root/galaxy-central/tools/discreteWavelet/execute_dwt_cor_aVa_perClass.xml

リビジョン 2, 4.8 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central
行番号 
1<tool id="compute_p-values_correlation_coefficients_feature_occurrences_between_two_datasets_using_discrete_wavelet_transfom" name="Compute P-values and Correlation Coefficients for Feature Occurrences" version="1.0.0">
2  <description>between two datasets using Discrete Wavelet Transfoms</description>
3 
4  <command interpreter="perl">
5        execute_dwt_cor_aVa_perClass.pl $inputFile1 $inputFile2 $outputFile1 $outputFile2
6  </command>
7
8  <inputs>
9        <param format="tabular" name="inputFile1" type="data" label="Select the first input file"/>     
10        <param format="tabular" name="inputFile2" type="data" label="Select the second input file"/>
11  </inputs>
12 
13  <outputs>
14    <data format="tabular" name="outputFile1"/>
15    <data format="pdf" name="outputFile2"/>
16  </outputs>
17       
18  <help>
19
20.. class:: infomark
21
22**What it does**
23
24This program generates plots and computes table matrix of coefficient correlations and p-values at multiple scales for the correlation between the occurrences of features in one dataset and their occurrences in another using multiscale wavelet analysis technique.
25
26The program assumes that the user has two sets of DNA sequences, S1 and S1, each of which consists of one or more sequences of equal length. Each sequence in each set is divided into the same number of multiple intervals n such that n = 2^k, where k is a positive integer and  k >= 1. Thus, n could be any value of the set {2, 4, 8, 16, 32, 64, 128, ...}. k represents the number of scales.
27
28The program has two input files obtained as follows:
29
30For a given set of features, say motifs, the user counts the number of occurrences of each feature in each interval of each sequence in S1 and S1, and builds two tabular files representing the count results in each interval of S1 and S1. These are the input files of the program.
31
32The program gives two output files:
33
34- The first output file is a TABULAR format file representing the coefficient correlations and p-values for each feature at each scale.
35- The second output file is a PDF file consisting of as many figures as the number of features, such that each figure represents the values of the coefficient correlation for that feature at every scale.
36
37-----
38
39.. class:: warningmark
40
41**Note**
42
43In order to obtain empirical p-values, a random perumtation test is implemented by the program, which results in the fact that the program gives slightly different results each time it is run on the same input file.
44
45-----
46
47**Example**
48
49Counting the occurrences of 5 features (motifs) in 16 intervals (one line per interval) of the DNA sequences in S1 gives the following tabular file::
50
51        deletionHoptspot        insertionHoptspot       dnaPolPauseFrameshift   topoisomeraseCleavageSite       translinTarget 
52                269                     366                     330                     238                             1129
53                239                     328                     327                     283                             1188
54                254                     351                     358                     297                             1151
55                262                     371                     355                     256                             1107
56                254                     361                     352                     234                             1192
57                265                     354                     367                     240                             1182
58                255                     359                     333                     235                             1217
59                271                     389                     387                     272                             1241
60                240                     305                     341                     249                             1159
61                272                     351                     337                     257                             1169
62                275                     351                     337                     233                             1158
63                305                     331                     361                     253                             1172
64                277                     341                     343                     253                             1113
65                266                     362                     355                     267                             1162
66                235                     326                     329                     241                             1230
67                254                     335                     360                     251                             1172
68
69And counting the occurrences of 5 features (motifs) in 16 intervals (one line per interval) of the DNA sequences in S2 gives the following tabular file::
70
71        deletionHoptspot        insertionHoptspot       dnaPolPauseFrameshift   topoisomeraseCleavageSite       translinTarget
72                104                     146                     142                     113                             478
73                89                      146                     151                     94                              495
74                100                     176                     151                     88                              435
75                96                      163                     128                     114                             468
76                99                      138                     144                     91                              513
77                112                     126                     162                     106                             468
78                86                      127                     145                     83                              491
79                104                     145                     171                     110                             496
80                91                      121                     147                     104                             469
81                103                     141                     145                     98                              458
82                92                      134                     142                     117                             468
83                97                      146                     145                     107                             471
84                115                     121                     136                     109                             470
85                113                     135                     138                     101                             491
86                111                     150                     138                     102                             451
87                94                      128                     151                     138                             481
88
89 
90We notice that the number of scales here is 4 because 16 = 2^4. Running the program on the above input files gives the following output:
91
92The first output file::
93
94        motif                           1_cor           1_pval          2_cor           2_pval          3_cor           3_pval          4_cor           4_pval
95       
96        deletionHoptspot                0.4             0.072           0.143           0.394           -0.667          0.244           1               0.491
97        insertionHoptspot               0.343           0.082           -0.0714         0.446           -1              0.12            1               0.502
98        dnaPolPauseFrameshift           0.617           0.004           -0.5            0.13            0.667           0.234           1               0.506
99        topoisomeraseCleavageSite       -0.183          0.242           -0.286          0.256           0.333           0.353           -1              0.489
100        translinTarget                  0.0167          0.503           -0.0714         0.469           1               0.136           1               0.485
101
102The second output file:
103
104.. image:: ../static/operation_icons/dwt_cor_aVa_1.png
105.. image:: ../static/operation_icons/dwt_cor_aVa_2.png
106.. image:: ../static/operation_icons/dwt_cor_aVa_3.png
107.. image:: ../static/operation_icons/dwt_cor_aVa_4.png
108.. image:: ../static/operation_icons/dwt_cor_aVa_5.png
109
110  </help> 
111 
112</tool>
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。