root/galaxy-central/test-data/gff2bed_in2.gff

リビジョン 2, 2.5 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central
行番号 
1chr1    Cufflinks       exon    3204563 3207049 1000    -       .       gene_id "Xkr4"; transcript_id "Xkr4"; exon_number "1"; FPKM "0.3924207844"; frac "1.000000"; conf_lo "0.000000"; conf_hi "0.845549"; cov "0.022289";
2chr1    Cufflinks       exon    3411783 3411982 1000    -       .       gene_id "Xkr4"; transcript_id "Xkr4"; exon_number "2"; FPKM "0.3924207844"; frac "1.000000"; conf_lo "0.000000"; conf_hi "0.845549"; cov "0.022289";
3chr1    Cufflinks       exon    3660633 3661579 1000    -       .       gene_id "Xkr4"; transcript_id "Xkr4"; exon_number "3"; FPKM "0.3924207844"; frac "1.000000"; conf_lo "0.000000"; conf_hi "0.845549"; cov "0.022289";
4chr1    Cufflinks       exon    4481009 4482749 1000    -       .       gene_id "Sox17"; transcript_id "Sox17"; exon_number "1"; FPKM "1.5186976896"; frac "1.000000"; conf_lo "0.558189"; conf_hi "2.479206"; cov "0.086262";
5chr1    Cufflinks       exon    4483181 4483547 1000    -       .       gene_id "Sox17"; transcript_id "Sox17"; exon_number "2"; FPKM "1.5186976896"; frac "1.000000"; conf_lo "0.558189"; conf_hi "2.479206"; cov "0.086262";
6chr1    Cufflinks       exon    4483853 4483944 1000    -       .       gene_id "Sox17"; transcript_id "Sox17"; exon_number "3"; FPKM "1.5186976896"; frac "1.000000"; conf_lo "0.558189"; conf_hi "2.479206"; cov "0.086262";
7chr1    Cufflinks       exon    4485217 4486023 1000    -       .       gene_id "Sox17"; transcript_id "Sox17"; exon_number "4"; FPKM "1.5186976896"; frac "1.000000"; conf_lo "0.558189"; conf_hi "2.479206"; cov "0.086262";
8chr1    Cufflinks       exon    4486372 4486494 1000    -       .       gene_id "Sox17"; transcript_id "Sox17"; exon_number "5"; FPKM "1.5186976896"; frac "1.000000"; conf_lo "0.558189"; conf_hi "2.479206"; cov "0.086262";
9chr1    Cufflinks       exon    4763279 4766882 1000    -       .       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15"; exon_number "1"; FPKM "9.1596238357"; frac "1.000000"; conf_lo "7.124003"; conf_hi "11.195245"; cov "0.520266";
10chr1    Cufflinks       exon    4767606 4767729 1000    -       .       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15"; exon_number "2"; FPKM "9.1596238357"; frac "1.000000"; conf_lo "7.124003"; conf_hi "11.195245"; cov "0.520266";
11chr1    Cufflinks       exon    4772649 4772814 1000    -       .       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15"; exon_number "3"; FPKM "9.1596238357"; frac "1.000000"; conf_lo "7.124003"; conf_hi "11.195245"; cov "0.520266";
12chr1    Cufflinks       exon    4774032 4774186 1000    -       .       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15"; exon_number "4"; FPKM "9.1596238357"; frac "1.000000"; conf_lo "7.124003"; conf_hi "11.195245"; cov "0.520266";
13chr1    Cufflinks       exon    4775654 4775807 1000    -       .       gene_id "Mrpl15"; transcript_id "Mrpl15"; exon_number "5"; FPKM "9.1596238357"; frac "1.000000"; conf_lo "7.124003"; conf_hi "11.195245"; cov "0.520266";
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。