root/galaxy-central/tools/discreteWavelet/execute_dwt_cor_aVb_all.xml

リビジョン 2, 5.7 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central
行番号 
1<tool id="compute_p-values_correlation_coefficients_featureA_featureB_occurrences_between_two_datasets_using_discrete_wavelet_transfom" name="Compute P-values and Correlation Coefficients for Occurrences of Two Set of Features" version="1.0.0">
2  <description>between two datasets using Discrete Wavelet Transfoms</description>
3 
4  <command interpreter="perl">
5        execute_dwt_cor_aVb_all.pl $inputFile1 $inputFile2 $outputFile1 $outputFile2
6  </command>
7
8  <inputs>
9        <param format="tabular" name="inputFile1" type="data" label="Select the first input file"/>     
10        <param format="tabular" name="inputFile2" type="data" label="Select the second input file"/>
11  </inputs>
12 
13  <outputs>
14    <data format="tabular" name="outputFile1"/>
15    <data format="pdf" name="outputFile2"/>
16  </outputs>
17       
18  <help>
19
20.. class:: infomark
21
22**What it does**
23
24This program generates plots and computes table matrix of coefficient correlations and p-values at multiple scales for the correlation between the occurrences of features in one dataset and their occurrences in another using multiscale wavelet analysis technique.
25
26The program assumes that the user has two sets of DNA sequences, S1 and S1, each of which consists of one or more sequences of equal length. Each sequence in each set is divided into the same number of multiple intervals n such that n = 2^k, where k is a positive integer and  k >= 1. Thus, n could be any value of the set {2, 4, 8, 16, 32, 64, 128, ...}. k represents the number of scales.
27
28The program has two input files obtained as follows:
29
30For a given set of features, say motifs, the user counts the number of occurrences of each feature in each interval of each sequence in S1 and S1, and builds two tabular files representing the count results in each interval of S1 and S1. These are the input files of the program.
31
32The program gives two output files:
33
34- The first output file is a TABULAR format file representing the coefficient correlations and p-values for each feature at each scale.
35- The second output file is a PDF file consisting of as many figures as the number of features, such that each figure represents the values of the coefficient correlations for that feature at every scale.
36
37-----
38
39.. class:: warningmark
40
41**Note**
42
43In order to obtain empirical p-values, a random perumtation test is implemented by the program, which results in the fact that the program gives slightly different results each time it is run on the same input file.
44
45-----
46
47**Example**
48
49Counting the occurrences of 5 features (motifs) in 16 intervals (one line per interval) of the DNA sequences in S1 gives the following tabular file::
50
51        deletionHoptspot        insertionHoptspot       dnaPolPauseFrameshift   topoisomeraseCleavageSite       translinTarget 
52                82                      162                     158                     79                              459
53                111                     196                     154                     75                              459
54                98                      178                     160                     79                              475
55                113                     201                     170                     113                             436
56                113                     173                     147                     95                              446
57                107                     150                     155                     84                              436
58                106                     166                     175                     96                              448
59                113                     176                     135                     106                             514
60                113                     170                     152                     87                              450
61                95                      152                     167                     93                              467
62                91                      171                     169                     118                             426
63                84                      139                     160                     100                             459
64                92                      154                     164                     104                             440
65                100                     145                     154                     98                              472
66                91                      161                     152                     71                              461
67                117                     164                     139                     97                              463
68
69And counting the occurrences of 5 features (motifs) in 16 intervals (one line per interval) of the DNA sequences in S2 gives the following tabular file::
70
71        deletionHoptspot        insertionHoptspot       dnaPolPauseFrameshift   topoisomeraseCleavageSite       translinTarget
72                269                     366                     330                     238                             1129
73                239                     328                     327                     283                             1188
74                254                     351                     358                     297                             1151
75                262                     371                     355                     256                             1107
76                254                     361                     352                     234                             1192
77                265                     354                     367                     240                             1182
78                255                     359                     333                     235                             1217
79                271                     389                     387                     272                             1241
80                240                     305                     341                     249                             1159
81                272                     351                     337                     257                             1169
82                275                     351                     337                     233                             1158
83                305                     331                     361                     253                             1172
84                277                     341                     343                     253                             1113
85                266                     362                     355                     267                             1162
86                235                     326                     329                     241                             1230
87                254                     335                     360                     251                             1172
88
89 
90We notice that the number of scales here is 4 because 16 = 2^4. Running the program on the above input files gives the following output:
91
92The first output file::
93
94        motif1                          motif2                          1_cor           1_pval          2_cor           2_pval          3_cor           3_pval          4_cor           4_pval
95       
96        deletionHoptspot                insertionHoptspot               -0.1            0.346           -0.214          0.338           1               0.127           1               0.467
97        deletionHoptspot                dnaPolPauseFrameshift           0.167           0.267           -0.214          0.334           1               0.122           1               0.511
98        deletionHoptspot                topoisomeraseCleavageSite       0.167           0.277           0.143           0.412           -0.667          0.243           1               0.521
99        deletionHoptspot                translinTarget                  0               0.505           0.0714          0.441           1               0.124           1               0.518
100        insertionHoptspot               dnaPolPauseFrameshift           -0.202          0.238           0.143           0.379           -1              0.122           1               0.517
101        insertionHoptspot               topoisomeraseCleavageSite       -0.0336         0.457           0.214           0.29            0.667           0.252           1               0.503
102        insertionHoptspot               translinTarget                  0.0672          0.389           0.429           0.186           -1              0.119           1               0.506
103        dnaPolPauseFrameshift           topoisomeraseCleavageSite       -0.353          0.101           0.357           0.228           0               0.612           -1              0.49
104        dnaPolPauseFrameshift           translinTarget                  -0.151          0.303           -0.571          0.09            -0.333          0.37            -1              1
105        topoisomeraseCleavageSite       translinTarget                  -0.37           0.077           -0.222          0.297           0.667           0.234           -1              0.471
106
107The second output file:
108
109.. image:: ../static/operation_icons/dwt_cor_aVb_all_1.png
110.. image:: ../static/operation_icons/dwt_cor_aVb_all_2.png
111.. image:: ../static/operation_icons/dwt_cor_aVb_all_3.png
112.. image:: ../static/operation_icons/dwt_cor_aVb_all_4.png
113.. image:: ../static/operation_icons/dwt_cor_aVb_all_5.png
114.. image:: ../static/operation_icons/dwt_cor_aVb_all_6.png
115.. image:: ../static/operation_icons/dwt_cor_aVb_all_7.png
116.. image:: ../static/operation_icons/dwt_cor_aVb_all_8.png
117.. image:: ../static/operation_icons/dwt_cor_aVb_all_9.png
118.. image:: ../static/operation_icons/dwt_cor_aVb_all_10.png
119
120
121  </help> 
122 
123</tool>
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。