root/galaxy-central/tools/discreteWavelet/execute_dwt_var_perClass.xml

リビジョン 2, 5.2 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central
行番号 
1<tool id="compute_p-values_max_variances_feature_occurrences_in_one_dataset_using_discrete_wavelet_transfom" name="Compute P-values and Max Variances for Feature Occurrences" version="1.0.0">
2  <description>in one dataset using Discrete Wavelet Transfoms</description>
3 
4  <command interpreter="perl">
5        execute_dwt_var_perClass.pl $inputFile $outputFile1 $outputFile2 $outputFile3
6  </command>
7 
8  <inputs>
9        <param format="tabular" name="inputFile" type="data" label="Select the input file"/>   
10  </inputs>
11 
12  <outputs>
13    <data format="tabular" name="outputFile1"/>
14    <data format="tabular" name="outputFile2"/>
15    <data format="pdf" name="outputFile3"/>
16  </outputs>
17       
18  <help>
19
20.. class:: infomark
21
22**What it does**
23
24This program generates plots and computes table matrix of maximum variances, p-values, and test orientations at multiple scales for the occurrences of a class of features in one dataset of DNA sequences using multiscale wavelet analysis technique.
25
26The program assumes that the user has one set of DNA sequences, S, which consists of one or more sequences of equal length. Each sequence in S is divided into the same number of multiple intervals n such that n = 2^k, where k is a positive integer and  k >= 1. Thus, n could be any value of the set {2, 4, 8, 16, 32, 64, 128, ...}. k represents the number of scales.
27
28The program has one input file obtained as follows:
29
30For a given set of features, say motifs, the user counts the number of occurrences of each feature in each interval of each sequence in S, and builds a tabular file representing the count results in each interval of S. This is the input file of the program.
31
32The program gives three output files:
33
34- The first output file is a TABULAR format file giving the scales at which each features has a maximum variances.
35- The second output file is a TABULAR format file representing the variances, p-values, and test orientation for the occurrences of features at each scale based on a random permutation test and using multiscale wavelet analysis technique.
36- The third output file is a PDF file plotting the wavelet variances of each feature at each scale.
37
38-----
39
40.. class:: warningmark
41
42**Note**
43
44- If the number of features is greater than 12, the program will divide each output file into subfiles, such that each subfile represents the results of a group of 12 features except the last subfile that will represents the results of the rest. For example, if the number of features is 17, the p-values file will consists of two subfiles, the first for the features 1-12 and the second for the features 13-17. As for the PDF file, it will consists of two pages in this case.
45- In order to obtain empirical p-values, a random perumtation test is implemented by the program, which results in the fact that the program gives slightly different results each time it is run on the same input file.
46
47-----
48
49
50**Example**
51
52Counting the occurrences of 8 features (motifs) in 16 intervals (one line per interval) of set of DNA sequences in S gives the following tabular file::
53
54        deletionHoptspot        insertionHoptspot       dnaPolPauseFrameshift   indelHotspot    topoisomeraseCleavageSite       translinTarget          vDjRecombinationSignal          x-likeSite
55                226                     403                     416                     221             1165                    832                             749                     1056           
56                236                     444                     380                     241             1223                    746                             782                     1207   
57                242                     496                     391                     195             1116                    643                             770                     1219   
58                243                     429                     364                     191             1118                    694                             783                     1223   
59                244                     410                     371                     236             1063                    692                             805                     1233   
60                230                     386                     370                     217             1087                    657                             787                     1215   
61                275                     404                     402                     214             1044                    697                             831                     1188   
62                265                     443                     365                     231             1086                    694                             782                     1184   
63                255                     390                     354                     246             1114                    642                             773                     1176   
64                281                     384                     406                     232             1102                    719                             787                     1191   
65                263                     459                     369                     251             1135                    643                             810                     1215   
66                280                     433                     400                     251             1159                    701                             777                     1151   
67                278                     385                     382                     231             1147                    697                             707                     1161   
68                248                     393                     389                     211             1162                    723                             759                     1183   
69                251                     403                     385                     246             1114                    752                             776                     1153   
70                239                     383                     347                     227             1172                    759                             789                     1141   
71 
72We notice that the number of scales here is 4 because 16 = 2^4. Runnig the program on the above input file gives the following 3 output files:
73
74The first output file::
75
76        motifs                  max_var at scale
77        deletionHoptspot                NA
78        insertionHoptspot               NA
79        dnaPolPauseFrameshift           NA
80        indelHotspot                    NA
81        topoisomeraseCleavageSite       3
82        translinTarget                  NA
83        vDjRecombinationSignal          NA
84        x.likeSite                      NA
85       
86The second output file::
87
88        motif                           1_var           1_pval          1_test          2_var           2_pval          2_test          3_var           3_pval          3_test          4_var           4_pval          4_test
89       
90        deletionHoptspot                0.457           0.048           L               1.18            0.334           R               1.61            0.194           R               3.41            0.055           R
91        insertionHoptspot               0.556           0.109           L               1.34            0.272           R               1.59            0.223           R               2.02            0.157           R
92        dnaPolPauseFrameshift           1.42            0.089           R               0.66            0.331           L               0.421           0.305           L               0.121           0.268           L
93        indelHotspot                    0.373           0.021           L               1.36            0.254           R               1.24            0.301           R               4.09            0.047           R
94        topoisomeraseCleavageSite       0.305           0.002           L               0.936           0.489           R               3.78            0.01            R               1.25            0.272           R
95        translinTarget                  0.525           0.061           L               1.69            0.11            R               2.02            0.131           R               0.00891         0.069           L
96        vDjRecombinationSignal          0.68            0.138           L               0.957           0.46            R               2.35            0.071           R               1.03            0.357           R
97        x.likeSite                      0.928           0.402           L               1.33            0.261           R               0.735           0.431           L               0.783           0.422           R
98
99The third output file:
100
101.. image:: ../static/operation_icons/dwt_var_perClass.png
102
103  </help> 
104 
105</tool>
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。