root/galaxy-central/test/functional/test_DNAse_flanked_genes.py

リビジョン 2, 4.6 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central
行番号 
1import galaxy.model
2from galaxy.model.orm import *
3from galaxy.model.mapping import context as sa_session
4from base.twilltestcase import TwillTestCase
5
6""" A sample analysis"""
7
8class AnalysisDNAseHSSFlankedGenes( TwillTestCase ):
9    def test_get_DNAseHSS_flanked_genes( self ):
10        self.logout()
11        self.login( email='test@bx.psu.edu' )
12        admin_user = sa_session.query( galaxy.model.User ) \
13                               .filter( galaxy.model.User.table.c.email=='test@bx.psu.edu' ) \
14                               .one()
15        self.new_history( name='DNAseHSS_flanked_genes' )
16        history1 = sa_session.query( galaxy.model.History ) \
17                             .filter( and_( galaxy.model.History.table.c.deleted==False,
18                                            galaxy.model.History.table.c.user_id==admin_user.id ) ) \
19                             .order_by( desc( galaxy.model.History.table.c.create_time ) ) \
20                             .first()
21        track_params = dict(
22            db="hg17",
23            hgta_group="regulation",
24            hgta_table="dukeDnaseCd4Sites",
25            hgta_track="dukeDnaseCd4Sites",
26            hgta_regionType="range",
27            position="chr22",
28            hgta_outputType="bed",
29            sendToGalaxy="1"
30        )
31        output_params = dict(
32            fbQual="whole",
33        )
34        # Test 1
35        self.run_ucsc_main( track_params, output_params )
36        self.wait()
37        self.verify_dataset_correctness('DNAseHSS.dat')
38        latest_hda = sa_session.query( galaxy.model.HistoryDatasetAssociation ) \
39                               .order_by( desc( galaxy.model.HistoryDatasetAssociation.table.c.create_time ) ) \
40                               .first()
41        # Due to twill not being able to handle the permissions forms, we'll eliminate
42        # DefaultHistoryPermissions prior to uploading a dataset so that the permission
43        # form will not be displayed on ted edit attributes page.
44        for dp in latest_hda.dataset.actions:
45            sa_session.delete( dp )
46            sa_session.flush()
47        sa_session.refresh( latest_hda.dataset )
48        self.edit_hda_attribute_info( str( latest_hda.id ), new_name="DNAse HS" )
49        self.check_metadata_for_string( "DNAse HS" )
50        track_params = dict(
51            db="hg17",
52            hgta_group="genes",
53            hgta_table="knownGene",
54            hgta_track="knownGene",
55            hgta_regionType="range",
56            position="chr22",
57            hgta_outputType="bed",
58            sendToGalaxy="1"
59        )
60        output_params = dict(
61            fbQual="whole",
62        )
63        # Test 2
64        self.run_ucsc_main( track_params, output_params )
65        self.wait()
66        self.verify_dataset_correctness('hg17chr22KnownGenes.dat')
67        latest_hda = sa_session.query( galaxy.model.HistoryDatasetAssociation ) \
68                               .order_by( desc( galaxy.model.HistoryDatasetAssociation.table.c.create_time ) ) \
69                               .first()
70        for dp in latest_hda.dataset.actions:
71            sa_session.delete( dp )
72            sa_session.flush()
73        sa_session.refresh( latest_hda.dataset )
74        self.edit_hda_attribute_info( str( latest_hda.id ), new_name="Genes" )
75        self.check_metadata_for_string( "Genes" )
76        # Test 3
77        self.run_tool( 'get_flanks1', input="2", region="whole", direction="Upstream", offset="0", size="500" )
78        self.wait()
79        self.verify_dataset_correctness( 'knownGeneUpstream500Flanks.dat' )
80        latest_hda = sa_session.query( galaxy.model.HistoryDatasetAssociation ) \
81                               .order_by( desc( galaxy.model.HistoryDatasetAssociation.table.c.create_time ) ) \
82                               .first()
83        for dp in latest_hda.dataset.actions:
84            sa_session.delete( dp )
85            sa_session.flush()
86        sa_session.refresh( latest_hda.dataset )
87        self.edit_hda_attribute_info( str( latest_hda.id ), new_name="Flanks" )
88        self.check_metadata_for_string( "Flanks" )
89        # Test 4
90        self.run_tool( 'gops_join_1', input1="3", input2="1", min="1", fill="none"  )
91        self.wait()
92        # We cannot verify this dataset, because this tool spits out data in a non-deterministic order
93        #self.verify_dataset_correctness( 'joinFlanksDNAse.dat' )
94        # Test 5
95        self.run_tool( 'Filter1', input="4", cond="c17==1000"  )
96        self.wait()
97        self.verify_dataset_correctness( 'filteredJoinedFlanksDNAse.dat' )
98        self.delete_history( self.security.encode_id( history1.id ) )
99        self.logout()
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。