root/galaxy-central/test-data/cuffcompare_in3.gtf

リビジョン 2, 9.2 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central
行番号 
1chr1    mm9_refFlat     stop_codon      3206103 3206105 0.000000        -       .       gene_id "Xkr4"; transcript_id "Xkr4";
2chr1    mm9_refFlat     CDS     3206106 3207049 0.000000        -       2       gene_id "Xkr4"; transcript_id "Xkr4";
3chr1    mm9_refFlat     exon    3204563 3207049 0.000000        -       .       gene_id "Xkr4"; transcript_id "Xkr4";
4chr1    mm9_refFlat     CDS     3411783 3411982 0.000000        -       1       gene_id "Xkr4"; transcript_id "Xkr4";
5chr1    mm9_refFlat     exon    3411783 3411982 0.000000        -       .       gene_id "Xkr4"; transcript_id "Xkr4";
6chr1    mm9_refFlat     CDS     3660633 3661429 0.000000        -       0       gene_id "Xkr4"; transcript_id "Xkr4";
7chr1    mm9_refFlat     start_codon     3661427 3661429 0.000000        -       .       gene_id "Xkr4"; transcript_id "Xkr4";
8chr1    mm9_refFlat     exon    3660633 3661579 0.000000        -       .       gene_id "Xkr4"; transcript_id "Xkr4";
9chr1    mm9_refFlat     stop_codon      4334681 4334683 0.000000        -       .       gene_id "Rp1"; transcript_id "Rp1";
10chr1    mm9_refFlat     CDS     4334684 4340172 0.000000        -       2       gene_id "Rp1"; transcript_id "Rp1";
11chr1    mm9_refFlat     exon    4334224 4340172 0.000000        -       .       gene_id "Rp1"; transcript_id "Rp1";
12chr1    mm9_refFlat     CDS     4341991 4342162 0.000000        -       0       gene_id "Rp1"; transcript_id "Rp1";
13chr1    mm9_refFlat     exon    4341991 4342162 0.000000        -       .       gene_id "Rp1"; transcript_id "Rp1";
14chr1    mm9_refFlat     CDS     4342283 4342906 0.000000        -       0       gene_id "Rp1"; transcript_id "Rp1";
15chr1    mm9_refFlat     start_codon     4342904 4342906 0.000000        -       .       gene_id "Rp1"; transcript_id "Rp1";
16chr1    mm9_refFlat     exon    4342283 4342918 0.000000        -       .       gene_id "Rp1"; transcript_id "Rp1";
17chr1    mm9_refFlat     exon    4350281 4350473 0.000000        -       .       gene_id "Rp1"; transcript_id "Rp1";
18chr1    mm9_refFlat     stop_codon      4481797 4481799 0.000000        -       .       gene_id "Sox17"; transcript_id "Sox17";
19chr1    mm9_refFlat     CDS     4481800 4482749 0.000000        -       2       gene_id "Sox17"; transcript_id "Sox17";
20chr1    mm9_refFlat     exon    4481009 4482749 0.000000        -       .       gene_id "Sox17"; transcript_id "Sox17";
21chr1    mm9_refFlat     CDS     4483181 4483487 0.000000        -       0       gene_id "Sox17"; transcript_id "Sox17";
22chr1    mm9_refFlat     start_codon     4483485 4483487 0.000000        -       .       gene_id "Sox17"; transcript_id "Sox17";
23chr1    mm9_refFlat     exon    4483181 4483547 0.000000        -       .       gene_id "Sox17"; transcript_id "Sox17";
24chr1    mm9_refFlat     exon    4483853 4483944 0.000000        -       .       gene_id "Sox17"; transcript_id "Sox17";
25chr1    mm9_refFlat     exon    4485217 4486023 0.000000        -       .       gene_id "Sox17"; transcript_id "Sox17";
26chr1    mm9_refFlat     exon    4486372 4486494 0.000000        -       .       gene_id "Sox17"; transcript_id "Sox17";
27chr1    mm9_refFlat     stop_codon      4766545 4766547 0.000000        -       .       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15";
28chr1    mm9_refFlat     CDS     4766548 4766882 0.000000        -       2       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15";
29chr1    mm9_refFlat     exon    4763279 4766882 0.000000        -       .       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15";
30chr1    mm9_refFlat     CDS     4767606 4767729 0.000000        -       0       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15";
31chr1    mm9_refFlat     exon    4767606 4767729 0.000000        -       .       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15";
32chr1    mm9_refFlat     CDS     4772649 4772814 0.000000        -       1       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15";
33chr1    mm9_refFlat     exon    4772649 4772814 0.000000        -       .       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15";
34chr1    mm9_refFlat     CDS     4774032 4774186 0.000000        -       0       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15";
35chr1    mm9_refFlat     exon    4774032 4774186 0.000000        -       .       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15";
36chr1    mm9_refFlat     CDS     4775654 4775758 0.000000        -       0       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15";
37chr1    mm9_refFlat     start_codon     4775756 4775758 0.000000        -       .       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15";
38chr1    mm9_refFlat     exon    4775654 4775807 0.000000        -       .       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15";
39chr1    mm9_refFlat     stop_codon      4764533 4764535 0.000000        -       .       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15_dup1";
40chr1    mm9_refFlat     CDS     4764536 4764597 0.000000        -       2       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15_dup1";
41chr1    mm9_refFlat     exon    4763279 4764597 0.000000        -       .       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15_dup1";
42chr1    mm9_refFlat     CDS     4767606 4767729 0.000000        -       0       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15_dup1";
43chr1    mm9_refFlat     exon    4767606 4767729 0.000000        -       .       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15_dup1";
44chr1    mm9_refFlat     CDS     4772649 4772814 0.000000        -       1       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15_dup1";
45chr1    mm9_refFlat     exon    4772649 4772814 0.000000        -       .       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15_dup1";
46chr1    mm9_refFlat     CDS     4774032 4774186 0.000000        -       0       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15_dup1";
47chr1    mm9_refFlat     exon    4774032 4774186 0.000000        -       .       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15_dup1";
48chr1    mm9_refFlat     CDS     4775654 4775758 0.000000        -       0       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15_dup1";
49chr1    mm9_refFlat     start_codon     4775756 4775758 0.000000        -       .       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15_dup1";
50chr1    mm9_refFlat     exon    4775654 4775807 0.000000        -       .       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15_dup1";
51chr1    mm9_refFlat     exon    4763279 4764597 0.000000        -       .       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15_dup2";
52chr1    mm9_refFlat     exon    4767606 4767729 0.000000        -       .       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15_dup2";
53chr1    mm9_refFlat     exon    4772649 4772814 0.000000        -       .       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15_dup2";
54chr1    mm9_refFlat     exon    4775654 4775807 0.000000        -       .       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15_dup2";
55chr1    mm9_refFlat     start_codon     4797995 4797997 0.000000        +       .       gene_id "Lypla1"; transcript_id "Lypla1";
56chr1    mm9_refFlat     CDS     4797995 4798063 0.000000        +       0       gene_id "Lypla1"; transcript_id "Lypla1";
57chr1    mm9_refFlat     exon    4797974 4798063 0.000000        +       .       gene_id "Lypla1"; transcript_id "Lypla1";
58chr1    mm9_refFlat     CDS     4798536 4798567 0.000000        +       0       gene_id "Lypla1"; transcript_id "Lypla1";
59chr1    mm9_refFlat     exon    4798536 4798567 0.000000        +       .       gene_id "Lypla1"; transcript_id "Lypla1";
60chr1    mm9_refFlat     CDS     4818665 4818730 0.000000        +       1       gene_id "Lypla1"; transcript_id "Lypla1";
61chr1    mm9_refFlat     exon    4818665 4818730 0.000000        +       .       gene_id "Lypla1"; transcript_id "Lypla1";
62chr1    mm9_refFlat     CDS     4820349 4820396 0.000000        +       1       gene_id "Lypla1"; transcript_id "Lypla1";
63chr1    mm9_refFlat     exon    4820349 4820396 0.000000        +       .       gene_id "Lypla1"; transcript_id "Lypla1";
64chr1    mm9_refFlat     CDS     4822392 4822462 0.000000        +       1       gene_id "Lypla1"; transcript_id "Lypla1";
65chr1    mm9_refFlat     exon    4822392 4822462 0.000000        +       .       gene_id "Lypla1"; transcript_id "Lypla1";
66chr1    mm9_refFlat     CDS     4827082 4827155 0.000000        +       2       gene_id "Lypla1"; transcript_id "Lypla1";
67chr1    mm9_refFlat     exon    4827082 4827155 0.000000        +       .       gene_id "Lypla1"; transcript_id "Lypla1";
68chr1    mm9_refFlat     CDS     4829468 4829569 0.000000        +       0       gene_id "Lypla1"; transcript_id "Lypla1";
69chr1    mm9_refFlat     exon    4829468 4829569 0.000000        +       .       gene_id "Lypla1"; transcript_id "Lypla1";
70chr1    mm9_refFlat     CDS     4831037 4831213 0.000000        +       0       gene_id "Lypla1"; transcript_id "Lypla1";
71chr1    mm9_refFlat     exon    4831037 4831213 0.000000        +       .       gene_id "Lypla1"; transcript_id "Lypla1";
72chr1    mm9_refFlat     CDS     4835044 4835094 0.000000        +       0       gene_id "Lypla1"; transcript_id "Lypla1";
73chr1    mm9_refFlat     stop_codon      4835095 4835097 0.000000        +       .       gene_id "Lypla1"; transcript_id "Lypla1";
74chr1    mm9_refFlat     exon    4835044 4836816 0.000000        +       .       gene_id "Lypla1"; transcript_id "Lypla1";
75chr1    mm9_refFlat     start_codon     4847995 4847997 0.000000        +       .       gene_id "Tcea1"; transcript_id "Tcea1";
76chr1    mm9_refFlat     CDS     4847995 4848057 0.000000        +       0       gene_id "Tcea1"; transcript_id "Tcea1";
77chr1    mm9_refFlat     exon    4847775 4848057 0.000000        +       .       gene_id "Tcea1"; transcript_id "Tcea1";
78chr1    mm9_refFlat     CDS     4857551 4857613 0.000000        +       0       gene_id "Tcea1"; transcript_id "Tcea1";
79chr1    mm9_refFlat     exon    4857551 4857613 0.000000        +       .       gene_id "Tcea1"; transcript_id "Tcea1";
80chr1    mm9_refFlat     CDS     4868108 4868213 0.000000        +       0       gene_id "Tcea1"; transcript_id "Tcea1";
81chr1    mm9_refFlat     exon    4868108 4868213 0.000000        +       .       gene_id "Tcea1"; transcript_id "Tcea1";
82chr1    mm9_refFlat     CDS     4876825 4876912 0.000000        +       2       gene_id "Tcea1"; transcript_id "Tcea1";
83chr1    mm9_refFlat     exon    4876825 4876912 0.000000        +       .       gene_id "Tcea1"; transcript_id "Tcea1";
84chr1    mm9_refFlat     CDS     4879538 4879683 0.000000        +       1       gene_id "Tcea1"; transcript_id "Tcea1";
85chr1    mm9_refFlat     exon    4879538 4879683 0.000000        +       .       gene_id "Tcea1"; transcript_id "Tcea1";
86chr1    mm9_refFlat     CDS     4880821 4880877 0.000000        +       2       gene_id "Tcea1"; transcript_id "Tcea1";
87chr1    mm9_refFlat     exon    4880821 4880877 0.000000        +       .       gene_id "Tcea1"; transcript_id "Tcea1";
88chr1    mm9_refFlat     CDS     4881996 4882150 0.000000        +       2       gene_id "Tcea1"; transcript_id "Tcea1";
89chr1    mm9_refFlat     exon    4881996 4882150 0.000000        +       .       gene_id "Tcea1"; transcript_id "Tcea1";
90chr1    mm9_refFlat     CDS     4883498 4883644 0.000000        +       0       gene_id "Tcea1"; transcript_id "Tcea1";
91chr1    mm9_refFlat     exon    4883498 4883644 0.000000        +       .       gene_id "Tcea1"; transcript_id "Tcea1";
92chr1    mm9_refFlat     CDS     4885015 4885086 0.000000        +       0       gene_id "Tcea1"; transcript_id "Tcea1";
93chr1    mm9_refFlat     exon    4885015 4885086 0.000000        +       .       gene_id "Tcea1"; transcript_id "Tcea1";
94chr1    mm9_refFlat     CDS     4886437 4886442 0.000000        +       0       gene_id "Tcea1"; transcript_id "Tcea1";
95chr1    mm9_refFlat     stop_codon      4886443 4886445 0.000000        +       .       gene_id "Tcea1"; transcript_id "Tcea1";
96chr1    mm9_refFlat     exon    4886437 4887987 0.000000        +       .       gene_id "Tcea1"; transcript_id "Tcea1";
97chr1    mm9_refFlat     start_codon     4847995 4847997 0.000000        +       .       gene_id "Tcea1"; transcript_id "Tcea1_dup1";
98chr1    mm9_refFlat     CDS     4847995 4848057 0.000000        +       0       gene_id "Tcea1"; transcript_id "Tcea1_dup1";
99chr1    mm9_refFlat     exon    4847775 4848057 0.000000        +       .       gene_id "Tcea1"; transcript_id "Tcea1_dup1";
100chr1    mm9_refFlat     CDS     4857551 4857613 0.000000        +       0       gene_id "Tcea1"; transcript_id "Tcea1_dup1";
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。