root/galaxy-central/test-data/bfast_out2.sam

リビジョン 2, 7.7 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central
行番号 
1@HD     VN:0.1.2        SO:unsorted     GO:none
2@SQ     SN:phiX LN:5386
3@PG     ID:bfast        VN:0.6.4d
4random_phiX_region_0    0       phiX    553     255     50M     *       0       0       TTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTGGGATACCCTCGCTTT      """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""`      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 CS:Z:G10122032013310033101313321021200111002331002233200        CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0  XA:i:0  XE:Z:--------------------------------------------------
5random_phiX_region_1    0       phiX    3693    255     50M     *       0       0       GTTAGTGCTGAGGTTGACTTAGTTCATCAGCAAACGCAGAATCAGCGGTA      """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""`      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 CS:Z:G01032113212201012120321021321231001331220321233013        CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0  XA:i:0  XE:Z:--------------------------------------------------
6random_phiX_region_2    0       phiX    375     255     50M     *       0       0       AATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTTTCCA      """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""`      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 CS:Z:G20332013022003213122121021031212011032031313100201        CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0  XA:i:0  XE:Z:--------------------------------------------------
7random_phiX_region_3    0       phiX    3168    255     50M     *       0       0       GGTAAAGGACTTCTTGAAGGTACGTTGCAGGCTGGCACTTCTGCCGTTTC      """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""`      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 CS:Z:G00130020212022012020131310131203210311202213031002        CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0  XA:i:0  XE:Z:--------------------------------------------------
8random_phiX_region_4    0       phiX    5254    255     50M     *       0       0       ACGCAAAAAGAGAGATGAGATTGAGGCTGGGAAAAGTTACTGTAGCCGAC      """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""`      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 CS:Z:G21331000022222231222301220321002000210312113230321        CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0  XA:i:0  XE:Z:--------------------------------------------------
9random_phiX_region_5    0       phiX    5066    255     50M     *       0       0       AGCTAAAGAATGGAACAACTCACTAAAAACCAAGCTGTCGCTACTTCCCA      """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""`      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 CS:Z:G22323002203102011012211230000101023211233231202001        CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0  XA:i:0  XE:Z:--------------------------------------------------
10random_phiX_region_6    0       phiX    1226    255     50M     *       0       0       CACGTTTATGGTGAACAGTGGATTAAGTTCATGAAGGATGGTGTTAATGC      """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""`      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 CS:Z:G31131003310112011211023030210213120202310111030313        CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0  XA:i:0  XE:Z:--------------------------------------------------
11random_phiX_region_7    0       phiX    1096    255     50M     *       0       0       AACTACTCCGGTTATCGCTGGCGACTCCTTCGAGATGGACGCCGTTGGCG      """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""`      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 CS:Z:G20123122030103323321033212202023222310213303101033        CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0  XA:i:0  XE:Z:--------------------------------------------------
12random_phiX_region_8    0       phiX    535     255     50M     *       0       0       CTCGTGCTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTT      """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""`      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 CS:Z:G32231132231233213310122032013310033101313321021200        CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0  XA:i:0  XE:Z:--------------------------------------------------
13random_phiX_region_9    0       phiX    3669    255     50M     *       0       0       CAAATCAAAGAAATGACTCGCAAGGTTAGTGCTGAGGTTGACTTAGTTCA      """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""`      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 CS:Z:G31003210022003121223310201032113212201012120321021        CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0  XA:i:0  XE:Z:--------------------------------------------------
14random_phiX_region_10   0       phiX    4887    255     50M     *       0       0       TACAGTATGCCCATCGCAGTTCGCTACACGCAGGACGCTTTTTCACGTTC      """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""`      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 CS:Z:G13112133130013233121023323111331202133200002113102        CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0  XA:i:0  XE:Z:--------------------------------------------------
15random_phiX_region_11   0       phiX    1849    255     50M     *       0       0       TATGTTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGA      """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""`      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 CS:Z:G13311003122201333201102310002033023121332123002222        CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0  XA:i:0  XE:Z:--------------------------------------------------
16random_phiX_region_12   0       phiX    4145    255     50M     *       0       0       AGAGATTCTGTCTTTTCGTATGCAGGGCGTTGAGTTCGATAATGGTGATA      """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""`      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 CS:Z:G22222302211220002313313120033101221023233031011233        CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0  XA:i:0  XE:Z:--------------------------------------------------
17random_phiX_region_13   0       phiX    1853    255     50M     *       0       0       TTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGATTCA      """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""`      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 CS:Z:G10031222013332011023100020330231213321230022223021        CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0  XA:i:0  XE:Z:--------------------------------------------------
18random_phiX_region_14   0       phiX    2800    255     50M     *       0       0       CCGGGCAATAACGTTTATGTTGGTTTCATGGTTTGGTCTAACTTTACCGC      """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""`      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 CS:Z:G30300310330131003311010100213101001012230120031033        CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0  XA:i:0  XE:Z:--------------------------------------------------
19random_phiX_region_15   0       phiX    1910    255     50M     *       0       0       AACGCTAAAGGTGCTTTGACTTATACCGATATTGCTGGCGACCCTGTTTT      """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""`      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 CS:Z:G20133230020113200121203331032333013210332100211000        CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0  XA:i:0  XE:Z:--------------------------------------------------
20random_phiX_region_16   0       phiX    3366    255     50M     *       0       0       GCCGGATTTGAGAATCAAAAAGAGCTTACTAAAATGCAACTGGACAATCA      """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""`      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 CS:Z:G03030230012220321000022232031230003131012102110321        CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0  XA:i:0  XE:Z:--------------------------------------------------
21random_phiX_region_17   0       phiX    2165    255     50M     *       0       0       CATGATTATGACCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCAGTGGAATAG      """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""`      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 CS:Z:G31312303312101211100201212031021210110131211020332        CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0  XA:i:0  XE:Z:--------------------------------------------------
22random_phiX_region_18   0       phiX    2051    255     50M     *       0       0       TGGTATCGTTATGCGCCTTCGTATGTTTCTCCTGCTTATCACCTTCTTGA      """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""`      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 CS:Z:G11013323103313330202313311002220213203321102022012        CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0  XA:i:0  XE:Z:--------------------------------------------------
23random_phiX_region_19   0       phiX    5099    255     50M     *       0       0       GCTGTCGCTACTTCCCAAGAAGCTGTTCAGAATCAGAATGAGCCGCAACT      """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""`      PG:Z:bfast      AS:i:2500       NM:i:0  NH:i:1  IH:i:1  HI:i:1  MD:Z:50 CS:Z:G03211233231202001022023211021220321220312230331012        CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0  XA:i:0  XE:Z:--------------------------------------------------
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。