root/galaxy-central/tools/emboss_5/emboss_infoseq.xml

リビジョン 2, 2.9 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central

行番号 
1<tool id="EMBOSS: infoseq46" name="infoseq" version="5.0.0">
2  <!-- info contains file information always -->
3  <description>Displays some simple information about sequences</description>
4  <requirements><requirement type="package" version="5.0.0">emboss</requirement></requirements>
5  <command>infoseq -sequence $input1 -outfile $out_file1 -html $html_out1 -heading $heading -usa $usa -name $disname -accession $accession -gi $gi -version $version -type $type -length $length -pgc
6  $pgc -description $description -auto</command>
7  <inputs>
8    <param format="data" name="input1" type="data">
9      <label>Sequences</label>
10    </param>
11    <param name="html_out1" type="select">
12      <label>Format output as an HTML table</label>
13      <option value="no">No</option>
14      <option value="yes">Yes</option>
15    </param>
16    <param name="heading" type="select">
17      <label>Display column headings</label>
18      <option value="yes">Yes</option>
19      <option value="no">No</option>
20    </param>
21    <param name="usa" type="select">
22      <label>Display the USA of the sequence</label>
23      <option value="yes">Yes</option>
24      <option value="no">No</option>
25    </param>
26    <param name="disname" type="select">
27      <label>Display 'name' column</label>
28      <option value="yes">Yes</option>
29      <option value="no">No</option>
30    </param>
31    <param name="accession" type="select">
32      <label>Display 'accession' column</label>
33      <option value="yes">Yes</option>
34      <option value="no">No</option>
35    </param>
36    <param name="gi" type="select">
37      <label>Display 'GI' column</label>
38      <option value="no">No</option>
39      <option value="yes">Yes</option>
40    </param>
41    <param name="version" type="select">
42      <label>Display 'version' column</label>
43      <option value="no">No</option>
44      <option value="yes">Yes</option>
45    </param>
46    <param name="type" type="select">
47      <label>Display 'type' column</label>
48      <option value="yes">Yes</option>
49      <option value="no">No</option>
50    </param>
51    <param name="length" type="select">
52      <label>Display 'length' column</label>
53      <option value="yes">Yes</option>
54      <option value="no">No</option>
55    </param>
56    <param name="pgc" type="select">
57      <label>Display 'percent GC content' column</label>
58      <option value="yes">Yes</option>
59      <option value="no">No</option>
60    </param>
61    <param name="description" type="select">
62      <label>Display 'description' column</label>
63      <option value="yes">Yes</option>
64      <option value="no">No</option>
65    </param>
66  </inputs>
67  <outputs>
68    <data format="txt" name="out_file1" />
69  </outputs>
70  <code file="emboss_format_corrector.py" />
71  <help>
72    You can view the original documentation here_.
73   
74    .. _here: http://emboss.sourceforge.net/apps/release/5.0/emboss/apps/infoseq.html
75  </help>
76</tool>
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。