root/galaxy-central/tools/emboss_5/emboss_iep.xml

リビジョン 2, 1.4 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central

行番号 
1<tool id="EMBOSS: iep45" name="iep" version="5.0.0">
2  <description>Calculates the isoelectric point of a protein</description>
3  <requirements><requirement type="package" version="5.0.0">emboss</requirement></requirements>
4  <command>iep -sequence $input1 -outfile $out_file1 -step $step -amino $amino -graph png -termini $termini -auto</command>
5  <inputs>
6    <param format="data" name="input1" type="data">
7      <label>Sequences</label>
8    </param>
9    <param name="step" size="5" type="text" value=".5">
10      <label>Step value for pH</label>
11    </param>
12    <param name="amino" size="5" type="text" value="1">
13      <label>Number of N-termini</label>
14    </param>
15    <param name="termini" type="select">
16      <label>Include charge at N and C terminus</label>
17      <option value="yes">Yes</option>
18      <option value="no">No</option>
19    </param>
20  </inputs>
21  <outputs>
22    <data format="iep" name="out_file1" />
23  </outputs>
24  <tests>
25    <test>
26      <param name="input1" value="2.fasta"/>
27      <param name="step" value="0.5"/>
28      <param name="amino" value="1"/>
29      <param name="termini" value="yes"/>
30      <output name="out_file1" file="emboss_iep_out.iep"/>
31    </test>
32  </tests>
33  <help>
34    You can view the original documentation here_.
35   
36    .. _here: http://emboss.sourceforge.net/apps/release/5.0/emboss/apps/iep.html
37  </help>
38</tool>
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。