root/galaxy-central/tools/emboss_5/emboss_chips.xml @ 3

リビジョン 2, 1.0 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central

行番号 
1<tool id="EMBOSS: chips10" name="chips" version="5.0.0">
2  <description>Codon usage statistics</description>
3  <requirements><requirement type="package" version="5.0.0">emboss</requirement></requirements>
4  <command>chips -seqall $input1 -outfile $out_file1 -sum $sum -auto</command>
5  <inputs>
6    <param format="data" name="input1" type="data">
7      <label>On query</label>
8    </param>
9    <param name="sum" type="select">
10      <label>Sum codons over all sequences</label>
11      <option value="yes">Yes</option>
12      <option value="no">No</option>
13    </param>
14  </inputs>
15  <outputs>
16    <data format="chips" name="out_file1" />
17  </outputs>
18  <tests>
19    <test>
20      <param name="input1" value="2.fasta"/>
21      <param name="sum" value="yes"/>
22      <output name="out_file1" file="emboss_chips_out.chips"/>
23    </test>
24  </tests>
25  <help>
26    You can view the original documentation here_.
27   
28    .. _here: http://emboss.sourceforge.net/apps/release/5.0/emboss/apps/chips.html
29  </help>
30</tool>
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。