root/galaxy-central/tool-data/microbial_data.loc

リビジョン 3, 4.4 KB (コミッタ: kohda, 14 年 前)

Install Unix tools  http://hannonlab.cshl.edu/galaxy_unix_tools/galaxy.html
  • 属性 svn:executable の設定値 *
行番号 
1#This is a sample file distributed with Galaxy that enables tools
2#to retrieve microbial data via a URL .
3#
4#ORG    campJeju_RM1221_1       Campylobacter jejuni RM1221     bacteria        Epsilonproteobacteria   chr     http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=genomeprj&cmd=Retrieve&dopt=Overview&list_uids=303     UCSC
5#CHR    campJeju_RM1221_1       chr     Campylobacter jejuni RM1221, complete genome    1777831 57236892        None    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nucleotide&val=NC_003912
6#DATA   campJeju_RM1221_1_chr_CDS       campJeju_RM1221_1       chr     CDS     bed     /depot/data2/galaxy/microbes/campJeju_RM1221_1/chr.CDS.bed
7#DATA   campJeju_RM1221_1_chr_tRNA      campJeju_RM1221_1       chr     tRNA    bed     /depot/data2/galaxy/microbes/campJeju_RM1221_1/chr.tRNA.bed
8#DATA   campJeju_RM1221_1_chr_rRNA      campJeju_RM1221_1       chr     rRNA    bed     /depot/data2/galaxy/microbes/campJeju_RM1221_1/chr.rRNA.bed
9#DATA   campJeju_RM1221_1_chr_seq       campJeju_RM1221_1       chr     sequence        fasta   /depot/data2/galaxy/microbes/campJeju_RM1221_1/chr.fna
10#DATA   campJeju_RM1221_1_chr_GeneMark  campJeju_RM1221_1       chr     GeneMark        bed     /depot/data2/galaxy/microbes/campJeju_RM1221_1/chr.GeneMark.bed
11#DATA   campJeju_RM1221_1_chr_GeneMarkHMM       campJeju_RM1221_1       chr     GeneMarkHMM     bed     /depot/data2/galaxy/microbes/campJeju_RM1221_1/chr.GeneMarkHMM.bed
12#DATA   campJeju_RM1221_1_chr_Glimmer3  campJeju_RM1221_1       chr     Glimmer3        bed     /depot/data2/galaxy/microbes/campJeju_RM1221_1/chr.Glimmer3.bed
13#ORG    12521   Clostridium perfringens SM101   bacteria        Firmicutes      NC_008262,NC_008263,NC_008264,NC_008265 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=genomeprj&cmd=Retrieve&dopt=Overview&list_uids=12521   None
14#CHR    12521   NC_008265       Clostridium perfringens phage phiSM101, complete genome 38092   110804020       None    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nucleotide&val=NC_008265
15#DATA   12521_NC_008265_CDS     12521   NC_008265       CDS     bed     /depot/data2/galaxy/microbes/12521/NC_008265.CDS.bed
16#DATA   12521_NC_008265_tRNA    12521   NC_008265       tRNA    bed     /depot/data2/galaxy/microbes/12521/NC_008265.tRNA.bed
17#DATA   12521_NC_008265_rRNA    12521   NC_008265       rRNA    bed     /depot/data2/galaxy/microbes/12521/NC_008265.rRNA.bed
18#DATA   12521_NC_008265_seq     12521   NC_008265       sequence        fasta   /depot/data2/galaxy/microbes/12521/NC_008265.fna
19#DATA   12521_NC_008265_GeneMark        12521   NC_008265       GeneMark        bed     /depot/data2/galaxy/microbes/12521/NC_008265.GeneMark.bed
20#DATA   12521_NC_008265_GeneMarkHMM     12521   NC_008265       GeneMarkHMM     bed     /depot/data2/galaxy/microbes/12521/NC_008265.GeneMarkHMM.bed
21#DATA   12521_NC_008265_Glimmer3        12521   NC_008265       Glimmer3        bed     /depot/data2/galaxy/microbes/12521/NC_008265.Glimmer3.bed
22#CHR    12521   NC_008264       Clostridium perfringens SM101 plasmid 2, complete sequence      12206   110804009       None    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nucleotide&val=NC_008264
23#DATA   12521_NC_008264_CDS     12521   NC_008264       CDS     bed     /depot/data2/galaxy/microbes/12521/NC_008264.CDS.bed
24#DATA   12521_NC_008264_tRNA    12521   NC_008264       tRNA    bed     /depot/data2/galaxy/microbes/12521/NC_008264.tRNA.bed
25#DATA   12521_NC_008264_rRNA    12521   NC_008264       rRNA    bed     /depot/data2/galaxy/microbes/12521/NC_008264.rRNA.bed
26#DATA   12521_NC_008264_seq     12521   NC_008264       sequence        fasta   /depot/data2/galaxy/microbes/12521/NC_008264.fna
27#DATA   12521_NC_008264_GeneMark        12521   NC_008264       GeneMark        bed     /depot/data2/galaxy/microbes/12521/NC_008264.GeneMark.bed
28#DATA   12521_NC_008264_GeneMarkHMM     12521   NC_008264       GeneMarkHMM     bed     /depot/data2/galaxy/microbes/12521/NC_008264.GeneMarkHMM.bed
29#DATA   12521_NC_008264_Glimmer3        12521   NC_008264       Glimmer3        bed     /depot/data2/galaxy/microbes/12521/NC_008264.Glimmer3.bed
30#CHR    12521   NC_008263       Clostridium perfringens SM101 plasmid 1, complete sequence      12397   110803998       None    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nucleotide&val=NC_008263
31#DATA   12521_NC_008263_CDS     12521   NC_008263       CDS     bed     /depot/data2/galaxy/microbes/12521/NC_008263.CDS.bed
32#DATA   12521_NC_008263_tRNA    12521   NC_008263       tRNA    bed     /depot/data2/galaxy/microbes/12521/NC_008263.tRNA.bed
33#DATA   12521_NC_008263_rRNA    12521   NC_008263       rRNA    bed     /depot/data2/galaxy/microbes/12521/NC_008263.rRNA.bed
34#DATA   12521_NC_008263_seq     12521   NC_008263       sequence        fasta   /depot/data2/galaxy/microbes/12521/NC_008263.fna
35#DATA   12521_NC_008263_GeneMark        12521   NC_008263       GeneMark        bed     /depot/data2/galaxy/microbes/12521/NC_008263.GeneMark.bed
36#DATA   12521_NC_008263_GeneMarkHMM     12521   NC_008263       GeneMarkHMM     bed     /depot/data2/galaxy/microbes/12521/NC_008263.GeneMarkHMM.bed
37#DATA   12521_NC_008263_Glimmer3        12521   NC_008263       Glimmer3        bed     /depot/data2/galaxy/microbes/12521/NC_008263.Glimmer3.bed
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。