root/galaxy-central/test-data/indel_analysis_in1.sam

リビジョン 2, 2.6 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central
行番号 
1r327    16      chrM    11      37      8M1D10M *       0       0       CTTACCAGATAGTCATCA      -+<2;?@BA@?-,.+4=4      XT:A:U  NM:i:1  X0:i:1  X1:i:0  XM:i:0  XO:i:1  XG:i:1  MD:Z:41^C35
2r457    0       chr1    14      37      14M     *       0       0       ACCTGACAGATATC  =/DF;?@1A@?-,.  XT:A:U  NM:i:0  X0:i:1  X1:i:0  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:76
3r501    16      chrM    6       23      7M1I13M *       0       0       TCTGTGCCTACCAGACATTCA   +=$2;?@BA@?-,.+4=4=4A   XT:A:U  NM:i:3  X0:i:1  X1:i:1  XM:i:2  XO:i:1  XG:i:1  MD:Z:28C36G9  XA:Z:chr5,+134263658,14M1I61M,4;
4r1288   16      chrM    8       37      11M1I7M *       0       0       TCACTTACCTGTACACACA     /*F2;?@%A@?-,.+4=4=     XT:A:U  NM:i:4  X0:i:1  X1:i:0  XM:i:3  XO:i:1  XG:i:1  MD:Z:2T0T1A69
5r1902   0       chr1    4       37      7M2D18M *       0       0       AGTCTCTTACCTGACGGTTATGA <2;?@BA@?-,.+4=4=4AA663 XT:A:U  NM:i:3  X0:i:1  X1:i:0  XM:i:1  XO:i:1  XG:i:2  MD:Z:17^CA58A0
6r2204   16      chrM    9       0       19M     *       0       0       CTGGTACCTGACAGGTATC     2;?@BA@?-,.+4=4=4AA     XT:A:R  NM:i:1  X0:i:2  X1:i:0  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:0T75  XA:Z:chr1,-564927,76M,1;
7r2314   16      chrM    6       37      10M2D8M *       0       0       TCACTCTTACGTCTGA        <2;?@BA@?-,.+4=4        XT:A:U  NM:i:3  X0:i:1  X1:i:0  XM:i:1  XO:i:1  XG:i:2  MD:Z:25A5^CA45
8r3001   0       chrM    13      37      3M1D5M2I7M      *       0       0       TACAGTCACCCTCATCA       <2;?@BA/(@?-,$& XT:A:U  NM:i:3  X0:i:1  X1:i:0  XM:i:1  XO:i:1  XG:i:2  MD:Z:17^CA58A0
9r3218   0       chr1    13      37      8M1D7M  *       0       0       TACAGTCACTCATCA <2;?@BA/(@?-,$& XT:A:U  NM:i:3  X0:i:1  X1:i:0  XM:i:1  XO:i:1  XG:i:2  MD:Z:17^CA58A0
10r4767   16      chr2    3       37      15M2I7M *       0       0       CAGACTCTCTTACCAAAGACAGAC        <2;?@BA/(@?-,.+4=4=4AA66        XT:A:U  NM:i:4  X0:i:1  X1:i:0  XM:i:3  XO:i:1  XG:i:1  MD:Z:2T1A4T65
11r5333   0       chrM    5       37      17M1D8M *       0       0       GTCTCTCATACCAGACAACGGCAT        FB3$@BA/(@?-,.+4=4=4AA66        XT:A:U  NM:i:4  X0:i:1  X1:i:0  XM:i:3  XO:i:1  XG:i:1  MD:Z:45C10^C0C5C13
12r6690   16      chrM    7       23      20M     *       0       0       CTCTCTTACCAGACAGACAT    2;?@BA/(@?-,.+4=4=4A    XT:A:U  NM:i:0  X0:i:1  X1:i:1  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:76  XA:Z:chr1,-568532,76M,1;
13r7211   0       chrM    7       37      24M     *       0       0       CGACAGAGACAAAATAACATTTAA        //<2;?@BA@?-,.+4=442;;6:        XT:A:U  NM:i:3  X0:i:1  X1:i:0  XM:i:2  XO:i:1  XG:i:1  MD:Z:73G0G0
14r9922   16      chrM    4       0       7M3I9M  *       0       0       CCAGACATTTGAAATCAGG     F/D4=44^D++26632;;6     XT:A:U  NM:i:0  X0:i:1  X1:i:1  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:76
15r9987   16      chrM    4       0       9M1I18M *       0       0       AGGTTCTCATTACCTGACACTCATCTTG    G/AD6"/+4=4426632;;6:<2;?@BA  XT:A:U  NM:i:0  X0:i:1  X1:i:1  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:76
16r10145  16      chr1    16      0       5M2D7M  *       0       0       CACATTGTTGTA    G//+4=44=4AA    XT:A:U  NM:i:0  X0:i:1  X1:i:1  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:76
17r10324  16      chrM    15      0       6M1D5M  *       0       0       CCGTTCTACTTG    A@??8.G//+4=    XT:A:U  NM:i:0  X0:i:1  X1:i:1  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:76
18r12331  16      chrM    17      0       4M2I6M  *       0       0       AGTCGAATACGTG   632;;6:<2;?@B   XT:A:U  NM:i:0  X0:i:1  X1:i:1  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:76
19r12914  16      chr2    24      0       4M3I3M  *       0       0       ACTACCCCAA      G//+4=42,.      XT:A:U  NM:i:0  X0:i:1  X1:i:1  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:76
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。