root/galaxy-central/tools/emboss_5/emboss_single_outputfile_wrapper.pl

リビジョン 2, 0.6 KB (コミッタ: hatakeyama, 14 年 前)

import galaxy-central

行番号 
1#! /usr/bin/perl -w
2use strict;
3use File::Copy;
4
5my $cmd_string = join (" ",@ARGV);
6my $results = `$cmd_string`;
7my @files = split("\n",$results);
8my $fileNameOut = $ARGV[6];
9my ($drive, $outputDir, $file) = File::Spec->splitpath( $fileNameOut );
10my $destination = $fileNameOut;
11
12foreach my $thisLine (@files)
13{
14        if ($thisLine =~ /Created /)
15        {
16                $thisLine =~ /[\w|\.]+$/;
17                $thisLine =$&;
18                #print "outfile: $thisLine\n";
19                #there is only one file to move, so we can quit after finding it
20                move($drive.$outputDir.$thisLine,$fileNameOut);
21                exit(1);
22        }
23        else
24        {
25                print $thisLine,"\n";
26        }
27}
Note: リポジトリブラウザについてのヘルプは TracBrowser を参照してください。