root/galaxy-central/test-data/bwa_wrapper_out3.sam

リビジョン 2, 8.0 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central
行番号 
1seq1    113     phiX    340     37      18M     =       322     -18     GGATTACTATCTGAGTCC      II9(.+5$IIIIIII#II      XT:A:U  NM:i:0  SM:i:37 AM:i:25 X0:i:1  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:18
2seq1    177     phiX    322     25      18M     =       340     18      GATATTTTAAAGGAGCGT      B&&I13A$G$*%$IIIII      XT:A:U  NM:i:2  SM:i:25 AM:i:25 X0:i:1  XM:i:2  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:2C8A6
3seq10   129     phiX    4168    37      18M     =       4149    -19     AGGGCGTTGAGTTCGATA      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:0  SM:i:37 AM:i:25 X0:i:1  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:18
4seq10   65      phiX    4149    25      18M     =       4168    19      ATTCTTTCTTTTCGTATC      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:2  SM:i:25 AM:i:25 X0:i:1  XM:i:2  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:5G11G0
5seq11   129     phiX    4091    37      18M     =       4072    -19     ATCCCCAATGCTTGGCTT      IIIII$%*$G$A31I&&B      XT:A:U  NM:i:0  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:18
6seq11   65      phiX    4072    37      18M     =       4091    19      GCATTTCTACTCCTTCTC      II#IIIIIII$5+.(9II      XT:A:U  NM:i:1  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:12T5
7seq12   129     phiX    5365    25      18M     =       5349    -16     GGATTGGCGTTTCCAACC      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:2  SM:i:25 AM:i:25 X0:i:1  XM:i:2  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:0T9A7
8seq12   65      phiX    5349    37      18M     =       5365    16      CGCGCTTCGATAAAAATG      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:0  SM:i:37 AM:i:25 X0:i:1  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:18
9seq13   129     phiX    4093    25      18M     =       4074    -19     CCCCAATCCTTGCCTTCC      IIIAAIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:2  SM:i:25 AM:i:25 X0:i:1  XM:i:2  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:7G4G5
10seq13   65      phiX    4074    37      18M     =       4093    19      ATTTCTACTCTTTCTCAT      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:1  SM:i:37 AM:i:25 X0:i:1  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:17A0
11seq14   129     phiX    4016    37      3M1D15M =       3998    -18     TGATATTTTGACTTTGAG      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:1  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:0  XO:i:1  XG:i:1  MD:Z:3^T15
12seq14   65      phiX    3998    37      18M     =       4016    18      CCCTTTTGAATGTCACGC      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:1  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:5C12
13seq15   129     phiX    5216    37      5M2I11M =       5198    -18     TTACGAAACGCGACGCCG      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:2  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:0  XO:i:1  XG:i:2  MD:Z:16
14seq15   65      phiX    5198    37      18M     =       5216    18      CCAACTTACCAAGGTGGG      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:1  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:13C4
15seq16   129     phiX    2897    37      18M     =       2880    -17     TTATTTTTCTCCAGCCAC      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:1  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:6G11
16seq16   65      phiX    2880    37      10M1I7M =       2897    17      TCAGGGTATTAAAAGAGA      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:2  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:1  XO:i:1  XG:i:1  MD:Z:5T11
17seq17   129     phiX    3053    25      18M     =       3034    -19     AAACAATACTTTAGGCAT      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:2  SM:i:25 AM:i:25 X0:i:1  XM:i:2  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:0T9G7
18seq17   65      phiX    3034    37      18M     =       3053    19      GTGATGTGCTTGCTACCG      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:0  SM:i:37 AM:i:25 X0:i:1  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:18
19seq18   133     phiX    4088    0       *       =       4088    0       CCGTTCCATAAGCAGATG      IIIIIIIIIIIIIIIIII
20seq18   73      phiX    4088    37      18M     =       4088    0       TCAATCCCCCATGCTTGG      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:1  SM:i:37 AM:i:0  X0:i:1  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:9A8
21seq19   129     phiX    3324    37      18M     =       3304    -20     GAGCGTCCTGGTGCTGAT      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:1  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:6G11
22seq19   65      phiX    3304    37      18M     =       3324    20      TTCCTGCGCTTAATGCTT      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:1  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:6A11
23seq2    129     phiX    159     37      18M     =       141     -18     CAGCTCGAGAAGCTCTTA      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:0  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:18
24seq2    65      phiX    141     37      18M     =       159     18      ATTCGACCTATCCTTGCG      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:0  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:18
25seq20   129     phiX    1100    37      18M     =       1082    -18     ACTCCGGTTATCGCTGGC      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:0  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:18
26seq20   65      phiX    1082    37      18M     =       1100    18      CTTATTACCATTTCAACT      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:0  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:18
27seq21   129     phiX    1363    37      18M     =       1344    -19     TAAGCATTTGGTTCAGGG      IIIII$%*$G$A31I&&B      XT:A:U  NM:i:1  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:10T7
28seq21   65      phiX    1344    37      18M     =       1363    19      CTGATACCAATAAAACCC      II#IIIIIII$5+.(9II      XT:A:U  NM:i:1  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:15T2
29seq22   137     phiX    5215    37      18M     =       5215    0       GTTACGACGCGACGCCGT      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:0  SM:i:37 AM:i:0  X0:i:1  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:18
30seq22   69      phiX    5215    0       *       =       5215    0       AATCAAACTTACCAAGGG      IIIIIIIIIIIIIIIIII
31seq23   129     phiX    4308    25      18M     =       4289    -19     TTTAATAACCCTATAGAC      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:2  SM:i:25 AM:i:25 X0:i:1  XM:i:2  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:0A8A8
32seq23   65      phiX    4289    37      18M     =       4308    19      TGTGCTTCCCCAACTTGA      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:1  SM:i:37 AM:i:25 X0:i:1  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:6C11
33seq24   129     phiX    4101    37      18M     =       4084    -17     CTTGGCTTCCCTAAGCAG      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:1  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:10A7
34seq24   65      phiX    4084    37      18M     =       4101    17      TTTCTCAATCCCCAATGC      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:0  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:18
35seq25   129     phiX    537     37      18M     =       520     -17     CGTGCTCGTTGCTGCGTT      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:1  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:9C8
36seq25   65      phiX    520     37      18M     =       537     17      TTGCTACTGACCGCTCTT      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:1  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:17C0
37seq26   129     phiX    1994    37      18M     =       1976    -18     AAGGATGTTTTCCGTTCT      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:0  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:18
38seq26   65      phiX    1976    37      18M     =       1994    18      CCGCGTGAAATTTCTATG      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:0  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:18
39seq27   129     phiX    2614    37      3M1D15M =       2598    -16     TGTTTGGTGCTGATATTG      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:2  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:0  XO:i:1  XG:i:1  MD:Z:1C1^G15
40seq27   65      phiX    2598    37      18M     =       2614    16      CGCTAATCAAGTTGTTTC      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:1  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:9G8
41seq28   129     phiX    2906    37      18M     =       2890    -16     TCCAGCCACTAAAGTGAG      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:1  SM:i:37 AM:i:25 X0:i:1  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:10T7
42seq28   65      phiX    2890    25      18M     =       2906    16      AAAGAGATTATTTGTCGG      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:2  SM:i:25 AM:i:25 X0:i:1  XM:i:2  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:16T0C0
43seq29   133     phiX    5339    0       *       =       5339    0       GATAATGATTGGGGTATC      IIIIIIIIIIIIIIIIII
44seq29   73      phiX    5339    37      18M     =       5339    0       CAAATTAATGCGCGCTTC      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:1  SM:i:37 AM:i:0  X0:i:1  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:6T11
45seq3    129     phiX    523     37      18M     =       505     -18     CTACTGACCGCTCTCGTG      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:0  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:18
46seq3    65      phiX    505     37      18M     =       523     18      GTAACAAAGTTTGGATTG      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:0  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:18
47seq30   129     phiX    4108    37      18M     =       4091    -17     ACCATAAGCAGATGGATA      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:1  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:0T17
48seq30   65      phiX    4091    37      18M     =       4108    17      ATCCCCTATGCTTGGCTT      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:1  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:6A11
49seq4    137     phiX    945     37      18M     =       945     0       TAGGTGGTCAACCATTTT      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:1  SM:i:37 AM:i:0  X0:i:1  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:12A5
50seq4    69      phiX    945     0       *       =       945     0       AGCCGCTCGTCTTTTATG      IIIIIIIIIIIIIIIIII
51seq5    129     phiX    5003    37      18M     =       4985    -18     TTTCTATGTGGCTTAATA      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:1  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:13A4
52seq5    65      phiX    4985    37      18M     =       5003    18      CAGTTATATGGCTTTTGG      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:1  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:13G4
53seq6    129     phiX    944     37      18M     =       925     -19     GTAGGTGGTCAACAATTT      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:0  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:18
54seq6    65      phiX    925     37      11M1D7M =       944     19      AGGCGCTCGTCTTGGTAT      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:1  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:0  XO:i:1  XG:i:1  MD:Z:11^T7
55seq7    129     phiX    960     37      18M     =       943     -17     TTTAATTGCAGGGGCTTC      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:0  SM:i:37 AM:i:25 X0:i:1  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:18
56seq7    65      phiX    943     25      18M     =       960     17      TGTAGGTGGTCAACCAAT      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:2  SM:i:25 AM:i:25 X0:i:1  XM:i:2  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:14A1T1
57seq8    137     phiX    1715    37      18M     =       1715    0       ATGCGCTCTATTCTCTGG      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:1  SM:i:37 AM:i:0  X0:i:1  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:10A7
58seq8    69      phiX    1715    0       *       =       1715    0       ACACCCGTCCTTTACGTC      IIIIIIIIIIIIIIIIII
59seq9    129     phiX    2613    37      18M     =       2596    -17     TTCTGTTGGTGCTGATAT      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:0  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:18
60seq9    65      phiX    2596    37      18M     =       2613    17      GCCGCTATTCAGGTTGTT      IIIIIIIIIIIIIIIIII      XT:A:U  NM:i:1  SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:7A10
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。