root/galaxy-central/tools/discreteWavelet/execute_dwt_IvC_all.xml

リビジョン 2, 4.9 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central
行番号 
1<tool id="compute_p-values_second_moments_feature_occurrences_between_two_datasets_using_discrete_wavelet_transfom" name="Compute P-values and Second Moments for Feature Occurrences" version="1.0.0">
2  <description>between two datasets using Discrete Wavelet Transfoms</description>
3 
4  <command interpreter="perl">
5        execute_dwt_IvC_all.pl $inputFile1 $inputFile2 $outputFile1 $outputFile2
6  </command>
7
8  <inputs>
9        <param format="tabular" name="inputFile1" type="data" label="Select the first input file"/>     
10        <param format="tabular" name="inputFile2" type="data" label="Select the second input file"/>
11  </inputs>
12 
13  <outputs>
14    <data format="tabular" name="outputFile1"/>
15    <data format="pdf" name="outputFile2"/>
16  </outputs>
17       
18  <help>
19
20.. class:: infomark
21
22**What it does**
23
24This program generates plots and computes table matrix of second moments, p-values, and test orientations at multiple scales for the correlation between the occurrences of features in one dataset and their occurrences in another using multiscale wavelet analysis technique.
25
26The program assumes that the user has two sets of DNA sequences, S1 and S1, each of which consists of one or more sequences of equal length. Each sequence in each set is divided into the same number of multiple intervals n such that n = 2^k, where k is a positive integer and  k >= 1. Thus, n could be any value of the set {2, 4, 8, 16, 32, 64, 128, ...}. k represents the number of scales.
27
28The program has two input files obtained as follows:
29
30For a given set of features, say motifs, the user counts the number of occurrences of each feature in each interval of each sequence in S1 and S1, and builds two tabular files representing the count results in each interval of S1 and S1. These are the input files of the program.
31
32The program gives two output files:
33
34- The first output file is a TABULAR format file representing the second moments, p-values, and test orientations for each feature at each scale.
35- The second output file is a PDF file consisting of as many figures as the number of features, such that each figure represents the values of the second moment for that feature at every scale.
36
37-----
38
39.. class:: warningmark
40
41**Note**
42
43In order to obtain empirical p-values, a random perumtation test is implemented by the program, which results in the fact that the program gives slightly different results each time it is run on the same input file.
44
45-----
46
47**Example**
48
49Counting the occurrences of 5 features (motifs) in 16 intervals (one line per interval) of the DNA sequences in S1 gives the following tabular file::
50
51        deletionHoptspot        insertionHoptspot       dnaPolPauseFrameshift   topoisomeraseCleavageSite       translinTarget 
52                226                     403                     416                     221                             1165
53                236                     444                     380                     241                             1223
54                242                     496                     391                     195                             1116
55                243                     429                     364                     191                             1118
56                244                     410                     371                     236                             1063
57                230                     386                     370                     217                             1087
58                275                     404                     402                     214                             1044
59                265                     443                     365                     231                             1086
60                255                     390                     354                     246                             1114
61                281                     384                     406                     232                             1102
62                263                     459                     369                     251                             1135
63                280                     433                     400                     251                             1159
64                278                     385                     382                     231                             1147
65                248                     393                     389                     211                             1162
66                251                     403                     385                     246                             1114
67                239                     383                     347                     227                             1172
68
69And counting the occurrences of 5 features (motifs) in 16 intervals (one line per interval) of the DNA sequences in S2 gives the following tabular file::
70
71        deletionHoptspot        insertionHoptspot       dnaPolPauseFrameshift   topoisomeraseCleavageSite       translinTarget
72                235                     374                     407                     257                             1159
73                244                     356                     353                     212                             1128
74                233                     343                     322                     204                             1110
75                222                     329                     398                     253                             1054
76                216                     325                     328                     253                             1129
77                257                     368                     352                     221                             1115
78                238                     360                     346                     224                             1102
79                225                     350                     377                     248                             1107
80                230                     330                     365                     236                             1132
81                241                     389                     357                     220                             1120
82                274                     354                     392                     235                             1120
83                250                     379                     354                     210                             1102
84                254                     329                     320                     251                             1080
85                221                     355                     406                     279                             1127
86                224                     330                     390                     249                             1129
87                246                     366                     364                     218                             1176
88
89 
90We notice that the number of scales here is 4 because 16 = 2^4. Runnig the program on the above input files gives the following output:
91
92The first output file::
93
94        motif                           1_moment2       1_pval  1_test  2_moment2       2_pval  2_test  3_moment2       3_pval  3_test  4_moment2       4_pval  4_test
95       
96        deletionHoptspot                0.8751          0.376   L       1.549           0.168   R       0.6152          0.434   L       0.5735          0.488   R
97        insertionHoptspot               0.902           0.396   L       1.172           0.332   R       0.6843          0.456   L       1.728           0.213   R
98        dnaPolPauseFrameshift           1.65            0.013   R       0.267           0.055   L       0.1387          0.124   L       0.4516          0.498   L
99        topoisomeraseCleavageSite       0.7443          0.233   L       1.023           0.432   R       1.933           0.155   R       1.09            0.3     R
100        translinTarget                  0.5084          0.057   L       0.8219          0.446   L       3.604           0.019   R       0.4377          0.492   L
101
102The second output file:
103
104.. image:: ../static/operation_icons/dwt_IvC_1.png
105.. image:: ../static/operation_icons/dwt_IvC_2.png
106.. image:: ../static/operation_icons/dwt_IvC_3.png
107.. image:: ../static/operation_icons/dwt_IvC_4.png
108.. image:: ../static/operation_icons/dwt_IvC_5.png
109
110  </help> 
111 
112</tool>
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。