root/galaxy-central/test-data/blat_coverage_report_test1.txt @ 2

リビジョン 2, 9.3 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central
行番号 
130      0       0       0       0       0       0       0       +       0_0.666667      30      0       30      chr     4639675 4549207 4549237 1       30,     0,      4549207,        cggacagcgccgccaccaacaaagccacca, cggacagcgccgccaccaacaaagccacca,
230      0       0       0       0       0       0       0       +       1_0.600000      30      0       30      chr     4639675 614777  614807  1       30,     0,      614777, aaaacaccggatgctccggcgctggcagat, aaaacaccggatgctccggcgctggcagat,
328      1       0       0       0       0       0       0       +       2_0.400000      30      0       29      chr     4639675 3289283 3289312 1       29,     0,      3289283,        tttgcttttagtacaccggattcagaacc,  tttgctttcagtacaccggattcagaacc,
430      0       0       0       0       0       0       0       +       4_0.766667      30      0       30      chr     4639675 2665584 2665614 1       30,     0,      2665584,        cacgctacgtgcgcccccgcccagaaggcg, cacgctacgtgcgcccccgcccagaaggcg,
520      0       0       0       0       0       0       0       +       5_0.533333      30      4       24      chr     4639675 3375780 3375800 1       20,     4,      3375780,        aaaacccgccgaagcgggtt,   aaaacccgccgaagcgggtt,
630      0       0       0       0       0       0       0       +       6_0.533333      30      0       30      chr     4639675 965481  965511  1       30,     0,      965481, taagccgttactggcagcaagtgcaggcaa, taagccgttactggcagcaagtgcaggcaa,
730      0       0       0       0       0       0       0       +       7_0.400000      30      0       30      chr     4639675 1781311 1781341 1       30,     0,      1781311,        tgaatttaccgttatctatcttgcctgcct, tgaatttaccgttatctatcttgcctgcct,
829      1       0       0       0       0       0       0       +       9_0.400000      30      0       30      chr     4639675 4400977 4401007 1       30,     0,      4400977,        gcgttttgctaaacttctgccggaatataa, gcgctttgctaaacttctgccggaatataa,
930      0       0       0       0       0       0       0       +       11_0.533333     30      0       30      chr     4639675 3923551 3923581 1       30,     0,      3923551,        caaaagcagagtctgttgacccatacgcgc, caaaagcagagtctgttgacccatacgcgc,
1028      2       0       0       0       0       0       0       +       12_0.700000     30      0       30      chr     4639675 3304453 3304483 1       30,     0,      3304453,        gcggacgatcttcacggtcgccacgcggac, gcggacgatcttcacggtcaccacgcgggc,
1129      1       0       0       0       0       0       0       +       13_0.533333     30      0       30      chr     4639675 4555547 4555577 1       30,     0,      4555547,        ttcttgttggatggcatactccggcagcca, ttcttgttggatggcgtactccggcagcca,
1230      0       0       0       0       0       0       0       +       14_0.666667     30      0       30      chr     4639675 3811672 3811702 1       30,     0,      3811672,        accccgatatcgtcgcaggcgttgccgcac, accccgatatcgtcgcaggcgttgccgcac,
1329      1       0       0       0       0       0       0       +       16_0.566667     30      0       30      chr     4639675 1916143 1916173 1       30,     0,      1916143,        atgtcctgatcgagcggcgttttaccgacc, atgtcctgatcgagcggcgttttaccgatc,
1430      0       0       0       0       0       0       0       +       18_0.566667     30      0       30      chr     4639675 1860631 1860661 1       30,     0,      1860631,        gtggtctcaagcccaaaggaagagtgaggc, gtggtctcaagcccaaaggaagagtgaggc,
1530      0       0       0       0       0       0       0       +       19_0.566667     30      0       30      chr     4639675 1018466 1018496 1       30,     0,      1018466,        gttgtaagcgtcagaaccgatgcggtcggt, gttgtaagcgtcagaaccgatgcggtcggt,
1630      0       0       0       0       0       0       0       +       22_0.566667     30      0       30      chr     4639675 2006716 2006746 1       30,     0,      2006716,        cggtattcctcagttctcgctgcatgcctg, cggtattcctcagttctcgctgcatgcctg,
1730      0       0       0       0       0       0       0       -       23_0.600000     30      0       30      chr     4639675 4516584 4516614 1       30,     0,      4516584,        cgctactgaaggcgtggtgcgtaacggcaa, cgctactgaaggcgtggtgcgtaacggcaa,
1830      0       0       0       0       0       0       0       -       24_0.733333     30      0       30      chr     4639675 1535123 1535153 1       30,     0,      1535123,        gaacagcagcagcgacgtggtgcgcccgcg, gaacagcagcagcgacgtggtgcgcccgcg,
1930      0       0       0       0       0       0       0       +       27_0.600000     30      0       30      chr     4639675 3442475 3442505 1       30,     0,      3442475,        ttaccgaggccagaaccgataccacgaccc, ttaccgaggccagaaccgataccacgaccc,
2029      1       0       0       0       0       0       0       +       29_0.700000     30      0       30      chr     4639675 2807120 2807150 1       30,     0,      2807120,        ctcgtccggcgggcggttttgccgacaagg, ctcgtccggcgggcggttttgccgataagg,
2130      0       0       0       0       0       0       0       +       34_0.533333     30      0       30      chr     4639675 421739  421769  1       30,     0,      421739, tgatgttaaatgcatggcacctgccggtgc, tgatgttaaatgcatggcacctgccggtgc,
2230      0       0       0       0       0       0       0       -       35_0.466667     30      0       30      chr     4639675 1334399 1334429 1       30,     0,      1334399,        ggttaacctcgaatatctcggcaaagcagt, ggttaacctcgaatatctcggcaaagcagt,
2330      0       0       0       0       0       0       0       +       36_0.433333     30      0       30      chr     4639675 2906502 2906532 1       30,     0,      2906502,        tgttggcaacatggcgagcgtaatcaatta, tgttggcaacatggcgagcgtaatcaatta,
2430      0       0       0       0       0       0       0       +       38_0.533333     30      0       30      chr     4639675 3438288 3438318 1       30,     0,      3438288,        gcagcaggatcggatcgaactctggtttct, gcagcaggatcggatcgaactctggtttct,
2529      1       0       0       0       0       0       0       +       39_0.400000     30      0       30      chr     4639675 2893756 2893786 1       30,     0,      2893756,        taatgcggcattctcctgatttattgtcac, tattgcggcattctcctgatttattgtcac,
2629      0       0       0       0       0       0       0       +       41_0.566667     30      1       30      chr     4639675 708504  708533  1       29,     1,      708504, gctgacggtcagcagggatacttcctgca,  gctgacggtcagcagggatacttcctgca,
2730      0       0       0       0       0       0       0       +       43_0.466667     30      0       30      chr     4639675 3483475 3483505 1       30,     0,      3483475,        gctttttccagcatcaacgccactgaacaa, gctttttccagcatcaacgccactgaacaa,
2830      0       0       0       0       0       0       0       +       44_0.433333     30      0       30      chr     4639675 4590702 4590732 1       30,     0,      4590702,        aaagtggtagataacgtggtgcagactatg, aaagtggtagataacgtggtgcagactatg,
2930      0       0       0       0       0       0       0       +       49_0.433333     30      0       30      chr     4639675 3341305 3341335 1       30,     0,      3341305,        cgttatacggaacaacatttaactccagcg, cgttatacggaacaacatttaactccagcg,
3028      2       0       0       0       0       0       0       +       50_0.466667     30      0       30      chr     4639675 2777224 2777254 1       30,     0,      2777224,        ttgctgttgccatcgcttttcaggacatac, ttgctgttgccgtcacttttcaggacatac,
3130      0       0       0       0       0       0       0       +       53_0.533333     30      0       30      chr     4639675 1768655 1768685 1       30,     0,      1768655,        ccaggcactccgccatatttttgccatgac, ccaggcactccgccatatttttgccatgac,
3230      0       0       0       0       0       0       0       +       54_0.400000     30      0       30      chr     4639675 2359543 2359573 1       30,     0,      2359543,        gtattcttcattgatttgtaagcgggtacc, gtattcttcattgatttgtaagcgggtacc,
3330      0       0       0       0       0       0       0       +       57_0.566667     30      0       30      chr     4639675 256715  256745  1       30,     0,      256715, cgcgaaatcctcgacgtccaggcacgtatt, cgcgaaatcctcgacgtccaggcacgtatt,
3430      0       0       0       0       0       0       0       +       58_0.300000     30      0       30      chr     4639675 1108478 1108508 1       30,     0,      1108478,        gttatccattaaaatagatcggatcgatat, gttatccattaaaatagatcggatcgatat,
3530      0       0       0       0       0       0       0       +       60_0.533333     30      0       30      chr     4639675 1130738 1130768 1       30,     0,      1130738,        aatctggcgaatgctgatagcgtgaccggt, aatctggcgaatgctgatagcgtgaccggt,
3630      0       0       0       0       0       0       0       -       61_0.366667     30      0       30      chr     4639675 1578065 1578095 1       30,     0,      1578065,        aaaaaacggctgacaaagctttcaaactga, aaaaaacggctgacaaagctttcaaactga,
3730      0       0       0       0       0       0       0       +       63_0.566667     30      0       30      chr     4639675 3422447 3422477 1       30,     0,      3422447,        tcacgctcgcagtcaagctggcttatgcca, tcacgctcgcagtcaagctggcttatgcca,
3830      0       0       0       0       0       0       0       +       63_0.566667     30      0       30      chr     4639675 2724848 2724878 1       30,     0,      2724848,        tcacgctcgcagtcaagctggcttatgcca, tcacgctcgcagtcaagctggcttatgcca,
3930      0       0       0       0       0       0       0       -       63_0.566667     30      0       30      chr     4639675 4210393 4210423 1       30,     0,      4210393,        tggcataagccagcttgactgcgagcgtga, tggcataagccagcttgactgcgagcgtga,
4030      0       0       0       0       0       0       0       -       63_0.566667     30      0       30      chr     4639675 3944054 3944084 1       30,     0,      3944054,        tggcataagccagcttgactgcgagcgtga, tggcataagccagcttgactgcgagcgtga,
4129      1       0       0       0       0       0       0       +       64_0.500000     30      0       30      chr     4639675 4553565 4553595 1       30,     0,      4553565,        gagatgacggttgcagagtcatgcgtttga, gagatgacggttgcagagtcatacgtttga,
4230      0       0       0       0       0       0       0       +       65_0.533333     30      0       30      chr     4639675 3154209 3154239 1       30,     0,      3154209,        tctggatcacgcgcaaacactggctatcgt, tctggatcacgcgcaaacactggctatcgt,
4330      0       0       0       0       0       0       0       +       66_0.466667     30      0       30      chr     4639675 3330950 3330980 1       30,     0,      3330950,        tctgctttagcaaacagagtgtggtcacga, tctgctttagcaaacagagtgtggtcacga,
4430      0       0       0       0       0       0       0       +       68_0.566667     30      0       30      chr     4639675 699412  699442  1       30,     0,      699412, gaaggatagttggtcagcaacaccagcggc, gaaggatagttggtcagcaacaccagcggc,
4530      0       0       0       0       0       0       0       +       69_0.733333     30      0       30      chr     4639675 3218070 3218100 1       30,     0,      3218070,        ggcgcgctgtcggccacggcgaaatcgacc, ggcgcgctgtcggccacggcgaaatcgacc,
4629      1       0       0       0       0       0       0       +       72_0.533333     30      0       30      chr     4639675 2811982 2812012 1       30,     0,      2811982,        aactggaagggcttgggatgacacaacagc, aactggaagggcttgggatgacgcaacagc,
4729      1       0       0       0       0       0       0       +       73_0.500000     30      0       30      chr     4639675 2480740 2480770 1       30,     0,      2480740,        tttaagcgccaaccaggcttctttggttgc, tttaagcgccaaccaggcttctttagttgc,
4830      0       0       0       0       0       0       0       +       74_0.433333     30      0       30      chr     4639675 1904984 1905014 1       30,     0,      1904984,        acccttctttcgccatatcaaactgatgtc, acccttctttcgccatatcaaactgatgtc,
4930      0       0       0       0       0       0       0       +       78_0.566667     30      0       30      chr     4639675 4535164 4535194 1       30,     0,      4535164,        cggagtatccgttccccaacgacaagcatc, cggagtatccgttccccaacgacaagcatc,
5030      0       0       0       0       0       0       0       +       79_0.500000     30      0       30      chr     4639675 3598974 3599004 1       30,     0,      3598974,        aataccgggaagagacaacggggtctcttt, aataccgggaagagacaacggggtctcttt,
5130      0       0       0       0       0       0       0       -       80_0.500000     30      0       30      chr     4639675 1333814 1333844 1       30,     0,      1333814,        gagaatcagggcttcgcaaccctgtcatta, gagaatcagggcttcgcaaccctgtcatta,
5230      0       0       0       0       0       0       0       +       82_0.500000     30      0       30      chr     4639675 962544  962574  1       30,     0,      962544, actgggttgctctgaacaagaaaggcgcta, actgggttgctctgaacaagaaaggcgcta,
5330      0       0       0       0       0       0       0       +       83_0.533333     30      0       30      chr     4639675 4543338 4543368 1       30,     0,      4543338,        cgccagggacgtatcgcgtcgatatctatt, cgccagggacgtatcgcgtcgatatctatt,
5430      0       0       0       0       0       0       0       +       86_0.566667     30      0       30      chr     4639675 159366  159396  1       30,     0,      159366, ggcaacgcaggcgcatgattctgcttggaa, ggcaacgcaggcgcatgattctgcttggaa,
5529      0       0       1       0       0       0       0       +       87_0.433333     30      0       30      chr     4639675 2137315 2137345 1       30,     0,      2137315,        cgctggatgaaaancgtgaatatcacacca, cgctggatgaaaaacgtgaatatcacacca,
5630      0       0       0       0       0       0       0       +       88_0.533333     30      0       30      chr     4639675 2263609 2263639 1       30,     0,      2263609,        cgtaccgggctgaaagtagaagagcgtttc, cgtaccgggctgaaagtagaagagcgtttc,
5730      0       0       0       0       0       0       0       +       90_0.466667     30      0       30      chr     4639675 609915  609945  1       30,     0,      609915, atcaccgtttcgctaaccggtacgtttaac, atcaccgtttcgctaaccggtacgtttaac,
5829      1       0       0       0       0       0       0       +       91_0.566667     30      0       30      chr     4639675 2506977 2507007 1       30,     0,      2506977,        ttcgcccggcaagcttacccaacgcttatc, ttcgcctggcaagcttacccaacgcttatc,
5930      0       0       0       0       0       0       0       +       92_0.533333     30      0       30      chr     4639675 4109771 4109801 1       30,     0,      4109771,        ttttccccgccgttagtagcgactgcagtt, ttttccccgccgttagtagcgactgcagtt,
6030      0       0       0       0       0       0       0       +       93_0.400000     30      0       30      chr     4639675 2250545 2250575 1       30,     0,      2250545,        ttatttgcccgatgagtcagtttattgcag, ttatttgcccgatgagtcagtttattgcag,
6130      0       0       0       0       0       0       0       +       94_0.466667     30      0       30      chr     4639675 1274949 1274979 1       30,     0,      1274949,        ccacggtgatatctggtgccatactgataa, ccacggtgatatctggtgccatactgataa,
6230      0       0       0       0       0       0       0       +       95_0.466667     30      0       30      chr     4639675 3279675 3279705 1       30,     0,      3279675,        tcccccgtaaggcctttctttttctttcgt, tcccccgtaaggcctttctttttctttcgt,
6330      0       0       0       0       0       0       0       +       97_0.566667     30      0       30      chr     4639675 2779110 2779140 1       30,     0,      2779110,        tgcgccgccggattgttgctcaacatgctt, tgcgccgccggattgttgctcaacatgctt,
6430      0       0       0       0       0       0       0       +       98_0.366667     30      0       30      chr     4639675 3729759 3729789 1       30,     0,      3729759,        aacgcgctaaccgccaataataacaaaatt, aacgcgctaaccgccaataataacaaaatt,
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。