root/galaxy-central/tools/emboss_5/emboss_plotorf.xml

リビジョン 2, 1.3 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central

行番号 
1<tool id="EMBOSS: plotorf76" name="plotorf" version="5.0.0">
2  <!-- produces png file output -->
3  <description>Plot potential open reading frames</description>
4  <requirements><requirement type="package" version="5.0.0">emboss</requirement></requirements>
5  <command interpreter="perl">emboss_single_outputfile_wrapper.pl plotorf -sequence $input1 -graph png -goutfile $out_file1 -start $start -stop $stop -auto</command>
6  <inputs>
7    <param format="fasta" name="input1" type="data">
8      <label>Sequence</label>
9    </param>
10    <param name="start" size="15" type="text" value="ATG">
11      <label>Start codons</label>
12    </param>
13    <param name="stop" size="15" type="text" value="TAA">
14      <label>Stop codons</label>
15    </param>
16  </inputs>
17  <outputs>
18    <data format="png" name="out_file1" />
19  </outputs>
20  <!--  <tests>
21    <test>
22      <param name="input1" value="2.fasta"/>
23      <param name="start" value="ATG"/>
24      <param name="stop" value="TAA"/>
25      <output name="out_file1" file="emboss_plotorf_out.png"/>
26    </test>
27  </tests> -->
28  <help>
29
30.. class:: warningmark
31
32The input dataset needs to be sequences.
33
34-----
35
36    You can view the original documentation here_.
37   
38    .. _here: http://emboss.sourceforge.net/apps/release/5.0/emboss/apps/plotorf.html
39  </help>
40</tool>
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。