root/galaxy-central/test-data/bfast_out1.sam

リビジョン 2, 4.2 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central
行番号 
1@HD     VN:0.1.2        SO:unsorted     GO:none
2@SQ     SN:phiX LN:5386
3@PG     ID:bfast        VN:0.6.4d
4random_phiX_region_0    0       phiX    553     255     50M     *       0       0       TTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTGGGATACCCTCGCTTT      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 XA:i:0
5random_phiX_region_1    0       phiX    3693    255     50M     *       0       0       GTTAGTGCTGAGGTTGACTTAGTTCATCAGCAAACGCAGAATCAGCGGTA      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 XA:i:0
6random_phiX_region_2    0       phiX    375     255     50M     *       0       0       AATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTTTCCA      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 XA:i:0
7random_phiX_region_3    0       phiX    3168    255     50M     *       0       0       GGTAAAGGACTTCTTGAAGGTACGTTGCAGGCTGGCACTTCTGCCGTTTC      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 XA:i:0
8random_phiX_region_4    0       phiX    5254    255     50M     *       0       0       ACGCAAAAAGAGAGATGAGATTGAGGCTGGGAAAAGTTACTGTAGCCGAC      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 XA:i:0
9random_phiX_region_5    0       phiX    5066    255     50M     *       0       0       AGCTAAAGAATGGAACAACTCACTAAAAACCAAGCTGTCGCTACTTCCCA      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 XA:i:0
10random_phiX_region_6    0       phiX    1226    255     50M     *       0       0       CACGTTTATGGTGAACAGTGGATTAAGTTCATGAAGGATGGTGTTAATGC      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 XA:i:0
11random_phiX_region_7    0       phiX    1096    255     50M     *       0       0       AACTACTCCGGTTATCGCTGGCGACTCCTTCGAGATGGACGCCGTTGGCG      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 XA:i:0
12random_phiX_region_8    0       phiX    535     255     50M     *       0       0       CTCGTGCTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTT      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 XA:i:0
13random_phiX_region_9    0       phiX    3669    255     50M     *       0       0       CAAATCAAAGAAATGACTCGCAAGGTTAGTGCTGAGGTTGACTTAGTTCA      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 XA:i:0
14random_phiX_region_10   0       phiX    4887    255     50M     *       0       0       TACAGTATGCCCATCGCAGTTCGCTACACGCAGGACGCTTTTTCACGTTC      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 XA:i:0
15random_phiX_region_11   0       phiX    1849    255     50M     *       0       0       TATGTTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGA      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 XA:i:0
16random_phiX_region_12   0       phiX    4145    255     50M     *       0       0       AGAGATTCTGTCTTTTCGTATGCAGGGCGTTGAGTTCGATAATGGTGATA      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 XA:i:0
17random_phiX_region_13   0       phiX    1853    255     50M     *       0       0       TTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGATTCA      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 XA:i:0
18random_phiX_region_14   0       phiX    2800    255     50M     *       0       0       CCGGGCAATAACGTTTATGTTGGTTTCATGGTTTGGTCTAACTTTACCGC      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 XA:i:0
19random_phiX_region_15   0       phiX    1910    255     50M     *       0       0       AACGCTAAAGGTGCTTTGACTTATACCGATATTGCTGGCGACCCTGTTTT      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 XA:i:0
20random_phiX_region_16   0       phiX    3366    255     50M     *       0       0       GCCGGATTTGAGAATCAAAAAGAGCTTACTAAAATGCAACTGGACAATCA      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 XA:i:0
21random_phiX_region_17   0       phiX    2165    255     50M     *       0       0       CATGATTATGACCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCAGTGGAATAG      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 XA:i:0
22random_phiX_region_18   0       phiX    2051    255     50M     *       0       0       TGGTATCGTTATGCGCCTTCGTATGTTTCTCCTGCTTATCACCTTCTTGA      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 XA:i:0
23random_phiX_region_19   0       phiX    5099    255     50M     *       0       0       GCTGTCGCTACTTCCCAAGAAGCTGTTCAGAATCAGAATGAGCCGCAACT      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 XA:i:0
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。