675776 371 +   7733331 #a#a#aggg##agg###a##tg#####at###cg####aag##t#a###a######a#ag##ca#agg##a###t##a###a#cca##t#########aag####a##t#t##a##cca##a###ag############aa#cg#########a##ag#tg#agg####tt##t##a###a#a####ag#t##a###a###ctg#####t##t######t###a##t#a##aggg##t###a##at######cg##a#####ag##a#t#a####t#agg##A#A#A##T#CCCG#CCCT#T##T##CCT##A##CT##T###A###A##AGG##CGGT##A#T#T#TTG#A##CA#CA#A######A#AG 

a score=33853.0
s hg18.chr1        10770 227 + 247249719 #A#A##AG#AG#A#A#A##ACA##CTG#A#T##T####T##CAG#A##T#A#CT##CT#CG##A#TGG##A#AG#CG#CA#T#AG##CAGAG##CGG##T#T##TGGG##CT#A#-CCGG#TG#TGGG#AG-------A#A###T#T#CCCT##CC--CT###T#T##CGT##AG#AG#---------------A##ATG####AGGGGACGG####A#A##TG###A#A##CCCA#CG####A##CCATGG 
s panTro2.chr12 77693524 219 - 135371336 #A#A##AG#AG#A#A#A##ATG##CAG#A#T##T####T##CAG#A##T#A#CT##CT#CG##A#AAG##A#AG#TG#CA#T#AG##CAGGG##CAG##T#-----GG##AT#A##TGGG#TG#TGGG#AG#A#A#A#A#A###T#T#CTCT##CCA#CT###T#T##TGT##AG#TG#####CGA##AG#T##A##ACA####AAGGGGGAG####T#A##TG---------------------------- 

a score=83473.0
s hg18.chr1             10997 329 + 247249719 ##A#CG###A##CCA#TA##TT###CA#T##CA#AG#AGGG##AA#TG#AG#AG#A#AG#TG#CG#T##T#CCCA#T#CA#T##CA##CG##A#TG##T#T#CCT##CCT##A##CTCG###CCT###T###A#CA####CT##CG#CG####CT#T###T###T#A#CCT##CCT#CCT##TT##AA###CCCT###T##A##CT#A#CCCT##CG#A##CT###T##A#####A##T##TGG#T###CCTG##A##CA#T#T#T#T#CCT##TT###CCT##CGT##CG##T##CT#AG####CT##CCCA###T#T##TG##CCAT 
s panTro2.chr9_random 4677170 329 +   7733331 ##A#CG###A##CCA#TT##TT###CA#T##CA#AG#AGGG##AA#TG#AG#AG#A#AG#TG#CG#T##T#CCCA#T#CA#T##CA##CA##A#TG##T#T#CCT##CCT##A##CTCG###CCT###T###A#CA####CT##CG#CG####CT#T###T###T#A#CCT##CCT#CCT##TT##AA###CCCT###T##A##CT#A#CCCT##CA#A##CT###T##A#####A##T##TGG#T###CCCA##A##CA#T#T#T#T#CCT##TT###CCT##CGT##TG##T##TT#AG####CT##CCCA###T#T##CG##CCAT 

a score=1716519.0
s hg18.chr1     11326 6774 + 247249719 #CCT##CCT##T#A#####CA###A#A##T#CCT###ACG#CT#####A##TT##A###CT###TT#A######CGTGG##CCT###T#A#T#A#CCCA##T#T##A#T#A#T##CCT##CCCA#A#CCT##CAGG#A##CT#CCGTG##A#CGTGGG###A#A#AG####CAGG##A#A##T#CCT#A##CCCA###A#A#AG##CTG##CCA#AG##T#ACG###A###A##CT#T#AT##CCCGA#A##T#A#T##AAGG#A#AG##A#CG#T###T#T##T##CCAT##A##A##A#CCCCCT#CCA#CCCT#T##AG##CG##CT#CGCG##A###CA#CA###A#CACG###CAA##CA#A#T#AG##CT#CCT#CAA##CTGCA##CCCCA####CA###CCTG#CAGG##A##CT##A####CA#CT#CCT##CCT##CCCCCT#T##CAG#A###T##CCT#T#TG#A###A##ACgtg######ct#t##a##a##t#####ct######t#aa##a#tg##ccca####ccttggg#####ca##t#t#tcg#ag##t#a###cca#a##t##ag#tggg##t##cca#a#a##t#ct#a###t#a##caa#tg#t#t###a#a###ccctg##ccca####tg#####tgg###a###at#ag###caa##cag#TGG##TGA#T#A#T#TG##T##TG#AG##A#TGGG###A#AG#A#A##A###T###CT##TG###CT###CCT#T###AT###A#CTT##T##CACGA#A##ATG##CT###TGG###T##A##CA###CCA#A##A##A###T###ATG##AG###A##A####CAG##CCT#AG###A##A####A##CCT###T#CG#AG##T##T#T##T###TG#########T##T#A##TTG###TGGG#A####T###AG#CGT##CA#CA####T###CG#####T#T#CA#T#TA###CCT#A##A##CCACGCG####AT##TA##A######A###A###TCG#CCT#T#T####CCA###CA##CT#TAG###A#A#TG##A##CA#A####TG#####T#T##AG###CA##ACGAG#TG#A##A#ATG#TG#A#A###A##T##A#T###CTG####CCAG#A#T#AGG#A##CAG###T#AG##CCAAG##T#CT#A#AG##A##TG##CCT#CCTGCG#T#T##CA##A##TTG#A####CCA#A#T#A#T###CG#A##A#T#CA#T##CCAG####T##CT##CT##CCT#T#CT#A##CCA##CCTGG##AGGG###AT##A##T###T##AAG#T##CAA####CAG###AG###AG###A##CG#CA######CAGCG#T##CCT#A#A##AGG##A##CACG#A###CCCA##TTG##AAG#####A#A#####CGAGG###TG####TG##CT#CA###T#A#T##TG###ATGGG#TG##CA#A###TG#A##T##TG##T#T###A###CT#CA##CT#T##CCTAG#TG##CCTCGG##A#A##TA##A#A#AG###A##A#A##AG#T##A##CA##A#T##--#####T##TG#TG##AG####AT###TG##A##CA#AG##A#T###CGG###AA####A##A#CAGG##A#A###a##a####ct##ag##t##ctag#t##cag##a#t####ca###ct#t##at####t##################a#######t##cag##a#--------------#t##ca#######ca#a##t##a#a##t#a####a#cgag##t#a#aggg##tgg##t##ccaag#####a#ag##a######aggg#a##tg####t#a##caag##a##a##t#caag#####CCCT#A###A#T##A#T#TGT#T#CCCTG#####TGG###A###TT###AA##TCGGG##AA##CG#T#A###A#TGGGG#AG###T###AG##A#AG#TGG####CCA##TG#T###A##A#AG#AG##T##A#A#T##AG#A##AGGG##T#CAG###TG#CG##A##CAGG##AGG###AGG##AGG##TG##TTG###CACGA#AG##A#CTGA###AG##A###A#A###T##CCA#TGGG###T##CAT#T#AG##ATG#T#TGG####CTGG##AG#A###CAA##CT#A####A###T##T##TG##CA#A###AG###CT#T####CCG##A##CCCTGG###CT#T##CA#####A#A##A###A#CA###A#T#A#T#AT###A#######A#T#A#T##A###A#TG#A##CCAAG###T#T#CGAG###A#CA#T##CA####AA##A##T##A#CCCT#CA##TCG#ct#cct#a#tg##ca#t#cgt##t#ca##cat##tg##t##ct###ag###ct#ca#ct#cag##t##a####at#t##t##t###tg###t####t##cca##ct##cca#t#a##cct#a###t####ca####t###a####ct#acg##t##ct##cct###ct#a###caa##cag##T##CCAT##CGA##CT#A#A####CCCA##T#CCCT####A##T##A########CT##A####ccggg##cat####t#tg##t#t#####ctg##t#t###a#tag##cag###t#t#a##cct##t#t##ct#a#####ct#a##t######t#a##t##cg##a#t##ct##t#at##a#t#t#a#####t##a#t#a####a#tg#tt#t##acg#######t#######a#t######A##########A##a###ctt###a#a##t#####t##a####t####at#t##tg#t#####ag###t#t#t#t#ct##ca###t#t#cg#t#cag#tg#a#ag###t##t##ct####cgtg##tg#######a#a#####cca#a#t##ctt##a#acga##a#t##tgg#########t##tg##t##ag#####CGT##AG####AG##CCT#CA#TGG#AG####A##ATGA##T#T#A#A##A#A##CA#CA#AG#####CAG#AG##T#A#TGGG#TG##AGG#A#T#A##T#TCG###T#CCAG#A#####A##T##CAA##TGG##T#T#A#T##A##CCCT#CCA#A#AGG##A##CA##TGG####CCCAG###CGG#####CCCAAGGGG##T##T#CCA#AGG#T#T##T##TGG###T##CCAG###AGG##TG##CCT#T#A##AG#TGGGG#TGA#TG##A##A#CCA#CT##TG#A##T###T#CA#A###CT##T##AG####T##AGG##A##CG#CA##T##TG##CG##CT#CT#TCG#CG#AG###TG##TG##T#AAGG##ACG##A#AG###T###CT##CAGG#A#T##T##A##CT#A#AG#A###ATG#T##CT#TGG#TCG#A##CG#A#CG##A#A##CA#CCACG##CA#CG##ACGCCCCCA#CA#AGG##A#CGTG#T##T#A###A##A#A##CCT#A##CCA##T#T##A#A#A##T##A##CT##A#A###AGGG#A##AGGG###A#A##A##TG#T#A#AG##CAG#A#CG#A#A##TGG###T#T##T##T##CT##T#A#T###T#AGG###AGG##AGG##CCGG###TGGG#####T##AGG###A#TG#AG#A####A#A##AG#T##A##A####T###CCCCT##AAG#T##TT##T##CT##CAG##A#CCT###CA###CTT###T#A####A##T#CCCA#CTTG#######AA#####CTTG##T#CA#AG######A#AG##TG#####A#AGGG##A####TGGG##A#CAGGG#A###T##CT####A##T##CA##TG####ACA####TG####A##A#A#####T#T##A#A#ACGG####T##CCA#T#####CCCT#AG#####T#AG##CT##T#CT#####A###TGG##A#TG##TA#T###T#TAG####AG#A#####CA##CCT##T#A#CCAG##TA#A##T#AGGGG##CAA#AG###A#AG#T##CT#TGGGG#TG#AG###AG##AG#######A#T#CTG####T##A#A#T#AGG##A#A###T########TGG###########T#CT#T#CCTG#T##CA#T##A##A##A###A#A#T##A###A##A#T####T###TG##AA#A##T##A#CAG##A########AGG###CAG##CCCT######AG##CT####A#A##CCCTCA#TG#####TG#T#AG##A###A######AG##CTG##A#T#T##CCTA###CT##T#CCCTAG##A#T##A#TGGG##CCTTG##T##A##A#AA##AG##AGG##TG##T#A#T#TG##AT##AGG##CTAG#A######A#TTGG########T##T#T###CTT#A###A##T##CG##T#T#####T####CT##CGA####CCA###T#CA###T#A####TA##A#T##T#A##CGTG#######CCA#########T###########A###CG#A#CA#A#CA##A##T##A#CCA##TG#A##CT##T#CT#T##T#CCGCT##TG##T##CCCA##CCT#CCT##T##CCT#CT#AG##CA##A#T####A#T#A####CT#CT#T##A###AG##T###CA####T####TT##CTT######T#A##A#A##CCAG#A#####T#CT#A#CT#CCA#T########CT#CCA##A######T##A##ATG##CA##T##T##CCA##CA##T#A#####CCA##CCT#T#A###CA#CA#A#CCCT###AA##AT####CT#CCT#CCCT##T#T##########T##TG#AA###T##TG##T###ct###t######t#t##ct#a####t#cca##t###a####a#a#agggg####a##T##AA########CT#T##A#A##T##A##T#######TT###A#T#T#T#T#T###T##T#A#A#A##T#CGT###A##A#A####A###A#A####T#CT#A###AG#AG##A##AA##CCG###AA###TGG###T######A#CT##T#A#TG######T###T###T##A###A##T##T####A##T###AG#T##AG##CAT####A#A##A#A##CG####A###A#T##A#TA##CAGG#A#A###T#A#####A##T####T#A##########A###T##T#CA###ATGG####A#A##T#AG#A#T###A####CCT#TTG#A###AGGG#A###AG#####A##T#T#A##A###T#T#T##CT#TCg##cgg#cg#a#cg##t#acg#ct######cca##a#t#tgg#ag#cg#ag##ag##a####a#ct#ag##cgg#a###cga###ca###t###ca##atg#t#####t#ca##t#t##t########a#####a##cag#cgtg#tg#t##at##ct######cccg#t##tcgg#ag##t#ag##ag#a#####a#tt####cagg#ag#tggag##t##a#t#t##caa###cgcg#catg##a#t#ca##ctag##a#cgagg#t####CAG###CAG##A##AG#T##A#A###A##A###CAG#####A#####A##TT####A###A#T#T##AGGG####CG#AA#CG###TT#A#T##T#AGG####A###A##CTTGGG##A####TA##A###A###T#######A#AG##CA###T#########A#T#A#######A##TAG#A###TG###TT#TG##AG###T######ct#a###ct#t##t###ca###tg##a##ca#cag##a#at##a##ca#t#a##a#tt####t#tg###a###t####t#a##t#t##ca##a#t######t#t##a#ca######a#ag##ta#######a###t##########t#############t#####cgt##t########ca####tgg#######tg################ca#t######a##t#####t######t###A######A#A##T#T###T##########T####T#####T###CT#T#A#T#A#CG##CT#T#####CA#A####T#A###T#T##T#T###TGG##AG#A######CTA###TG###T#T###CT#A##A##A#########A##A###CG#####A#####TG##CCCT##T##CT#####TG##A##T######T##T###CAT##A#######T####T###CCT#T###A##A##CG########T##T##T##A###T###T##T########CT##A#ATG##A####CA###T###T#CT#AA#####t#a######t#t#######a#t#########a##a##ccct#####a#a##ag####tggg###a###a###ca######a#######a##a##a####a#ta##tt#a####aa##cca###ttg####t##cg##t######caa##t###t#########t####t####t##t######AT##A####T##A####T#A##CCA###A###T###A##A####CA##T###A###A#CT####TT#A###T#T###T###T######CT#####A####T#####T#####T#AGG#######AAGG#####t###a#t###ca##ccg#a#t#t#tg###a##a#t##cg####t##a######a##a#ccca##t###t###t##a#ca#a#a#tt 
s panTro2.chr15 23957 6770 - 100063422 #CCT##CCT##T#A#####CA###A#A##T#CCT###ACT#CT#####A##TT##A###CT###TT#A######CGTGG##CCT###T#A#T#A#CCCA##T#T##A#T#A#T##CTT##CCCA#A#CCT##CAGG#A##CT#CCGTG##A#CGTGGG###A#A#AG####CAGG##A#A##T#CCT#A##CCCA###A#A#AG##CTG##CCA#AG##T#ACG###A###A##CT#T#AT##CCCGA#A##T#A#T##AAGG#A#AG##A#CG#T###T#T##T##CCAT##A##A##A#CCTCCT#CCA#CCCT#T##AG##CG##CT#CATG##A###CA#CA###A#CACG###CAA##CA#A#T#AG##CT#TCT#CAA##CCGCG##CCCCA####CA###CCCA#CAGG##A##CT##A####CA#CT#CCT##CCT##CCCCCT#T##CAG#A###T##CCT#T#TG#A###A##ACgtg######ct#t##a##a##t#####ct######t#aa##a#tg##ccca####ccttggg#####ca##t#t#tcg#ag##t#a###cca#a##t##ag#tggg##t##cca#a#a##t#ct#a###t#a##caa#tg#t#t###a#a###ccctg##ccca####tg#####tgg###a###at#ag###caa##cag#tgg##tgg#t#a#t#tg##t##tg#ag##a#tggg###a#ag#a#a##a###t###ct##tg###CT###CCT#T###AT###A#CTT##T##CACGA#A##ATG##CT###TGG###T##A##CA###CCA#A##A##A###T###ATG##AG###A##A####CAG##CCT#AG###A##A####A##CCT###T#CG#AG##T##T#T##T###TG#########T##T#A##TTG###TGGG#A####T###AG#CGT##CA#CA####T###CG#####T#T#CA#T#TA###CCT#A##A##CCACGCG####AT##TA##A######A###A###TCG#CCT#T#T####CCA###CA##CT#TAG###A#A#TG##A##CA#A####TG#####T#T##AG###CA##ACGAG#TG#A##A#ATG#TG#A#A###A##T##A#T###CTG####CCAG#A#T#AGG#A##CAG###T#AG##CCAAG##T#CT#A#AG##A##CG##CCT#CCTGGG#T#T##CA##A##TTG#A####CCA#A#T#A#T###CG#A##A#T#CA#T##CCAG####T##CT##CT##CCT#T#CT#A##CCA##CCTGG##AGGG###AT##A##T###T##AAG#T##CAA####CAG###AG###AG###A##TG#CA######CAGGG#T##CCT#A#A##AGG##A##CATG#A###CCCA##TTG##AAG#####A#A#####CGAGG###TG####TG##CT#CA###T#A#T##TG###ATGGG#TG##CA#A###TG#A##T##TG##T#T###A###CT#CG##CT#T##CCTAG#CG##CCTTGG##A#A##TA##A#A#CG###A##A#A##AG#T##A##CA##A#T###T#####T##TG#TG##AG####AT###TG##A##CA#AG##A#T###CGG###AA####A##A#CGGG##A#A###a##a####ct##ag##t##ctag#t##cag##a#t####ca###ct#t##at####t##################a#######t##cag##a##########ca####t##ca#######ca#a##t##a#a##t#a####a#tgag##t#a#aggg##tgg##t##ccaag#####a#ag##a######aggg#a##tg####t#a##caag##a##a##t#caag#####CCCT#A###A#T##A#T#CGT#T#CCCTG#####TGG###A###TT###AA##TTGGG##AA##CG#T#A###A#TGGGG#AG###T###AG##A#AG#TGG####CCA##TG#T###A##A#AG#AG##T##A#A#T##AG#A##AGGG##T#CAG###TG#CG##A##CAGG##AGG###AGG##AGG##TG##TTG###CACGA#AG##A#CCGA###AG##A###A#A###T##CCG#TGGG###T##CAT#T#AG##ATG#T#TGG####CTGG##AG#A###CAA##CT#A####A###T##T##TG##CA#A###AG###CT#T####CCG##A##CCCTGG###CT#T##CA#####A#A##A###A#CA###A#T#A#T#AT###A#######A#T#A#T##A###A#TG#A##CCAAG###T#T#CGAG###A#CG#T##CA####AA##A##T##A#CCCT#CA##TCG#ct#cct#a#tg##ca#t#tgt##t#ca##cat##tg##t##ct###ag###ct#ca#ct#cag##t##a####at#t##t##t###tg###t####t##cca##ct##cca#t#a##cct#a###t####ca####t###a####ct#aca##t##ct##cct###ct#a###caa##cag##t##ccat##cga##ct#a#a####ccCA##T#CGCT####A##T##A########CT##A####ccggg##cat####t#tg##t#t#####ctg##t#t###a#ttg##cag###t#t#a##ctt##t#t##ct#a#####ct#a##t######t#a##t##cg##a#t##ct##t#at##a#t#t#a#####T##A#T#A####A#TG#TG#T##ACG#######T#######A#T######A##########A##A###CTT###A#A##T#####T##A####T####AT#T##tg#t#####ag###t#t#t#t#ct##ca###t#t#cg#t#ca--tg#a#ag###t##t##ct####cgtg##tg#######a#a#####cca#a#t##ctt##a#acca##a#t##tgg#########t##tg##t##ag#####CGT##AG####AG##CCT#CA#TGG#AG####A##ACGA##T#T#A#A##A#A##CA#CA#AG#####CAG#AG##T#A#TGGG#TG##AGG#A#T#A##T#TCG###T#CCAG#A#####A##T##CAA##TGG##T#T#A#T##A##CCCT#CCA#A#AGG##A##CA##TGG####CCCAG###CAG#####CCCAAGGGG##T##T#CCA#AGG#T#T##T##TGG###A##CCAG###AGG##TG##CCT#T#A##AG#TGGGG#TGG#TG##A##A#CCA#CT##CG#A##T###T#CA#A###CT##T##AG####T##AGG##A##CG#CA##T##TG##CG##CT#CT#TCG#CG#AG###TG##TG##T#AGGG##ACG##A#AG###T###CT##CAGG#A#T##T##A##CT#A#AG#A###ATG#T##CT#TGG#TGG#A##CG#A#CA##A#A##CA#CCACG##CA#CT##ACCCACCCA#CA#AGG##A#CGTG#T##T#A###A##A#A##CCT#A##CCA##T#T##A#A#A##T##A##CT##A#A###AGGG#A##AGGG###A#A##A##TG#T#A#AG##CAG#A#CG#A#A##TGG###T#T##T##T##CT##T#A#T###T#AGG###AGG##AGG##CAGG###TGGG#####T##AGG###A#TG#AG#A####A#A##AG#T##A##A####T###CCCCT##AAG#T##TT##T##CT##CAG##A#CCT###CA###ATT###T#A####A##T#CCTA#CTTG#######AA#####CTTG##T#CG#AG######A#AG##TG#####A#AGGG##A####TGGG##A#TGGGG#A###T##CT####A##T##CA##TG####CCA####TG####A##A#A#####T#T##A#A#ACGG####T##CCA#T#####CCCT#AG#####T#AG##CT##T#CT#####A###TGG##A#TG##TA#T###T#TAG####AG#A#####CA##CCT##T#A#CCAG##TA#A##T#AGGGG##CAA#AG###A#AG#T##CT#TGGGG#TG#AG###AG##AG#######A#T#CTG####T##A#A#T#AGG##A#A###T########TGG###########T#CT#T#CCTG#T##CA#T##A##A##A###A#A#T##A###A##A#T####T###TG##AA#A##T##A#CAG##A########AGG###CAG##CCCT######AG##CT####A#A##CCCTCG#TG#####TG#T#AG##A###A######AG##CTG##A#T#T##CCTA###CT##T#CCCTAG##A#T##A#TGGG##CCTTG##T##A##A#AA##AG##AAG##TG##T#A#T#TG##AT##AGG##CTAG#A######A#TTGG########T##T#T###CCT#A###A##T##TG##T#T#####T####CT##CCA####CCA###T#CA###T#A####TA##A#T##T#A##CGTG#######CCA#########T###########A###CG#A#CA#A#CA##A##T##A#CCA##TG#A##CT##T#CT#T##T#CCCCT##TG##T##CCCA##CCT#CCT##T##CCT#CT#AG##CA##A#T####A#T#A####CT#CT#T##A###AG##T###CA####T####TT##CTT######T#A##A#A##CCAG#A#####T#CT#A#CT#CCA#T########CT#CCA##A######T##A##ATG##CA##T##T##CCA##CA##T#A#####CTA##CCT#T#A###CA#CA#A#CCCT###AA##AT####CT#CCT#CCCT##T#T##########T##CG#AA###T##TG##T###ct###t######t#t##ct#a####t#cca##t###a####a#a#agggg####a##t##aa########CT#T##A#A##T##A##T#######T------T#T#T#T#T###T##T#A#A#A##T#CGT###A##A#A####A###A#A###---CT#A###AG#AG##A##AA##CCG###AA###TGG###T######A#CT##T#A#TG######T###T###T##A###A##T##T####A##T###AG#T##AG##CAT####A#A##A#A##CG####A###A#T##A#TA##CAGG#A#A###T#A#####A##T####T#A##########A###T##T#CA###ATGA####A#A##T#AG#A#T###A####CCT#TTG#A###AGGG#A###AG#####A##T#T#A##A###T#T#T##CT#TCg##tgg#ca#a#cg##t#acg#ct######cca##a#t#tgg#ag#cg#ag##ag##a####a#ct#ag##cag#a###cga###ca###t###ca##atg#t#####t#ca##t#t##t########a#####a##cag#cgtg#tg#t##at##ct######ccag#t##tcgg#ag##t#ag##ag#a#####a#tt####cggg#ag#tcgag##t##a#t#t##cga###cgcg#catt##a#t#ca##ctgg##a#caaaa#t####CAG###CAG##A##AG#T##A#A###A##A###CAG#####A#####A##TT####A###A#T#T##AGGG####AG#AA#CG###TT#A#T##T#AGG####A###A##CTTGGG##A####TA##A###A###T#######A#AG##CA###T#########A#T#A#######A##TAG#A###TG###TT#TG##AG###T######ct#a###ct#t##t###ca###tg##a##ca#cag##a#at##a##ca#t#a##a#tt####t#tg###a###t####t#a##t#t##ca##a#t######t#t##a#ca######a#ag##ta#######a###t##########-----#########t#####cat##t########ca####tgg#######tg################tg#t######a##t#####t######t###A######A#A##T#T###T##########T####T#####T###CT#T#A#T#A#CG##CT#T#####CA#A####T#A###T#T##T#T###TGG##AG#A######CTA###TG###T#T###CT#A##A##A#########A##A###CG#####A#####TG##CCCT##T##CT#####TG##A##T######T##T###CAT##A#######T####T###CCT#T###A##A##CG########T##T##T##A###T###T##T########CT##A#ACG##A####CA###T###T#CT#AA#####t#a######t#t#######a#t#########a##a##ccca#####a#a##ag####tggg###a###a###ca######a#######a##a##a####a#ta##tt#a####aa##cca###ttg####t##tg##t######caa##t###t#----####t####t####t##t######AT##A####T##A####T#A##CCA###A###T###A##A####CA##T###A###A#CT####TT#A###T#T###T###T######CT#####A####T#####T#####T#AGG#######AAGG#####T###A#T###Ca##ccg#a#t#t#tg###a##a#t##cg####t##a######a##a#ccca##t###t###t##a#ca#a#a#tt 

a score=407272.0
s hg18.chr1     18260 1630 + 247249719 #####T##TG#CG################A##A##CG##T##T###AGG#A######T#A#####CCTA##T#CT#A####CA#A#TGG#####T##A####A###TAG###T#CG#######CT##CT###CA###TG#####T#T##A#T##A###CA#A##T##CT#A######T#######TG#TG###############T##A##T#T##A########A#####T#####A#T###A####TT####AT#T####CG#T#A#######TA##CG##A##A#T##T##CGA###T######CGT##A#T#CCAG####AT##A###A#A#CACG#CT#T#TGG###CGCG####A###T#TCG#A#T##TCG#A##CCT##CT#CA###CG###T#CCA#A#CCCG#T#CAGG###T#T#CCG#A#####AA##CTCG#T##AG##CCCGG####CCA#CGCG#T###A#A##A#TGGG###CCCT#CGAGG###CAG#A##T#CGG#CGG##A##A##T#CG##A#A##CGCGCGAG##T##CCA####CCG##AGGG#CGG##A##CG#AG#A#TGGG#AG#CG####CGG###CCCG#A#A##CCGG###CCT#CG#CCCA#AA##CTTG##T##CCT##TAGG##CGG##AAG##CGG#T##AGG#CGCG##T#CAGG#AG##A##T#CGGG#CGA##CCAA##CG#CT#CCGG#CG##CGGG##CCA#CG#CG#CG##CG#A#TG#A##CGG##A#CGG##A#CG##CGCG####A#CA##TTG#CG#AG##T##TCG###AG###CG###CCGG##CT#CCG#CCG#CT#CCT#CA##CCCT#CGG###CCCT##T#CG#CCCG#CAG##CCCCACG##CCT##T##CCGCG##CCCG##CG#CT#CT#A#CT#CGA##CG#CCT#CCG##A##T#CCG#CG#CG#T##CG#T#T##CG#A##CG#TGG###CTA##CCCG#CG#CCCCA###CG#CCGCG#CT#CGG###CT##CG#CG#CG#TCG#CCT#CA#T#CG#CCT#CCCGA#CGCG##T#CAG###CCCG#CG##CCG#A#CG#T###CTG#CGG##CGA##CGCGG##CTGG##ACG####T#ACG#T#A#T#CGA##T#CCG#CGT##A#ACG##T#CCAT#CG#T###T##CGA#CG#CAG##CG#CCCT##CCGT##T###T##T#T##A###CCT#T##CTA###CT#CG##CT#T###CCA#CG#T##CT##CCCT#AA##T#AGG##CAA##T###CG#CA##CTCG##T#CT#CGG##A##CCTCG#CCGGG#T#CG#CCCGGG##AG###CCCCA##CCACG#CCAGG##CCG#CCCT##CCT#CA##CCT#CG#CTT###CCG#T###CT#CGT#T#T#A##CT##CT###CTT###T####CT#T#TGG##A##T#CCTT#T####T##T#A####CCA#CCCCCT###A######A##A#A##a##ca##cg#a####t##a#####cg##t#a###ca#t##t#t##a#t##cta####a###a######a#a#a###a##a##a#tg##cg#cag###tggg##a##aag#cg#a##tgg##a##t 
s panTro2.chr15 30886 1625 - 100063422 #####T##TG#CG################A##A##CG##T##T###--G#A######T#A#####CCTA##T#CT#A####CA#A#TGG#####T##A####A###TAG###T#CG#######CA##CT###CA###CG#####T#T##A#T##A###CA#A##T##CT#A######T#######TG#TG#--############T##A##T#T##A########A#####T#####A#T###A####TT####AT#T####CG#A#A#######TA##CG##A##A#T##T##CGA###T######CGT##A#T#CCAG####AT##A###A#A#CGCG#CT#T#TGG###CACG####A###T#TGG#A#T##TCG#A##CCT##CT#CA###CG###T#CCA#A#CCCG#T#CAGG###T#T#CCG#A#####AG##CTCG#T##AG##CCCGG####CCA#CGCG#T###A#A##A#TGGG###CCCT#CGAGG###CAG#A##T#CGG#CGG##A##A##T#CG##A#A##CGCGCGAG##T##CCA####CCG##CGGG#CGG##A##CG#AG#A#TGGG#AG#CG####CGG###CCCG#A#A##CCGG###CCT#CG#CCCA#AA##CTTG##T##CCT##TAGG##CGG##AAG##CGG#T##AGG#CGCG##T#CAGG#AG##A##T#CGGG#CGA##CCAA##CG#CT#CCGG#CG##CGGG##CCA#CG#CG#CG##CG#A#TG#A##CGG##A#CGG##A#CG##CGCG####A#CA##TTG#CG#AG##T##TCG###AG###CG###CCGG##CT#CCG#CCG#CT#CCT#CA##CCCT#CGG###CCCT##T#CG#CCCG#CAG##CCCCACG##CCT##T##CCGCG##CCCG##CG#CT#CT#A#CT#CGA##CG#CCT#CCG##A##T#CCG#CG#CG#T##CG#T#T##CG#A##CG#TGG###CTA##CCCG#CG#TCACA###CG#CCGCG#CT#CGG###CT##CG#CG#CG#TCA#CCT#CG#T#CG#CCT#CCCGA#CGCG##T#CAG###CCCG#CG##CCG#A#CG#T###CTG#CGG##CGA##CGCGG##CTGG##ACG####T#ACG#T#A#T#CGA##T#CCG#CGT##A#ACG##T#CCAT#CG#T###T##CGA#CG#AGG##CT#CCCT##CCGT##T###T##T#T##A###CCT#T##CCA###CT#CG##CT#T###CCA#CG#T##CT##CCCT#AA##T#AGG##CAA##T###CG#CA##CTCG##T#CT#CGG##A##CCTCG#CCTGG#T#CG#CCCGGG##AG###CCCCA##CCAGG#CCAGG##CCG#CCCT##CCT#CA##CCT#CA#CTT###CCG#T###CT#CCT#T#T#A##CT##CT###CTT###T####CT#T#TGG##A##T#CCTT#T####T##T#A####CCA-CACCCT###A######A##A#A##a##ca##cg#a####t##a#####cg##t#a###ca#t##t#t##a#t##cta####a###a######a#a#a###a##a##a#tg##cg#cag###tggg##a##aag#cg#a##tgg##a##t 

a score=458960.0
s hg18.chr1        19890 1848 + 247249719 #gt####a#tgg##a#a#####ag##tggg#t##tg##agg#t##tg####t#a#tg##a#tg#tg#cg#ca#a##a#t#t#####t##t#####cca#t####t###t##t######tg####a##cg#t#######ag####t###t#######ca#a##########a##TA#T####A##TG######A###A####A#AG##T#########A###############A#A##A##A##A###CA#A###CA##A##T###CCT#CTG#####CG#TG##TT##CT#CG##A####TG##CCTT##CT###agg##t##ca#######a###ag##t##cca##ta###t#######a#######a#cg########cg#a##a######t###ccaa##t#a###tgg###a###t##t##t#######a####tg##t#######t#a#####a######a##a##############t##t##ct#tg##ca#cct##T#T#T##CT###A#T#T#T#CCT#T#CCA####T###CG#CT##CCT##CT#CT#T##TGGGG#A###A###CGA##T#####AA####AT##CA#T###TCG#TG##T##A#CGT#TG###CCCT###CA#AG###AA##A#A##TG####T#CA#T#At##t##a###a###t#####t###ct#t#ca##t##t##t##t#####cct###ccct##t#t##tg###t#tg#a##tgg##ct#tg##ag#######cg###a##t#ag###atggg#tggg##cct#a####a####tg###a####a#a#a##A#T###t#t#t###t#cct#t#t#t#t#t#t#t#t#t#t#t#a####t#t#t#t#t#a####t#t#t#t#tcg#t###t#a######t#t#t#t#t#t#t#t#t#ct#t###t####cca#caa#t#ag##t#cg#a#a##ag#tg##t###t##a###cag##a#a#a##cct#a#cgg####ccg##ca##t##ca#ctt####ttg###t##caa##ct#ca####t#t#agg######t###t########a##cg#cca#t#t#tg######t####t###t#####a##CT######A#####CCCT#A#T#CA#CT#AG#A#####T#A#TG##T##AG####T#AG###A#A##A#AG#A####T###CCAT##A#AAG#T##A#CCAT##CTGG####A##A##CTG##A#A#AGG##A##A#A#AG##T#AGg##t#t##t####a###t#t#t#t###cctgg##aa##cat###tg#a##t##a###a#ccca##t####tgg########t#t##tt##cct##ct#ct##t#agg##t##a#a####a##t###a#a######t######Tg##tgg#cgtg#tg##t#at##ct######cta##a#t#tg##ag##t##cgcga#ag###t##tt#a##ccaa#a###t#a####a##ctgg##a####t#t#a#####ca##t#t##a###############a##ca###atg#t###a#a#a#ct##a###cca##t##atgg#ag##t#ag#cgg#ag####a#tt#a##ttgg#a###cgag##t##a#t#a##t#t###t####ca#t##a#t#cag##tgg#cg##a#a#a#a###cct###t#a########a#####a####T#T######T###AG#########A##A#A#A#A#####A#T#####T##T#CACG#T##CT#T########A#A#A#A#CA#A##A#####CAA##CTG##T#T###T##T#A#A##T#CA#T##TAG##A#CA#CC 
s panTro2.chrUn 57103829 1814 -  58616431 #gt####a#tgg##a#a#####ag##tggg#t##tg##agg#t##tg####t#a#tg##a#cg#tg#cg#cg#a##a#t#t#####t##t#####cca#t####t###t##t######tg####a##cg#t#######ag####t###t#######ca#a##########a##TA#T####A##TG######A###A####A#AG##T#########A###############A#A##A##A##A###CA#A###CA##A##T###CCT#CTG#####CG#TG##TT##CT#CG##A####TG##CCTT##CT###agg##t##ca#######a###ag##t##cca##ta###t#######a#######a#cg########cg#a##a######t###ccaa##t#a###tgg###a###t##t##t#######a####tg##t#######t#a#####a######a##a##############t##t##ct#tg##ca#cct##T#T#T##CT###A#T#T#T#CCT#T#CCA####T###CG#CT##CTT##CT#CT#T##TGGGG#A###A###CGA##T#####AA####AT##CA#T###TCA#TG##T##A#CGT#TG###CCCT###CA#AG###AG##A#A##TG####T#CA#T#At##t##a###a###t#####t###ct#t#ca##t##t##t##t#####cct###ccct##t#t##tg###t#tg#a##tgg##ct#tg##ag#######cg###a##t#ag###atggg#tggg##cct#a####a####tg###a####a#a#a##a#t###t#t#t###t#cct#t#-----------------------##t#t#t#t#t#a####t#t#t#t----#t###t#a--####t#t#t#t#t#t#t#t#t#ct#t###t####cca#caa#t#ag##t#cg#a#a##ag#tg##t###t##a###cag##a#a#a##cct#a#cag####ccg##ca##t##ca#ctt####ttg###t##caa##ct#ca####t#t#agg######t###t########a##cg#cca#t#t#tg######t####t###t#####a##CT######A#####CCCT#A#T#CA#CT#AG#A#####T#A#TG##T##AT####T#AG###A#A##A#---A####T###CCAT##A#AAG#T##A#CCAT##Ctgg####a##a##ctg##a#a#agg##a##a#a#ag##t#agg##t#t##t####a###t#t#t#t###cctgg##aa##cat###tg#a##t##a###a#ccca##t####tgg########t#a##tt##cct##ct#ct##t#agg##t##a#a####a##t###a#a######t######tg##tgg#cgtg#tg##t#at##ct######cca##a#t#tg##ag##t##cgcga#ag###t##tt#a##ccaa#a###t#a####a##ctgg##a####t#t#a#####ca##t#t##a###############a##ca###atg#t###a#a#a#ct##a###cca##t##atgg#ag##t#ag#cgg#ag####a#tt#a##ttgg#a###cgag##t##a#t#a##t#t###t####ca#t##a#t#cag##tgg#cg##a#a#a#a###cct###t#a#--#####a#####a####t#t######t###ag#########a##a#A#A#A#####A#T#####T##T#CACG#T##CT#T########A#A#A#A#CA#A##A#####CAA##CTG##T#T###T##T#A#A##T#CG#T##TGG##A#CA#CC 

a score=97796.0
s hg18.chr1        21738 409 + 247249719 #CA####TA####CA#A#CA##CA####A#CCT#CA##TG####A#CCT#A##T##A####A####CCT##CT####T##T---###AG##T#A##CCCG##CT########A######CTAG##----------------------------------##T##A#TGG#####CTG###CT#A#CCTG###A#A####A##T##AG###A###T#AT#T#TG###ACA##A##TCT##CT##CT#T##TG##CA##TGG##T#A#CGG##CTGG###-###AG##T##AGG##TG###CCAG##A###TT##T##A##TT##CA#A##CCCCA##CT#CTG####T##CAG####CAA#A##ATG###T##AG######CTG#TG#AG#A#T##A#####T#T###AGG#T###CTAA##CCCG###T##AG##A######TG##A 
s panTro2.chrUn 57107006 446 -  58616431 #CA####TA####CA#A#CA##CA####A#CCT#CA##CG####A#CCT#A##T##A####A####TCT##CT####T##T##T###AG##T#A##TCAG##CT########A######CTAG####T####T##A#####T#####CCT#A#CCTA#A##T##A#TGG#####CTG-##CT#A#CGTA###A#A####A##T##AG###A###T#AT#T#TG###ACG##A##CCT##CT##CT#T##TG##CA##TGG##T#A#TGG##CTGG#######AG##T##AGG##TG###CCAG##A###TT##T##A##TT##CA#A##CCCCA##CT#CTG####T##CAG####CAA#A##ATG###T##AG######CTG#TG#AG#A#T##A#####T#T###AGG#T###CTAG##CCCA###T##AG##A######TG##A 

a score=7233.0
s hg18.chr1        22147 35 + 247249719 ###A###T#AG###T#A#####A##T####CT##T 
s panTro2.chrUn 57107452 35 -  58616431 ###A###T#AG###T#A#####A##T####CT##T