root/galaxy-central/test-data/sift_variants_result.tab

リビジョン 2, 2.9 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central
行番号 
1#Chrom  Position        Strand  Allele  Codons  Transcript ID   Protein ID      Substitution    Region  dbSNP ID        SNP Type        Prediction      Score   Median Info     Num seqs at position    Gene ID User Comment
2chr3    81780820        +       T/C     AGA-gGA ENST00000264326 ENSP00000264326 R190G   EXON CDS        rs2229519:C     Nonsynonymous   DAMAGING        0.04    3.06    149     ENSG00000114480
3chr2    230341630       +       G/T     -       ENST00000389045 ENSP00000373697 NA      EXON CDS        rs1803846:A     Unknown Not scored      NA      NA      NA      ENSG00000153827
4chr2    43881517        +       A/T     ATA-tTA ENST00000260605 ENSP00000260605 I230L   EXON CDS        rs11556157:T    Nonsynonymous   TOLERATED       0.47    3.19    7       ENSG00000138036
5chr2    43857514        +       T/C     TTT-TcT ENST00000260605 ENSP00000260605 F33S    EXON CDS        rs2288709:C     Nonsynonymous   TOLERATED       0.61    3.33    6       ENSG00000138036
6chr6    88375602        +       G/A     GTT-aTT ENST00000257789 ENSP00000257789 V217I   EXON CDS        rs2307389:A     Nonsynonymous   TOLERATED       0.75    3.17    13      ENSG00000135336
7chr22   29307353        +       T/A     ACC-tCC ENST00000335214 ENSP00000334612 T264S   EXON CDS        rs42942:A       Nonsynonymous   TOLERATED       0.4     3.14    23      ENSG00000100029
8chr10   115912482       +       C/A     CGA-CtA ENST00000369285 ENSP00000358291 R179L   EXON CDS        rs12782946:T    Nonsynonymous   TOLERATED       0.06    4.32    2       ENSG00000165813
9chr10   115900918       +       G/A     CAA-tAA ENST00000369287 ENSP00000358293 Q271*   EXON CDS        rs7095762:T     Nonsynonymous   N/A     N/A     N/A     N/A     ENSG00000165813
10chr16   69875502        +       G/T     ACA-AaA ENST00000338099 ENSP00000337512 T608K   EXON CDS        rs3096381:T     Nonsynonymous   TOLERATED       0.12    3.41    3       ENSG00000180917
11chr16   69876078        +       T/C     AAT-AgT ENST00000338099 ENSP00000337512 N416S   EXON CDS        rs3803704:C     Nonsynonymous   TOLERATED       1       3.15    26      ENSG00000180917
12chr16   69877147        +       G/A     CTT-tTT ENST00000338099 ENSP00000337512 L60F    EXON CDS        rs3096380:A     Nonsynonymous   TOLERATED       0.31    3.33    31      ENSG00000180917
13chr22   49000825        +       T/A     AGT-tGT ENST00000248846 ENSP00000248846 S1364C  EXON CDS        rs5771107:A     Nonsynonymous   TOLERATED       0.18    3.38    6       ENSG00000128159
14chr22   49000551        +       T/G     ACT-cCT ENST00000248846 ENSP00000248846 T1377P  EXON CDS        rs11703226:C    Nonsynonymous   TOLERATED       0.27    3.38    6       ENSG00000128159
15chr22   49006739        +       A/C     TTG-TgG ENST00000248846 ENSP00000248846 L567W   EXON CDS        rs4838865:G     Nonsynonymous   TOLERATED       0.16    3.15    10      ENSG00000128159
16chr11   17476318        +       C/G     GAG-GAc ENST00000005226 ENSP00000005226 E819D   EXON CDS        rs1064074:G     Nonsynonymous   TOLERATED       0.08    3.95    12      ENSG00000006611
17chr4    124033758       +       C/A     CGG-CtG ENST00000339154 ENSP00000344011 R40L    EXON CDS        rs1048201:T     Nonsynonymous   DAMAGING        0.01    3.14    20      ENSG00000170917
18chr3    185041096       +       C/G     GTG-cTG ENST00000311101 ENSP00000310676 V212L   EXON CDS        rs3732581:G     Nonsynonymous   TOLERATED       0.58    2.94    30      ENSG00000175193
19chr17   8101874 +       C/T     CCA-CtA ENST00000314666 ENSP00000313490 P367L   EXON CDS        rs4791641:T     Nonsynonymous   TOLERATED       0.11    3.02    34      ENSG00000178921
20chr6    33156520        +       C/T     GCG-GtG ENST00000308461 ENSP00000311794 A65V    EXON CDS        rs1042121:T     Nonsynonymous   TOLERATED       1       3.39    397     ENSG00000168383
21chr16   23556917        +       T/C     TAC-TgC ENST00000261584 ENSP00000261584 Y28C    EXON CDS        novel   Nonsynonymous   DAMAGING *Warning! Low confidence.      0       4.32    1       ENSG00000083093
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。