root/galaxy-central/tools/emboss_5/emboss_freak.xml @ 3

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import galaxy-central

行番号 
1<tool id="EMBOSS: freak36" name="freak" version="5.0.0">
2  <description>Residue/base frequency table or plot</description>
3  <requirements><requirement type="package" version="5.0.0">emboss</requirement></requirements>
4  <command>freak -seqall $input1 -outfile $out_file1 -window $window -letters $letters -graph png -step $step -auto</command>
5  <inputs>
6    <param format="data" name="input1" type="data">
7      <label>Sequences</label>
8    </param>
9    <param name="letters" size="5" type="text" value="gc">
10      <label>Residue letters</label>
11    </param>
12    <param name="step" size="5" type="text" value="1">
13      <label>Stepping value</label>
14    </param>
15    <param name="window" size="5" type="text" value="30">
16      <label>Averaging window</label>
17    </param>
18  </inputs>
19  <outputs>
20    <data format="freak" name="out_file1" />
21  </outputs>
22  <tests>
23    <test>
24      <param name="input1" value="2.fasta"/>
25      <param name="letters" value="gc"/>
26      <param name="step" value="1"/>
27      <param name="window" value="30"/>
28      <output name="out_file1" file="emboss_freak_out.freak"/>
29    </test>
30  </tests>
31  <help>
32    You can view the original documentation here_.
33   
34    .. _here: http://emboss.sourceforge.net/apps/release/5.0/emboss/apps/freak.html
35  </help>
36</tool>
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。